АвторТема: Family Finder vs GEDmatch  (Прочитано 20745 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #45 : 26 Август 2014, 11:41:17 »
А разве гедматч считает сегменты? Он, вроде, чужие данные пересчитывает
Gedmatch пользуется другой картой генетических расстояний, отчего длина сегментов может различаться (в большинстве случаев незначительно, но где-то вполне заметно)
По поводу фона я бы поспорил. Фрагменты менее 1 - это точно фон. Как я понял, фрагменты типа 8,6 могут проявляться в генетически замкнутых группах, и тогда можно говорить о многовековой разнице.
В замкнутых может быть и 30.  8,6 это не такой уж большой сегмент, он легко бывает и в незамкнутых.

Например, вот список научных выборок, с людьми из которых у меня нашлись сегменты в промежутке 9-11 сМ (8-9 еще больше):
Abkhazian
Balt
Basque
British
Bulgarian
Chuvash
Hungarian
Iranian
Italian
Karelian
Kumyk
Norwegian
Polish
Russian-North
Russian-South
Saami
Sardinian
Tatar-Kazan
Turkmen
Veps

Размеры выборок - 10-25 человек

Оффлайн Nilly

  • Сообщений: 9
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #46 : 26 Август 2014, 12:11:55 »
Gedmatch пользуется другой картой генетических расстояний, отчего длина сегментов может различаться (в большинстве случаев незначительно, но где-то вполне заметно)
То есть Гедматч определил длину общего сегмента, как 8,6 сМ. А ФТДНА мог посчитать его, как меньший 7,7. Последний совпаденец в ФТДНА имеет наибольший сегмент в 7,7 сМ. Может потому и не показал.

GEDmatch.Com Autosomal Comparison
Comparing Kit F345870 and F344864
Minimum threshold size to be included in total = 700 SNPs
Mismatch-bunching Limit = 350 SNPs
Minimum segment cM to be included in total = 7.0 cM

Chr    Start Location    End Location    Centimorgans (cM)    SNPs
12   10054339   13986181   8.6   1323
Largest segment = 8.6 cM
Total of segments > 7 cM = 8.6 cM
Estimated number of generations to MRCA = 6.7

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #47 : 26 Август 2014, 12:14:18 »
Я сделал аутосомы своему дяде и отметил, что у него с несколькими нашими форумчанами меньше совпадений, чем у меня.
Да и Gedmatch показал тоже.
У меня явно сборные УПСЫ.
То же самое у сына нашего форумчанина.
У его сына больше совпадений со мной, чем у него.
Т.е. у сына тоже сборные УПСЫ и наверняка родство по двум линиям и в том и другом случае.

И еще одна особенность.
У одного человека FTDNA не показало родство с его родственником по документам, а Gedmatch показал, что общй большой кусок все таки есть, но чуть чуть разорван посредине.
Поэтому близкостоящие УПСы надо считать за один.
И польза от Gedmatcha есть.

Оффлайн varang

  • Сообщений: 5364
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1823/-8
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777
  • мтДНК: H2a1
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #48 : 26 Август 2014, 12:17:55 »
плюс к тому в гедматче пока встречаются разные косячки.
типа пишет мне болгарка, у которой 7+ сМ со мной сегмент.
я ее нашел в таблице совпаденцев. ставлю ее 1-на-1 с порогам в 2сМ, а там общие сегменты только 2,9 и 2,1 сМ. но зато такие сегменты есть совершенно по разным хромосомам со всеми моими родственниками по обеим линиям.
« Последнее редактирование: 26 Август 2014, 12:26:18 от varang »

Оффлайн varang

  • Сообщений: 5364
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1823/-8
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777
  • мтДНК: H2a1
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #49 : 26 Август 2014, 12:19:18 »

И польза от Gedmatcha есть.

безусловно

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #50 : 26 Август 2014, 12:20:51 »
У меня явно сборные УПСЫ.
Я даже скажу больше, практически любой УПС состоит из настоящей и "мнимой" (то есть сборной) части. Просто у длинных УПСов сборная часть сравнительно невелика по сравнению с общей длиной.
Цитировать
У одного человека FTDNA не показало родство с его родственником по документам, а Gedmatch показал, что общй большой кусок все таки есть, но чуть чуть разорван посредине.
Поэтому близкостоящие УПСы надо считать за один.
Та же история - три УПСА идут впритык, в сумме около 20 сМ. А поодиночке максимальный ЕМНИП около 11. Явно пару снипов или прогенотипировали неправильно, или ориентация перепутана.

Оффлайн Елена Александровна

  • Сообщений: 2838
  • Страна: by
  • Рейтинг +800/-2
  • U5a1d2a1 Гедматч - M125805
  • Y-ДНК: R1a1a: отец 248308, сын 260304, дед по маме 249367
  • мтДНК: U5a1d2a1 - я; МЖМЖ U5
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #51 : 27 Август 2014, 08:46:41 »
Согласна, что есть доля сборных.
Но у меня только двое из 25-ти было, как я кроме мамы отцу FF  сделала.

Так что не пугайте народ. Небольшой их процент!

У троюродного брата отца самый близкий ( не из моих) оказался составным, после получения результата его мамы.
У сына            53,46 сМ  и  Longest Block: 13,32сМ
У его мамы     38,72 сМ  и  Longest Block: 13,73сМ

Но всё равно умница FTDNA  поставил её раньше по родству.

« Последнее редактирование: 29 Август 2014, 00:27:43 от Елена Александровна »

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #52 : 08 Декабрь 2014, 15:20:16 »
Заметил странную вещь:
В FF у меня есть с десяток кузенов, профили которых имеются на Гедматче. И при этом со мной все они там по нулям.
Эти кузены устойчивы у меня, отца и деда.
Кому больше доверять ???
Может все эти аутосомные сервисы выдают технические лаги, а мы верим :)

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #53 : 08 Декабрь 2014, 15:39:46 »
Т.е. выходит, что Гедматч не видит такие устойчивые (в несколько поколений) сегменты, особенно те, где на одном участке - несколько человек. 

Может это конкретно мой случай :(

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #54 : 08 Декабрь 2014, 15:58:13 »
Проверил еще раз с минимальной величиной сегмента.
Нет и все.
Вот тебе, бабушка, и Юрьев день (с) и аутосомы 8)

Оффлайн Scirwudu

  • Сообщений: 186
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-1
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #55 : 01 Апрель 2016, 20:32:50 »
Кто-то писал, не могу найти. Может быть, кто-то знает. Можно ли загрузить данные из FamilyFinder на gedmatch в формате 23andme ?

Оффлайн TAM

  • Сообщений: 130
  • Страна: ru
  • Рейтинг +25/-0
  • Y-ДНК: I2a
  • мтДНК: H17a
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #56 : 01 Апрель 2016, 21:28:50 »
Кто-то писал, не могу найти. Может быть, кто-то знает. Можно ли загрузить данные из FamilyFinder на gedmatch в формате 23andme ?
Кажется, давали такой совет:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,2254.msg333371.html#msg333371

Оффлайн serg7

  • Сообщений: 3
  • Страна: ua
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: R1a1
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #57 : 05 Апрель 2016, 14:06:40 »

безусловно


Смотря какой этноненогеографический калькулятор использовать

Оффлайн alminko

  • Сообщений: 213
  • Страна: ru
  • Рейтинг +64/-0
  • Y-ДНК: R-M269
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #58 : 12 Июнь 2016, 23:02:31 »
Добрый вечер. Провёл я вычисления с помощью этнокалькулятора MDLP K13 Ultimate Oracle своих результатов из FTDNA и вот что получил:
1-й блок:
MDLP K13 Ultimate Oracle results:
MDLP K13 'Ultimate' Oracle
Kit F426583
Admix Results (sorted):
#   Population   Percent
1    ENF    36.03
2    WHG-UHG    30.14
3    ANE    24.12
4    Caucas-Gedrosia    6.62
5    Siberian    1.48
6    Arctic    1.16
7    Amerindian    0.29
8    EastAsian    0.07
9    Paleo-African    0.06
10    Oceanian    0.05

2-й блок:
Single Population Sharing:

#   Population (source)   Distance
1    Don_cossack    2.68
2    East-Belarusian    3.08
3    Russian_Voronezh    3.16
4    Russian_Smolensk    3.22
5    Russian    3.38
6    South-Russian    3.51
7    Russian_Kursk    3.51
8    Center-Russian    3.57
9    Russian_Orjol    3.71
10    Russian_Tver    3.98
11    Poland    4.15
12    West-Belarusian    4.58
13    Ukranian    4.67
14    Swedish    4.73
15    German    5
16    Slovak    5.07
17    Inkeri    5.14
18    Polish    5.29
19    Vepsa    5.39
20    Russia    5.66

3-й блок:
Mixed Mode Population Sharing:

#       Primary Population (source)    Secondary Population (source)    Distance
1        72.3%   Russian_Tver    +    27.7%   Germany_South    @    1.77
2        61%   Center-Russian    +    39%   Inkeri    @    1.83
3        67.2%   East-Belarusian    +    32.8%   Vepsa    @    1.83
4        76.9%   Russian    +    23.1%   Germany_South    @    1.91
5        92.4%   Poland    +    7.6%   Hazara-Afghan    @    1.92
6        64.8%   Russian_Smolensk    +    35.2%   Inkeri    @    1.93
7        94.9%   East-Belarusian    +    5.1%   Hazara-Afghan    @    1.93
8        82.6%   Russian_Tver    +    17.4%   Swiss    @    1.94
9        96.6%   East-Belarusian    +    3.4%   Brahui    @    1.94
10        96.3%   East-Belarusian    +    3.7%   Makrani    @    1.95
11        69.6%   Russian_Tver    +    30.4%   Hungary    @    1.95
12        96.4%   East-Belarusian    +    3.6%   Balochi    @    1.95
13        71.7%   Russian_Tver    +    28.3%   Austria    @    1.95
14        96.5%   East-Belarusian    +    3.5%   Pathan    @    1.95
15        96.2%   East-Belarusian    +    3.8%   Burusho    @    1.96
16        75.5%   Russian    +    24.5%   Welsh    @    1.98
17        85.8%   Russian    +    14.2%   Swiss    @    1.98
18        67%   Russian_Voronezh    +    33%   Vepsa    @    1.98
19        94.4%   East-Belarusian    +    5.6%   Tajik    @    1.99
20        96.7%   East-Belarusian    +    3.3%   Kalash    @    1.99

Вот и все. В связи с этим новые вопросы:
1. Что за аббревиатуры в 1-м блоке данных?
2. Те российские города во втором блоке-это оттуда корни мои? И у меня родство с донскими казаками?? Что означает цифра дистанции?
3. А вот третий блок очень любопытный. Что означает Primary and Secondary Population??? У меня в роду вепсы??? Кто такие Inkeri, Tajik, Kalash?
В общем, обыкновенный вопрос-как это все понимать??? Я специально пока не занимался этнокалькулятором, но время такое настало.
 

Оффлайн Stanislav S

  • Сообщений: 602
  • Страна: ru
  • Рейтинг +132/-4
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2b3
  • мтДНК: H3
Re: Family Finder vs GEDmatch
« Ответ #59 : 17 Июнь 2016, 14:36:31 »
Добрый вечер. Провёл я вычисления с помощью этнокалькулятора MDLP K13 Ultimate Oracle своих результатов из FTDNA и вот что получил:
1-й блок:
MDLP K13 Ultimate Oracle results:
MDLP K13 'Ultimate' Oracle
Kit F426583
Admix Results (sorted):
#   Population   Percent
1    ENF    36.03
2    WHG-UHG    30.14
3    ANE    24.12
4    Caucas-Gedrosia    6.62
5    Siberian    1.48
6    Arctic    1.16
7    Amerindian    0.29
8    EastAsian    0.07
9    Paleo-African    0.06
10    Oceanian    0.05

2-й блок:
Single Population Sharing:

#   Population (source)   Distance
1    Don_cossack    2.68
2    East-Belarusian    3.08
3    Russian_Voronezh    3.16
4    Russian_Smolensk    3.22
5    Russian    3.38
6    South-Russian    3.51
7    Russian_Kursk    3.51
8    Center-Russian    3.57
9    Russian_Orjol    3.71
10    Russian_Tver    3.98
11    Poland    4.15
12    West-Belarusian    4.58
13    Ukranian    4.67
14    Swedish    4.73
15    German    5
16    Slovak    5.07
17    Inkeri    5.14
18    Polish    5.29
19    Vepsa    5.39
20    Russia    5.66

3-й блок:
Mixed Mode Population Sharing:

#       Primary Population (source)    Secondary Population (source)    Distance
1        72.3%   Russian_Tver    +    27.7%   Germany_South    @    1.77
2        61%   Center-Russian    +    39%   Inkeri    @    1.83
3        67.2%   East-Belarusian    +    32.8%   Vepsa    @    1.83
4        76.9%   Russian    +    23.1%   Germany_South    @    1.91
5        92.4%   Poland    +    7.6%   Hazara-Afghan    @    1.92
6        64.8%   Russian_Smolensk    +    35.2%   Inkeri    @    1.93
7        94.9%   East-Belarusian    +    5.1%   Hazara-Afghan    @    1.93
8        82.6%   Russian_Tver    +    17.4%   Swiss    @    1.94
9        96.6%   East-Belarusian    +    3.4%   Brahui    @    1.94
10        96.3%   East-Belarusian    +    3.7%   Makrani    @    1.95
11        69.6%   Russian_Tver    +    30.4%   Hungary    @    1.95
12        96.4%   East-Belarusian    +    3.6%   Balochi    @    1.95
13        71.7%   Russian_Tver    +    28.3%   Austria    @    1.95
14        96.5%   East-Belarusian    +    3.5%   Pathan    @    1.95
15        96.2%   East-Belarusian    +    3.8%   Burusho    @    1.96
16        75.5%   Russian    +    24.5%   Welsh    @    1.98
17        85.8%   Russian    +    14.2%   Swiss    @    1.98
18        67%   Russian_Voronezh    +    33%   Vepsa    @    1.98
19        94.4%   East-Belarusian    +    5.6%   Tajik    @    1.99
20        96.7%   East-Belarusian    +    3.3%   Kalash    @    1.99

Вот и все. В связи с этим новые вопросы:
1. Что за аббревиатуры в 1-м блоке данных?
2. Те российские города во втором блоке-это оттуда корни мои? И у меня родство с донскими казаками?? Что означает цифра дистанции?
3. А вот третий блок очень любопытный. Что означает Primary and Secondary Population??? У меня в роду вепсы??? Кто такие Inkeri, Tajik, Kalash?
В общем, обыкновенный вопрос-как это все понимать??? Я специально пока не занимался этнокалькулятором, но время такое настало.

1. ENF - European Neolitic Farmers, WHG - West Hunters Gatherers, ANE - Ancient North Eurasian.
2. Дистанция: чем  меньше цифра, тем ближе Ваш генотип к усредненному значению генотипа той или иной популяции. Не обязательно, что Ваши предки были донскими казаками, но Ваш генотип из всех известных программе  популяций ближе всего именно к ним.
3. Программа пытается расшифровать Ваш генотип как микст из двух разных популяций и перебирает возможные варианты. Это работает для американцев, у которых могут быть в предках люди разных рас, в Вашем же случае советую просто не обращать на это внимание. Вы - достаточно типичный центрально-южно русский, без каких либо значимых признаков иного субстрата.
Inkeri - ингры, ингерманландские финны, Tajik - таджики, Kalash - калаши, памирские индо-иранцы.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.