J2b и "1000геномов"

[Centurion]

Vince с дна-форума (великий респект!) отработал 7 (!) J2b2 из "1000 геномов" и нашел таки (как он говорит) снип(ы) "ниже по течению" L283. Информации подробной пока не было.

[Centurion]

Винс подтвердил, что он сканировал 7 образцов из проекта 1000геномов и нашел более 50 (!) снипов, которые равнозначны, или "вблизи" M241 и/или L283, и общие для 5 образцов, которые как он говорит положительные для M241 и L283. Также он нашел 9 (!) снипов, которые ниже L283 и могут быть эквивалентны друг другу, но это не 100%, т.к. нашел он их только в трех образцах положительных также для  M241 и L283. Они дали им названия c Z631 по Z639 (представлены в таблице GregRM).

[busygin]

Скажите, а имеет смысл аппликоваться на WTY? Средства, в принципе, позволяют, меня только интересует какова вероятность, что у J2b2 с редкими STR найдутся новые снипы.

[Centurion]

Скажите, а имеет смысл аппликоваться на WTY? Средства, в принципе, позволяют, меня только интересует какова вероятность, что у J2b2 с редкими STR найдутся новые снипы.

Если есть средства, то имеет смысл. Гаплогруппа древняя и снипов у нее еще почти не выявлено. Но 100% гарантии что определенно найдут я не могу дать. Хотя, из J2b2 только 1 участник всего был и есть и у него нашли 2 снипа.

[Farroukh]

снип L283 достаточно древен, и четко разделяет западные (Европа, Б.Восток(?)) от восточных (Индия, Шри-Ланка и тд.) гаплотипов.

Можно примерно прикинуть время расхождения этих линий?

[Centurion]

Можно примерно прикинуть время расхождения этих линий?

На данный момент затруднительно.

[Centurion]

После сканирования на снипы у участников 1000геномов вырисовывается такая черновая картина:

J2b M12 M102 L282
_____J2b1 Z574 Z575
__________J2b1a M205
__________J2b1b M241
_______________J2b1b1 L283
____________________J2b1b1a M99
____________________J2b1b1b M280
____________________J2b1b1c M321
____________________J2b1b1d 455=8
____________________J2b1b1e Z631 Z632 Z633 Z634 Z635 Z636 Z637 Z638 Z639
_______________J2b1b2 P84

Филогенетическая позиция снипов M99, M280, M321 не известна из-за их "приватности". Также и для "455=8".

Z518   C   T   Approximately equivalent to M102   
Z519   T   C   Approximately equivalent to M102   
Z520   GTT   GT   Approximately equivalent to M102   
Z521   T   G   Approximately equivalent to M102   
Z522   G   A   Approximately equivalent to M102   
Z523   A   G   Approximately equivalent to M102   
Z524   C   G   Approximately equivalent to M102   
Z525   G   C   Approximately equivalent to M102   
Z526   G   A   Approximately equivalent to M102   
Z527   T   G   Approximately equivalent to M102   
Z528   C   T   Approximately equivalent to M102   
Z529   G   A   Approximately equivalent to M102   
Z530   T   G   Approximately equivalent to M102   
Z531   AG   A   Approximately equivalent to M102   
Z532   C   T   Approximately equivalent to M102   
Z533   TAGAG   TAG   Approximately equivalent to M102   
Z534   G   A   Approximately equivalent to M102   
Z535   T   C   Approximately equivalent to M102   
Z536   A   C   Approximately equivalent to M102   
Z537   C   A   Approximately equivalent to M102   
Z538   A   G   Approximately equivalent to M102   
Z539   A   G   Approximately equivalent to M102   
Z540   T   C   Approximately equivalent to M102   
Z541   C   T   Approximately equivalent to M102   
Z542   A   G   Approximately equivalent to M102   
Z543   G   A   Approximately equivalent to M102   
Z544   ATTT   ATT   Approximately equivalent to M102   
Z545   T   G   Approximately equivalent to M102   
Z546   C   T   Approximately equivalent to M102   
Z547   A   G   Approximately equivalent to M102   
Z548   A   C   Approximately equivalent to M102   
Z549   T   C   Approximately equivalent to M102   
Z550   G   A   Approximately equivalent to M102   
Z551   G   T   Approximately equivalent to M102   
Z552   T   A   Approximately equivalent to M102   
Z553   C   T   Approximately equivalent to M102   
Z554   C   G   Approximately equivalent to M102   
Z555   T   G   Approximately equivalent to M102   
Z556   C   A   Approximately equivalent to M102   
Z557   ATTT   ATT   Approximately equivalent to M102   
Z558   T   A   Approximately equivalent to M102   
Z559   A   T   Approximately equivalent to M102   
Z560   A   T   Approximately equivalent to M102   
Z561   T   A   Approximately equivalent to M102   
Z562   G   C   Approximately equivalent to M102   
Z563   G   T   Approximately equivalent to M102   
Z564   T   C   Approximately equivalent to M102   
Z565   G   A   Approximately equivalent to M102   
Z566   C   G   Approximately equivalent to M102   
Z567   T   A   Approximately equivalent to M102   
Z568   A   T   Approximately equivalent to M102   
Z569   G   A   Approximately equivalent or downstream of M102   
Z570   C   T   Approximately equivalent or downstream of M102   
Z571   C   T   Approximately equivalent or downstream of M102   
Z572   A   G   Approximately equivalent or downstream of M102   
Z573   G   C   Approximately equivalent or downstream of M102   
Z574   A   G   Downstream of M102   
Z575   A   T   Downstream of M102   
Z576   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z577   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z578   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z579   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z580   A   AG   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z581   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z582   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z583   G   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z584   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z585   A   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z586   C   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z587   A   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z588   C   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z589   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z590   C   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z591   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z592   A   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z593   A   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z594   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z595   A   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z596   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z597   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z598   A   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z599   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z600   C   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z601   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z602   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z603   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z604   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z605   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z606   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z607   A   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z608   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z609   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z610   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z611   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z612   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z613   G   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z614   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z615   G   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z616   A   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z617   T   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z618   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z619   A   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z620   A   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z621   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z622   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z623   T   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z624   G   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z625   T   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z626   T   C   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z627   T   A   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z628   C   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z629   C   G   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z630   G   T   Approximately equivalent to M241 or L283   
Z631   G   A   Downstream of L283   
Z632   C   G   Downstream of L283   
Z633   T   C   Downstream of L283   
Z634   A   C   Downstream of L283   
Z635   C   G   Downstream of L283   
Z636   A   G   Downstream of L283   
Z637   T   C   Downstream of L283   
Z638   G   C   Downstream of L283   
Z639   A   C   Downstream of L283

[Centurion]

"Осторожная" версия драфт-схемы от Vince.

[Centurion]

Черновая схема древа J2b обновлена. Нашли еще новые снипы через проект 1000 геномов, в частности, углубилась структура J2b2-L283 c несколькими новыми снипами, и еще, возможно выделилась отдельная ветвь от J2b*, которая может стать J2b3, если не окажется "приватной" (снип найден только пока у одного индивида).

[Centurion]

Томас Кран взял на внедрение четыре снипа: Z631, Z633, Z638, Z639.

[Mich Glitch]

Centurion,

А по М205 никаких подвижек?

[Centurion]

А по М205 никаких подвижек?

Совсем никаких.

[Centurion]

Активисты дна-форума обнаружили еще группу Z-снипов в образцах J2b2 (M241+, L283+), а также в одном тосканским, который J2b* (M12+, M102+, M241-, L283-), однако может быть и J2b1-M205, так как не понятно почему этот снип не проверили. Также в иберийском образце J2b* (M12+, M102+, M241-, L283-). Это означает, что точно появится новая промежуточная ветвь, правда есть два варианта, и все зависит от того, будут ли те, кто J2b*(xM241,M205) и J2b1-M205 положительными или отрицательными на эти снипы.

Вариант 1:
J2b* M12, M102
__J2b1* Новые Z-снипы
____J2b1a M205
____J2b1b* M241
______J2b1b L283

Вариант 2:
J2b* M12, M102
__J2b1 M205
__J2b2* Новые Z-снипы
____J2b2a* M241
______J2b2a L283

ps названия снипам еще не выдали вроде

[Farroukh]

Делают ли эти снипы во ФТДНА?

[Centurion]

Делают ли эти снипы во ФТДНА?

нет