АвторТема: 23andMe - этно-популяционный анализ  (Прочитано 94163 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #15 : 28 Октябрь 2009, 00:27:49 »
Извините если не в тему, если что посоветуйте кде почитать.

Как в 23andMe получить нужную информацию по маркерам соответствующим для заполнения YSearch and MitoSearch?
Никак не получить для YSearch, потому что 23ия работает только со СНИПами, а YSearch вносят STR-гаплотипы.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 31483
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2358/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #16 : 28 Октябрь 2009, 07:40:57 »
Извините если не в тему, если что посоветуйте кде почитать.

Как в 23andMe получить нужную информацию по маркерам соответствующим для заполнения YSearch and MitoSearch?
Никак не получить для YSearch, потому что 23ия работает только со СНИПами, а YSearch вносят STR-гаплотипы.
Всё правильно, выделить Вы можете только данные для MitoSearch. На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.

Оффлайн Alesh

  • Сообщений: 937
  • Рейтинг +80/-1
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #17 : 28 Октябрь 2009, 10:26:35 »
[ На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.
как называется тема?

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 31483
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2358/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #18 : 28 Октябрь 2009, 18:58:09 »
[ На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.
как называется тема?
How To Easily View mtDNA Mutations Compared to CRS?
Мне как-то вытягивали другой утилитой. Но где не помню. У меня FGS (в том смысле, что полные данные и так есть), а поиск в 23эндМи работает очень медленно.

Надо, как всегда, парово3а спросить. Тут, или через личку.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1347
  • Страна: il
  • Рейтинг +332/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #19 : 28 Октябрь 2009, 19:09:11 »
[ На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.
как называется тема?
How To Easily View mtDNA Mutations Compared to CRS?
Мне как-то вытягивали другой утилитой. Но где не помню. У меня FGS (в том смысле, что полные данные и так есть), а поиск в 23эндМи работает очень медленно.

Надо, как всегда, парово3а спросить. Тут, или через личку.
Здесь.

Оффлайн VictorV.

  • Сообщений: 4519
  • Страна: ru
  • Рейтинг +294/-16
    • Дворянский род Безручко-Высоцких и другие фамилии.
  • Y-ДНК: J-ZS3128
  • мтДНК: V16
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #20 : 16 Ноябрь 2009, 23:25:53 »
Возможно это научные данные и их добавили в базу.
Так оно и есть:

The squares are actually from reference populations so they are not customers in our database. The tear drop shapes are actual people in our database. In other words, the squares in the Global Similarity map are not people that you can find in our database and share with.

Chia


Кстати, а запросить их возможно откуда взяты эти данные(квадраты) и можно ли узнать чьи это данные. Ведь, вполне  это какие нибудь извлечения из раскопок, тогда и предков можно будет узнать.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #21 : 17 Ноябрь 2009, 00:20:25 »
Возможно это научные данные и их добавили в базу.
Так оно и есть:

The squares are actually from reference populations so they are not customers in our database. The tear drop shapes are actual people in our database. In other words, the squares in the Global Similarity map are not people that you can find in our database and share with.

Chia


Кстати, а запросить их возможно откуда взяты эти данные(квадраты) и можно ли узнать чьи это данные. Ведь, вполне  это какие нибудь извлечения из раскопок, тогда и предков можно будет узнать.
Нет, это данные фазирования по популяциям.Объясню по-простому.Есть такой проект, HapMap называется. Там собираются данные по SNP-ам, которые собираются различными коммерческими и некоммерческими организациями. Это своего рода аналог базы данных по микросателлитам Y-хромосомы (yHRD), только сбор ведется по более чем миллиону снипам. Данные разделяются по условным популяциям, первыми и поэтому "классическими" стали следущие популяции
Цитировать
  • Yoruba in Ibadan, Nigeria (abbreviation: YRI)
  • Japanese in Tokyo, Japan (abbreviation: JPT)
  • Han Chinese in Beijing, China (abbreviation: CHB)
  • CEPH (Utah residents with ancestry from northern and western Europe) (abbreviation: CEU)

На самом деле, таких популяций сейчас более десятка, и именно данные по этим популяциям (которые кстати  можно скачать как целиком, так и отдельно по гену/cнипу из базы HapMap в формате Phased HapMap) видимо и легли в основу для сравнения (т.н. "референтную базу") при кластерном анализе на предмет наличия "главного" генетического компонента в геноме реально протестированных индивидов. Именно главные компоненты при анализе и отображаются на графике, как "южные африканцы", "восточные азиаты", "восточноевропейцы" и так далее.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #22 : 17 Ноябрь 2009, 00:31:59 »
Краткое описание используемого в "этноанализе" формата
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/downloads/phasing/2007-08_rel22/phased/00README.txt

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #23 : 17 Ноябрь 2009, 01:24:37 »
По ссылке, приведённой Вадимом, видно, что для референтного анализа наших гаплотипов по МГК используются не просто популяции, но данные о родстве внутри них, то есть сопоставления снипов аутосом родители-дети.
 
Возможно, это делается для того, чтобы определить степень неравновесия по сцеплению для каждой популяции в отдельности. И получить таким образом дополнительные данные для референтного анализа. Хотя в самой статье прямо об этом не пишется.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #24 : 17 Ноябрь 2009, 10:04:13 »
По ссылке, приведённой Вадимом, видно, что для референтного анализа наших гаплотипов по МГК используются не просто популяции, но данные о родстве внутри них, то есть сопоставления снипов аутосом родители-дети.
 
Возможно, это делается для того, чтобы определить степень неравновесия по сцеплению для каждой популяции в отдельности. И получить таким образом дополнительные данные для референтного анализа. Хотя в самой статье прямо об этом не пишется.

Более детальное описание метода
http://pritch.bsd.uchicago.edu/publications/ConradEtAl06a.pdf

Оффлайн VictorV.

  • Сообщений: 4519
  • Страна: ru
  • Рейтинг +294/-16
    • Дворянский род Безручко-Высоцких и другие фамилии.
  • Y-ДНК: J-ZS3128
  • мтДНК: V16
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #25 : 19 Ноябрь 2009, 00:17:29 »
Возможно это научные данные и их добавили в базу.
Так оно и есть:

The squares are actually from reference populations so they are not customers in our database. The tear drop shapes are actual people in our database. In other words, the squares in the Global Similarity map are not people that you can find in our database and share with.

Chia


Кстати, а запросить их возможно откуда взяты эти данные(квадраты) и можно ли узнать чьи это данные. Ведь, вполне  это какие нибудь извлечения из раскопок, тогда и предков можно будет узнать.
Нет, это данные фазирования по популяциям.Объясню по-простому.Есть такой проект, HapMap называется. Там собираются данные по SNP-ам, которые собираются различными коммерческими и некоммерческими организациями. Это своего рода аналог базы данных по микросателлитам Y-хромосомы (yHRD), только сбор ведется по более чем миллиону снипам. Данные разделяются по условным популяциям, первыми и поэтому "классическими" стали следущие популяции
Цитировать
  • Yoruba in Ibadan, Nigeria (abbreviation: YRI)
  • Japanese in Tokyo, Japan (abbreviation: JPT)
  • Han Chinese in Beijing, China (abbreviation: CHB)
  • CEPH (Utah residents with ancestry from northern and western Europe) (abbreviation: CEU)

На самом деле, таких популяций сейчас более десятка, и именно данные по этим популяциям (которые кстати  можно скачать как целиком, так и отдельно по гену/cнипу из базы HapMap в формате Phased HapMap) видимо и легли в основу для сравнения (т.н. "референтную базу") при кластерном анализе на предмет наличия "главного" генетического компонента в геноме реально протестированных индивидов. Именно главные компоненты при анализе и отображаются на графике, как "южные африканцы", "восточные азиаты", "восточноевропейцы" и так далее.

Спасибо здесь понятно...
Ну а  вот мой вопрос теперь  формулирую несколько иначе  - где же тогда хранятся данные полученные при обследований останков при раскопках, например курганов и т.д.? Понимаю что в научных базах, но а в чьих, у кого? Есть ли где нибудь подобный список? Если кто знаком с этой темой, подскажите пожалуйста. Например, нетрудно было найти посредством поисковиков,  что у "алтайской принцессы", обнаружена мито U5? А вот где всё это лежит, что бы можно было увидеть степень приближения своих и данных, например, знакомых к тому что есть в базах?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #26 : 19 Ноябрь 2009, 00:28:17 »
В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести. :)

Оффлайн VictorV.

  • Сообщений: 4519
  • Страна: ru
  • Рейтинг +294/-16
    • Дворянский род Безручко-Высоцких и другие фамилии.
  • Y-ДНК: J-ZS3128
  • мтДНК: V16
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #27 : 19 Ноябрь 2009, 02:37:13 »
В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести. :)
Нет мне не этно-популяционный анализ нужен - я  просто хотел бы иметь возможность сравнивать и видеть степень приближения далеко/близко.
Собственно я хотел узнать где хранятся данные(в каких научных базах) снятые с найденных останках при раскопках.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #28 : 19 Ноябрь 2009, 12:26:44 »
В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести. :)
Нет мне не этно-популяционный анализ нужен - я  просто хотел бы иметь возможность сравнивать и видеть степень приближения далеко/близко.
Собственно я хотел узнать где хранятся данные(в каких научных базах) снятые с найденных останках при раскопках.
Да эти данные только по митохондрии получить иногда сложно, а вы думаете что по 500 тыс снипов как орехи щелкают дДНК. Такие данные были бы опубликованы. Есть только как бы полное секвенирование по неандертальцам... но вы я думаю от них будете далеко :) Вся ядерная ДНК сильно подвержена разрушению. Так что не надейтесь.

Оффлайн VictorV.

  • Сообщений: 4519
  • Страна: ru
  • Рейтинг +294/-16
    • Дворянский род Безручко-Высоцких и другие фамилии.
  • Y-ДНК: J-ZS3128
  • мтДНК: V16
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #29 : 19 Ноябрь 2009, 15:31:31 »
В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести. :)
Нет мне не этно-популяционный анализ нужен - я  просто хотел бы иметь возможность сравнивать и видеть степень приближения далеко/близко.
Собственно я хотел узнать где хранятся данные(в каких научных базах) снятые с найденных останках при раскопках.
Да эти данные только по митохондрии получить иногда сложно, а вы думаете что по 500 тыс снипов как орехи щелкают дДНК. Такие данные были бы опубликованы. Есть только как бы полное секвенирование по неандертальцам... но вы я думаю от них будете далеко :) Вся ядерная ДНК сильно подвержена разрушению. Так что не надейтесь.
Да, я об этом слышал...Но  ведь  mt алтайской принцессы все-таки определили как U5 и из курганных захоронений было извлечено немало -в основном фигурирует R1a. У тохарских мумий в Китае были извлечены R1a и, как ни странно, R1b -это то, что успели до того как Китай засекретил результаты исследований. Так что не всё и не везде разрушается, но вот где бы поподробнее найти "расшивки" имеющихся  результатов -в этом вопрос...

Вот что подвигло меня на размышления:
"Не так давно достоянием научной общественности стали результаты генетического исследования останков представителей древнего индоевропейского населения Сибири. Учеными были исследованы 25 костных фрагментов, относящихся к четырем древним культурам – андроновской, карасукской, тагарской и таштыкской, которые существовали на территории современного Красноярского края с третьего тысячелетия до н.э. по четвертый век н.э. Цель исследования заключалась в том, чтобы по аутосомным генам определить цвет кожи, волос и глаз людей. Это удалось сделать для 23 из 25 образцов. Оказалось, что, по меньшей мере, 60% исследованных лиц имели светлые (голубые или зеленые) глаза. Вывод ученых: “фенотип большинства древних образцов имел типичную светлую европейскую пигментацию, по всей видимости, им были присущи черты типичного европейского пигмента, т.е. глаза голубого или зеленого цвета и светлые волосы и кожа, и они, вероятно, имели индивидуальное европейское происхождение”.
    В том же исследовании гены из 25 костных останков были сравнены с образцами генов европейцев, азиатов и африканцев. Оказалось, что 22 лица имели европейское происхождение, 2 – азиатское и 1 – промежуточное между европейским и азиатским. Ранее те же останки были исследованы с целью определения их мужской гаплогруппы (Y-хромосомы). Это удалось сделать для 18 образцов. 17 из них относились к индоевропейской гаплогруппе R1a1, а 1 – к азиатской гаплогруппе С. Таким образом, очевидно прямое соотношение между индоевропейской мужской гаплогруппой R1a1, европейскими аутосомными генами и светлой пигментацией."
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2009, 16:58:20 от VictorV. »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100