Нет такой системы. Нужно строить деревья, включая в них ВСЕ ДОСТУПНЫЕ СИКВЕНСЫ субклады, к которой относятся сравниваемые типы, и определять возраст наименьшей общей ветви включающей оба типа. Это не У, здесь одна мутация вскакивает за тысячи лет а не сотни.