Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК

[AlexanderK]

Если не появилась каплогруппа - надо открывать тикет (с сабжем кажетсе "вопрос про Y тест" - самый нижний в листбоксе) и написать про это. Они ответят что у вас редкое сочетание STR-маркеров и они вам бесплатно сделают Backbone SNP Test  и что это займет 3-5 недель.

У меня за последнюю неделю уже два таких случая - не смогли определить гаплогруппу даже по 25 маркерам

Спасибо, сделал запрос, как вы сказали, а они быстро отвечают обычно?

Мне оба раза ответили на следующий день

[TK]

В плане идей: а можно ли в базе Semargl сделать возможность при сравнении гаплотипов учитывать разную скорость мутации STR?

Ведь даже для первых 17 маркеров скорость мутации, скажем, DYS426 более чем в 20 раз меньше скорости мутации DYS439 (GATA-A4): http://www.hawgoodfamily.co.uk/ystrdatabase.html
Получается, например, что имеющие отличие в 1 единицу в маркере DYS458 реально имеют более давнее родство, чем имеющие отличие в 5 единиц в маркере DYS439.

[Semargl]

После того как Семаргл стал виснуть на r1a и r1b (у всех так?) почти перестал туда заглядывать.

Только R1b.

То есть в полном соответствии с заветами товарища Клесова с "ариями" Семаргл работает нормально, а виснет исключительно на враждебных "эрбинах" ?  Идейно! 

Старый поиск матчей заменил новой тестовой версией. Поиск идет по произвольному количеству маркеров. Совпаденцев среди эрбинов ищет даже по одному маркеру, правда смысла в этом не вижу. 
Ограничение на вывод совпаденцев - 150 штук. Максимальная дистанция для поиска (метод бесконечных аллелей) - 1/5 от общего количества маркеров в запросе.
Сейчас поиск осуществляется во всех гаплогруппах. Не знаю, возможно после ограничу на поиск в "родной" гаплогруппе семпла.

PS я новый поиск особо не тестировал 

[Semargl]

В плане идей: а можно ли в базе Semargl сделать возможность при сравнении гаплотипов учитывать разную скорость мутации STR?

Ведь даже для первых 17 маркеров скорость мутации, скажем, DYS426 более чем в 20 раз меньше скорости мутации DYS439 (GATA-A4): http://www.hawgoodfamily.co.uk/ystrdatabase.html
Получается, например, что имеющие отличие в 1 единицу в маркере DYS458 реально имеют более давнее родство, чем имеющие отличие в 5 единиц в маркере DYS439.

В ближайших планах этого нет.

[Таракан]

В плане идей: а можно ли в базе Semargl сделать возможность при сравнении гаплотипов учитывать разную скорость мутации STR?

Ведь даже для первых 17 маркеров скорость мутации, скажем, DYS426 более чем в 20 раз меньше скорости мутации DYS439 (GATA-A4): http://www.hawgoodfamily.co.uk/ystrdatabase.html
Получается, например, что имеющие отличие в 1 единицу в маркере DYS458 реально имеют более давнее родство, чем имеющие отличие в 5 единиц в маркере DYS439.

В ближайших планах этого нет.

То ли я плохо ищу, то ли уже нет этого раздела, но спрошу) Раньше можно было вводить маркеры и искать совпаденцев самостоятельно (без включения в Семргл или в моем случае - ожидая оного) - планируется ли вернуть такую возможность?

[Semargl]

В плане идей: а можно ли в базе Semargl сделать возможность при сравнении гаплотипов учитывать разную скорость мутации STR?

Ведь даже для первых 17 маркеров скорость мутации, скажем, DYS426 более чем в 20 раз меньше скорости мутации DYS439 (GATA-A4): http://www.hawgoodfamily.co.uk/ystrdatabase.html
Получается, например, что имеющие отличие в 1 единицу в маркере DYS458 реально имеют более давнее родство, чем имеющие отличие в 5 единиц в маркере DYS439.

В ближайших планах этого нет.

То ли я плохо ищу, то ли уже нет этого раздела, но спрошу) Раньше можно было вводить маркеры и искать совпаденцев самостоятельно (без включения в Семргл или в моем случае - ожидая оного) - планируется ли вернуть такую возможность?

Возможности поиска  близких совпаденцев по самостоятельно вводимым маркерам не было. Была возможность поиска полного совпадения по вводимому набору маркеров. Сейчас такой возможности нет, но в планах есть вернуть ее улучшенный вариант с поиском именно совпаденцев с регулируемой генетической дистанцией.

[Таракан]

Возможности поиска  близких совпаденцев по самостоятельно вводимым маркерам не было. Была возможность поиска полного совпадения по вводимому набору маркеров. Сейчас такой возможности нет, но в планах есть вернуть ее улучшенный вариант с поиском именно совпаденцев с регулируемой генетической дистанцией.

Я и не говорил о близких совпаденцах Но не суть - главное, что инструмент вернется

[AlexanderK]

Есть ли возможность (и смысл) вносить в Семаргл все 400+ маркеров из YFULL?

[Semargl]

Есть ли возможность (и смысл) вносить в Семаргл все 400+ маркеров из YFULL?

Возможности нет и смысла пока особого не вижу, так как для сравнения еще мало народа. С учетом что 90% людей "зажмут" свои результаты Если Томас Кран внедрит новые панели STR маркеров, то тогда наверное будет смысл их добавить в базу. Тогда можно будет внести недостающие маркеры из YFull, у кого они есть.
В группах YFull есть инструменты специально заточенные под 400+ маркеров.

[Таракан]

Есть ли возможность (и смысл) вносить в Семаргл все 400+ маркеров из YFULL?

Возможности нет и смысла пока особого не вижу. Если Томас Кран внедрит новые панели STR маркеров, то тогда наверное будет смысл их добавить в базу. Тогда можно будет внести недостающие маркеры из YFull, у кого они есть.

Это панели Yseq Дельта и Гамма? Они вроде не бьются с 111 маркерами и не совсем понятно для чего вводятся. Есть какие-то причины вводить именно такие локусы в панели?

[Lesla]

Старый поиск матчей заменил новой тестовой версией. Поиск идет по произвольному количеству маркеров. Совпаденцев среди эрбинов ищет даже по одному маркеру, правда смысла в этом не вижу. 
Ограничение на вывод совпаденцев - 150 штук. Максимальная дистанция для поиска (метод бесконечных аллелей) - 1/5 от общего количества маркеров в запросе.
Сейчас поиск осуществляется во всех гаплогруппах. Не знаю, возможно после ограничу на поиск в "родной" гаплогруппе семпла.

PS я новый поиск особо не тестировал 

Владимир, огромное спасибо! Долгожданное обновление!
Пошел тестить )))

[zea78]

Здравствуйте! А сейчас в базу вносятся 12-маркерные гаплотипы?
Если да. то внесите пожалуйста 454631 , 380037
Есть в проекте: https://www.familytreedna.com/public/R1a?iframe=yresults

[varang]

Можно тогда кит 340974 Russia DNA тоже добавить в базу данных?
Спасибо! На ФТДНА на 12м нет матчей, так хоть приглядеться к окружению можно будет. 

[Mich Glitch]

Отличная работа!!!

[mikhail a.]

Опробовал новый поиск Semargla: задаю макс дистанцию для поиска, после чего база сама ее изменяет и выдает отсутствие совпаденцеd или одного-двух. Не могу понять что делаю не так?
Верните "взад" как было