yMurMur - Web-обертка над Murka

[Daemon2017]

нет, почему, они осмыслены
просто стрелочка указывает на узел, который датирует подпись ко всему дереву в текстовых таблицах
эту величину можно усреднять по разным деревьям (ессно, она распределена нормально вокруг "ро", хотя ро может быть лажей))))

Т.е., например, узел A датируется с помощью 2 нижестоящих узлов (которые были датированы шагом ранее) и 5 нижестоящих нод. Но т.к. расстояния между А и нодами 3-7 оказались сильно меньше, чем между А и узлом 1, то они уменьшили общую датировку узла А?

[Valery]

безусловно
Ро это же просто { сумма_по_i (частота узла i) * (мутаций от корня до i)  } / (общая частота)

[Daemon2017]

безусловно
Ро это же просто { сумма_по_i (частота узла i) * (мутаций от корня до i)  } / (общая частота)

Спасибо! Теперь дошло

[Semargl]

нет, почему, они осмыслены
просто стрелочка указывает на узел, который датирует подпись ко всему дереву в текстовых таблицах
эту величину можно усреднять по разным деревьям (ессно, она распределена нормально вокруг "ро", хотя ро может быть лажей))))

Т.е., например, узел A датируется с помощью 2 нижестоящих узлов (которые были датированы шагом ранее) и 5 нижестоящих нод. Но т.к. расстояния между А и нодами 3-7 оказались сильно меньше, чем между А и узлом 1, то они уменьшили общую датировку узла А?

Теоретически, если режет глаз, то можно пройтись по дереву скриптом и на основании весов изменить возраста в ту или иную сторону. В указанном примере возраст узла "A" замещается возрастом узла потомка с наибольшим значением, т.е. возрастом "1", или возраст узла "1", замещается возрастом узла "A". Это если в случаях со снипами и точной топологией дерева. С STR мы не совсем уверены в топологии и плюс чем выше возраст, тем он более занижен. Но наверное все равно можно применить указанный метод коррекции.

[Daemon2017]

Теоретически, если режет глаз, то можно пройтись по дереву скриптом и на основании весов изменить возраста в ту или иную сторону. В указанном примере возраст узла "A" замещается возрастом узла потомка с наибольшим значением, т.е. возрастом "1", или возраст узла "1", замещается возрастом узла "A". Это если в случаях со снипами и точной топологией дерева. С STR мы не совсем уверены в топологии и плюс чем выше возраст, тем он более занижен. Но наверное все равно можно применить указанный метод коррекции.

Спасибо! Боюсь вмешиваться в результаты работы Мурки, но идея опираться на нижестоящие возраста (мб с привлечением доверительных интервалов) мне нравится - мб сделаю какой-нибудь такой включаемый/отключаемый функционал)

[Valery]

В новую версию мурки я бы включил исправленные доверительные интервалы - если yFull опубликует хотя бы упрощенную версию своего алгоритма. Собственно, если не будет новой версии сигмы, то не буду включать и старую версию ро-сигмы тк оригинальный метод Сейлард основанный на дисперсии ро - никудышний.

[Valery]

Боюсь вмешиваться в результаты работы Мурки

в возраста вполне можно вмешиваться, тк остальное от них не зависит.

[Semargl]

Вероятно не совсем алгоритм YFull, но думаю так:

Для примера рассчитаем возраст узла "A":
1) Для начала рассчитаем веса дочерних нод и листьев:
нода 1: 2*(2+1+1+1+1+1) = 14
нода 2: 2*(2+1+1+1+1+1) = 14
лист 3: 1*(2+2+1+1+1+1) = 8
лист 4: 1*(2+2+1+1+1+1) = 8
лист 5: 1*(2+2+1+1+1+1) = 8
лист 6: 1*(2+2+1+1+1+1) = 8
лист 7: 1*(2+2+1+1+1+1) = 8
2) рассчитаем возраст узла с учетом возраста дочерних нод/листьев и полученных весов "A":
(309.68*14 + 61.94*14 + возраст3*8 + возраст4*8 + возраст5*8 + возраст6*8 + возраст7*8 )/(14 + 14 + 8 + 8 + 8 + 8 + 8 )
3) Если полученный таким методом возраст для "A" выше чем полученный просто расчетом ро, то корректируем его вверх с учетом возраста "1" или даже с учетом родителя для "A" (если расширить алгоритм).

Аналогично считаем взвешенные возраста для всех узлов. Расчет лучше делать от листьев к корню, а последующую корректировку от корня к листьям.

PS. В данных расчетах понятно что под возрастом листьев и узлов подразумеваются возраста ребер.
PPS. Расшифровка формулы расчета веса ноды
нода 1: 2(2 семпла в ноде 1)*(2(2 семпла в ноде 2)+1(1 семпл в листе 3)+1(1 семпл в листе 4)+1(1 семпл в листе 5)+1(1 семпл в листе 6)+1(1 семпл в листе 7)) = 14

[Daemon2017]

Добавил поле "Средний возраст протестированных:", чтобы можно было принимать в расчет возраст протестированных. Средний возраст населения в РФ =39 годам, так что по умолчанию значение =40. Если хочется оставить вычисления Мурки неизменными, то можно сделать это поле =0.