АвторТема: Сравнение неандертальцев и современного человека по митоДНК  (Прочитано 4139 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 235
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
FGS mtdna against Neandertal

BLAST your FGS mtdna against Neandertal
Example:
Neandertal full sequence is NC_011137.
Human full sequence is NC_012920.

Go to: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
1. select align two or more sequences
2. paste the NC_011137 in the top box.
3. paste NC_012920 in the second box (or your full genome accession number, if you've tested with FTDNA).
4. click BLAST
5. Scroll down
6. See the number of identities:
16358 out of 16570 or 212 mutations

My result: 217 mutations
Neandertal vs rCRS: 206 mutations

ref
This paper http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2602844/pdf/nihms65170.pdf
found "Alignment of the 16,565 nt Neandertal mtDNA to the 16,568 nt human revised Cambridge reference mtDNA sequence (rCRS) (Andrews et al., 1999) revealed 206 differences (195 transitions and 11 transversions)."
« Последнее редактирование: 06 Июль 2017, 16:53:03 от Шад »

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #1 : 03 Июль 2011, 03:08:41 »
My result: 217 mutations
Neandertal vs rCRS: 206 mutations

у меня 211 мутаций

Оффлайн SWAN

  • Сообщений: 28
  • Рейтинг +6/-0
  • Y-ДНК: J2a*
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #2 : 03 Июль 2011, 12:54:31 »
nado ukazat KIT.NUMBER?
u menia chto-to ne poluchaetsa:=(

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #3 : 03 Июль 2011, 14:13:59 »
nado ukazat KIT.NUMBER?
u menia chto-to ne poluchaetsa:=(

 ;D

Надо указать свой номер в Сбербанке Генбанке

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6013
  • Страна: ru
  • Рейтинг +949/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #4 : 03 Июль 2011, 16:02:40 »
А вообще можно теоретически допустить, что где-то существуют неизвестные нам Y и mt-гаплогруппы, ведущие происхождение от неандертальцев? Или несмотря на доказанное межвидовое скрещивание все что досталось нам от неандертальцев обнаруживается только на аутосомных участках ДНК?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2369/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #5 : 03 Июль 2011, 16:39:13 »
Когда закончат анонсированные тесты шимпанзе, получим новую забаву.
:)

Шад,
Возможно рассматриваемые мутации идут не от неандертальцев, а от общего предка современного человека и неандертальцев.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #6 : 03 Июль 2011, 16:44:06 »
Когда закончат анонсированные тесты шимпанзе, получим новую забаву.
:)

Шад,
Возможно рассматриваемые мутации идут не от неандертальцев, а от общего предка современного человека и неандертальцев.

замените неандерский аксешн на шимповый - и хоть сейчас

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=pan%20mitochondrion%20troglodytes%20isolate%20complete%20genome

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6013
  • Страна: ru
  • Рейтинг +949/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #7 : 03 Июль 2011, 19:57:33 »
Когда закончат анонсированные тесты шимпанзе, получим новую забаву.
:)

Шад,
Возможно рассматриваемые мутации идут не от неандертальцев, а от общего предка современного человека и неандертальцев.

Я поэтому и уточнял. По аутосомам идет определенная вариабельность "генетического наследства" неандертальцев в зависимости от региона. То есть смешение явно было (если данные интерпретированы корректно). Но при этом не осталось ни одной прямой предковой линии. Возможно они исчезли или ещё найдены.

UPD. Забава на форуме уже не новая. Мерились уже на Interpretome.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2076
  • Страна: ru
  • Рейтинг +420/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #8 : 28 Февраль 2017, 15:59:27 »
Нашел 13 мито неандертальцев и крутанул утилитой https://dna.jameslick.com/mthap-new/
Можно при желании даже митогруппы у неандертальцев выделить и создать некую референсную последовательность (если она еще не создана) по аналогии с rCRS где NC_012920 (H2a2a1) пуп Земли :).  Вопрос: это кому-то надо?

1)   KC879692
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 185A 189G 243G (309.1C) (309.2C) (315.1C) 340T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 2056A 2294G 2523T 2831C 3010A 3399G 3414T 3808G 3909T 3918A 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4940T 5262A 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 5984G 6023A 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8365G 8386T 8406T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9090C 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9797C 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10320A 10324C 10373A 10532G 10750G 11101G 11383C 11458T 11527T 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 14053G 14178C 14296G 14560A 15043A 15148A 15191C 15226G 15232G 15244G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 15892C 16037G 16139T 16148T 16156A 16157C 16169T (16183-) 16209C 16234T 16243C 16244A 16256A 16262T 16263.1A 16298C 16299G 16320T 16344T 16362C 16400T (16519C)
2)   KF982693
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 1.1G 150T 185A 189G 243G 245C 417A 438T (523-) (524-) 547G 709A 723G 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 14053G 14063C 14144T 14560A 15043A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16093C 16139T 16169T 16172C (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256A 16362C 16400T (16519C)

3)   KJ533544
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 200G 243G 245C 262T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10520G 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 13917G 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 14926G 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16139T 16148T 16154C 16169T (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

4)   KJ533545
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 200G 243G 245C 262T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 5964C 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10520G 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 13917G 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 14926G 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16139T 16148T 16154C 16169T (16182C) (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

5)   KU131206
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 243G 245C 417A 438T 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 15043A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16139T 16148T 16169T (16183C) 16209C 16223- 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

6)   KX198082
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 243G 245C 262T (309.1C) 391C 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 3010A 3130- 3334G 3399G 3414T 3504C 3808G 4048A 4204C 4532A 4688C 4904T 4928C 4940T 5189T 5387T 5460A 5471A 5580C 5821A 5840T 6023A 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 7650T 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15789T 15850C 16037G 16154C 16169T (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

7)   KX198083
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 243G 245C 262T 391C 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4688C 4856C 4904T 4928C 4940T 5189T 5387T 5460A 5471A 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16093C 16139- 16140.1C 16148T 16154C 16169T (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

8)   KX198084
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 200G 243G 245C 262T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6563T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9248T 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10520G 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11824G 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 13917G 14016A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 14926G 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16139T 16148T 16154C 16169T (16182C) (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

9)   KX198085
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 1.1G 150T 189G 200G 243G 245C 262T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6563T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9248T 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10520G 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11824G 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 13917G 14016A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 14926G 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16139T 16148T 16154C 16169T (16182C) (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

10)   KX198086
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 2- 150T 189G 200G 243G 245C 262T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6563T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9248T 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10520G 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11824G 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 13917G 14016A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 14926G 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16139T 16148T 16154C 16169T (16182C) (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

11)   KX198087
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 200G 243G 245C 262T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7270C 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10532G 10586A 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16139T 16148T 16154C 16169T (16182C) (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256A 16262T 16263.1A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

12)   KX198088
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 243G 245C 262T (309.1C) 391C 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4688C 4856C 4904T 4928C 4940T 5189T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10373A 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16093C 16139- 16140.1C 16148T 16154C 16169T (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)

13)   NC_011137
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 8701G 9540C 10398G 10873C 15301A ⇨ L3 ⇨ 769A 1018A 16311C ⇨ L3'4 ⇨ 182T 3594T 7256T 13650T 16278T ⇨ L3'4'6 ⇨ 4104G 7521A ⇨ L2'3'4'6 ⇨ 195C 247A 825A 8655T 10688A 10810C 13105G 13506T 15301G 16129A 16187T 16189C ⇨ L2'3'4'5'6 ⇨ 152C 2758A 2885C 7146G 8468T ⇨ L1'2'3'4'5'6 ⇨ 146C 182C 4312T 10664T 10915C 11914A 13276G 16230G ⇨ RSRS ⇨ 150T 189G 200G 243G 245C 262T 417A 438T (521-) (522-) (523-) (524-) 547G 709A 825- 827.1G 1406C 1709A 1779G 2056A 2523T 2831C 2863C 3010A 3308C 3334G 3399G 3414T 3483A 3504C 3808G 3909T 3918A 3939T 4048A 4204C 4532A 4562G 4856C 4904T 4928C 4940T 5387T 5460A 5471A 5505G 5580C 5673C 5821A 5840T 5964C 6023A 6131G 6156T 6200T 6260A 6266C 6410T 6452T 6620C 6641C 7106C 7127T 7424G 7650T 7746G 7861C 7868T 7891T 8021G 8065A 8348G 8365G 8386T 8406T 8455T 8461T 8503C 8718G 8764A 8943T 8986G 9027T 9053A 9325C 9329C 9345T 9456G 9755A 9869T 10101C 10256C 10281T 10307T 10310A 10324C 10373A 10520G 10532G 10750G 11383C 11458T 11527T 11560G 11590G 11623T 11770C 11950G 12070A 12189C 12351C 12366G 12406A 12474T 12864C 13095C 13194A 13269G 13359A 13656C 13680T 13707A 13801G 13879A 13889A 13917G 14053G 14063C 14144T 14178C 14296G 14560A 14926G 15043A 15077A 15148A 15191C 15226G 15232G 15295T 15301A 15355A 15443T 15479C 15629C 15649G 15667T 15671G 15789T 15850C 16037G 16078G 16139T 16148T 16154C 16169T (16182C) (16183C) 16209C 16234T 16244A 16256- 16257- 16259.1G 16263.1T 16263.2A 16299G 16320T 16362C 16400T (16519C)
« Последнее редактирование: 28 Февраль 2017, 16:09:23 от ankr21 »

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 986
  • Страна: ru
  • Рейтинг +157/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #9 : 28 Февраль 2017, 18:13:50 »
Надо-надо!!!

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2076
  • Страна: ru
  • Рейтинг +420/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #10 : 04 Март 2017, 00:19:16 »
На сайте NCBI есть интересная опция - Blast Tree View. Можно строить митодеревья. По неандертальцам получилась такая картинка



Удивительно. Но прочитано 19 мито неандертальцев в очень хорошем качестве.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2076
  • Страна: ru
  • Рейтинг +420/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #11 : 04 Март 2017, 22:00:49 »
Вот еще интересная диаграммка:



Подвиды шимпанзе отличаются друг от друга сильней чем подвиды Homo.
Еще интересно, что по мито испанский гейдельбергиец ближе к алтайскому денисовцу, а не к европейскому неандертальцу.
Испанский неандерталец Sidron на одной ветке с алтайским Okladnikov 2. А вот кавказский Mezmaiskaya 1 стоит особняком.
Вид Pan (шимпанзе) очень хорошо изучен - много геномов прочитано, а вот Pongo (орангутаны) представлены в базе единичными образцами.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1980
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #12 : 05 Март 2017, 00:01:58 »
А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6013
  • Страна: ru
  • Рейтинг +949/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #13 : 05 Март 2017, 08:42:18 »
А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)


Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 986
  • Страна: ru
  • Рейтинг +157/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: compare FGS mtdna against Neandertal
« Ответ #14 : 05 Март 2017, 10:48:31 »
Вообще в принципе интересен вопрос - насколько частая ситуация, когда SNP появляется повторно в нескольких разных ветках? Т.е. не унаследован от общего предка, а именно что возник параллельно. FTDNA утверждает, что вероятность этого почти никакая. Но может эта оценка неверна?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100