Обсуждение филогенетического дерева N

[ankr21]

Примечательно, что два образца из Башкирии, расположились на относительно молодой Карело-финской ветке с TMRCA 950 лет.

Если это не единичный случай и это не потомки какого-нибудь средневекового "туриста", а след каких-то поздних миграций с северо-запада, то свидетельства об этих миграциях вполне могли сохранится в документах, летописях или в эпосе. Ничего не встречалось такого?

[Yurgan]

Примечательно, что два образца из Башкирии, расположились на относительно молодой Карело-финской ветке с TMRCA 950 лет.

Если это не единичный случай и это не потомки какого-нибудь средневекового "туриста", а след каких-то поздних миграций с северо-запада, то свидетельства об этих миграциях вполне могли сохранится в документах, летописях или в эпосе. Ничего не встречалось такого?

Они не потомки одного человека.
Общий снип только Z1939 - идут от корня.
Скорее всего минцы

[ankr21]

Примечательно, что два образца из Башкирии, расположились на относительно молодой Карело-финской ветке с TMRCA 950 лет.

Если это не единичный случай и это не потомки какого-нибудь средневекового "туриста", а след каких-то поздних миграций с северо-запада, то свидетельства об этих миграциях вполне могли сохранится в документах, летописях или в эпосе. Ничего не встречалось такого?

Они не потомки одного человека.
Общий снип только Z1939 - идут от корня.
Скорее всего минцы

А почему минцы, а не предположим таныпцы. По преданиям таныпцев, их предки пришли в эти края с «Мензелинских сторон», то есть с запада, в поисках охотничьих угодий, когда на «старых землях» стало «много народа и очень тесно». Но я не специалист по башкирским племенам.
То, что другая часть башкир и татар попала в угорскую ветку тоже весьма показательно.

[ankr21]

Еще заметил, 254631 Baysari Ilish Baysari-Ilish  Z1936+ L1034- может как раз оказаться Z1939+.

[Таракан]

Еще заметил, 254631 Baysari Ilish Baysari-Ilish  Z1936+ L1034- может как раз оказаться Z1939+.

Я полагал, что он Y13850*.

[ankr21]

Еще заметил, 254631 Baysari Ilish Baysari-Ilish  Z1936+ L1034- может как раз оказаться Z1939+.

Я полагал, что он Y13850*.

Да, точно. Это я протупил. L1034- , но есть же еще Y13850. Да и гаплотип на Z1939 не похож.

[Dimitri]

Это 32 образца из упомянутой выше работы по гг N, для которых доступны файлы FASTQ. По убедительной просьбе активистов сообщества гаплогруппы N мы самостоятельно провели выравнивание имеющихся FASTQ в формат BAM и добавили эти образцы в текущий батч.
К сожалению для остальных образцов доступны только VCF или TSV и провести их обработку в YFull невозможно. Сейчас промаркировали их указанными в статье @RG и проставили происхождение образцов.

Спасибо огромное за это!
Будут ли эти образцы учитываться при рассчёте TMRCA?

[Semargl]

Это 32 образца из упомянутой выше работы по гг N, для которых доступны файлы FASTQ. По убедительной просьбе активистов сообщества гаплогруппы N мы самостоятельно провели выравнивание имеющихся FASTQ в формат BAM и добавили эти образцы в текущий батч.
К сожалению для остальных образцов доступны только VCF или TSV и провести их обработку в YFull невозможно. Сейчас промаркировали их указанными в статье @RG и проставили происхождение образцов.

Спасибо огромное за это!
Будут ли эти образцы учитываться при рассчёте TMRCA?

конкретно эти образцы будут учитываться

[Semargl]

Примечательно, что два образца из Башкирии, расположились на относительно молодой Карело-финской ветке с TMRCA 950 лет.

Они сформировали новую ветвь N-Y23730 как минимум с двумя снипами.

[ankr21]

Примечательно, что два образца из Башкирии, расположились на относительно молодой Карело-финской ветке с TMRCA 950 лет.

Они сформировали новую ветвь N-Y23730 как минимум с двумя снипами.

То есть ТМRCA для этой ветви получится где-то 750-650 лет? Но это не троюродные и даже не пятиюродные братья уж точно. Жаль не известно из какого башкирского рода эти образцы. Мне кажется это всё же какой-то марийско-черемисский след с запада.

[Jonik]

А что это за новая зеленая веточка по знаком 23312858 отходящая от L591 на дереве N1C1?

Цифра изменилась с 23312858 на Y24022.
Так что это за веточка, кто знает?
Доступен ли снип имеющий отношение к этой веточке для тестирования и если да, то насколько имеет смысл делать?

[Dimitri]

Спасибо огромное за это!
Будут ли эти образцы учитываться при рассчёте TMRCA?

конкретно эти образцы будут учитываться

Я не вижу TMRCA для этих образцов в дереве 4.08. Вы отказались от этой идеи или просто отложили расчёт до следующей версии?

[Semargl]

Спасибо огромное за это!
Будут ли эти образцы учитываться при рассчёте TMRCA?

конкретно эти образцы будут учитываться

Я не вижу TMRCA для этих образцов в дереве 4.08. Вы отказались от этой идеи или просто отложили расчёт до следующей версии?

Не успели включить пак научных семплов в расчет. Возраст будет рассчитан в версии 4.09.

[ankr21]

Тот же вопрос, почему нельзя добавить 37-маркерные гаплотипы?
В Татарском проекте около 50-ти гаплотипов N1c, из них половина отсутствуют в базе данных Семаргл, согласитесь это не нормальная ситуация.
Надеюсь на разрешения этого вопроса в положительном ключе.
 
Причем из всех гаплогрупп подобная ситуация только с г.г. N1c.

Базой Семаргла в критическом большинстве случаев пользуются не новички, а люди, разбтрающиеся в отнесении данного гаплотипа к той или иной подгруппе гаплогруппы.
Для гаплогруппы N определяющими принадлежность к конкретной подгруппе являются 67 маркеров. При меньшем количестве маркеров процент ошибочного предсказания непомерно высок и затрудняет знатокам предсказать требуемый для заказа снип.
Как известно, наша забота - съэкономить деньги людей, любящими своих предков настолько, что они уже заказали себе 67 маркеров. Забота о тех, кто не любит своих предков не входит в приоритетные задачи базы Семаргла. Эти функции неплохо выполняют многочисленные сервисы familytreedna.com .

Правильно ли я понял, что в базу семаргла теперь можно вносить и короткие гаплотипы в 37 маркеров с гаплотипом N?

[Dimitri]

Не успели включить пак научных семплов в расчет. Возраст будет рассчитан в версии 4.09.

Появились возраста, но почему-то у всех субкладов с образцами GRC возраст общего предка 50 лет, а вкладка TMRCA пустая.
Видимо, расчёт ещё не окончен?