1000 Genomes (проект 1000 геномов)

[Шад]

В каком формате должны быть данные для участия в проекте 1000 Genomes?
Могут ли туда приниматься raw data с FTDNA?

[Centurion]

В каком формате должны быть данные для участия в проекте 1000 Genomes?
Могут ли туда приниматься raw data с FTDNA?

В этом проекте секвенируют на ВЕСЬ геном, а не на смешные 300-500 тыс снипов 
поэтому вы в нем не можете принять участия

[Yurgan]

В каком формате должны быть данные для участия в проекте 1000 Genomes?
Могут ли туда приниматься raw data с FTDNA?

В этом проекте секвенируют на ВЕСЬ геном, а не на смешные 300-500 тыс снипов 
поэтому вы в нем не можете принять участия

Пока особых результатов у этого проекта не видно.

[Centurion]

Пока особых результатов у этого проекта не видно.

а что для вас особые?
у них цели - это просто секвенирование геномов, а практический результат - это вообще второе 

[Yurgan]

Пока особых результатов у этого проекта не видно.

а что для вас особые?
у них цели - это просто секвенирование геномов, а практический результат - это вообще второе 

Нам нужны снипы и побольше.

[Шад]

В каком формате должны быть данные для участия в проекте 1000 Genomes?
Могут ли туда приниматься raw data с FTDNA?

В этом проекте секвенируют на ВЕСЬ геном, а не на смешные 300-500 тыс снипов 
поэтому вы в нем не можете принять участия

То есть необходимо отдельно сдавать образец для тестирования? Тестирование делается на коммерческой или некоммерческой основе?
Кто-нибудь из наших форумчан это делал?

[Valery]

То есть необходимо отдельно сдавать образец для тестирования? Тестирование делается на коммерческой или некоммерческой основе?
Кто-нибудь из наших форумчан это делал?

Это проект полного секвенирования 1000 образцов в основном собранных в рамках HGDP/CEPH. Частных клиентов туда не принимают. В основном это образцы из очень глухих популяций, за исключением разве что старых добрых CEU, Японии и Китая.

[Centurion]

То есть необходимо отдельно сдавать образец для тестирования? Тестирование делается на коммерческой или некоммерческой основе?
Кто-нибудь из наших форумчан это делал?

Это научный проект.

[Valery]

Кстати образцы общедоступны, из них сделали клеточную линию. Техника примерно такая: лимфоциты заражают Эпштейн-Барром и они превращаются в бессмертные раковые клетки, типа ЛГМовых или лейкотических бластов.

[Yurgan]

Кстати образцы общедоступны, из них сделали клеточную линию. Техника примерно такая: лимфоциты заражают Эпштейн-Барром и они превращаются в бессмертные раковые клетки, типа ЛГМовых или лейкотических бластов.

Нам образцы не сильно нужны, были бы представлены геномы каждого.

[Valery]

Кстати образцы общедоступны, из них сделали клеточную линию. Техника примерно такая: лимфоциты заражают Эпштейн-Барром и они превращаются в бессмертные раковые клетки, типа ЛГМовых или лейкотических бластов.

Нам образцы не сильно нужны, были бы представлены геномы каждого.

Да будет все, иностранцы обычно шустрые. Вот академик Скрябин русского сделал 2 года назад, и где браузер?

[Centurion]

Нам образцы не сильно нужны, были бы представлены геномы каждого.

Так они там и представлены, качайте.

[Yurgan]

Нам образцы не сильно нужны, были бы представлены геномы каждого.

Так они там и представлены, качайте.

Скачал, а что дальше делать, какой программой открыть, там по 700 Мб и больше?

[Centurion]

Нам образцы не сильно нужны, были бы представлены геномы каждого.

Так они там и представлены, качайте.

Скачал, а что дальше делать, какой программой открыть, там по 700 Мб и больше?

на форуме выкладывали инструкцию. там все нетривиально.

upd http://forum.molgen.org/index.php/topic,2347.msg76577.html#msg76577

[Yurgan]

Нам образцы не сильно нужны, были бы представлены геномы каждого.

Так они там и представлены, качайте.

Скачал, а что дальше делать, какой программой открыть, там по 700 Мб и больше?

на форуме выкладывали инструкцию. там все нетривиально.

upd http://forum.molgen.org/index.php/topic,2347.msg76577.html#msg76577

Спасибо.