Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК

[Semargl]

Возможно такое следует сделать для всех полиндромных DYS.

Согласен.

[Centurion]

чем вас так всех эти локусы не устроили?

[Semargl]

чем вас так всех эти локусы не устроили?

При построении деревьев они могут сильно искажать результат.
При поиске совпаденцев, в некоторых случаях (в основном это касается DYS464 и 19b), ломается алгоритм поиска.
В результате мы не найдем ни одного совпаденца, а если найдем, то они будут из других ветвей.
Все это недостатки используемого мной алгоритма, но я не придумал как преодолеть эту багу.
Логичное решение - предоставить пользователю возможность отключать поиск по палиндромным маркерам.

[kaa76]

чем вас так всех эти локусы не устроили?

При построении деревьев они могут сильно искажать результат.
При поиске совпаденцев, в некоторых случаях (в основном это касается DYS464 и 19b), ломается алгоритм поиска.
В результате мы не найдем ни одного совпаденца, а если найдем, то они будут из других ветвей.
Все это недостатки используемого мной алгоритма, но я не придумал как преодолеть эту багу.
Логичное решение - предоставить пользователю возможность отключать поиск по палиндромным маркерам.

Проблема в SQL? Тогда можно хранить для отсутствия значения -1, а не NULL.
Не?

[Semargl]

чем вас так всех эти локусы не устроили?

При построении деревьев они могут сильно искажать результат.
При поиске совпаденцев, в некоторых случаях (в основном это касается DYS464 и 19b), ломается алгоритм поиска.
В результате мы не найдем ни одного совпаденца, а если найдем, то они будут из других ветвей.
Все это недостатки используемого мной алгоритма, но я не придумал как преодолеть эту багу.
Логичное решение - предоставить пользователю возможность отключать поиск по палиндромным маркерам.

Проблема в SQL? Тогда можно хранить для отсутствия значения -1, а не NULL.
Не?

Проблема не в SQL'e.
Для поиска сопаденцев я использую k-d деревья: http://en.wikipedia.org/wiki/K-d_tree
Для подготовки данных, гаплотипы выгружаются в двумерную матрицу, которая преобразуется в k-d дерево.
Проблема в том, что в матрице не может быть значения null. Если же мы ставим любое число, то отсчет дистанции будет вестись от него. В этом случае приближенцы, с отсутствующим значением какого либо маркера, не будут найдены.
Слышал, вышли новые версии, используемых мной библиотек, но их надо заново рассматривать, тк слишком много кардинальных изменений.

Есть еще пара структурных затыков, которые не так просто обойти.
- Например, кто ближе к тебе, 12-ти маркерный гаплотип с ГД=1 или 37-ми маркерный с ГД=3? =)
- каким образом сравниивать гаплотипы разной длины? Про матрицу см. выше
и тд и тп

Дойдут руки - займусь. Может во время холодных зимних вечеров)))

[wbull]

Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать файлы FF в файл RF.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?

[Шад]

Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать файлы FF в файл RF.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?

Конвертируется только аутосомный файл.

[napobo3]

Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать файлы FF в файл RF.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?

А почему Вам потребовалось его конвертировать?

[wbull]

Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать файлы FF в файл RF.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?

А почему Вам потребовалось его конвертировать?

Чтобы воспользоваться интерпретомом.

[napobo3]

Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать файлы FF в файл RF.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?

А почему Вам потребовалось его конвертировать?

Чтобы воспользоваться интерпретомом.

Имейте в виду, что ФТДНА данные соответствуют 36-му билду, а 23ими - 37-му.

[Шад]

Почему-то сайт http://www.semargl.me стал сильно подтормаживать...
Завис происходит (судя по информации в статусе браузера) на ссылках на внешние сайты: Facebook (лайк?) и Google (map).

[wbull]

Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать файлы FF в файл RF.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?

А почему Вам потребовалось его конвертировать?

Чтобы воспользоваться интерпретомом.

Имейте в виду, что ФТДНА данные соответствуют 36-му билду, а 23ими - 37-му.

А что это такое и как это надо практически учитывать?

[JaG]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,5021.msg165750.html#msg165750

Ув. Semagl,
Нужно приводить результаты синонимичных названий снипов к единому, например: CTS2453, PF4806, Z2319 -> Z2319 или CTS2453/PF4806/Z2319.
Иначе автоматическая загрузка новых данных Роботом приведет к неразберихе.
До сих пор FTDNA пользовалась только одним из названий в подобных случаях, обычно из серии L.

[Semargl]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,5021.msg165750.html#msg165750

Ув. Semagl,
Нужно приводить результаты синонимичных названий снипов к единому, например: CTS2453, PF4806, Z2319 -> Z2319 или CTS2453/PF4806/Z2319.
Иначе автоматическая загрузка новых данных Роботом приведет к неразберихе.
До сих пор FTDNA пользовалась только одним из названий в подобных случаях, обычно из серии L.

Согласен с вами.
Проект гено2 принес мне много головной боли)
проблема не только с синонимами, а с ошибками в определении некоторых снипов.
С синонимами буду разбираться в любом случае, рано или поздно.
А вот с ошибочно определенными снипами, а также с обратными мутациями уже есть идеи как бороться, но необходимо свободное время для реализации алгоритма.
Спасибо что обратили мое внимание на эту проблему.

[JaG]

Начали появляться давно обещанные результаты с микроаллелями, в формате "[округленное значение] (точное значение)": 33 (33.2)