АвторТема: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c  (Прочитано 17330 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Пересчитал возраст выборки из статьи М.Деренко - имеем 732 мутации на 236 12-маркерных (D393, D390, D19, D391, D385a, D385b, D439, D389I, D392, D389II, D437, D438) гаплотипов при скорости 0,0018 (
Анатолий Алексеевич! подскажите пожалуйста - можно ли использовать эту скорость для данного набора маркеров?

426 slow 0.00009 FTDNA, SMGF
388 slow 0.00022 FTDNA, SMGF
**********VS**********
438 slow 0.00055 FTDNA, SMGF
437 slow 0.00099 FTDNA, SMGF

) имеем 3550-4300 (25-30 лет пок.)
Но! Если исключить 30 одинаковых бурятских гаплотипов (оставив 1 и изменив модальный), то получим дату 4000-4750 для общего предка N1c & N1b, при возрасте предка для N1b - 1850-2250, для N1c - 2550-3050 или 2850-3450 без бурят.

В статье "Migration Waves to the Baltic Sea Region" Lappalainen_et_al_2008 566 10-маркерных (D393, D390, D19, D391, D385a, D385b, D388, D389I, D392, D389II-I) гаплотипов N1c имеют 1323 мутации, а какую скорость использовать не знаю dry.gif  при использовании скорости 0,002 получим 3000-3500 лет до общего предка N1c в Северо-Восточной Европе - Скандинавии без России.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #1 : 04 Июнь 2009, 22:42:26 »
Я тут прикинул возраст последнего общего предка N, N1c и финнов N1c исходя из 168 гаплотипов 67-Y-DNA
За основу приняты гаплотипы предков из сообщения, скорость 0,0018.

Для 168 гаплотипов N количество отклонений 5 170, возраст 6 379 лет.
Для 165 гаплотипов N1c количество отклонений 5 080, возраст 6 268 лет.
Для финнов 69 гаплотипов N1c количество отклонений 699 (от гаплотипа предка финнов), возраст 863 года.

Что-то напоминающее правду для N1c, но для финнов очень уж мало.

Уважаемый aklyosov, ткните меня носом в ошибку, ежели такая есть.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #2 : 04 Июнь 2009, 22:42:40 »
Насколько я понимаю, главная наша ошибка в расчёте возраста нашей гаплогруппы - это расчёт от модала. На данном этапе это - огромная ошибка. В базе очень большое количество финнов, прошедших дрейф. Модал съехал и оказался в рядах финнов.

Если же наше дерево расчесать и найти предка каждой веточки, тогда можно считать возраст, но только по разностям значений маркеров от галотиппа предка. В результате мы можем приблизиться к реальному возрасту гаплогруппы.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #3 : 04 Июнь 2009, 22:47:53 »
aklyosov:

>Я тут прикинул возраст последнего общего предка N, N1c и финнов N1c исходя из 168 гаплотипов 67-Y-DNA
За основу приняты гаплотипы предков из сообщения, скорость 0,0018.

Для 168 гаплотипов N количество отклонений 5 170, возраст 6 379 лет.
Для 165 гаплотипов N1c количество отклонений 5 080, возраст 6 268 лет.
Для финнов 69 гаплотипов N1c количество отклонений 699 (от гаплотипа предка финнов), возраст 863 года.

Что-то напоминающее правду для N1c, но для финнов очень уж мало.

Если я правильно понимаю, в 168 67-маркерных гаплотипов гаплогруппы N есть 5170 мутаций (в среднем 0.4593 мутаций на маркер). Это - 6700 лет до общего предка.
В 165 67-маркерных гаплотипов гаплогруппы N1с есть 5080 мутаций (0.4595 мутаций, то есть практически то же самое). Как могло оказаться меньше лет - не понимаю. Это - те же 6700 лет до общего предка.
699 мутаций в 69 67-маркерных гаплотипах (0.151 мутаций на маркер) - это 1875 лет до общего предка.

Если хотите данные поточнее, или просто уточнить, дайте мне количество мутаций на первые 25 маркеров в каждой из трех серий. Это более надежно. Там и модальный гаплотип легче выявить.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #4 : 04 Июнь 2009, 22:59:39 »
Уважаемый aklyosov, не подскажете, в чём моя ошибка? Считал по формуле [суммарноеколичество мутаций]/([количество гаплотипов]*67*0,0018)*25

Цитировать
Если хотите данные поточнее, или просто уточнить, дайте мне количество мутаций на первые 25 маркеров в каждой из трех серий. Это более надежно. Там и модальный гаплотип легче выявить.
При тех же исходных для 25 первых маркеров, скорость 0,0018:

N разница 2 191 возраст 7 245 лет
N1c разница 2 147 возраст 7 229 лет
N1c финны разница 1 101 возраст 658 лет

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #5 : 04 Июнь 2009, 23:00:07 »
Цитата: aklyosov
>(67-маркерные гаплотипы) Для финнов 69 гаплотипов N1c количество отклонений 699 (от гаплотипа предка финнов), возраст 863 года.

>(25-маркерные гаплотипы) N1c финны разница 1 101 возраст 658 лет


Что-то я не понял. На 25 маркерах больше мутаций, чем на 67 маркерах?

Или "разница" - это что-то иное?

Напишите просто, сколько мутаций от базового гаплотипа на 25-маркерных гаплотипах для 168, 165 и 69 гаплотипах в серии, соответственно. И я поясню. Формула Ваша неверна.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #6 : 04 Июнь 2009, 23:00:24 »
Цитировать
>(25-маркерные гаплотипы) N1c финны разница 1 101 возраст 658 лет
Что-то я не понял. На 25 маркерах больше мутаций, чем на 67 маркерах?
Прошу прощения. Вносил изменения в сообщение и не проверил, что сохранилось.
(25-маркерные гаплотипы) N1c финны разница 219 возраст 658 лет.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #7 : 04 Июнь 2009, 23:01:26 »
Цитата: aklyosov
Итак, для следующих условий (25-маркерные гаплотипы):

N, 168 гаплотипов, 2191 мутаций, 0.522 мутаций на маркер
N1c, 165 гаплотипов, 2147 мутаций, 0.520 мутаций на маркер
N1c финны, 69 поколений, 219 мутаций, 0.127 мутаций на маркер

времена до общего предка составляют соответственно
10,100 лет,
10,050 лет
1,900 лет

Заметьте, для 67-маркерных гаплотипов это было равно
6,700 лет
6,700 лет
1,875 лет

Еще заметьте, что для финнов 25- и 67-маркерные дали практически полное совпадение, а для остальных - заметная разница. Это говорит о том, что скорости мутаций как таковые не являются ошибочными, а фокус в самих гаплотипах, в структуре их мутаций. Вполне возможно, что выборки неоднородны, и древние гаплотипы (обе серии) содержат больше, чем одного общего предка. Как правило, для древних гаплотипов так и бывает.

Для проверки этого дела мне нужно знать (как минимум) число одинаковых 12-маркерных гаплотипов (то есть базовых) в каждой их трех серий. Если туда затесался молодой предок, то число этих базовых будет непропорционально много. Это и покажет, что счет некорректен, поскольку некорректна выборка. Но все это поправимо.

Теперь - почему формула неверна. Точнее, неверны коэффициенты. Для таких сроков необходимо учитывать возвратные мутации, которые Вы не учли. Об этом - в Вестнике, выпуски 2, 4, и будет в 5.
Перейти в начало страницы

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #8 : 04 Июнь 2009, 23:01:35 »
Перелопатил работы уважаемого aklyosov, получилось:
Количество маркеров 67
Скорость мутаций 0,0022

Для выборки 168 гаплотипов N:
Количество мутаций 5 170
Возраст без учёта возвратных мутаций 5 219
Возраст с учётом возвратных мутаций 10 055
Для выборки 165 гаплотипов N1с:


Количество мутаций 3 357
Возраст без учёта возвратных мутаций 3 451
Возраст с учётом возвратных мутаций 4 960
Для выборки 69 гаплотипов финнов N1с:


Количество мутаций 699
Возраст без учёта возвратных мутаций 1 718
Возраст с учётом возвратных мутаций 2 008

Количество маркеров 25
Скорость мутаций 0,0018

Для выборки 168 гаплотипов N:
Количество мутаций 2 191
Возраст без учёта возвратных мутаций 7 245
Возраст с учётом возвратных мутаций 11 894

Для выборки 165 гаплотипов N1с:
Количество мутаций 1 544
Возраст без учёта возвратных мутаций 5 199
Возраст с учётом возвратных мутаций 9 936 (очуметь)
Для выборки 69 гаплотипов финнов N1с:


Количество мутаций 219
Возраст без учёта возвратных мутаций 1 763
Возраст с учётом возвратных мутаций 2 070

Количество маркеров 12
Скорость мутаций 0,0020

Для выборки 168 гаплотипов N:
Количество мутаций 961
Возраст без учёта возвратных мутаций 6 621
Возраст с учётом возвратных мутаций 13 853

Для выборки 165 гаплотипов N1с:
Количество мутаций 396
Возраст без учёта возвратных мутаций 2 778
Возраст с учётом возвратных мутаций 3 188

Для выборки 69 гаплотипов финнов N1с:
Количество мутаций 153
Возраст без учёта возвратных мутаций 2 566
Возраст с учётом возвратных мутаций 2 880
Похоже, я ещё не всю литературу перелопатил. Буду глядеть дальше.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #9 : 04 Июнь 2009, 23:02:26 »
Цитировать
Пересчитал возраст выборки из статьи М.Деренко - имеем 732 мутации на 236 12-маркерных (D393, D390, D19, D391, D385a, D385b, D439, D389I, D392, D389II, D437, D438) гаплотипов при скорости 0,0018 (
Анатолий Алексеевич! подскажите пожалуйста - можно ли использовать эту скорость для данного набора маркеров?

426 slow 0.00009 FTDNA, SMGF
388 slow 0.00022 FTDNA, SMGF
**********VS**********
438 slow 0.00055 FTDNA, SMGF
437 slow 0.00099 FTDNA, SMGF

имеем 3550-4300 (25-30 лет пок.)
Да при скорости 0,0018, получаем 3 590, с учётом возвратных мутаций, 4 512

Цитировать
В статье "Migration Waves to the Baltic Sea Region" Lappalainen_et_al_2008 566 10-маркерных (D393, D390, D19, D391, D385a, D385b, D388, D389I, D392, D389II-I) гаплотипов N1c имеют 1323 мутации, а какую скорость использовать не знаю dry.gif  при использовании скорости 0,002 получим 3000-3500 лет до общего предка N1c в Северо-Восточной Европе - Скандинавии без России.
Чего-то у меня получилось при скорости 0,002, получаем 2 922, с учётом возвратных мутаций, 3 922

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #10 : 04 Июнь 2009, 23:02:47 »
Цитата: aklyosov
Скорость подходит для 12- и 25-маркерных гаплотипов (точнее, 0.00183 на маркер на поколение), но при 3590 лет (расчитанных для "линейной модели") будет 4200 лет с учетом ВМ. Вообще писать "4512" не есть хорошо, принимая во внимание погрешности. Хотя бы уж с точностью до поколения (25 лет), и то, конечно, чудовищно щавышенная точность при таких временных интервалах.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #11 : 04 Июнь 2009, 23:03:12 »
Цитата: Andr
obryi den',

U menia yest' smysl, shtoby ischislit' skorost' mutatsii na gaplotip (37 markerovyi) i na stoletie. Teper' shitayut na pokoleniye.

Sevodnia payavilis' pervyie 12 markerov u Nikolaia Rzhevskovo (budet 37). On v polnostiu saglasen s Shahovskom. Vskore budet 37-mi markerovyi gaplotip 3-vo Gagarina (yesli on ne praiskhodit iz Rurikovichei vazmozhna budet dabavit' testa Andreyiu Petrovichu Gagarinu do 37-mi markerov). V liubom sluchae vazmozhna budet' ischislit' tochno skorost' mutatsii : Solomin - Rzhevsky, Solomin - Gagarin, Gagarin - Rzhevsky. Delo v tom kak eto sdelat' ?

Po saitu Kerchnera http://www.kerchner.com/cgi-kerchner/ystrmutationrate.cgi izvestno, shto skorost' mutatsii razna v raznykh semiakh. Po moiemu, kto-to prosto ashibilsia. Ya napisal Kerchneru ob etom (vnizu), no on v kantse-kantsov atvetil, shtoby nie bezpakoit' yevo.

U mienia takoi primier : patomki kniazia iz Rurikovichei, katoryi radilsia n.p. v 1000 godu, v etom godu (2008) sdelali Y-DNKa testy. Vo dinastii Rurikovichei adno koleno schitaetsia 36.3 let po sredniemu. Dazhe svai testy sdelali dva patomki krestianina, katoryi dazhe radilsia v 1000-m godu. No u krestian adno koleno shchitaetsia np. 25 liet.

Mnie kazhetsia, shto razstayaniye (Genetic Distance) mezhdu krestianami i kniaziami budet takoye-zhe samoe. Yesli shchitat' skorost' mutatsii na stoletiye, paluchitsia takoi-zhe samyi resultat. Yesli shchitat' na pokoleniye paluchitsia razbros na 44.4 %.

Shto Vy dumaetie ob etom ?

Pazdravliayu.

Andrzej Bajor



ChK>Hello,

In the example you describe there would be two transmission events of the Y
chromosome.

Charles


bajor wrote:
> Good evening,
> I am not sure whether the method you are using is correct. I.e. should > this be a generation or a century, i.e. 100 years, that should be used
> as a measure of time that passed by ? Let me provide you with an
> example. Let's imagine that a father has got the value of 17 in a
> certain genetic marker. After 25 years of his life he could be already
> having 16, and if his son was born at that time he could have inherited
> this 16. However, the son was born when the father was 50 years old and
> instead of transferring 16 to his son, he already transferred 15. Was
> this one or two generations that passed by ?



AB>Thank you very much for your quick answer. However, this doesn't touch the
problem : should this be a generation or a century that should be used as a
measure of time when one calculates the mutation rate ?

I think that I am right here, and I will privide you with another examle.

Tho males, namely a Rurikid prince and a Peasant were born in the year 1000
A.D. An average generation in the Rurikid dynasty is equal to 36.3 years,
while among the peasants it's close to 20-25 years (let's take this as 25
years). This is also consistent with my own archival researches. I noticed
that the peasants were married usually around 20-22 years, while the same
figure for the nobles was somewhere around 30 years.

Two male ancestors of the Rurikid in the year 2008 (27th generation;
generation 1 are their fathers) are performing their Y-DNA tests. In the
same time two male ancestors of the Peasant (39th generation) are also
performing their Y-DNA tests.

Do you think that the genetic distance (GD) between them will be differing
by 44.4 % (39/27 - 1) ? I think that the GD will be the same, certainly,
providing that their ancestors lived on the same territory (i.e. they were
exposed to the same sun light, ionizing radiation from rocks; drunk the same
water, etc.). In my opinion one can't say that a mutation statistically
happens with the same speed (or delay) per one generation, irrespective of
how many years an average generation counts.

If my assumption is true, i.e. that all of those radiations and poisons that
may eventually cause mutations do accumulate their influence on the human
body in time, by no means this is the real generation that should be used in
calculating the mutation rate. Either this should be century (100 years) or
an "average generation" equal exactly to 25 years. This means that the
living Rurikids, who - usually - are in their 32nd generation since Rurik,
are, in fact, in their 45th "average generation".



ChK>Hello,

Time does not enter into my project's equations. The mutation rate is per
transmission event. Time is not part of the equation.

http://www.ystrlog.org/

Do not confuse my work to determine mutation rates with the work of others who
are trying to determine time to most recent common ancestor.

Charles

Оффлайн ДАР_ИСИДЫ

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 392
  • Страна: 00
  • Рейтинг +18/-1
  • Сидоров Сергей
  • Y-ДНК: N-P43-Y3185?-FGC38830?? ~2000 TMRCA with L665 391=11 458=15 12 23 13 11 11 12 11 12 10 13 12 31 15 9 9 11 12 28 14 18 27 13 14 16 - 11 11 18 19 15 14 17 17 33 39 12 10
  • мтДНК: H132
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #12 : 04 Июнь 2009, 23:03:26 »
Мне кажется, под "do not confuse" он имел ввиду "не путайте" не в отношении себя, а в значении "почувствуйте разницу", то есть имел ввиду "почувствуйте разницу между моими работами по определению скоростей мутаций и работами других людей, которые ставят перед собой цель определить время до общего предка", так что вы можете продолжить вашу плодотворную дискуссию.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #13 : 04 Июнь 2009, 23:03:50 »
Цитата: Князь Игорь
А вопрос-то был задан серьёзный - действительно, кто скажет, когда происходят мутации - при гаплоидном оплодотворении (акт трансмиссии) или при диплоидной генерации половых гаплоидных клеток, которая происходит всю жизнь человека. Тогда мутации накапливаются с возрастом и число поколений не имеет значения - значение имеет время.

А ответ был несерьёзный - типа у меня поколения, а не времена - не путайте одно с другим. В том то и дело, что неизвестно кто путает. Отсюда, кстати и может быть наблюдаемая разница в скоростях мутаций по деревьям гаплогрупп - разные традиции возраста зачатия.

Всё не так просто....

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8729
  • Страна: gt
  • Рейтинг +674/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Расчёт возраста гаплогрупп N, N1, N1a, N1b, N1c
« Ответ #14 : 04 Июнь 2009, 23:04:05 »
Для выборки 165 гаплотипов N1с:


Количество мутаций 3 357
Возраст без учёта возвратных мутаций 3 451
Возраст с учётом возвратных мутаций 4 960

Почему Вы думаете, что за счет возвратных мутаций возраст предка N1c увеличится на 1500 лет, не много ли?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100