АвторТема: Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК  (Прочитано 113977 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6253
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
По обсуждаемой теме о Ботайском человеке.
Завел его данные сюда: http://www.semargl.me/kit/157532/
Но не установил гаплогруппу.

И обнаружил весьма интересную особенность в выдаче сопоставимых результатов. Выдача осуществляется исключительно в пределах одной гаплогруппы, а в данном случае - по образцам со статусом гаплогруппы - Unknown.
Прошу уважаемого Lesla попробовать установить Q (альтернативное мнение) и O (мнение исследователей из казахской Лаборатории популяционной генетики).
И по результатам отписать свое мнение сюда: http://forum.molgen.org/index.php/topic,9983.msg378179.html#msg378179

Оффлайн Terenga

  • Сообщений: 29
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: I-FGC21611
  • мтДНК: H
Здрасте всем. В Семаргле получил вот такую диаграмму но не пойму как читать её.

Что я вижу лишь то что рядом со мной никого нет, значит нет ближайших ( 0 - 300 лет) общих предков. Верно?

Обращает на себя внимание то, что мой кит находится вдали от большой группы.

Что за величины по абтсцисе и что по ординате? Какой практический смысл можно сделать из этого графического выхода?




Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1107
  • Страна: ru
  • Рейтинг +409/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Здрасте всем. В Семаргле получил вот такую диаграмму но не пойму как читать её.

Что я вижу лишь то что рядом со мной никого нет, значит нет ближайших ( 0 - 300 лет) общих предков. Верно?

Обращает на себя внимание то, что мой кит находится вдали от большой группы.

Что за величины по абтсцисе и что по ординате? Какой практический смысл можно сделать из этого графического выхода?



Этот инструмент позволяет, используя всю доступную информацию (в вашем случае - STRы), свести ее на n-мерное (в вашем случае - 2мерное) пространство.
По обеим осям находятся безразмерные величины, отражающие удаленность образцов друг от друга.
Судя по графику - близкой родни нет.
МГК (PCA) не всегда эффективен. Попробуйте другие методы - ЛДА (LDA), например.

Оффлайн Pre Slav

  • Где начало того конца которым оканчивается начало?
  • Сообщений: 1696
  • Страна: 00
  • Рейтинг +122/-92
Этот инструмент позволяет, используя всю доступную информацию (в вашем случае - STRы), свести ее на n-мерное (в вашем случае - 2мерное) пространство.
По обеим осям находятся безразмерные величины, отражающие удаленность образцов друг от друга.
Судя по графику - близкой родни нет.
МГК (PCA) не всегда эффективен.
он и не может быть эффективен в случае одноглаплогрупных STR... МГК (PCA, разложение на главные компоненты) инструмент анализирующий смеси чего либо (популяций, аутосом, и т.д.), а здесь нет никаких смесей, поэтому нет никаких компонентов, здесь чисто древовидный случай отношения предок-потомок... применения его к гаплогруппе одного человека с конкретной уже определенной гаплогруппой вообще бессмысленно... так, красивая картинка...


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34798
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2998/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Разве "одногаплогруппный" означает вертикаль "предок-потомок"?
А если подумать?
Всё тот же горизонтальный однопоколенный (с естественными перекосами) срез.

Не являюсь поклонником метода, но то что выдал Пре Слав - обычная его глупость, обычно же не заслуживающая внимания.

*** Включил секундомер (10:27 по местному времени).

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12419
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2430/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2-FT44209
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
*** Включил секундомер (10:27 по местному времени).

Ожидаете юбилейный тридцатый? ;)

Оффлайн Pre Slav

  • Где начало того конца которым оканчивается начало?
  • Сообщений: 1696
  • Страна: 00
  • Рейтинг +122/-92
Разве "одногаплогруппный" означает вертикаль "предок-потомок"?
А если подумать?
Всё тот же горизонтальный однопоколенный (с естественными перекосами) срез.

Не являюсь поклонником метода, но то что выдал Пре Слав - обычная его глупость, обычно же не заслуживающая внимания.
это самое пишите вы во всех своих сообщениях, всегда... а то что я написал то правильно, но видимо понятно только умным людям...
еще раз для умных, у STR у Y-хромосомы одного человека нету компонентов, поэтому что предок всегда один... а значит разложение на компоненты бессмысленно...


Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5267
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2559/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Этот инструмент позволяет, используя всю доступную информацию (в вашем случае - STRы), свести ее на n-мерное (в вашем случае - 2мерное) пространство.
По обеим осям находятся безразмерные величины, отражающие удаленность образцов друг от друга.
Судя по графику - близкой родни нет.
МГК (PCA) не всегда эффективен.
он и не может быть эффективен в случае одноглаплогрупных STR... МГК (PCA, разложение на главные компоненты) инструмент анализирующий смеси чего либо (популяций, аутосом, и т.д.), а здесь нет никаких смесей, поэтому нет никаких компонентов, здесь чисто древовидный случай отношения предок-потомок... применения его к гаплогруппе одного человека с конкретной уже определенной гаплогруппой вообще бессмысленно... так, красивая картинка...
;D
Нечего прибавить.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34798
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2998/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
а значит разложение на компоненты бессмысленно...

Как насчёт того, что имеем иную форму представления?
Если филогенетическое делает попытку (одну из огромного множества!) представить возможный вариант происхождения от одного предка, то данный инструмент можно использовать для оценки степени похожести-непохожести заданного множества гаплотипов.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34798
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2998/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Дам аналогию.

Дерево. Обычное такое дерево с ветвями и листочками.

Филогенетическое дерево - это как бы вид сбоку. Сделали горизонтальный срез и посмотрели сбоку.

А ругаемое Вами представление - это вид сверху. Сделали вертикальный срез и посмотрели сверху.


:)

Оффлайн Pre Slav

  • Где начало того конца которым оканчивается начало?
  • Сообщений: 1696
  • Страна: 00
  • Рейтинг +122/-92
Этот инструмент позволяет, используя всю доступную информацию (в вашем случае - STRы), свести ее на n-мерное (в вашем случае - 2мерное) пространство.
По обеим осям находятся безразмерные величины, отражающие удаленность образцов друг от друга.
Судя по графику - близкой родни нет.
МГК (PCA) не всегда эффективен.
он и не может быть эффективен в случае одноглаплогрупных STR... МГК (PCA, разложение на главные компоненты) инструмент анализирующий смеси чего либо (популяций, аутосом, и т.д.), а здесь нет никаких смесей, поэтому нет никаких компонентов, здесь чисто древовидный случай отношения предок-потомок... применения его к гаплогруппе одного человека с конкретной уже определенной гаплогруппой вообще бессмысленно... так, красивая картинка...
;D
Нечего прибавить.
конечно, стры же это принципиально одномерные данные... что анализирует мгк??? он берет многомерные данные, принципиально многомерные, и редуцирует их на меньшую размерность...
да, конечно, любые одномерные данные можно объявить многомерными, взять любое число, например, 123, и объявить что здесь три размерности со значением 1,2,3 и так их проанализировать в мгк - но что это будет значить??? ровным счетом ничего!!! осмысленной сущности за этими действиями нету...
так же и стр, это число записанное не в десятичной системе счисления, а скажем, в стоичной системе, но это одно число, принципиально одна размерность... и анализ его мгк методом имеет осмысленность равную нулю... просто расстояние хэмминга, которое и используется в стр-анализе, намного более осмысленно...

Оффлайн Terenga

  • Сообщений: 29
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: I-FGC21611
  • мтДНК: H
Здравствуйте все.

Мне FTDNA в матчах по BigY в самом верху списка выдал соваденца с
Known SNP Difference =0
Shared Novel Variants = 14
Non-Matchning Known SNPs = пусто
Matching SNPs = 26,326

Как я понимаю, это самый близкий совпаденец?
Построил дверо в semargl'е - получается что MCRA жил 1876 лет назад... Возможно ли такое? Что-то уж слишком давно при таком совпадении всего остального.

Кстати, после того как я сделал BigY (но еще не делал yfull), есть ли чему обновляться в семаргле и происходит ли это автоматически?

Спасибо.

« Последнее редактирование: 21 Май 2017, 11:51:38 от Terenga »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1

Построил дверо в semargl'е - получается что TMCRA жил 1876 лет назад... Возможно ли такое? Что-то уж слишком давно при таком совпадении всего остального.

Это нормально. Ведь написано Known SNP Difference =0 - то есть это по ранее известным снипам нет различий. А еще куча приватных, по которым разница. Ждите YFull - там понятней будет...

Оффлайн Terenga

  • Сообщений: 29
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: I-FGC21611
  • мтДНК: H
Спасибо, Александр.

а после того как я сделал BigY (но еще не делал yfull), есть ли чему обновляться в семаргле и происходит ли это автоматически?

Спасибо еще раз.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Спасибо, Александр.

а после того как я сделал BigY (но еще не делал yfull), есть ли чему обновляться в семаргле и происходит ли это автоматически?

У меня  все проверенные Бигом снипы добавились автоматически http://www.semargl.me/kit/71085/

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100