АвторТема: 23andMe - этно-популяционный анализ  (Прочитано 93094 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
23andMe - этно-популяционный анализ
« : 26 Апрель 2009, 00:29:10 »
Огромное спасибо уважаемому парово3 за анализ моих данных от 23эндМи у профессора
Дуга МакДональда.
Вот что пишет сей почтенный муж по мою душу (даю оригинал и смысловой подстрочник):

Oh here is the report. This guy is not Jewish! Half-Russian, half
British, perhaps, or maybe Finnish-British.

Вот мой отчет. Этот парень не еврей! Наполовину русский, наполовину британец, или может быть финно-бритт.

He lies, on the "speckle plot" map sort of program, on a World
scale, as well as on the Euro-only map, half-way between Russia
and Orkney Islands, a surrogate for Britain as a whole. Finns
like very close to Russia
.
На точечной диаграмме только по европейцам он расположен посередине между Россией и Оркнейскими островами (Британский суррогат). Финны расположены очень близко к русским.
А я бы всё списал на то, что Оркнейские острова возможно близки к популяциям германского корня. Сказанное имеет смысл, если принять в расчет, что на 1/16 я являюсь немцем.

On the BGA percent scale, with no Mideast or Pakistan as comparison,
he is

Euro: 96.7%
Oceanic: 0.8%
American 0.9%
African -0.4
E. Asian 1.9%

Сравнение без ближневосточных и пакистанских популяций.

Remembering that there is a 1% statistical error, this means
he is European with just a touch extra of East Asian, due to teh
proximity of Russia/Finland to Asia.

Напоминает о присутствии статистической ошибки и близости России/Финляндии к Азии (в генетическом плане).

Adding Pakistan,

Euro: 91.3%
Pakistan: 8.4%
Oceanic: 0.5%
American 0.5%
African -0.8
E. Asian 0.0%


Since the typical pure European measures 8% Pakistan on this test,
he comes out as essentially pure European.

Adding the Mideast,
Euro: 90.2%
Mideast: 1.5%
Pakistan: 8.2%
Oceanic: 0.5%
American 0.6%
African -1.0%
E. Asian 0.0%

Говорит о том, что при используемом методе, даже чистые европейцы показывают 8% пакистанских корней. Относит меня к чистым европейцам.
Это так. Многие пакистанцы на диаграммах, что я изучал показаны преимущественно европейцами.

On this test typically a pure European measures 5% Mideast and 7.5%
PAkistan. His Pakistan is normal for a pure European, but the Mideast
most certainly is not. He has less in common with the typical
Mideast person than the average European, by small amount. A Finn
tested the same way, but more pronounced. Probably he is just
a Russian or maybe Pole or Finn or maybe one of the
little Baltic states, mixed a bit with somebody farther west.

Говорит, что при этом виде тестов чистые европейцы показывают около 5% ближневосточных корней и 7.5% пакистанских. Если мой пакистанский уровень - в пределах нормы, то ближневосточный - ниже типичного. Говорит, что у финнов сходные результаты, но более ярко выраженные. Далее относит меня к русским, может быть полякам, или финнам, или к какой-нибудь из стран Балтии с небольшой примесью западноевропейцев.
В самую, блин, точку!  *03  Особенно если учесть, что русскость моей матери, похоже преимущественно угро-финнского, а не славянского корня. Мито-субклад мой - является основным для некоторых мордовских популяций.

For my files it would be nice to know what he is supposed to be.
Просит выслать мой действительный этно-профиль.


Doug McDonald

Пока все предсказалки (ДНАтрайбз, 23эндМи) в тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #1 : 26 Апрель 2009, 00:30:16 »
Цитата: Centurion


То есть аутосомного профиля от DNATribes ему не подойдет?
 
Нет.
ДНАтрайбз делает по 21 аутосомному STR маркеру.
А 23эндМи использует почти 600 тысяч аутосомных снипов.
Кроме того, предполагается, что подобно ДекодМи для этно-популяционного анализа будут использовать данные и по Х-хромосоме.

Вообще по поводу ДекодМи vs 23андМи.
Это:
975 долларов vs 399 долларов;
1 миллион снипов vs полмиллиона;
этно интерпретация по хромосомам с 1 по 22 и по Х vs интерпретация только по аутосомным маркерам (пока);
исландская компания vs компания поддерживаемая всей интеллектуальной и финансовой мощью создателя Гугла;
т.е., исходя из вышесказанного, большие перспективы и большая база данных на сегодня у 23эндМи.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #2 : 26 Апрель 2009, 00:32:23 »
По Пакистану.
Обычная пакистанская девушка:

А вот ее происхождение на диаграмме указано как преимущественно европейское (синий цвет - Европа, желтый - Азия):

Современное же положение точно позиционированно в юго-центральной Азии:

Или, если немного увеличить:


Понятно, что позиционирование на карте народов меняется и уточняется по мере накопления новых данных.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #3 : 26 Апрель 2009, 00:33:08 »
Спасибо napobo3 за очередно подарок. На сей раз по моему геному на ЕвроДНКкалькуляторе он сделал следующие интерпретации:


Точность ниже.
Типизация менее подробна.
Вероятностные интервалы шире.

Но различные инструменты дают схожий результат.

Кстати, уважаемый napobo3 получил и подтверждения довольно большого сходства антропологической и ДНК-генеалогической интерпретаций для одного очень интересного, но, увы, приватного случая. Так что, дорогие коллеги, вам остается только принять (или не принять) это на веру.
 *11

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #4 : 26 Апрель 2009, 00:34:01 »
Цитата: nmash
А вот мнение об антропологических показателях Ларисы (с конференции антропологов РФ)

"...Говорила с ведущими антропологами. Общий результат: м.б. один из родителей из северных русских, а другой - с Северного Кавказа или Грузии.

Если не метис - то например, казачка с Северного Кавказа . А м.б. - рязанская кровь. Многие говорят, что чувствуется понтийский тип (типичный представитель - адыгейцы, но значительный его вклад в население Украины и юга России). Все сходятся с тем, что чувствуется, как в целом Восточная Европа(даже север), так понтийский или даже кавкасионный (это грузины) типы."

Внешне она - кареглазая, круглолицая, очень белокожая, с веснушками. Нос прямой, брови густые, но не сросшиеся. Волосы густые, темно-коричневые с рыжиной.

Вот загадочка-то, да?


Особо подчеркнем, что
Цитата: nmash

Многие говорят, что чувствуется понтийский тип (типичный представитель - адыгейцы, но значительный его вклад в население Украины и юга России).


А теперь посмотрим, что принес нам уважаемый  napobo3 от профессора Doug McDonaldа.

Даю оригинал от профессора и подстрочный смысловой перевод со своими комментариями.

This one is INTERESTING!
Очень интересно! (Кто бы спорил.)

I just looked at her on the "Euro map" program. It is attached,
Lia1.gif. She is the white diamond near the blue-green speckles which
are the Adegai (spelled many ways ), a group which lives in the
Caucasus Mountains north of the Black Sea. This is away from Italy in the
same way as Ashkenazy Jews, but much, much farther
.

Я проверил ее на своей программе Еврокарта (см. ниже). Она обозначена белым ромбиком рядом со светло-синими пятнышками, обозначающими адыгейцев, живущих в горах Северного Кавказа возле Черного моря. Это в той же стороне от Италии, что и европейские евреи, но много, много дальше. (Речь в последнем предложении идет не о географии, а о положении ларисиных данных на диаграмме этно-популяционных пулов.)



On the World map (not attached, it is a mess) she is located on top of
a pile of dots which represent France, Russia, and Italy. These are close
to the Adegai and also to the Druze, but she is clearly in Europe on this.

На мировой карте (не приложена), она расположена в скоплении точек, представляющих Францию, Россию и Италию. Очень близко к адыгейцам и также к Друзам. Но также очевиднo, что она находится в Европе.

I also did the %s. On the no-Me no-SAsia  test she is (clearly uselessly)

Euro 92.7%
Oceania 2.6%
America -0.1%
Africa 2.6%
E. Asia 1.7%

Including just Pakistan
Euro 71.2%
Pakistan 30.9%
Oceania 1.2%
America -1.4%
Africa 1.2%
E. Asia -3.2%

And on the full one, which is what matters,

Euro 55.5%
Mideast 21.9%
S. Asia 26.7%
Oceania 1.1%
America -1.1%
Africa -1.2%
E. Asia -3.2%

Думаю, тут перевод не нужен.

I am including (lia2.gif) a picture of what I see from this,
which needs explanation
.

Я также прилагаю картинку, нуждающуюся в пояснениях.



Purple is Europe, Blue is Mideast, and Blue-Green is Pakistan,
the others are in order but are essentially zero. Each vertical line
is a comparison to a person from one of the 51 comparison groups
used. The dark/light separation within a color delineates
each comparison group. Importantly, you have to visually average
the sum of the bars within each dark or light group ... it is
averages that count.  Full Europeans are all purple, except Southern
Italians and I would assume, Greeks, of whom I have none. Southern Italians
do have some Mideast but no Pakistan. People from India "look"
mostly Pakistan, but a close look will show positive averages
in Europe and the Mideast form them. Ashkenazy Jews show the blue
part roughly equal to the right hand part of the purple, which is
Italy, with smooth tapering off to the left part of the purple,
which is North Europe, and very little Pakistan.

Сиреневый - Европа, голубой - Ближний Восток, светло-зеленый - Пакистан. Каждая вертикальная линия получена в результате сравнения с одной из 51 используемых групп. Можно видеть темные, или светлые разделители между каждой из групп. Средние данные показанны между разделителями.
Полные европейцы - сиреневые за исключением итальянцев и греков. Южный итальянцы имеют что-то ближневосточное, но не пакистанское. Индийские народы выглядят "по-пакистански". Для ашкеназов синяя часть примерно равна сиреневой. И т. д...


Until now no one, absolutely no one, has shown so strong a difference
INSIDE Europe on this, as Lia does: the purple bar to the left that
is so high is the Adegai. The other rather high purple is
France and Italy. Both Pakistan and Mideast are high, but no
particular group is super strong, except the ordinary Islamic Palestineians.
But she is not one of those, as she appears too mixed
.

До настоящего времени никто, абослютно никто не показывал такой сильной разницы внутри европейского пулаю Самый высокий сиреневый столбие - это адыгейцы. Два следующих - Франция и Италия. И ближневосточные и пакистанские данные достаточно высоки, но нет ни одной ярковыраженной группы, за исключением мусульман Израиля. Но все они слишком смешанны.

So this is a tough call with just these comparison groups. If we had
a finer spacing of groups it would do better. But a good guess would be
Iranian, Iraqi, or Kurdish
.

Если бы было лучше разделено между группами, мы бы имели больше точности. А пока можно равно предположить, что это иранцы, или иракцы, или курды.

Doug McDonald

Вот так, коллеги. Видим большое сходство между двумя видов анализов: антропологическим и этно-популяционным по снипам от 23эндМи.

Последние ремарки. С адыгейцами всегда много путаницы.
Одни называют адыгейцами именно адыгейцов (т.е. тех, что живут в Адыгее и имеют столицей Майкоп).

А другие ошибочно называют адыгейцами всех адыгов. Т.е. адыгейцев, абхазов, кабардинцев, черкессов, шорцев.

Поэтому тут еще надо разбираться.

Далее по поводу друзов, или как их назвал профессор при втором упоминании "мусульманские народы Палестины".
Тут как раз никакой загадки нет. Результатом Кавказской войны  явилась большая эмиграция адыгских народов в Турцию и на ближний Восток. Так называемое мухаджирство. Там, под именем "черкессы", адыги заняли достаточно привелигерованное обособленное положение. Думаю, ветер дует именно с этого направления.
« Последнее редактирование: 26 Апрель 2009, 00:35:59 от Mich Glitch »

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #5 : 26 Апрель 2009, 00:37:13 »
А вот базовый этно-портрет приемной дочери nmash

На более детальной схеме её данные отмечены зелёной меткой и находятся в европейском пуле но за пределами южно-европейского пула

А также за пределами северноевропейского пула

Не относится также и к европейцам восточным

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #6 : 26 Апрель 2009, 00:50:57 »
Михаил, кстати, очень интересная тема... я ее всегда с удовольствием читаю.

Жаль, что пока нам тут не очень доступен тест от 23иЯ.

Но аутосомно-этнические тест у ДНКплемен я ксати сделал наверное одним из первых из Россиян, если не первым.. меня очень заинтересовала эта тематика. Имхо с накомплением данных (а мы везде упираемся именно в это) все станет еще привлекательней и "правдоподобней" то есть все ближе и ближе к истинному портрету.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #7 : 26 Апрель 2009, 01:28:36 »
Подобно тому, как DNAtribes делает этно анализ по STR маркерам аутосомных хромосом, 23andMe исследует на тех же хромосомах SNPы.
Данные регулярно обновляются по мере накопления базы.
Вот так выглядит мой общий вид:

Если щёлкнуть на северных европейцев, то получаем это:

Ну, а клик по восточным европейцам даёт следующий результат:

Данные от 23andMe неплохо коррелируют со значениями от DNAtribes.

Что меня сильно раздражает, так это то, что по последней диаграмме я ясно вижу, что у меня есть два приближенца (сиреневый и жёлтый квадраты возле моей зелёной отметки), а вот имён их узнать не могу.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #8 : 26 Апрель 2009, 01:29:55 »
Цитата: Farmer
Круто! Значит, вы где-то посередине между Русскими, Украинцами и Поляками. Но ближе к Русским.
Да, нет.
К русским я не ближе.
Судите сами:

Напомню, зелёная метка - это я.

Как однако генетически близки поляки и украинцы.

Немцев, тех хоть чуток коснулся. А русских нет.

Полагаю, что у русских Рязанщины сильна финно-угорская компонента (мокша, эрзя, мещера).

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #9 : 20 Август 2009, 14:50:22 »
...Что меня сильно раздражает, так это то, что по последней диаграмме я ясно вижу, что у меня есть два приближенца (сиреневый и жёлтый квадраты возле моей зелёной отметки), а вот имён их узнать не могу.
Сомневаюсь я в том, что квадраты - это реальные 23андмишники. Сколько бы ни увеличивал количество френдов, они не замещают квадраты на диаграмме.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #10 : 20 Август 2009, 15:11:45 »
...Что меня сильно раздражает, так это то, что по последней диаграмме я ясно вижу, что у меня есть два приближенца (сиреневый и жёлтый квадраты возле моей зелёной отметки), а вот имён их узнать не могу.
Сомневаюсь я в том, что квадраты - это реальные 23андмишники. Сколько бы ни увеличивал количество френдов, они не замещают квадраты на диаграмме.
Возможно это научные данные и их добавили в базу.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #11 : 20 Август 2009, 15:38:17 »
По ходу дела их научные выборки очень локальны. Типа одна деревня. Слишком странная картинка.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #12 : 21 Август 2009, 08:48:16 »
Возможно это научные данные и их добавили в базу.
Так оно и есть:

The squares are actually from reference populations so they are not customers in our database. The tear drop shapes are actual people in our database. In other words, the squares in the Global Similarity map are not people that you can find in our database and share with.

Chia

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 30834
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2275/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #13 : 15 Октябрь 2009, 21:12:10 »
Возможно кому-то будет интересно.

23эндМи не сами обрабатывают тесты. У них выстроены отношения по клиентской схеме с Иллюминой. То есть собирают сэмплы в батчи, отсылают на обработку, получаемые данные вносят в базу данных и анализируют.
По такому же принципу действует и ДекодМи.

Возможно на базе какой-нибудь из уже существующих российских лабораторий можно было бы наладить сбор и обработку образцов по мультиснип-панелям у Иллюмины?

Речь по сути идёт о вопросах организационно-правового плана, а не технических (предполагающих приобретение дорогостоящего оборудования и обучение персонала).

Оффлайн Alesh

  • Сообщений: 937
  • Рейтинг +80/-1
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #14 : 27 Октябрь 2009, 23:52:23 »
Извините если не в тему, если что посоветуйте кде почитать.

Как в 23andMe получить нужную информацию по маркерам соответствующим для заполнения YSearch and MitoSearch?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100