1. Вы показали для случая формата гаплотипа, включающего маркеры с КСМ, отличающимися в десятки-сотни раз, не так ли? Поправка Адамова для линейного метода в предположении использовании расчета по одному маркеру (или гаплотипу с маркерами, имеющими близкие скорости мутаций) выведена корректно. Она совершенно адекватно отражает ситуацию для формата гаплотипа, маркеры которого имеют близкие скорости мутации. Поэтому, если провести абсолютную калибровку КСМ маркеров используемого формата, ранжировать маркеры по КСМ и разбить формат (67FTDNA, 37FTDNA, 25FTDNA, 12FTDNA, 17Yfiler и др.) на отдельные расчетные панели с динамическим диапазоном КСМ не более 2-х, то линейный метод с попр. Адамова даст достоверные датировки, примерно совпадающие с датировками методом ASD. В чем вся прелесть поправки Адамова – так это в том, что из нее можно вывести выражение для оценки одного шага мутаций для любого маркера. И вот тут появляется критерий для выведения маркеров из расчета для каждой конкретной ветви – соответственно её возрасту, последовательно оцениваемому по самым медленным панелям с приближением к самым быстрым. Как я отметил, для хорошо отобранных, снипированных, выборок сходимость датировок линейным и ASD становится ещё лучше. Причина занижения линейного метода при использовании полного формата (включающего маркеры в сверхшироком динамич. диапазоне КСМ) прозрачна - быстрые маркеры, попадающие на вторые (и более) шаги мутаций занижают ВБОП. Для ASD в этом случае проявляется компенсатор как раз из-за того, что занижающие (быстрые) маркеры испытывают два (и более) шага, что при возведении в квадрат несколько нивелирует проблему занижения истинного возраста. Адепты линейного м. с попр. Адамова говорят, что ASD завышает ВБОП по сравнению с линейным. На самом деле, при наличии в формате маркеров попадающих при возрасте ветви на четные шаги мутаций оба этих метода должны занижать ВБОП, но у ASD частично срабатывает указанный компенсатор.
2. Дак, учитываю. При нормальной экспансии ветви от предка базовый гаплотип конечной ветви современных потомков, отдаленных от этого предка на какое угодно большое расстояние, должен быть идентичен предковому. Увеличивается лишь разброс в отдельных маркерах для разных потомков, что и позволяет рассчитать ВБОП. От этого и пляшем. Другое дело, что реальные выборки гаплотипов современных потомков могут неадекватно отражать ВСЕХ потомков этого предка. Но это проблема для любого метода установления предкового гаплотипа. На мой взгляд, чтобы нивелировать эту проблему, и нужно строить как можно более полное дерево, т.е. прослеживать ВСЮ историю - а вернее создавать свой суррогатный вариант этой истории (другого нет и не будет). Чем больше мы получим таких суррогатных вариантов, тем проще можно будет установить наиболее вероятный. Можно попробовать сравнить с ископаемыми базовыми гаплотипами, хотя в ряде случаев нет никакой уверенности, что эти костяки оставили современных нам потомков, а потому нет уверенности, что данные костяки участвуют в устанавливаемой нами филогении. Существует несколько ископаемых базовых гаплотипов, например, 2 базовых у 9-ти тагарцев R1a1, один базовый для 20-ти одинаковых G2a-Р15+ из Трейле (неолит, Франиция), 2 гаплотипа I2a1-Р37.2 оттуда же, 3 гаплотипа R1a1 «шнуровиков» из Эйлау и др. Я сравнил существующие базовые гаплотипы с теми, что восстановил для соответствующих узлов: наблюдаются отличия на один повтор в одном-двух маркерах, редко в трёх (из 12-ти или 17-ти сравниваемых), что является вполне нормальным для конечных ветвей современных потомков.
Ну, а главное то не в этом, а в том, что датировки предковых узлов сшиваются с датировками узлов потомков, причем датировки и тех, и других установлены по ВБОПам ветвей из РАЗНЫХ кластеров. А если таких последовательных узлов, например, 5-7 в ряду и все их датировки сшиваются друг с другом, то это о чем нибудь говорит, не так ли? Метод расчета ВБОП по раздельным панелям работает РЕАЛЬНО и я его применил (надеюсь, что достоверно) и для расчета сдвигов между конечными ветвями современных потомков и родительскими узлами.