АвторТема: Обсуждение: Расчёт ВБОП по раздельным панелям Y-STR маркеров, отсортированных по  (Прочитано 10571 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19291
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1354/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Я написал ответ на это сообщение (ответ правилам форума не противоречил), а кто-то удалил мое сообщение. Детсад.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31547
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2366/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Я написал ответ на это сообщение (ответ правилам форума не противоречил), а кто-то удалил мое сообщение. Детсад.
Не я.
Не рассказывая о том, какой Вы умный, просто напишите "да", или "нет".

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31547
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2366/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Ещё, Александр (тот что Аббат).
Вам понятна разница между обзорной статьёй и статьёй, где автор предлагает собственный оригинальный метод?
Что, на Ваш взгляд ценее, пережёвывать жвачку из чужих наработок, или же измыслить пусть что-то местами корявое, но своё?

Вопрос риторический.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19291
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1354/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Мне в глаза бросилось, без всяких задних умов, сначала я прошерстил данные по I1 (поскольку мне эта гг интересна, по понятным причинам и интересны все методы которые могут дать результат) с некоторых пор начинаю сначала смотреть на исходные данные, а потом на их обработку. Далее начал внимательно читать статью, кусок по "аллелям" в абстракте несколько раз перечитал и пришел к тому же выводу, к которому пришел VVR, только писать не стал, поскольку у горе-автора появилось много заинтересованных защитников. А умный конечно же вы, главный редактор как никак. 

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Хватит выяснять отношения!
Не хватало, чтобы из-за этой статьи полфорума перегрызлось. А может автор этого и добивался? так сказать подрывная деятельность в тылу врага.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19291
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1354/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Для меня информативно, если что.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Ну правда, если удалять весь офф-топ по форуму, то надо будет удалять половину сообщений. Сам этим грешу (офф).

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #22 : 24 Август 2011, 23:28:12 »
1) модель Каржавина 2008 года имеет тяжкие последствия для датирования по полным форматам;
;D
А че это такое? ???
Ваше ... в мой адрес, к сожалению, не проясняет Вашего отношения к предложенному методу расчета.

Модератор: пост отредактирован.
Ответа на свой вопрос не получил, т.е., какие тяжкие последствия возникают от использования модели, которую я предложил? 
А свое отношение к Вашей работе проясню, найду время.
Вот не хотел никому портить настроение. Пожалуй,  сделаю асимметричный ответ, а именно, объясню, чем плохо делить маркеры на "медленные" и "быстрые" панели. Статистические расчеты по данной теме уже проделаны, возразить на них не будет никакой возможности, поскольку опираются на арифметику из области теории вероятностей и мат. статистики ;D

Будет как анекдоте: "Пришла телеграмма с текстом: ВОЛНУЙТЕСЬ ТЧК ПОДРОБНОСТИ ПИСЬМОМ" ;D
« Последнее редактирование: 24 Август 2011, 23:35:09 от Каржавин »

Оффлайн AlexanderАвтор темы

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #23 : 25 Август 2011, 15:41:28 »
Будет как анекдоте: "Пришла телеграмма с текстом: ВОЛНУЙТЕСЬ ТЧК ПОДРОБНОСТИ ПИСЬМОМ" ;
Загадка достойная, чтобы поломать голову. Рискну предположить возможный вариант её решения. Известно, что 10 шт. 67-маркерных гаплотипов лучше, чем 67 шт. 10-маркерных. Разбиение на панели как бы снижает расчётное число маркеров (для каждой из панелей), соответственно, снижает точность. Этот минус может перекрыть плюс от более точного учёта возвратных мутаций. В итоге получим общий минус. (Не претендую, а только размышляю)...

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #24 : 25 Август 2011, 23:26:46 »
Будет как анекдоте: "Пришла телеграмма с текстом: ВОЛНУЙТЕСЬ ТЧК ПОДРОБНОСТИ ПИСЬМОМ" ;
Загадка достойная, чтобы поломать голову. Рискну предположить возможный вариант её решения. Известно, что 10 шт. 67-маркерных гаплотипов лучше, чем 67 шт. 10-маркерных. Разбиение на панели как бы снижает расчётное число маркеров (для каждой из панелей), соответственно, снижает точность. Этот минус может перекрыть плюс от более точного учёта возвратных мутаций. В итоге получим общий минус. (Не претендую, а только размышляю)...
Пока я не провел статистическое моделирование, для меня тоже было да-а-алеко не очевидно, можно ли делить маркеры по панелям, а если можно, то как. Вместе с тем, данная работа еще не закончена (чего-то я в настоящий момент разленился) .
Теперь по поводу возвратных мутаций. НЕТ ТАКОВЫХ ВООБЩЕ!!! Адамов в свое время ввел такое искусственное понятие лишь для сугубо конкретной задачи - внести поправочный член в линейный метод, чтобы компенсировать популяционный сдвиг (уменьшение оценки накопленного количества мутаций) для популяций малого объема. Я  бы ее назвал не "поправка на обратные мутации", а "поправка Адамова". Эта поправка действительно хорошо работает. и в общем то понятно, почему удобно ее трактовать как учет эффекта возврата значения аллели в предыдущее состояне в результате мутирования.
На самом деле возвратных мутаций в природе вообще не существует. Мутации бывают "положительные" (увеличившие значения аллеля) и "отрицательные" (уменьшившие значение аллеля). Именно по изменению аллеля в "плюс" или в "минус" мы принимаем решение о наличии мутации и определяем какя она есть: "положительная" или "отрицательная".
А что такое "возвратная мутация"? Свойство "возвратности" не является каким-то атрибутом, присущим самой мутации, а определяется только в сопоставлении с предыдущими мутациями. Вот в чем штука. А у нас до сих пор возвратные мутации в диалогах явно присутствуют как некие реальности.







Оффлайн AlexanderАвтор темы

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #25 : 26 Август 2011, 13:27:05 »
...возвратных мутаций в природе вообще не существует. Мутации бывают "положительные" (увеличившие значения аллеля) и "отрицательные" (уменьшившие значение аллеля)
Собственно, Вы заменяется один термин другим, скажем, более подходящим по природе явления. Но похоже, суть процесса от этого не меняется. Для модели их вобще можно было обозвать "событие 1" и "событие 2". А я надеялся, что Вы проговоритесь по поводу "телеграммы" (по сути).

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1049
  • Рейтинг +140/-1
Возвратная мутация - приводящая к дикому типу.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Возвратная мутация - приводящая к дикому типу.

Cовершенно верно. Термину уже сто лет, и нет никакого смысла его менять.
 
В филогении также используется равноценный термин - коалесцентная мутация. То есть - ведущая к предковому значению аллели.

Оффлайн AlexanderАвтор темы

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Возвратная мутация - приводящая к дикому типу.
Cовершенно верно. Термину уже сто лет, и нет никакого смысла его менять. В филогении также используется равноценный термин - коалесцентная мутация. То есть - ведущая к предковому значению аллели.
Дело даже не в том, что термин устоялся. Если есть вариант получше, почему бы его не предложить?
Дело в том, что значения аллеля могут не только увеличиваться (от предкового или родительской гаплогуппы), но и уменьшаться. Что особенно заметно на медленных маркерах. Пример: DYS388 12-->10 в некоторых ветвях R1a1. Тогда возвратной (обратной, back) мутацией будет положительная (возвращающая в "дикое" состояние). По идее, примеров динамики на уменьшение должно быть не меньше, чем на увеличение, если процесс - случайный.

Оффлайн Slavar

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-3
  • 297896
  • Y-ДНК: Ra1a1a-CTS3402+
  • мтДНК: U4a2a
Ну, так и почему ж таки плохо сортировать кашу из разнокалиберных часов, отличающихся по скорости хода в 1000 раз?
Александр (Киреев), 10-ть  67 маркерных лучше 67-ми 10 маркерных только в предположении, что у 67 маркерных все маркеры-часики тикают примерно с одинаковой скоростью. Вот в этом (не имеющем к реалиям никакого отношения) допущении и кроется заблуждение. Для большинства задач 10ть 12 маркерных (12FTDNA) дадут более достоверные датировки, чем 100 (1000 и т.д.) 67 маркерных (67FTDNA). Об этом и была статья. Мне казалось, что Вы поняли.
С.Каржавину. Что касается "обратных" мутаций, то они по всей статье идут в кавычках и сразу объяснено, что никакие они ни обратные, а самые что ни на есть обычные. Что касается "поправки Адамова", то она (в основном) так в статье и проходит - сдается, что впервые именно так и проходит. А метод Монте-Карло - это та же арифметика, я с ним на 4-м курсе в конце 70-х плотно познакомился, причем от того, кто его в СССР первым и внедрял для моделирования процессов взаимодействия ядерных частиц с веществом. Вы попробуйте методом Монте-Карло показать, что логарифмический метод имеет хоть какую-то основу. Успехов.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100