Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК

[Semargl]

У меня разрешение монитора 2560 x 1440, возможности проверить на меньшем разрешении - нет.
Просьба, если есть проблемы с отображением графиков - отпишитесь.

Тунец, пользуйтесь Screenfly - инструментом для просмотра в других разрешениях и устройствах. Пользователи у нас и с айпадами есть 

За ссылку спасибо. Моя беда - дизайн. Под айпэды и айфоны переделать дизайн не осилю. При создании, расчитывал минимальное разрешение экрана: 1024х768.

[Semargl]

Добавил графики распределения выбранной гаплогруппы по странам.
Как пример: Распределение гаплогруппы R1a по странам мира.
Доступ к списку гаплогрупп можно получить через меню слева, пункт "гаплогруппы".
PS Помощь вэб-дизайнера, принял бы, с большим удовольствием Это к посту выше.

[Semargl]

По просьбе Шада, сделал онлайн-конвертер FF->RF
Просьба протестировать.
PS Не знаю, востребованно ли это? Если нет, или _очень_ много траффика сожрет, то придется заблокировать данную возможность онлайн-конвертации, и воспользоваться офлайн версией моей программы.

[I2a1a]

По просьбе Шада, сделал онлайн-конвертер FF->RF
Просьба протестировать.
PS Не знаю, востребованно ли это? Если нет, или _очень_ много траффика сожрет, то придется заблокировать данную возможность онлайн-конвертации, и воспользоваться офлайн версией моей программы.

Со страндами там все в порядке?
Некоторые снипы в FF чипе имеют другой странд.

[Semargl]

По просьбе Шада, сделал онлайн-конвертер FF->RF
Просьба протестировать.
PS Не знаю, востребованно ли это? Если нет, или _очень_ много траффика сожрет, то придется заблокировать данную возможность онлайн-конвертации, и воспользоваться офлайн версией моей программы.

Со страндами там все в порядке?
Некоторые снипы в FF чипе имеют другой странд.

По правилам конвертации (проверьте, прав ли я).
1) Удалить первую строку "RSID,CHROMOSOME,POSITION,RESULT"
2) Удалить все кавычки
3) Запятые заменить пробелами
4) Все TA заменить на AT
5) Все GC заменить на CG
6) Все TC заменить на CT
7) Все TG заменить на GT
8) --- заменить на --
9) Убрать символ возврата каретки (\r)
10) Если RSID = "rs590787" и RESULT = "AA" - заменить RESULT на "II"
11) Если RSID = "rs590787" и RESULT = "-A" или RESULT = "AG"- заменить RESULT на "DI"
12) Если RSID = "rs5861422" или RSID = "rs9332131 " и RESULT = "-A" - заменить RESULT на "DI"
13) Если RSID = "rs5861422" или RSID = "rs9332131 " и RESULT = "AA" - заменить RESULT на "II"
14) Если RSID = "rs1799750" и RESULT = "-C" - заменить RESULT на "DI"
15) Если RSID = "rs1799750" и RESULT = "CC" - заменить RESULT на "II"

Грубо говоря это было ТЗ

[Шад]

Леон подтвердил правильное понимание его алгортима. За основу брался его конвертер.

[napobo3]

Со страндами там все в порядке?
Некоторые снипы в FF чипе имеют другой странд.

Странды они давно починили.

Результаты правильные, проверил обе версии (Аффи и Иллюминy).

[Semargl]

Вот и свершилось. Совместно с уважаемым Вадимом, протестировали и отладили автоматическое добавление гаплотипов (вместе со снипами) из его базы данных в мою. Теперь Робот Вертнера будет трудиться над обновлением и моей базы
Так что хочу навести небольшой марафет и перевожу мое приложение в разряд Бета.
PS Огромная благодарность Вадиму.

[Lesla]

И Вам искренняя благодарность! +

[wertner]

Заполнил таблицы R1a-Unknown, N-Unknown, Q-Unknown (гаплотипами Q1b), E1b-Unknown (гаплотипами E1b1b1a1b). Заполнял 67-маркерными гаплотипами или более длинными.
Будет хорошо, если кто-нибудь протестирует: достаточно ли данных, нет ли ошибок.
Также пишите, какие еще гаплогруппы заполнить для тестирования. По окончанию периода тестирования будут заполнены все гаплогруппы (вроде как Тунец не против и если я R1b заполню, несмотря на количество гаплотипов).

[Semargl]

Для "отлова" дублей, и для сравнения гаплотипов, ввел новую функцию в приложении.
Просьба протестировать и высказать ваши предложения по улучшению функционала.
ПС. Скоро, надеюсь, как появится немного свободного времени, планирую "заморозить" появление новых фич, и займусь "допиливанием" существующего функционала. Основное ударение будет сделано на быстродействие.
Всем спасибо за внимание.

[Шад]

Для "отлова" дублей, и для сравнения гаплотипов, ввел новую функцию в приложении.
Просьба протестировать и высказать ваши предложения по улучшению функционала.
ПС. Скоро, надеюсь, как появится немного свободного времени, планирую "заморозить" появление новых фич, и займусь "допиливанием" существующего функционала. Основное ударение будет сделано на быстродействие.
Всем спасибо за внимание.

Всё работает великолепно. Проверил на нескольких явных дублях. Только в одном случае не совпали - скорее всего ошибка при вводе данных в YSearch...
Вопрос - а робот будет автоматически добавлять данные при появлении новых снипов и новых гаплотипов или это была разовая акция?

[Semargl]

Для "отлова" дублей, и для сравнения гаплотипов, ввел новую функцию в приложении.
Просьба протестировать и высказать ваши предложения по улучшению функционала.
ПС. Скоро, надеюсь, как появится немного свободного времени, планирую "заморозить" появление новых фич, и займусь "допиливанием" существующего функционала. Основное ударение будет сделано на быстродействие.
Всем спасибо за внимание.

Всё работает великолепно. Проверил на нескольких явных дублях. Только в одном случае не совпали - скорее всего ошибка при вводе данных в YSearch...
Вопрос - а робот будет автоматически добавлять данные при появлении новых снипов и новых гаплотипов или это была разовая акция?

Спасибо за тест
Робот _уже_ добавляет данные, при появлении новых снипов, или при увеличении маркеров, или при появлении координат.
Есть несколько проблем.
Первая - снипы с индексами, т.е. типа L342.2. Робот вносит снипы без индексов, что соответственно вносит некоторую путаницу. Будем решать
Вторая - дубли и модальные гаплотипы из ysearch. Они нафих не нужны. Будем решать
PS Чтоб максимально защититься от появления дублей, надо, при возможности, вносить в данные и номера по Ysearch. Это, по крайней мере, исключит появление двух одинаковых гаплотипов с номером кит по фтдна и по айсерч. Ну и пишите в личку списки дублей - буду в меру сил удалять, но это не гарантирует 100% не появления их в будущем

[Шад]

Для "отлова" дублей, и для сравнения гаплотипов, ввел новую функцию в приложении.
Просьба протестировать и высказать ваши предложения по улучшению функционала.
ПС. Скоро, надеюсь, как появится немного свободного времени, планирую "заморозить" появление новых фич, и займусь "допиливанием" существующего функционала. Основное ударение будет сделано на быстродействие.
Всем спасибо за внимание.

Всё работает великолепно. Проверил на нескольких явных дублях. Только в одном случае не совпали - скорее всего ошибка при вводе данных в YSearch...
Вопрос - а робот будет автоматически добавлять данные при появлении новых снипов и новых гаплотипов или это была разовая акция?

Первая - снипы с индексами, т.е. типа L342.2. Робот вносит снипы без индексов, что соответственно вносит некоторую путаницу. Будем решать

На самом деле индекс означает, что снип выявлен в другой последовательности, т.е. имеется в другой гаплогруппе. Уважаемый VVR подробно разъяснил это здесь. С одной стороны можно игнорировать этот момент, с другой это приведет к смешению на карте гаплотипов из разных гаплогрупп.

[Semargl]

Первая - снипы с индексами, т.е. типа L342.2. Робот вносит снипы без индексов, что соответственно вносит некоторую путаницу. Будем решать

На самом деле индекс означает, что снип выявлен в другой последовательности, т.е. имеется в другой гаплогруппе. Уважаемый VVR подробно разъяснил это здесь. С одной стороны можно игнорировать этот момент, с другой это приведет к смешению на карте гаплотипов из разных гаплогрупп.

Вот и я про это говорю - "что соответственно вносит некоторую путаницу"
Т.е. если пользователь сделает запрос страницы со снипами L342 - получает в ответ "микс" из гаплотипов, принадлежащих нескольким гаплогруппам. Что не есть гуд