АвторТема: Обсуждение: Расчёт ВБОП по раздельным панелям Y-STR маркеров, отсортированных по  (Прочитано 10338 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderАвтор темы

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
По материалу Владислава попрошу поработать ... Александра.
Не совсем понял, что ко мне, а что к Аббату.
Я же как бы у Вас в штате. Что пришлёте, то и отрецензируем. Если будет не по силам, напишу. Да Вы и сами прекрасно знаете уровень, понимаете, что могу, а что нет.
Про турнир по одной выборке.
Уточню, что в работе Рыжкова проведён расчёт по 176 выборкам (соответственно число гаплотипов много больше). Для 92 из них проведено сравнение с линейным методом, и для нескольких - с методом ASD. Причём в ответ на замечание о необходимости такого сравнения. оно было сделано буквально в режиме он-лайн. То есть, одну-то выборку ему посчитать явно по силам.
Замечания оппонентов (кстати, кроме Аббата был ещё кто-то, то сейчас в теме его не нашёл, удалился? или я невнимательно поискал?) касались буквально десятка гаплотипов I. Причём в основном они касались не собственно гаплотипов, а их отнесения (к готам, снипам,культурам), то есть не влияли на расчёт. Пусть даже влияли. Какой процент ошибки мы получим? Пусть даже корифеи других гаплогрупп обнаружат по ошибке. Это крохи в общей массе.

Действительно серьёзное замечание может быть у С. Каржавина. По существу. Как я понял, (цитата): "только моделирование даст верный ответ, надо ли маркеры группировать по частоте мутаций или нет". Поэтому, прежде, чем объявлять турнир, стоило бы подождать его вердикта.

Интуитивно и по логике - стоит. Но с математикой, если она даст "стоп", уже не поспоришь.
« Последнее редактирование: 24 Август 2011, 12:09:10 от Centurion »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #1 : 22 Август 2011, 22:43:54 »
По материалу Владислава попрошу поработать ... Александра.
Не совсем понял, что ко мне, а что к Аббату.
Я же как бы у Вас в штате. Что пришлёте, то и отрецензируем. Если будет не по силам, напишу. Да Вы и сами прекрасно знаете уровень, понимаете, что могу, а что нет.
Про турнир по одной выборке.
Уточню, что в работе Рыжкова проведён расчёт по 176 выборкам (соответственно число гаплотипов много больше). Для 92 из них проведено сравнение с линейным методом, и для нескольких - с методом ASD. Причём в ответ на замечание о необходимости такого сравнения. оно было сделано буквально в режиме он-лайн. То есть, одну-то выборку ему посчитать явно по силам.
Замечания оппонентов (кстати, кроме Аббата был ещё кто-то, то сейчас в теме его не нашёл, удалился? или я невнимательно поискал?) касались буквально десятка гаплотипов I. Причём в основном они касались не собственно гаплотипов, а их отнесения (к готам, снипам,культурам), то есть не влияли на расчёт. Пусть даже влияли. Какой процент ошибки мы получим? Пусть даже корифеи других гаплогрупп обнаружат по ошибке. Это крохи в общей массе.

Действительно серьёзное замечание может быть у С. Каржавина. По существу. Как я понял, (цитата): "только моделирование даст верный ответ, надо ли маркеры группировать по частоте мутаций или нет". Поэтому, прежде, чем объявлять турнир, стоило бы подождать его вердикта.

Интуитивно и по логике - стоит. Но с математикой, если она даст "стоп", уже не поспоришь.

По математике пусть пройдутся Каржавин и Адамов, может VVR, спору нет. Однако то как вы относитесь к исходным данным смущает, я выделил неутыки ТОЛЬКО по гг I1 и вон сколько сразу посыпалось и еще не все смотрел, если копнуть дальше, то думается результат будет не лучше. Я сразу об этом говорил, вспоминая об "солнечном шейпинге", потому что там с данными такая же песня. Так что не убедительно.

Оффлайн AlexanderАвтор темы

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #2 : 23 Август 2011, 10:30:47 »
...то как вы относитесь к исходным данным смущает, я выделил неутыки ТОЛЬКО по гг I1 и вон сколько сразу посыпалось и еще не все смотрел, если копнуть дальше, то думается результат будет не лучше.
Дело в том, что в работе есть специальный раздел "требования" к образцам сравнения. Основное требование - большое число гаплотипов в выборке. Но их увеличение приходит в противоречие с однородностью выборки. Проснипованность комвыборок слабая, что конечно затрудняет процесс и вносит неопределённость. Чтобы обойти этот момент предложена абсолютная калибровка, при которой особых требований к однородности нет. там остаётся ошибка только для быстрых маркеров.
Отбор гаплотипов проводился вручную и возрасты оценивались по реперным маркерам. Поэтому во-первых, даже если в выборку попадает "чужой", это не вносит существенной ошибки. Во-вторых, внимание обращалось на собственно нужные для расчёта гаплотипы. Их отнесения ("германские" или какие ещё) даны скорее для собственной (и читателя) ориентировки, можно было бы просто пронумеровать выборки. И сейчас понятно, что это было бы более верно.
Вы правы в том, что я при рецензировании недоучёл того, что в такой массе отнесений наверняка найдутся оппоненты, которые укажут на неизбежные ошибки и спорные названия. А это в свою очередь принизит ценность основной идеи. Для работы, описывающей метод, раздел "приложения" не обязателен, он мог бы послужить основой для следующей статьи, в которой автор описал бы своё историческое видение. Но и автора можно понять. Ведь так хочется смешать всё в одну кучу. И в этом случае рецензент уже не указ. Свою недоработку я признаю. Но теперь дело за автором. Он должен как-то ответить на критику. Для этого критические замечания нужно изложить и предъявить, наверное, с помощью журнала, потому что тут на молгене, зарегистрирован автор или нет, мне неизвестно.
« Последнее редактирование: 23 Август 2011, 11:20:30 от Alexander »

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5515
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1644/-11
  • Главный редактор RJGG
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #3 : 23 Август 2011, 10:33:22 »
Цитировать
тут на молгене, зарегистрирован автор или нет, мне неизвестно.
Он зарегистрирован. Но заходит нечасто.

Оффлайн Slavar

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-3
  • 297896
  • Y-ДНК: Ra1a1a-CTS3402+
  • мтДНК: U4a2a
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #4 : 23 Август 2011, 13:14:59 »
Ответ рецензента очень точен. Добавлю, что представив 176 датировок разных кланов (которые мне пришлось отбирать из соответствующих проектов, сортировать, ранжировать по маркерам, пересчитывать по 7-ми отдельным панелям и перекрестно сравнить базовые гаплотипы), я, наверное, имел хоть какое-то право на одну страничку касательно их возможного (и это подчеркнуто) отнесения к известным археологическим культурам/феноменам? Тем более имея таблицу-древо из более, чем 300 базовых гаплотипов в формате 67FTDNA? Тем более, имея краниометрическую информацию, основанную на ТОЧНЫХ расчетах по 6-ти стабильным (расовым) маркерам около 500 популяций так или иначе завязанных на Русскую равнину и Европу? На критику "с забора" нет смысла отвечать. Если человек не может разобраться в элементарных алгебраических выкладках, о чем с ним можно разговаривать? Он призывает Каржавина и Адамова разобраться в моей математике, не понимая того, что "моя математика" вытекает из моделей и формул Каржавина и Адамова. Своей работой и абсолютной калибровкой я лишь дал богатый экспериментальный материал, показывающий, что:
1) модель Каржавина 2008 года имеет тяжкие последствия для датирования по полным форматам;
2) поправка Адамова на обратные мутации действительно работает, но должно применяться для отдельных ранжированных панелей.
К сожалению, мало места посвятил ASD, который некоторые незаслуженно отпинывают. Считать ASD начал с подачи рецензента и в режиме он-лайн выдал лишь около 5-6 датировок. Сейчас ссчитаю в параллели с линейным с поправкой Адамова. Оба метода отлично дополняют друг друга. Пока выглядит так, что лучше считать обоими методами и усреднять датировки: иногда чуть выше датировки у линейного, а иногда у ASD. В целом, же при расчете по раздельным панелям они выдают близкие датировки.
Для желающих проверить мои выкладки в Приложении приведен состав задействованных выборок. Все просто - считайте, а потом критикуйте.

Оффлайн Slavar

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-3
  • 297896
  • Y-ДНК: Ra1a1a-CTS3402+
  • мтДНК: U4a2a
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #5 : 23 Август 2011, 13:28:56 »
Хотел бы затронуть тему "логарифмического метода" расчета датировок. В разделе выбора образцов у меня был соблазн коснуться этой темы, но не хотелось задевать людей, которые до сих пор на это "метод" ссылаются. На мой взгляд, это одно из алогичных заблуждений нашего общего гуру. Алогичных потому, что главный лозунг ДНК-генеалогии и любой компании, зарабатывающей Y-SNP и Y-STR - это "открой свой гаплотип и найдешь ближнего родственника". Тогда как "логарифмический метод" говорит: "Ерунда, никакой это не близкий родственник, а просто "Shit happens" - так карты легли. И вы на самом деле даже не седьмая, а 325-я вода на киселе". Где тут логика?
"Логарифмический метод" имеет базу для манипуляций на коротких форматах гаплотипов, а в формате 67FTDNA такой базы уже почти нет.
Редкие совпадения гаплотипов я третирую как ближних родственников и два совпадающих гаплотипа представляю в выборке одним. Совпадения очень характерны для восточных FTDNA проектов: приходят семьями, кланами, тейпами, ...
А на 111 маркерах будет ли какой-то шанс? А на 188? А известно более 300 Y-STR маркеров. А сколько их на самом деле? Ну, и главное, я, например, не представляю как из линейного или ASD можно строго вывести логарифмическую зависимость. Как не представляю и того, каким образом "кинетика 2-го порядка" может описывать случайный поток редких событий. 

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2762
  • Страна: ua
  • Рейтинг +614/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #6 : 23 Август 2011, 20:19:09 »
Прчитал статью Рыжкова. Пока бегло. Считаю, что статью следовало публиковать, но не спешить, а тщательнее поработать с автором. Есть и положительные моменты, есть и поле для критики и обсуждения.
Если автор готов отвечать на вопросы, можно было бы сразу выделить обсуждение в отдельную тему. Вопросов будет много. Жаль, что есть и откровенный и грубейший ляп(пока увидел один)- неправильное употребление термина "аллель".
Цитирую из абстракта "Предположено, что исходно все Y-STR маркеры человека имели около 12 аллелей и их среднее число в разных маркерах есть результат случайного дрейфа от этого значения." Ну то что само предположение, мягко скажем, малообоснованное пока касаться не буду. Но ведь не 12 аллелей, а 12 повторов в наиболее распространённом аллеле. Не среднее число аллелей, а среднее значение аллеля или среднее число повторов в аллеле.
Например, если в выборке в каком-либо маркере значение(число повторов) у 2 чел.-11, у 18 чел.-12, у 3 чел.-13, то аллелей три. Первый -11, второй -12, третий -13. Жаль , что при редактировании это также было пропущено.

Оффлайн AlexanderАвтор темы

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #7 : 23 Август 2011, 23:19:27 »
Не среднее число аллелей, а среднее значение аллеля
Это серьёзное замечание. Признаюсь, не знал. Спасибо за науку. Уточнил в публикациях, действительно, "значение" - и у С. Каржавина и у А. Клёсова. Но тут, спеши-не спеши, этой ошибки бы всё равно не заметил. Но обратите внимание - кроме Вас никто не обратил внимания, а ведь это в самом начале и должно бросаться в глаза...

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #8 : 23 Август 2011, 23:40:14 »
1) модель Каржавина 2008 года имеет тяжкие последствия для датирования по полным форматам;
А че это такое? ???

Оффлайн Slavar

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-3
  • 297896
  • Y-ДНК: Ra1a1a-CTS3402+
  • мтДНК: U4a2a
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #9 : 24 Август 2011, 11:21:34 »
Прчитал статью Рыжкова. Пока бегло. Считаю, что статью следовало публиковать, но не спешить, а тщательнее поработать с автором. Есть и положительные моменты, есть и поле для критики и обсуждения.
Если автор готов отвечать на вопросы, можно было бы сразу выделить обсуждение в отдельную тему. Вопросов будет много. Жаль, что есть и откровенный и грубейший ляп(пока увидел один)- неправильное употребление термина "аллель".
Автор уже отвечает. Ляп признается. Но непонятно каким образом переход на слэнг (вместо "повторы аллеля" на "число аллелей") может повлиять на результаты расчета? Начинать критику подхода с выпячивания ляпов, не имеющих отношения к самому методу расчета, вряд ли продуктивно.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5515
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1644/-11
  • Главный редактор RJGG
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #10 : 24 Август 2011, 11:27:16 »
Так, отклонились и перешли на личности, с этим - в Беседку или куда хотите, но не в этой ветке. Сообщения удалены.

Оффлайн Slavar

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-3
  • 297896
  • Y-ДНК: Ra1a1a-CTS3402+
  • мтДНК: U4a2a
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #11 : 24 Август 2011, 11:27:43 »
1) модель Каржавина 2008 года имеет тяжкие последствия для датирования по полным форматам;
А че это такое? ???
Ваше ... в мой адрес, к сожалению, не проясняет Вашего отношения к предложенному методу расчета. 

Модератор: пост отредактирован.
« Последнее редактирование: 24 Август 2011, 11:28:50 от пенелопа »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30787
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2266/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #12 : 24 Август 2011, 11:34:20 »
Коллеги,

Присоединяюсь к пенелопе.

Только по сути.
Без перехода на личности.
Без бесмысленных вскриков, типа, я так и знал.

И ещё.

VVR,

Может Вы найдёте возможность присоединится к чису рецензентов РЖГГ, пожалуйста?

*** Всё что мешает конструктивному обсуждению, из этой ветки будет вымарываться без всяких китайских предупреждений.
Не забывайте, что РЖГГ - это одно из немногих конкретных дел Молгена.

Всем творческих успехов и хорошего настроения!

:)

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: RJGG Vol.3 No.3 2011
« Ответ #13 : 24 Август 2011, 12:02:40 »
И дабы быть последовательным, вам стоит удалить вот эту часть сообщения Александра:

"Но обратите внимание - кроме Вас никто не обратил внимания, а ведь это в самом начале и должно бросаться в глаза..."

Иначе ваше последнее сообщение превращается в бессмысленный выкрик.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30787
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2266/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Вам бросилось в глаза?
Нет.
Задним умом все крепки.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100