Как рассчитать возраст общего предка

[alexis]

В статье Адамова (http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/39/50) есть не совсем понятный (для меня) пункт (2.2) о подсчёте мутаций. Как подсчитать число мутаций для двух гаплотипов? Например, E3b Project выдает GD=21 между моим гаплотипом (#B0023) и гаплотипом Савара (#82291). Насколько я понимаю, число 21 и есть число мутаций?

Прошу извинить, если вопрос дилетантский.

[Sergey Lutak]

Добрый день, Алексей!
А зачем сравнивать свой гаплотип с Савром, если есть немного поближе - Knickerbocker (F6EXC) и Tambis (kit 105354).
Я не специалист по таким расчётам и могу ошибаться в деталях, но прикинуть можно (пусть эксперты меня поправят, если что).
Полученный возраст общего предка будет о-очень приблизительным. Более объективно можно судить только лишь построив филогенетическое древо из множества гаплотипов.
На примере ваших 25-ти маркерных гаплотипов:
Shirokoff............ 14 24 13 9 15 16 11 12 12 14 11 31 16 9 9 11 11 21 14 20 28 12 13 14 16
Tambis.............. 14 24 13 9 15 17 11 12 11 14 11 31 16 9 9 11 11 22 14 20 29 14 15 16 17
Knickerbocker..... 14 24 13 9 15 17 11 12 12 14 12 32 16 9 9 11 11 22 14 20 30 14 15 15 17
Попробуем определить базовый гаплотип (от которого меньше всего мутаций).
базовый............14 24 13 9 15 17 11 12 12 14 11 31 16 9 9 11 11 22 14 20 29 14 15 15 17
теперь определяем число мутаций в аллелях от базового гаплотипа:
число мутаций ...0..0..0..0...0..1..0...0..1..0..1.1..0..0.0...0...0..1...0...0....2..2...2...2...1
складываем количество мутаций, получаем - 14 накопившихся мутаций на 3 25-ти маркерных гаплотипа, т.е. на 75 общих маркеров.
14 / 75 / 0.00184 = 101 поколение, а с учётом возвратных мутаций - 112 поколений до общего предка.
Как вы понимаете, время жизни вашего общего предка - примерно 9 век до н.э. Далековато получается. 
Повторюсь, это лишь примерный ориентир.

[Nimissin]

В статье Адамова (http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/39/50) есть не совсем понятный (для меня) пункт (2.2) о подсчёте мутаций. Как подсчитать число мутаций для двух гаплотипов? Например, E3b Project выдает GD=21 между моим гаплотипом (#B0023) и гаплотипом Савара (#82291). Насколько я понимаю, число 21 и есть число мутаций?

Прошу извинить, если вопрос дилетантский.

Надо генетическую дистанцию GD=21 разделить на 2, затем разделить на скорость мутаций для изучаемого гаплотипа. Полученный результат есть оценка возраста общего предка в числе поколений.

[alexis]

Спасибо большое за ответы!

[Sergey Lutak]

...
Например, E3b Project выдает GD=21 между моим гаплотипом (#B0023) и гаплотипом Савара (#82291).
...

Алексей, можно быть почти уверенным в том, что вы относитесь к гаплогруппе E1b1b1c1*-Cluster D2 http://www.haplozone.net/e3b/project/cluster/32

Характерные значения маркёров это кластера:
DYS393=14, DYS391=9, DYS447<=23, DYS460=9, 10 or 11, GATAH4=10, 11 or 12, YCAII=19/22, DYS576>=15
У вас всё подходит:
DYS393 = 14, DYS391 = 9, DYS447 = 21, DYS460 = 10, GATAH4 =12, YCAII = 19/22, DYS576 =17

[alexis]

Я тоже так думаю. Всё жду-не дождусь, когда же мой гаплотип перенесут из категории Predicted в конкретный кластер.

[Farroukh]

Алексей, приветствую вас!

Информации пока недостаточно для более точной атрибуции вашего гаплотипа. Вы можете быть как E1b1b1c1* (M123+, M34+, M84-), так и E1b1b1c1a (M123+, M34+ M84+) или даже E1b1b1c*(M123+, M34-, M84-).

Чтобы установить это, вам надо дополнительно заказать deep clade test (он стоит 89 долл, если не ошибаюсь). По результатам будет точно известно, относитесь ли вы к кластеру E1b1b1c1-D2 или E1b1b1c* или E1b1b1c1a-Misc

[alexis]

Farroukh, здравствуйте!

Спасибо за ответ! Я уже заказал deep clade test 31 августа. Пока готовы только L17-, L143- (они начали тестировать не с самой интересной ветки).

По статистике E-M35 Project (просто сравнивая гаплотипы), я пришёл к выводу о своей близости к E1b1b1c1*-D2. Хотя, конечно, всё может быть - вдруг мой гаплотип какой-то особенный и по SNP я попаду в другой субклад.

[Farroukh]

Алексей, здравствуй, брат мой!

Я связался с администраторами гаплозоны. На основании 67 маркёров они со 100% уверенностью отнесли вас к кластеру E1b1b1c1-D2! Теперь вы там. Обсуждение этого кластера идёт здесь

Я постараюсь построить 67-маркёрное древо этого кластера, чтобы вы могли увидеть там себя.

Тем не менее, пусть ваш дип-тест также выполняется, было бы интересно взглянуть на результаты по снипу V23. Боб дель Турко из вашего кластера проходил этот тест, у него V23-.

Статья о гаплогруппе E1b1b1c1

[Farroukh]

Алексей, вот древо. Вы на т. н. "армянской" ветви. Какова история вашего рода, есть какие-нибудь зацепки на Малую Азию, Закавказье и т. п.?

[alexis]

Дорогой брат Farroukh!

Спасибо Вам, наконец-то определенность. Так надоело болтаться в Predicted. 

По известным мне данным до начала XVIII в. мои предки проживали в селе Ермове Переславского уезда Владимирской губернии (ныне Переславский район Ярославской области) и были они русскими казенными крестьянами. Так что никаких "ниточек" по поводу восточного происхождения у меня (пока) нет. Могу предположить, что когда-то какого-то крепостного привезли, продали и он обрусел. Либо же родился от кого-то с Востока.

Моя принадлежность к E1b1b1 стала для меня полнейшим сюрпризом. Я в начале делал анализ в Гентисе, думая получить R*, I* или N*. Результаты меня сильно удивили, поэтому я решил продолжить исследование в FTDNA.

Farroukh, а что за V23? Я что-то на древе FTDNA такой мутации не увидел. Может быть, плохо смотрел... Нашёл, это новая мутация от Кручиани. Но FTDNA ведь её не тестирует (пока?)...

А работу Вашу с огромным интересом я изучил ещё в апреле, составляя для себя краткий отчёт о своей Y-родословной. Очень Вам за неё благодарен.

[Farroukh]

По известным мне данным до начала XVIII в. мои предки проживали в селе Ермове Переславского уезда Владимирской губернии (ныне Переславский район Ярославской области) и были они русскими казенными крестьянами. Так что никаких "ниточек" по поводу восточного происхождения у меня (пока) нет. Могу предположить, что когда-то какого-то крепостного привезли, продали и он обрусел. Либо же родился от кого-то с Востока.

Это очень хорошая информация. Строго говоря, E1b1b1c1 могла попасть к русским от армян либо от ассирийцев. Но ассирийцы стали переселяться в Россию позже 18 века, а вот армянская диаспора имеет давнюю историю, см. также тут.

Моя принадлежность к E1b1b1 стала для меня полнейшим сюрпризом.

Вот как раз для этого и существуют ДНК-тесты. Лучше знать правду.

Farroukh, а что за V23? Я что-то на древе FTDNA такой мутации не увидел. Может быть, плохо смотрел... Нашёл, это новая мутация от Кручиани. Но FTDNA ведь её не тестирует (пока?)...

Это новый снип, E1b1b1c1c. ФТДНА его тестирует, просто древо пока не обновлено. Пользуйтесь лучше этим древом.

А работу Вашу с огромным интересом я изучил ещё в апреле, составляя для себя краткий отчёт о своей Y-родословной. Очень Вам за неё благодарен.

Спасибо за тёплые слова!

[Valikhan]

Это очень хорошая информация. Строго говоря, E1b1b1c1 могла попасть к русским от армян либо от ассирийцев. Но ассирийцы стали переселяться в Россию позже 18 века, а вот армянская диаспора имеет давнюю историю, см. также тут.

К этой диаспоре может иметь отношение и J1*. Вот интересная карта:
http://maps.google.com/maps/ms?ie=UTF8&hl=en&msa=0&msid=101077415341135244622.000471e907931cede0409&ll=54.927142,12.919922&spn=27.345036,71.806641&t=h&z=4

Имеются вот такие, в Москве
 

Adam Sabastin Adamovitsch ERNST b. 31 May 1895 Zarizino, Moskau, Russia; this case is probably from among the former German colonies in southern Ukraine or Bessarabia, and before that, ancestrally Armenian

Буковина

Ursuj, Ursulyan
b. Bukovina c.1822, prob. ancestrally Armenian; Y-search 5UWYX

Казахстан

Ilyahun
Ysearch 8C2SE, unknown location in Kazakhstan; appears to be ancestrally Armenian

[Михаил Ночевной]

"Строго говоря, E1b1b1c1 могла попасть к русским от армян либо от ассирийцев. Но ассирийцы стали переселяться в Россию позже 18 века"
очень интересный момент про армян, про ассирийцев не серьезно - они бы не успели ассимилироваться в большой популяции и с потерей исторической памяти. у меня есть версияя что моя гаплогруппа от армянина переселившегося в средневековье...

[Farroukh]

Армяне известны на Руси ещё в средние века. Скажем так, это второй (первый - евреи) из ближневосточных народов, в более-менее ощутимых количествах переселявшийся на Русь.

Гаплотип Алексея находится на одной ветви с армянами и не входит в еврейский кластер. Кстати говоря, у ассирийцев E1b1b1c1* я не встречал, в основном они E1b1b1c1a

Кифар, может вам перепроверить с глубоким снипованием свой субклад во ФТДНА?