АвторТема: Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК  (Прочитано 163241 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
нули действительно обсчитываются алгоримом как отсутствие данных ("пробел")?
Да. Если стоит 0, то алгоритм считает это как протестированный, но не имеющий значения маркер. Отсутствие 0 тоже корректно, просто алгоритм воспринимает это как не протестированный маркер. Смысл вроде один, но есть важные отличия для алгоритма  ;D
Цитировать
Или возникают какие-то флуктуации?
Не замечал, хотя все возможно.  ;D

Оффлайн Karen

  • ⚠⚠⚠ Я УШЕЛ С ФОРУМА!!! УВЫ, НЕТ ВОЗМОЖНОСТИ УДАЛИТЬ ПРОФИЛЬ.
  • Сообщений: 381
  • Страна: ru
  • Рейтинг +205/-0
  • Y-ДНК: G-PH488*
Кстати, вводил в базу данных вручную один гаплотип из интересующей нас обоих публикации. Получилось, что Семаргл хочет сравнивать только 11 маркеров http://forum.molgen.org/index.php/topic,7031.msg382416.html#msg382416

Ярослав! Фишка в том, что, для того, чтобы Семаргл сравнивал по 17 маркерам, а не по 11, нужно вместо отсутствующих значений вносить нули. Проверено экспериментальным путем!  ;)

В данном случае (681 Karakalpak Uzbekistan J1(xJ1a2b)) вносить в базу Семаргл нужно в таком виде:

12   23   14   10   12-19   0   0   12   13   11   29   21   0-0   0   0   0   13   21   0   0-0-0-0   0   10   0-0   15   0   0   0   0-0   0   10

В "Number of compared markers:" будет производится поиск по 37 маркерам. Результаты будут выдаваться по 16 маркерам, которые у нас имеются.

Если хочется и DYS635 задействовать, тогда нужно вносить так:

12   23   14   10   12-19   0   0   12   13   11   29   21   0-0   0   0   0   13   21   0   0-0-0-0   0   10   0-0   15   0   0   0   0-0   0   10   0   0   0-0   0   0   0   0   0   0   0   0-0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   20   0   0   0   0   0   0   0

В "Number of compared markers:" будет производится поиск по 111 маркерам. Результаты будут выдаваться по 17 маркерам, которые у нас имеются.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Кстати, вводил в базу данных вручную один гаплотип из интересующей нас обоих публикации. Получилось, что Семаргл хочет сравнивать только 11 маркеров http://forum.molgen.org/index.php/topic,7031.msg382416.html#msg382416

Ярослав! Фишка в том, что, для того, чтобы Семаргл сравнивал по 17 маркерам, а не по 11, нужно вместо отсутствующих значений вносить нули. Проверено экспериментальным путем!  ;)

В данном случае (681 Karakalpak Uzbekistan J1(xJ1a2b)) вносить в базу Семаргл нужно в таком виде:

12   23   14   10   12-19   0   0   12   13   11   29   21   0-0   0   0   0   13   21   0   0-0-0-0   0   10   0-0   15   0   0   0   0-0   0   10

В "Number of compared markers:" будет производится поиск по 37 маркерам. Результаты будут выдаваться по 16 маркерам, которые у нас имеются.

Если хочется и DYS635 задействовать, тогда нужно вносить так:

12   23   14   10   12-19   0   0   12   13   11   29   21   0-0   0   0   0   13   21   0   0-0-0-0   0   10   0-0   15   0   0   0   0-0   0   10   0   0   0-0   0   0   0   0   0   0   0   0-0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   20   0   0   0   0   0   0   0

В "Number of compared markers:" будет производится поиск по 111 маркерам. Результаты будут выдаваться по 17 маркерам, которые у нас имеются.
Есть небольшой хак :)
На примере упомянутого образца - совпаденцы по 37 маркерам без лишних нулей. Вся фишка в строке URL. Уберу эту возможность когда сделаю нормальный поиск по базе, а сейчас пока так.

Оффлайн Karen

  • ⚠⚠⚠ Я УШЕЛ С ФОРУМА!!! УВЫ, НЕТ ВОЗМОЖНОСТИ УДАЛИТЬ ПРОФИЛЬ.
  • Сообщений: 381
  • Страна: ru
  • Рейтинг +205/-0
  • Y-ДНК: G-PH488*
Уважаемый, Владимир!

Может получиться что-то сделать и в этом направлении?

Нет ли возможности поменять настройки, чтобы выравнивание осуществлялось по левому краю (вместо выравнивания по центру)? Думаю, так было бы удобнее.



Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Нет ли возможности поменять настройки, чтобы выравнивание осуществлялось по левому краю (вместо выравнивания по центру)? Думаю, так было бы удобнее.
Сделал.

Оффлайн Karen

  • ⚠⚠⚠ Я УШЕЛ С ФОРУМА!!! УВЫ, НЕТ ВОЗМОЖНОСТИ УДАЛИТЬ ПРОФИЛЬ.
  • Сообщений: 381
  • Страна: ru
  • Рейтинг +205/-0
  • Y-ДНК: G-PH488*
Нет ли возможности поменять настройки, чтобы выравнивание осуществлялось по левому краю (вместо выравнивания по центру)? Думаю, так было бы удобнее.
Сделал.

Отлично! Теперь намного легче будет визуально определить ветвь для того или иного участника. Большое спасибо!

Оффлайн Serckesh

  • Тапы и Мальково Тобольской губернии. Зюбриха Липовецкого уезда Киевской губернии. Тойси Буинского уезда Симбирской губернии
  • Сообщений: 515
  • Страна: ru
  • Рейтинг +296/-0
  • FTDNA: 644559 GEDmatch: ZQ2019538 YFull: YF11431
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2b3a6a2b~ (R1a CTS1211 Y2613 M12335)
  • мтДНК: U4c2a
Подскажите, я пытаюсь построить дерево приближенцев на Semargl.me, которых мне выдало при поиске на 111 маркерах и генетической дистанции 20, но у меня выходит ошибка 500.
157499, 123962, 230314, N105504, E2159, 351862, 644559 - вот этих пытаюсь сравнить, мой последний. Без моего нормально строит дерево. Это потому что они слишком далеки от меня?

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9628
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2923/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Подскажите, я пытаюсь построить дерево приближенцев на Semargl.me, которых мне выдало при поиске на 111 маркерах и генетической дистанции 20, но у меня выходит ошибка 500.
157499, 123962, 230314, N105504, E2159, 351862, 644559 - вот этих пытаюсь сравнить, мой последний. Без моего нормально строит дерево. Это потому что они слишком далеки от меня?
Во-первых, между гаплотипами пробелов не должно быть.
Во-вторых, в маркере dys389ii у Вас нулевое значение было. Я обычно пропускаю этот маркер, ничего не вношу. Может из-за этого? Поставил 0. Сейчас дерево строится. Попробуйте.

Оффлайн Serckesh

  • Тапы и Мальково Тобольской губернии. Зюбриха Липовецкого уезда Киевской губернии. Тойси Буинского уезда Симбирской губернии
  • Сообщений: 515
  • Страна: ru
  • Рейтинг +296/-0
  • FTDNA: 644559 GEDmatch: ZQ2019538 YFull: YF11431
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2b3a6a2b~ (R1a CTS1211 Y2613 M12335)
  • мтДНК: U4c2a
Подскажите, я пытаюсь построить дерево приближенцев на Semargl.me, которых мне выдало при поиске на 111 маркерах и генетической дистанции 20, но у меня выходит ошибка 500.
157499, 123962, 230314, N105504, E2159, 351862, 644559 - вот этих пытаюсь сравнить, мой последний. Без моего нормально строит дерево. Это потому что они слишком далеки от меня?
Во-первых, между гаплотипами пробелов не должно быть.
Во-вторых, в маркере dys389ii у Вас нулевое значение было. Я обычно пропускаю этот маркер, ничего не вношу. Может из-за этого? Поставил 0. Сейчас дерево строится. Попробуйте.

Спасибо, заработало. Видимо, этот маркер был виноват. А с пробелами работает, как и без пробелов.

Оффлайн Serckesh

  • Тапы и Мальково Тобольской губернии. Зюбриха Липовецкого уезда Киевской губернии. Тойси Буинского уезда Симбирской губернии
  • Сообщений: 515
  • Страна: ru
  • Рейтинг +296/-0
  • FTDNA: 644559 GEDmatch: ZQ2019538 YFull: YF11431
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2b3a6a2b~ (R1a CTS1211 Y2613 M12335)
  • мтДНК: U4c2a
Во-вторых, в маркере dys389ii у Вас нулевое значение было. Я обычно пропускаю этот маркер, ничего не вношу. Может из-за этого? Поставил 0. Сейчас дерево строится. Попробуйте.

А это в порядке вещей, что этот маркер имеет нулевое значение?
У меня на личной странице FTDNA до сих пор не появилась моя гаплогруппа. Страницы теста Y-DNA все пустые до сих пор, только на странице Y-STR Results значения заполнены. Ни одного матча, карты пустые. Я думал, что со временем появится, но потом возникла проблема на Semargl с этим маркером, может и в FTDNA у меня совпадения и гаплогруппу не показывает из-за него?  У всех совпаденцев в Semargl этот маркер имеет какое-то значение, в проекте посмотрел - тоже, на первый взгляд, никого нет с нулем в dys389ii.
Может быть нужно в техподдержку пожаловаться? Или подождать еще?


Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1936
  • Страна: ru
  • Рейтинг +357/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Во-вторых, в маркере dys389ii у Вас нулевое значение было. Я обычно пропускаю этот маркер, ничего не вношу. Может из-за этого? Поставил 0. Сейчас дерево строится. Попробуйте.

А это в порядке вещей, что этот маркер имеет нулевое значение?
У меня на личной странице FTDNA до сих пор не появилась моя гаплогруппа. Страницы теста Y-DNA все пустые до сих пор, только на странице Y-STR Results значения заполнены. Ни одного матча, карты пустые. Я думал, что со временем появится, но потом возникла проблема на Semargl с этим маркером, может и в FTDNA у меня совпадения и гаплогруппу не показывает из-за него?  У всех совпаденцев в Semargl этот маркер имеет какое-то значение, в проекте посмотрел - тоже, на первый взгляд, никого нет с нулем в dys389ii.
Может быть нужно в техподдержку пожаловаться? Или подождать еще?

Если не появилась каплогруппа - надо открывать тикет (с сабжем кажетсе "вопрос про Y тест" - самый нижний в листбоксе) и написать про это. Они ответят что у вас редкое сочетание STR-маркеров и они вам бесплатно сделают Backbone SNP Test  и что это займет 3-5 недель.

У меня за последнюю неделю уже два таких случая - не смогли определить гаплогруппу даже по 25 маркерам :(

Оффлайн Serckesh

  • Тапы и Мальково Тобольской губернии. Зюбриха Липовецкого уезда Киевской губернии. Тойси Буинского уезда Симбирской губернии
  • Сообщений: 515
  • Страна: ru
  • Рейтинг +296/-0
  • FTDNA: 644559 GEDmatch: ZQ2019538 YFull: YF11431
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2b3a6a2b~ (R1a CTS1211 Y2613 M12335)
  • мтДНК: U4c2a
Если не появилась каплогруппа - надо открывать тикет (с сабжем кажетсе "вопрос про Y тест" - самый нижний в листбоксе) и написать про это. Они ответят что у вас редкое сочетание STR-маркеров и они вам бесплатно сделают Backbone SNP Test  и что это займет 3-5 недель.

У меня за последнюю неделю уже два таких случая - не смогли определить гаплогруппу даже по 25 маркерам :(

Спасибо, сделал запрос, как вы сказали, а они быстро отвечают обычно?

Оффлайн Circassian07

  • Сообщений: 101
  • Страна: us
  • Рейтинг +25/-10
Как добавлять членов групп с ftdna в базу semargl? Я там не смог найти инструкцию.

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Как добавлять членов групп с ftdna в базу semargl? Я там не смог найти инструкцию.

1. Сделать свои данные открытыми в настройках FTDNA.
2. Вступить в какой-либо проект FTDNA.
3. Опубликовать просьбу на молгене с указанием номера и проекта. можно и геокоординаты дать.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9628
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2923/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Как добавлять членов групп с ftdna в базу semargl? Я там не смог найти инструкцию.
Добавлять могут только админы базы. Чтобы обратиться с просьбой о добавлении гаплотипа, надо оставить сообщение в соответствующем гаплогрупном разделе в теме "Новички..." (на форуме МолГен). В сообщении указать номер гаплотипа и название/ссылку на проект, где гаплотип можно увидеть. Гаплотип должен быть публичным (видный всем), а не видный только участникам того проекта, где он находится.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.