Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК

[Lesla]

Можно, конечно, L366 дать другое название, скажем "померанская". Но тагда будет полный контрапункт с поляками, которые называют L365 "померанской", а L366 - "прусской".

Может тогда пойти навстречу полякам и назвать  L365 "померанской", а L366 оставить "прусской"? Филогения веток у поляков с Вашей, Игорь, совпадает? Если различается состав веток критически, то конечно общие названия не стоит употреблять.

[Овод]

Можно.
 
С поляками у нас действительно хорошее совпадение, во всяком случае лучшее, чем с Родством. Сейчас у них ещё появилась классификация пана Лаппы, как альтернативная Гвоздю с Майкой.
 
Нужно будет всё это свести воедино: в сложных случаях отнесения наших польских  коллег могут быть весьма полезны.

[Lesla]

Тогда ждем Вашего авторского решения по переименованию веток:
"Прусская ветвь (Pr) R1a1a1i2 L365+" в "Померанская ветвь (??) R1a1a1i2 L365+"
и темы "L366" в "Прусская ветвь (Pr) R1a1a1i3 L366+" и перенос ее в раздел "Дерево R1a - версия Овода"
А потом Владимир поменяет у себя в базе, а я у себя в проекте.

[Шад]

Владимир, есть ли возможность обеспечить копирование гаплотипов из таблицы в Y-предиктор в понятном для него виде? Хотя возможно это вопрос уважаемому Вертнеру... Но пока без преобразований скопировать данные в предиктор невозможно. Может его как-то интегрировать в сервис?

И ещё. Мне кажется, что логичным развитием сервиса будет новая опция - что-то вроде Y-Utility. 

[Semargl]

Владимир, есть ли возможность обеспечить копирование гаплотипов из таблицы в Y-предиктор в понятном для него виде? Хотя возможно это вопрос уважаемому Вертнеру... Но пока без преобразований скопировать данные в предиктор невозможно.

Вы имеете ввиду "дополнительные" маркеры: dys19b, dys464e, dys464f, dys464g, dxys156y? В предикторе их надо удалять. Так?
Как решение, вы можете зайти на персональную страницу нужного вам гаплотипа, например: UFCTR, и уже оттуда спокойно скопировать значения маркеров, в формате, подходящем для предиктора.

Насчет Y-Utility, не понял. Если есть такое приложение, зачем копировать его функционал. Если надо сделать что-то другое, то в первую очередь важна постановка задачи. То есть, если у вас есть задумка - поделитесь

[Шад]

Насчет Y-Utility, не понял. Если есть такое приложение, зачем копировать его функционал. Если надо сделать что-то другое, то в первую очередь важна постановка задачи. То есть, если у вас есть задумка - поделитесь

Задумка была в том, чтобы для задаваемой совокупности гаплтипов производился расчет TMRCA. Хотя Вы, наверное, правы - если есть другой сервис, то зачем это дублировать. Хотя было бы удобно. В Y-Utility нужно каждый раз копировать гаплотипы, а здесь они все уже есть. В том смысле, что есть ощущение, что скоро здесь будет достаточно представительный банк гаплотипов. 

[Овод]

Тогда ждем Вашего авторского решения по переименованию веток:
"Прусская ветвь (Pr) R1a1a1i2 L365+" в "Померанская ветвь (??) R1a1a1i2 L365+"
и темы "L366" в "Прусская ветвь (Pr) R1a1a1i3 L366+" и перенос ее в раздел "Дерево R1a - версия Овода"
А потом Владимир поменяет у себя в базе, а я у себя в проекте.

Договорились. Свою часть и название в Семаргле я поменяю сегодня же.

[Semargl]

Решил заново реализовать таблицу галотипов, входящих в бранч, но уже с автоматическим определением минимального, модального и максимального значения каждого маркера. Отличие от модала, в ту или иную сторону, будет отличаться по цвету.
Оценить можно со страницы списка бранчей, выбрав напротив нужного, ссылку: "Таблица гаплотипов in color"
Прямая ссылка на таблицу по "Сарматам".
ПС Просьба, пока не публиковать эти ссылки у "зарубежников". Фича пока сырая, и требует значительной доработки.
ППС Как всегда, отзывы и оценки, приветствуются.

Доработал эту функцию.
+ несколько повысил быстродействие расчетов в других функциях.
Так что, по моему скромному мнению, время отклика страницы остается на приемлемом уровне (если не надо просчитать 1000 гаплотипов с разбивкой по цветам)

[eugene-march]

Владимир, таблица совпаденцев на Вашем сайте автоматически обновляется? Смотрю уже появились в качестве совпаденцев и древние ДНК. Это происходит автоматически при добавлении новых гаплотипов?

У меня в совпаденцах некто Venzhego-венед, BRJXN- 19/1/1 (одно лишь расхождение).
Но, у него всего лишь 25 маркеров. Т.е., возможно определение ветви и на столь коротких гаплотипах?

[Semargl]

Владимир, таблица совпаденцев на Вашем сайте автоматически обновляется? Смотрю уже появились в качестве совпаденцев и древние ДНК. Это происходит автоматически при добавлении новых гаплотипов?

У меня в совпаденцах некто Venzhego-венед, BRJXN- 19/1/1 (одно лишь расхождение).
Но, у него всего лишь 25 маркеров. Т.е., возможно определение ветви и на столь коротких гаплотипах?

Евгений, все данные на сайте обновляются в автоматическом режиме. Конечно можно подправить и ручками, но в основе автоматизация. Данные по совпаденцам, генерируются каждый раз в режиме реального времени, как только вы нажимаете кнопку "демо1" или "демо2"
(кстати как кратко "обозвать" эти кнопки? думаю оставить оба алгоритма, "на вкус и цвет"))))

По венедам - вопрос не ко мне. Задать лучше Lesla или Оводу
Есть субклады, которые имеют свою индивидуальную особенность; и на коротких гаплотипах легко определяются "десятники" и "анты"

[Овод]

У меня в совпаденцах некто Venzhego-венед, BRJXN- 19/1/1 (одно лишь расхождение).
Но, у него всего лишь 25 маркеров. Т.е., возможно определение ветви и на столь коротких гаплотипах?

Формально, предиктор (на основе которого сделано это отнесение) может предсказать ветку по максимуму вероятности для сколь угодно малого количества маркеров. Однако, надёжность такого предсказания невелика.
 
Для 19 маркеров это всего (в среднем) порядка нескольких процентов. Хотя зависит от гаплотипа и маркеров, на которых обнаружились отличия. Так, ветвь Данов довольно хорошо предсказывается всего по одному маркеру Dys388=10. 
 
Но это - не Ваш случай.

[Аббат Бузони]

Очепятка DYS 489-1 вместо DYS 389-1, там где вводишь гаплотип

[Semargl]

Очепятка DYS 489-1 вместо DYS 389-1, там где вводишь гаплотип

Исправил.

[Semargl]

Пришла в голову идея, надо попробовать реализовать. И завязывать с введением новых функций А заняться отладкой существующих.
Суть идеи такова: при выводе карты субклада, можно наложить на эту карту, полупрозрачную карту любой археологической культуры, по выбору, а можно наложить и несколько археологических культур на карту субклада.
Пример реализации можно посмотреть тут.
Желание реализовать  - есть, посмотрим насчет возможностей.

Из новых функций, которые планирую ввести до "заморозки" разработки:
1) Общая карта для снипов, где можно галками отмечать нужные снипы, и выводить их на карту.
2) Авторизация, и ограничение админских прав, до прав на редактирование только своей ГГ
3) Решение проблемы с несколькими пинами, расположенными в одной точке на карте.
4) Карты с наложением археологических культур
Если что упустил, прошу напомнить

ПС Встроил, на каждую страницу, кнопки фейсбука, твиттера и гугла. Но проблема в создании описания страницы, для этих социалок необходимо краткое изложение содержания страницы. У кого есть желание создать описание, любой страницы, на языках (любом из: русский, финский, английский, немецкий, чешский) - кидайте свои наработки мне в личку.

[Semargl]

Обращаюсь к уважаемым историкам.
К вопросу, о наложении ареалов археологических культур, на карту с гаплотипами.
Небольшой тестовый пример, пока без гаплотипов.
Пытался нарисовать Пшеворскую культуру.
Обнаружилась проблема, с которой я не справлюсь, или ее решение потребует очень большого времени. Это создание этих самых карт.
Нужно сообщество, которое будет рисовать эти карты. Рисовать можно в бесплатной программе, Google Earth. Рисовать просто, но главное хорошо знать распространение рисуемой археологической культуры.