АвторТема: Гаплогруппа N в проекте 1K Genomes и HGDP  (Прочитано 33375 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Гаплогруппа N в проекте 1K Genomes и HGDP
« : 03 Август 2011, 08:55:58 »
Вроде бы, выделили гаплогруппы N и NO в проекте 1k Genomes:
https://spreadsheets.google.com/ccc?key=0Agq_ez43qXCjdFlxemtlUnZ1Qk01cVhMRVBFcm5WX3c&hl=en&authkey=CIOag_UD#gid=41
http://www.box.net/shared/xm580ycfxq#/shared/xm580ycfxq/[object%20Object]/90777010
« Последнее редактирование: 08 Октябрь 2014, 13:50:18 от Шад »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #1 : 06 Август 2011, 14:56:27 »
Вроде бы, выделили гаплогруппы N и NO в проекте 1k Genomes:
https://spreadsheets.google.com/ccc?key=0Agq_ez43qXCjdFlxemtlUnZ1Qk01cVhMRVBFcm5WX3c&hl=en&authkey=CIOag_UD#gid=41
http://www.box.net/shared/xm580ycfxq#/shared/xm580ycfxq/[object%20Object]/90777010
Финн HG00371 - NO или O. Добрались все таки до Финляндии.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #2 : 07 Август 2011, 15:46:58 »
Вроде бы, выделили гаплогруппы N и NO в проекте 1k Genomes:
https://spreadsheets.google.com/ccc?key=0Agq_ez43qXCjdFlxemtlUnZ1Qk01cVhMRVBFcm5WX3c&hl=en&authkey=CIOag_UD#gid=41
http://www.box.net/shared/xm580ycfxq#/shared/xm580ycfxq/[object%20Object]/90777010
Финн HG00371 - NO или O. Добрались все таки до Финляндии.
Отдельные китайские NO имеют те же снипы, что и N, но другие NO и O их не имеют.
Возможно открытие еще более верхнего снипа для N и открытие новых ветвей N.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #3 : 23 Сентябрь 2011, 10:29:10 »
Уважаемый Yurgan, не организуете тему с обсуждением развития Вашей работы по выявлению новых снипов из проекта 1000 геномов?

Или рано ещё?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #4 : 23 Сентябрь 2011, 10:41:50 »
Уважаемый Yurgan, не организуете тему с обсуждением развития Вашей работы по выявлению новых снипов из проекта 1000 геномов?

Или рано ещё?
Сейчас сделаю.


Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #5 : 23 Сентябрь 2011, 11:13:39 »
Дерево

http://trog.narod.ru/et/NO-1000genomes.JPG


Самые важные снипы


VL29   Y   14570424   .   T   C
VL31   Y   6032613   .   C   A
VL32   Y   19180972   .   T   A
VL37   Y   19372386   .   T   G
VL44   Y   17508112   .   G   A
VL53   Y   7972032   .   GT   GTT
Выделяют первую группу финнов. У трех человек эти снипы только +

VL71   Y   14042164   .   C   T
Выделяет вторую ветвь из 13 человек.
У всех этот снип +, у троих предыдущих -.

При этом конечно, этих снипов нет у других N и O.

Во второй ветви есть еще много общих снипов, но у некоторых они ?

Дальше идут снипы только внутри ветвей.


Внутри 2-й выделяется подветвь из 10 образцов.
Ее выделяет следующие снипы.

VL62   Y   14131378   .   G   A
VL93   Y   21843090   .   G   C




Вторая подветвь (3 человека)
выделяется следующими снипами
VL25   Y   13525150   .   C   T
VL26   Y   17104838   .   C   A


Еще дерево - надеюсь все смогут увидеть.

http://trog.narod.ru/et/N-tree-1000genomes.mht
« Последнее редактирование: 26 Сентябрь 2011, 10:03:21 от Yurgan »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #6 : 23 Сентябрь 2011, 11:41:01 »
В связи  с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.
Известна только позиция этих снипов в Build 37.
   VL01   Y   7321330      .   A   C
VL02   Y   8550526      .   A   G
VL03   Y   8557714      .   T   G
VL04   Y   15048702      .   G   C
VL05   Y   15052342      .   T   C
VL06   Y   3745048      .   CTAAGTAA   CTAA
VL07   Y   15471506      .   AAATAATA   AAATA
VL08   Y   4107415      .   T   C
VL09   Y   17835894      .   G   T
VL10   Y   18033091      .   G   T
VL11   Y   18729272      .   G   A
VL12   Y   4288661      .   A   G
VL13   Y   5399476      .   G   A
VL14   Y   22237601      .   C   T
VL15   Y   4502983      .   G   C
VL16   Y   23647450      .   GATTAATTAA   GATTAA
VL17   Y   23764138      .   A   G
VL18   Y   5094186      .   G   T
VL19   Y   5360083      .   C   T
VL20   Y   3106783      .   C   T
VL21   Y   7759895      .   G   A
VL22   Y   8623626      .   G   T
VL23   Y   22461695      .   T   G
VL24   Y   23006644      .   G   A
VL25   Y   13525150      .   C   T
VL26   Y   17104838      .   C   A
VL27   Y   18085225      .   G   A
VL28   Y   25020997      .   G   A
VL29   Y   14570424      .   T   C
VL30   Y   25842227      .   T   G
VL31   Y   6032613      .   C   A
VL32   Y   19180972      .   T   A
VL33   Y   5829215      .   T   C
VL34   Y   13945593      .   T   A
VL35   Y   21965409      .   T   G
VL36   Y   5716752      .   G   A
VL37   Y   19372386      .   T   G
VL38   Y   4900098      .   G   A
VL39   Y   8182015      .   T   C
VL40   Y   9085194      .   G   A
VL41   Y   13301134      .   C   A
VL42   Y   14862639      .   G   A
VL43   Y   14867610      .   C   A
VL44   Y   17508112      .   G   A
VL45   Y   18249612      .   A   T
VL46   Y   21333667      .   G   T
VL47   Y   4643090      .   T   C
VL48   Y   4142040      .   T   C
VL49   Y   17518563      .   G   A
VL50   Y   24552097      .   C   T
VL51   Y   23498079      .   AAT   A
VL52   Y   25931592      .   G   A
VL53   Y   7972032      .   GT   GTT
VL54   Y   16083816      .   T   A
VL55   Y   13986308      .   A   G
VL56   Y   6013042      .   C   G
VL57   Y   18099407      .   CTCTTT   CT
VL58   Y   7246954      .   CA   C
VL59   Y   14452242      .   C   T
VL60   Y   15409006      .   C   T
VL61   Y   3904648      .   G   A
VL62   Y   14131378      .   G   A
VL63   Y   17366257      .   C   G
VL64   Y   19245473      .   G   T
VL65   Y   21463326      .   C   T
VL66   Y   7280670      .   C   T
VL67   Y   9059929      .   C   T
VL68   Y   19149553      .   G   C
VL69   Y   19219721      .   A   G
VL70   Y   14875899      .   G   T
VL71   Y   14042164      .   C   T
VL72   Y   15329348      .   C   G
VL73   Y   3326295      .   G   T
VL74   Y   5396164      .   G   C
VL75   Y   4114451      .   CAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA   CAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
VL76   Y   23097835      .   C   T
VL77   Y   22009869      .   A   C
VL78   Y   15672075      .   G   A
VL79   Y   16994673      .   G   A
VL80   Y   5241786      .   TACACACACACACACACACACACACACACACACA   TACACACACACACACACACACACACACACACA
VL81   Y   22477612      .   T   A
VL82   Y   22275971      .   G   C
VL83   Y   22534494      .   T   C
VL84   Y   14540728      .   GATATAT   GATAT
VL84   Y   14540728      .   GATATAT   GATAT
VL84   Y   28720946      .   G   C
VL85   Y   6403543      .   G   A
VL85   Y   6403543      .   G   A
VL86   Y   14109451      .   C   T
VL86   Y   14109451      .   C   T
VL87   Y   13364463      .   A   T
VL87   Y   13364463      .   A   T
VL88   Y   13317218      .   CC   CCAC
VL88   Y   13317218      .   CC   CCAC
VL89   Y   20948018      .   ACC   ACCC
VL89   Y   20948018      .   ACC   ACCC
VL90   Y   13858246      .   AATCGGAT   AAT
VL91   Y   14604396      .   C   T
VL93   Y   21843090   .   G   C
« Последнее редактирование: 26 Сентябрь 2011, 10:11:19 от Yurgan »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #7 : 23 Сентябрь 2011, 11:52:25 »
Эти снипы есть только у N1c1
Тестированы только финны, но какие неизвестно, гаплотипов мы не имеем.
Совпадений со  вновь открытыми в FTDNA снипами я не нашел.
Самый инттересный снип VL62.
Он выделяет самую большую группу финнов.
Его позиция следующая
VL62   Y   14131378      .   G   A
Его и надо вводить в FTDNA и тестировать N1c1.
У финнов три ветви N1c1 - скандинавская, северо-европейская и финно-карельская.
Мое дерево тоже разбилось на три части.
У каждой части полно своих снипов. Есть из чего выбрать. Самые важные снипы я пометил звездочками.



Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #8 : 23 Сентябрь 2011, 11:58:37 »
Цитировать
В связи  с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.
С манией величия у вас все в порядке  ;D все снипы из 1000 геномов маркируются литерой Z.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #9 : 23 Сентябрь 2011, 12:00:07 »
Цитировать
В связи  с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.
С манией величия у вас все в порядке  ;D все снипы из 1000 геномов маркируются литерой Z.
Согласен, пусть пишут Z-VL ;D

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #10 : 23 Сентябрь 2011, 12:11:24 »
В связи  с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.


Что-то здесь нечисто: не может быть такого количества трансверсий. Большинство снипов - всегда транзиции.
« Последнее редактирование: 23 Сентябрь 2011, 12:13:37 от Centurion »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #11 : 23 Сентябрь 2011, 12:16:00 »
Цитировать
« Последнее редактирование: Сегодня в 12:13:37 от Centurion »

Экономишь место на серваке?  ;D Уж кто кто но я оверквочу раз в год.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8719
  • Страна: gt
  • Рейтинг +642/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #12 : 23 Сентябрь 2011, 12:16:28 »
В связи  с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.


Что-то здесь нечисто: не может быть такого количества трансверсий. Большинство снипов - всегда транзиции.
Там были позиции и других снипов (N и О) - полное совпадение.

   L392   Y   6753265
O3a1c   IMS-JST002611   Y   7546726
O2b   IMS-JST022454   Y   24510581
O3a1   L127.1   Y   14288981
   L647   Y   21033895
N1c1   M178   Y   21741755
NO   M214   Y   15471925
   P201   Y   2828196
O1a1   P203.1   Y   22750951
O3a1a   P27.2_2   Y   8619538
N   Page56   Y   22921768
N   Page91   Y   15469724
N1c   Tat M46 Page70   Y   14922583


Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #13 : 23 Сентябрь 2011, 12:30:54 »
Цитировать
« Последнее редактирование: Сегодня в 12:13:37 от Centurion »

Экономишь место на серваке?  ;D Уж кто кто но я оверквочу раз в год.
база уже размером зашкаливает ))

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа N в проекте 1000 genomes
« Ответ #14 : 23 Сентябрь 2011, 12:40:25 »
Цитировать
N1c   Tat M46 Page70   Y   14922583

Это позиция (форвард)? В браузер проекта новые данные выведены, где я могу посмотреть готовый элайнмент без каких-либо усилий?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100