Гаплогруппа N в проекте 1K Genomes и HGDP

[Yurgan]

Робот Юргана

SNP L708
Build 36 ChrY:7689512..7689512
Build 37 ChrY:7629512..7629512
C -> A
Есть у всех финнов N1c1 из 1000 genomes

Вы таким образом сэкономили много раз по 29$ и нерезиновые мощности FTDNA

Думаю, я убыток FTDNA нанес значительный.

[Yurgan]

Благодаря подсказке уважаемого Алекса открыл файл vcf и о, чудо, у NO уже выявлено более 12 000 снипов.
 

[Eugene]

Благодаря подсказке уважаемого Алекса открыл файл vcf и о, чудо, у NO уже выявлено более 12 000 снипов.

Скоро WTY превратиться в устаревшую игрушку такими темпами.

[Yurgan]

Благодаря подсказке уважаемого Алекса открыл файл vcf и о, чудо, у NO уже выявлено более 12 000 снипов.

Скоро WTY превратиться в устаревшую игрушку такими темпами.

Нет, конечно, если только 1000 геномов не проверить самых разных N, а пока похоже проверили только из финно-карельской ветви.

Вот Вам еще один снип, который есть в 1000 геномов
L734
Но не обольщайтесь, он есть у всех N  и находится на одном уровне с M231, также как и L647.

[mouglley]

Уважаемый Yurgan, а Вы в гугл доках табличку сделайте со соотношением снипов в 1000 геномов (серия Z) и FTDNA (серия L).

[Yurgan]

Уважаемый Yurgan, а Вы в гугл доках табличку сделайте со соотношением снипов в 1000 геномов (серия Z) и FTDNA (серия L).

В Z они еще не имеют номеров - только позиции в Build37.
Как все перепроверю, сделаю.


Еще один

L735 - тоже у всех N (китайцев N тоже), кроме одного финна, но видимо, там просто не прочиталось.
и еще один
L736 - тоже самое - есть у всех N, а я надеялся, что хоть у кого-то не будет.

[Valery]

Интересно хватит ли снипов в целом наборе N чтобы посчитать возраст гг по ним?

[Valery]

А есть ли общий элайнмент всех N? Сколько всего там хромосом N? Деревце бы построить 

[Valery]

Виктор, а ты часом не в курсе насколько новые снипы соответствуют тому что мы уже знаем по STR? Есть ли какие противоречия? Или у нас все предсказано точно?

[Centurion]

Благодаря подсказке уважаемого Алекса открыл файл vcf

какой программой вы его открываете?

[mouglley]

Деревце бы построить 

Кстати, да.
Было бы нагляднее.

[mouglley]

Виктор, а ты часом не в курсе насколько новые снипы соответствуют тому что мы уже знаем по STR? Есть ли какие противоречия? Или у нас все предсказано точно?

Пока противоречий нет (да и снипов пока маловато).
Но, понятно, что древние гаплотипы Мурка пытается посадить на новые веточки - легче ведь так.

Поэтому придётся специально для них создавать синтетические узлы.

[mouglley]

В Z они еще не имеют номеров - только позиции в Build37.
Как все перепроверю, сделаю.

А кто должен регистрировать снипы Z?
Может быть, Вы сами и должны это делать?

Свяжитесь с Липинским. Наверное, он знает.

[Valery]

Виктор, а ты часом не в курсе насколько новые снипы соответствуют тому что мы уже знаем по STR? Есть ли какие противоречия? Или у нас все предсказано точно?

Пока противоречий нет (да и снипов пока маловато).
Но, понятно, что древние гаплотипы Мурка пытается посадить на новые веточки - легче ведь так.

Поэтому придётся специально для них создавать синтетические узлы.

ОК, понял

[Yurgan]

Деревце бы построить 

Кстати, да.
Было бы нагляднее.

Дерево всех протестированных N1c1 в самом начале.
У меня все хорощо видно в интернет- эксплорере.
Но не нашлось пока ни одного снипа, который есть у балто-скандинавской ветви.
Похоже, что все из финно-карельской ветви.
И все эти снипы, которые выделяют ветви у этих финнов я тоже поместил в самом начале.