АвторТема: Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК  (Прочитано 121046 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37080
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3567/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Имеется возможность поиска пользователя по полностью совпадающему гаплотипу.
Пусть необходимость в таком поиске крайне редка, но положим.

Я для этого просто заношу гаплотип, по которому нужно искать совпаденцев, в базу.
Понятно, что это легко только для того у кого есть админские права.
Но не так сложно обратиться к этим людям. Если Вам когда-нибудь нужно будет посмотреть кого-то из гаплогруппы Q - я в Вашем распоряжении.

Ловлю на слове.  :)
Не могли бы Вы ввести, пожалуйста YBJQW.

Прилагаю ещё исходник от ГенТри:



Заранее большое спасибо!!!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37080
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3567/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Использовать модал при построениях не совсем правильно, вернее совсем не правильно. Здесь мы упираемся в недостаток репрезентативноности. Некоторые семейные проекты, по причине бОльшего числа протестированных, перетягивают модал на себя. Ради эксперимента, попробуйте поменять хоть одно значение СТР в модале, и посмотрите что из этого выйдет на графе.
В этом случае лучше брать аутгрупп гаплотип.
Совершенно с Вами не согласен.
Озвученная Вами проблема характерна не только для построения по модалу, но и для всех прочих видов построений.
Точно также выборкозависимое построение и по среднекй точке, и по аутгрупп гаплотипу.
Наиболее методически верным является построение по средней точке. Но оно требует подготовки для восприятия и занимает больше времени на отработку (при большом количестве гаплотипов - это ощутимо).
Модал субклада в идеале (часто нереализуемом даже теоретически) стремится к предковому гаплотипу. Да, и интуитивно понятнее (особенно для новичков).

*** По поводу замены одного значения. Человек опытный понимает, что имеет место многовариантность построений. При сотне вариантов вероятностный разброс не велик. Ещё сотни возможностей просто не озвучены.
Иными словами, что при попарных сравнениях имеем огромный разброс значений. Что при филогенетическом построении. Какая-то веточка (набор гаплотипов) повторилась тройку-пяток раз, вот уже и говорим об устойчивом кластере.  :)
Ну, а для новичка можно взять первый предложенный вариант, присовокупив, а возможно всё было вот так.   :o

Резюмирую: построение по модалу (особенно по модалу субклада) - можно сказать, самый распространённый и вполне оправданный метод построений.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6305
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1188/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Ловлю на слове.  :)
Не могли бы Вы ввести, пожалуйста YBJQW.
Заранее большое спасибо!!!

Принимайте работу. Хотя есть сомнения, что я всё сделал правильно.
См.: http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/nearest/55073/0/
Сам гаплотип: http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/55073/
Даже нашёл кто он и откуда. Но вот гаплогруппа не указана и это могло сказаться на корректности поиска. А может это из-за экзотического набора маркёров.
Если всё таки получилось правильно, то он G2a.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37080
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3567/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Спасибо!

Полноценного сравнения всё равно не получается для гаплотипов с неполным набором маркеров.
Упорно делается попытка увязать с 17-маркерной панелью от Гентиса, которая, понятное дело, не имеет почти никакого касательства.

Данный гаплотип было бы правильнее поместить в 111-маркерную линейку. Именно туда и надо впихивать соренсоновские гаплотипы. Именно с этими гаплотипами и должно быть сравнение.


По поводу G2a - тоже всё не правильно.
Сравнение на ИгрекСёч правильно указует на E1b1b1c1.
Так же сделали оцентку и в ГенТри.
И в проекте у С.Лютак.
Да, и 23эндМи без экивоков указует на E1b1b1c1.

Короче говоря, вернусь к исходному пожеланию:
Было бы здорово, если бы база Семаргла позволяла делать поиск приближенцев по вручную набитому гаплотипу. В том числе и по неполному.

:)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6305
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1188/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
В работе Afghan Hindu Kush: Where Eurasian Sub-Continent Gene Flows Converge (http://forum.molgen.org/index.php/topic,6199.0.html) имеется целая таблица гаплотипов из SMGF.
Кроме GATA H4 что-то нужно править при переносе гаплотипа в базу Семаргла?
Нашёл вот такую памятку:

Цитировать
Sorensen Molecular Genealogy Foundation (SMGF)

DYS 19/394: Subtract 1 from the value reported by SMGF before entering it into Ysearch.

DYS 389-2: Add the values reported by SMGF for DYS389I + DYS389B and enter the result into Ysearch as DYS 389-2.

DYS 448: Subtract 3 from the value reported by SMGF before entering it into Ysearch.

GATA-H4: Subtract 1 from the value reported by SMGF before entering it into Ysearch.

DYS 461: Add 1 to the value reported by SMGF before entering it into Ysearch.

DYS 635 is reported by SMGF as GATA C4. The values are identical.

DYS 463: Subtract 2 from the value reported by SMGF before entering it into Ysearch.

Но у меня все близкие гаплотипы Q-M25 имеют значение DYS19=13. Что-то засомневался, что нужно вычитать...
http://www.semargl.me/en/dna/ydna/kit/58694/
Это гаплотип TK8_6 из вышеупомянутой работы. Исправлено только GATA H4.
Вот остальные Q-M25:
http://www.semargl.me/en/dna/ydna/nearest-neighbors/58694/

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37080
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3567/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Кроме GATA H4 что-то нужно править при переносе гаплотипа в базу Семаргла?
Вот тут можете увидеть, всё что надо менять.
На исходной странице логинетесь.
Вводите всё в формате SMGF.
Преобразуете в формат FTDNA.
:)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6305
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1188/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Кроме GATA H4 что-то нужно править при переносе гаплотипа в базу Семаргла?
Вот тут можете увидеть, всё что надо менять.
На исходной странице логинетесь.
Вводите всё в формате SMGF.
Преобразуете в формат FTDNA.
:)

Про эту возможность я знаю:)
Не совсем понятно какие преобразования данных SMGF сделали авторы статьи...
Я уже сам подумывал над таким алгоритмом: вбить вручную какой-нибудь гаплотип в базу SMGF и посмотреть в каком виде он там будет

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6305
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1188/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Ответ найден: SMGF Marker standart
http://www.smgf.org/ychromosome/marker_standards.jspx

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9060
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2261/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Владимир, а как внести в базу такой гаплотип - 289461? (в РашенДНА)
у него в DYS464 8 значений.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9917
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
на сайте проекта появилась кнопка пожертвований paypal
я свою лепту внес  :)

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9060
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2261/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Дело хорошее! Тоже присоединяюсь.
Все мы в долгу перед базой Семаргла.
« Последнее редактирование: 26 Март 2014, 18:24:05 от Lesla »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6305
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1188/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Берем ссылку (например):
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/query/

Кнопка Donate - под флагами. Ниже - аналогичная кнопка на рублевых платежей с надписью "Сделать пожертвование".

Для дальнейшего нужно иметь аккаунт в PayPal, привязанный к карточке. Соответственно нужно указать сумму пожертвования и авторизоваться в PayPal.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37080
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3567/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Ну, и я дал сотенную баксов на то, да, сё.    :)

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5432
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2796/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Друзья, спасибо! Половина средств пойдет на улучшение работы Robota Wertnera.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1394
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Половина средств пойдет на улучшение работы Robota Wertnera.
Придется все же им заняться раньше, чем собирался :)
В первую очередь планирую:
1. Передавать в базу Семаргла ссылки на один из проектов, где участвует гаплотип.
2. Сделать возможность добавлять проекты для отслеживания через гугл-таблицу нескольким участникам Молгена.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100