АвторТема: Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК  (Прочитано 113251 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Ввел 67-маркерный гаплотип D. На днях ожидается ещё один D из Казахстана. Проблема в том, что я не знаю субклад, а в выпадающем списке присутствуют только три конкретных субклада D. Может сделать возможность выбора просто D.
И если никто не возражает, то можно прописать мне права по этой группе.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Ввел 67-маркерный гаплотип D. На днях ожидается ещё один D из Казахстана. Проблема в том, что я не знаю субклад, а в выпадающем списке присутствуют только три конкретных субклада D. Может сделать возможность выбора просто D.
И если никто не возражает, то можно прописать мне права по этой группе.
Делегировал Вам права на редактирование гаплотипов входящих в эту гаплогруппу.
Субклад D добавлен.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
С J2 я даже не знаю кто может помочь.
Я могу попытаться разобраться с J2a.

Если есть короткая инструкция, что нужно делать, ткните носом, чтоб не перечитывать всю ветку.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
А разве не так надо по DYS464:
(12-12)+(14-12)+(15-14)+(15-15) = 3
?

Нет, не так.
Имеем 12-12-14-15-15-15 для первого гаплотипа и 12-14-15-15 для второго. Аллели расположены в порядке возрастания условно.
Имеем только два отличающихся аллеля: 12 и 15. Опять же условно их (я и ФТДНА   :) ) полагаем отличными на один шаг каждый. Итого два шага.
Я понимаю ваши расчеты, но возникает вопрос: как автоматизировать подсчет генетической дистанции по DYS464?
В базе, данные представлены в виде таблицы, подобно:
DYS464aDYS464bDYS464cDYS464dDYS464eDYS464fDYS464g
1212141515150
12141515000
То есть необходим гибкий алгоритм подсчета дистанции по маркёру dys464.
Как при подсчете, автоматически, учесть все возможные варианты?
Есть идеи?
Для меня это действительно актуально, так как судя по всему мне надо будет попытаться изменить алгоритм подсчета ГД.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34613
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2950/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Хорошо, когда есть 12-12-14-15-15-15 и 12-14-15-15. Поисключал одинаковые и дело с концом.
А если 13-13-16-16-17-17 и 12-14-15-15, как тогда быть?  :o

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34613
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2950/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Сдаётся мне, что наипростейший путь, это отписать на ФТДНА и спросить, какую методу они используют для расчётов.
При этом сослаться на номера аккаунтов. (Французский и питерский.)

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Сдаётся мне, что наипростейший путь, это отписать на ФТДНА и спросить, какую методу они используют для расчётов.
При этом сослаться на номера аккаунтов. (Французский и питерский.)
С FTDNA ясно и так. У них есть пометки к маркеру, с указанием что там, дубликация или что еще. А для нас, потребителей, они счтают достаточным вывести цифирь 12-12-14-15-15-15. При визуальном сравнении разобраться можно, а про автоматическое скачивание ихних данных, они как-то не подумали. ;)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34613
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2950/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Если про потребителей, то я использую только метод бесконечных аллелей.
Поясню почему.
1) Использую только длинные гаплотипы.
2) Использую только небольшие генетические дистанции (скажем, не далее 57/67, или 90/111).
3) Даже если предположить, что мутации происходят строго одношагово; даже если принять в расчёт наличие маркеров быстрых и медленных; то с учётом первых двух пунктов, вероятность того, что мутации произойдут именно в одном только маркере - незначительна.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Хорошо, когда есть 12-12-14-15-15-15 и 12-14-15-15. Поисключал одинаковые и дело с концом.
А если 13-13-16-16-17-17 и 12-14-15-15, как тогда быть?  :o
В предикторе я последовательно нахожу наименьшую разницу между маркерами:
12-13, 13-14, 16-15, 16-15 и после этого проверяю нельзя объяснить наибольшую разницу реклохом.

Но робот просто вычитает значения маркеров соответствующих маркеров гаплотипов, не учитывая специфики DYS 464, DIS 389-2, CDY и т.д. Это сделано, прежде всего, для быстроты работы.

Оффлайн eugene-march

  • Сообщений: 284
  • Рейтинг +41/-2
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: К1b2a
Не могу найти тему "Археология и Y-гаплогруппы". Можно перенести потом.

Добавил оксывскую культуру- латенизированная археологическая культура железного века (II век до н. э. — I век). Ассоциируется с восточногерманскими племенами ругиев и лемовиев.

Интересно в ареал попадают 2 ветви R1a1a (Malopolska Silesia et Pomeranian L365+):


Оффлайн eugene-march

  • Сообщений: 284
  • Рейтинг +41/-2
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: К1b2a
Две эти ветви в пределах Европы:


Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11258
  • Страна: az
  • Рейтинг +2010/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Вопрос Роботу Вертнера.

Возможно ли добавление в базу данных Семаргла гаплотипов из научных статей? Гаплотипы будут приводиться в формат ФТДНА и вывешиваться здесь.
« Последнее редактирование: 14 Март 2012, 10:49:27 от Farroukh »

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Вопрос Роботу Вертнера.
Отвечу за него.

Я пришлю форму файла, ее надо будет заполнять. После этого надо будет выслать файл мне на почту, а я скормлю роботу.
Возможно, в будущем заменим почту каким-нибудь ftp.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Только нельзя забывать о разный форматах представления одного и того же маркера в разных работах.

Перед передачей их надо конвертировать в формат ФТДНА.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Только нельзя забывать о разный форматах представления одного и того же маркера в разных работах.

Перед передачей их надо конвертировать в формат ФТДНА.
Это будет на совести Фарруха.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100