АвторТема: Interpretome: online genome analysis  (Прочитано 18741 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #45 : 06 Октябрь 2012, 11:56:07 »
Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать FF в RF для Interpretome.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?
Naskol'ko pomnyu - autosomnij - snachala razarhivirovat' a uzhe potom vstavit' razorhivirovannij v konvektor.
Я так и сделал. Программа Interpretome конвертированный файл скушала. Но вот что насторожило. Если PF и все программыGgedmatch уверенно помещают меня в северную и западную Европу, то Interpretome загнап меня таки на Ближний восток. ;D

Оффлайн Jonik

  • Сообщений: 422
  • Страна: us
  • Рейтинг +26/-0
  • Y-ДНК: N1c1 (L591+)
  • мтДНК: I1a1a
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #46 : 06 Октябрь 2012, 18:07:15 »
Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать FF в RF для Interpretome.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?
Naskol'ko pomnyu - autosomnij - snachala razarhivirovat' a uzhe potom vstavit' razorhivirovannij v konvektor.
Я так и сделал. Программа Interpretome конвертированный файл скушала. Но вот что насторожило. Если PF и все программыGgedmatch уверенно помещают меня в северную и западную Европу, то Interpretome загнап меня таки на Ближний восток. ;D
Chtobi horosho noch'yu spat' glavnoe v svoyu medicinskuyu chast' ne zaglyadivat'.
A skol'ko neadertal'skih edinic naschitali?

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #47 : 06 Октябрь 2012, 18:33:34 »
Chtobi horosho noch'yu spat' glavnoe v svoyu medicinskuyu chast' ne zaglyadivat'.
A skol'ko neadertal'skih edinic naschitali?

Неандертальских единиц -9. :)
Насчет медицинской части, то может быть я что то не понял, но мне показалось там все хорошо.
Продолжительность жизни мне программа насчитала 97,6% от максимальной. ;D

Оффлайн Jonik

  • Сообщений: 422
  • Страна: us
  • Рейтинг +26/-0
  • Y-ДНК: N1c1 (L591+)
  • мтДНК: I1a1a
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #48 : 07 Октябрь 2012, 01:26:16 »
Chtobi horosho noch'yu spat' glavnoe v svoyu medicinskuyu chast' ne zaglyadivat'.
A skol'ko neadertal'skih edinic naschitali?

Насчет медицинской части, то может быть я что то не понял, но мне показалось там все хорошо.
Продолжительность жизни мне программа насчитала 97,6% от максимальной. ;D
Vot tol'ko ne nado rasslablyat'sya  8)

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #49 : 07 Октябрь 2012, 11:24:56 »
Chtobi horosho noch'yu spat' glavnoe v svoyu medicinskuyu chast' ne zaglyadivat'.
A skol'ko neadertal'skih edinic naschitali?

Насчет медицинской части, то может быть я что то не понял, но мне показалось там все хорошо.
Продолжительность жизни мне программа насчитала 97,6% от максимальной. ;D
Vot tol'ko ne nado rasslablyat'sya  8)
Мне вообще кажется, что все эти программы в большой степени просто милые игрушки.
Когда еще не было персональных компьютеров у нас в институте стоял hp, который занимал несколько комнат. Когда к нему купили плоттер, то программисты сделали программу, которая при вводе комбинации цифр рисовала причудливые рисунки. Люди несли к ним даты своих рождений и за небольшую плату получали соответствующие им рисунки. Многие пытались что то из них понять, а программисты имели свой маленький неофициальный бизнес.
Ничего не напоминает? ;D

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #50 : 07 Октябрь 2012, 11:46:13 »
A DNA music Вы ещё не освоили? Вот это полная аналогия картинок с плоттера. Только с поправкой на выросший уровень научно-технического развития:)

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #51 : 07 Октябрь 2012, 12:47:22 »
A DNA music Вы ещё не освоили? Вот это полная аналогия картинок с плоттера. Только с поправкой на выросший уровень научно-технического развития:)
Еще нет. ;D

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #52 : 07 Октябрь 2012, 18:50:16 »
A DNA music Вы ещё не освоили? Вот это полная аналогия картинок с плоттера. Только с поправкой на выросший уровень научно-технического развития:)
Еще нет. ;D

На 23andMe у Вас никто не тестировался? Там есть такая милая музыкальная утилита базирующаяся на следующем:
Цитировать
оптимистичен, умею все и все могу ©
Розовый шум или теория ДНК-музыки.

Фактически, первым шагом к созданию ДНК-музыки стало понимание, что последовательность ДНК попадает под определение «розового шума» (его еще называют иногда фликкер-шум, или же 1/f шум). Этим термином обозначают шум, спектральная плотность которого обратно пропорциональна его частоте. Стоит отметить, что многие природные звуки владеют характеристиками розовых шумов: шум дождя, прибоя, ветра (не потому ли они нам так нравятся?). Учеными было показано, что генерация розового шума лежит в основе популярности многих кассовых кинофильмов, при монтаже которых пользуются особыми принципами длины монтажной склейки.

В 1986 году, в журнале «Immunogenetics» появилась статья Сузумо Оно (Susumu Ohno) и Мидори Оно (Midori Ohno), в которой описывались принципы повторяемости в природе. В этой статье профессор Оно высказал мысль, что «всеобъемлющий закон повторяемости» присутствует и в музыке, и в последовательности любой ДНК, а это значит – ДНК можно рассматривать как источник музыки. Фактически, эта статья дала весомый толчок и необходимую научную базу для развития ДНК-музыки. Но пионером ДНК-музыки можно по праву считать американского профессора Дэвида Димера (о нем речь пойдет чуть ниже).

В 1991 году в журнале “Physical review” доктором Ли (Wentian Li) была опубликована работа, которая рассматривала принципы генерации розовых шумов различных объектов, начиная от созвездий и галактик, и кончая малыми объектами. Среди прочего, доктор Ли рассмотрел ДНК как источник розового шума, и нашел, что по многим параметрам последовательность ДНК подпадает под понятие «генератор розового шума». А это значит – ДНК можно использовать в качестве источника музыки.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #53 : 08 Октябрь 2012, 15:03:49 »
Подскажите пожалуйста, как правильно конвертировать FF в RF для Interpretome.
FF состоит из двух файлов, а RF, как я понимаю, из одного. Конвертировать только аутосомный файл или надо как то его соединить с Х файлом?
Naskol'ko pomnyu - autosomnij - snachala razarhivirovat' a uzhe potom vstavit' razorhivirovannij v konvektor.
Я так и сделал. Программа Interpretome конвертированный файл скушала. Но вот что насторожило. Если PF и все программыGgedmatch уверенно помещают меня в северную и западную Европу, то Interpretome загнап меня таки на Ближний восток. ;D


1)Продолжил изучение своей Y-DNA  в программе Interpretome. Результат был неожидан – мне ближе всего народ burucho из Hunza, что на границе Китая, Афгана, Пакистана. По проге дистанция от ниандер - 0, как у sanych_85 /данные групп ДНК у нас одинаковы/. Можно ли говорить об иных корнях?
2)В «народной» справочной в статье  https://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_G2c_%28Y-DNA%29 читаем «Sengupta и др. (2006) нашел, что Burushos полностью недоставало haplogroup G2a, который хорошо представлен среди соседнего населения Kalash и Pashtun.»
3)Интересные данные в http://eprints.hec.gov.pk/1337/1/1042.html.htm Исследования говорят, что «.. Burusho и Pathans ближе греческому населению.. » а  « .. у пакистанцев и европейцев был общий генофонд.. ».
4)Пишут про уникальный язык бурушей https://en.wikipedia.org/wiki/Burusho_people кот. Напоминает - басский. Как в  п.3 исследовании, так и в статье http://dienekes.110mb.com/articles/greekadna/ рассматривают мировые группы населения см. http://dienekes.110mb.com/articles/greekadna/mfig001.gif
«It is clear that Greeks belong in the Caucasoid cluster of populations (encompassing groups from “North European” to “Burusho” in the figure), and are clearly distinguished from the Asian/Oceanian/American cluster (“Cambodian” to “Mayan Indian”), and even more from the African groups (“San” to “Zaire Pygmy').»
5) Мнение участника сайта: "Да, прежняя информация в этой теме уже устарела, топология древа E1b1b1a корректируется, причём в сторону удревнения. Видимо, прав был Лев Животовский, считая что E-V13 имеют возраст в 9000 лет. Наповал убивает то, что древнейшие ветви обнаружены не у западно-азиатов, а у фламандца Ван Сулл де Йонга и немца Рикмана, относящихся к германскому (балто-североморскому) региону. Рискну предположить, что E1b1b1a были в Северной Европе задолго до индоевропейского вторжения."« Последнее редактирование: 02 Июль 2012, 09:35:46 от Farroukh »

Каково ваше мнение о «компоте» выше ?

А разве интерпретоме работает с У хромосомой, я думал, что он работает с аутосомными хромосомами.
Во всяком случае я загружал туда конвертироваееый FF, а там нет У хромосомы.
Что же о компоте. Я собственно и есть тот самый "немец" Рикман о котором писал уважаемый Farroukh. Как я уже здесь писал  PF и все программыGgedmatch уверенно помещают меня в северную и западную Европу. Приблизительно туда же меня помещал проф.MacDonald и финский проект. Однакр Interpretome загнап меня 100% на Ближний восток. Поэтому, я думаю, что он не очень точен или я просто не знаю как с ним работать. Может я не с той программой работал (там же несколько программ). Может быть неправильно работал. Например, там есть параметр по размеру выборки, который по умолчанию стоит 1000, однако когда я попробовал установить 10000, то программа все же вернула меня назад в северную Европу.
Но здесь надо четко представлять, что аутосомные этнопопуляционные программы исследуют в основном то, что Вы унаследовали от всех Ваших предков.
В то время как исследования по У хромосоме и по mtDNA исследуют только прямые мужские и женские линии. И соответственно они все будут давать совершенно разные результаты.


Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #54 : 08 Октябрь 2012, 17:45:44 »
[
Суть  вопроса  не понятна или не удобна? 
Программа съела то что ей дали и  выдала  раз за разом верные результаты.
Вроде сайт - популярный,  можно учиться и не кичиться, ибо всему есть мера.
"каждому воздастся по заслугам его" -  иным и в этой жизни, ведь так?
Скажем так: непонятен смысл и тон Вашего послания.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #55 : 09 Октябрь 2012, 11:42:50 »
A DNA music Вы ещё не освоили? Вот это полная аналогия картинок с плоттера. Только с поправкой на выросший уровень научно-технического развития:)
Еще нет. ;D

На 23andMe у Вас никто не тестировался? Там есть такая милая музыкальная утилита базирующаяся на следующем:
Цитировать
оптимистичен, умею все и все могу ©
Розовый шум или теория ДНК-музыки.

Фактически, первым шагом к созданию ДНК-музыки стало понимание, что последовательность ДНК попадает под определение «розового шума» (его еще называют иногда фликкер-шум, или же 1/f шум). Этим термином обозначают шум, спектральная плотность которого обратно пропорциональна его частоте. Стоит отметить, что многие природные звуки владеют характеристиками розовых шумов: шум дождя, прибоя, ветра (не потому ли они нам так нравятся?). Учеными было показано, что генерация розового шума лежит в основе популярности многих кассовых кинофильмов, при монтаже которых пользуются особыми принципами длины монтажной склейки.

В 1986 году, в журнале «Immunogenetics» появилась статья Сузумо Оно (Susumu Ohno) и Мидори Оно (Midori Ohno), в которой описывались принципы повторяемости в природе. В этой статье профессор Оно высказал мысль, что «всеобъемлющий закон повторяемости» присутствует и в музыке, и в последовательности любой ДНК, а это значит – ДНК можно рассматривать как источник музыки. Фактически, эта статья дала весомый толчок и необходимую научную базу для развития ДНК-музыки. Но пионером ДНК-музыки можно по праву считать американского профессора Дэвида Димера (о нем речь пойдет чуть ниже).

В 1991 году в журнале “Physical review” доктором Ли (Wentian Li) была опубликована работа, которая рассматривала принципы генерации розовых шумов различных объектов, начиная от созвездий и галактик, и кончая малыми объектами. Среди прочего, доктор Ли рассмотрел ДНК как источник розового шума, и нашел, что по многим параметрам последовательность ДНК подпадает под понятие «генератор розового шума». А это значит – ДНК можно использовать в качестве источника музыки.
Интересно. Однако на 23andMe не тестировался.
Недавно попробовал интересную прогу по предсказанию цвета глаз (не помню уже где, то ли на Gedmatch, то ли на Interpretome), таки предсказали же верно. ;D

Оффлайн nyb

  • Сообщений: 20
  • Страна: by
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: R1b1b2a
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #56 : 10 Февраль 2015, 16:23:17 »
Пардон за некропостинг, но можно краткого пояснения, что такое PCx и как они откладываются по осям (там ещё и проценты рядом)?
Вот мой результат по Ancestry -> PCA -> POPRES: European (убрал всё, что было далеко).

Любопытная вещь, по неандертальцу результат 6, низкий. А вот 23иЯ показывает довольно высокий процент генов неандертальца - 3%.

Оффлайн Тарас

  • Сообщений: 118
  • Страна: ru
  • Рейтинг +77/-0
  • Y-ДНК: R1a-L1029>YP417>YP418>YP728>YP5079
  • мтДНК: N1b1a5
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #57 : 02 Май 2015, 13:31:27 »
Насколько понял, Interpretome принимает данные только в формате 23&me. Подскажите, пожалуйста, где добыть конвертер для перевода в него файла FTDNA. Конвертер, упоминавшийся на форуме ( http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/convert/ ), вроде бы не работает... Спасибо.
« Последнее редактирование: 02 Май 2015, 14:00:53 от Тарас »

Оффлайн Gregor

  • Сообщений: 63
  • Страна: am
  • Рейтинг +22/-0
  • мтДНК: H4a1a1a
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #58 : 02 Май 2015, 23:34:49 »
Насколько понял, Interpretome принимает данные только в формате 23&me. Подскажите, пожалуйста, где добыть конвертер для перевода в него файла FTDNA. Конвертер, упоминавшийся на форуме ( http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/convert/ ), вроде бы не работает... Спасибо.

Вот, что нашел Гугль на эту тему

                                                        Converting FF data to 23andMe format

From some of the extremely helpful members of the FTDNA Forums, here's how you convert your FF raw data to the 23andMe format:

# You autosomal Family Finder data has a csv.gz extension, i.e., it is a comma-delimited GZIP-compressed file. You should use an suitable program (e.g., Winrar or Winzip) to extract the csv file into the same directory as in step #1.

# Open the csv file in any text editor (Word or Wordpad should work fine).

# Remove the header (RSID,CHROMOSOME,POSITION,RESULT) at the top of the file

# Replace all quotes (") with nothing.

# Replace all commas (,) with tabs.

# Replace all missing value characters (-) with the character m.

# Save the file in the same directory as 23andme.txt.

You've just converted your Family Finder data into a format that mimics that of 23andme.
This is necessary for some of the programs, such as Enlis and Genomera, that do not work in the FTDNA format.

Работает это или нет не проверял.
взял это отсюдова  - http://cryokidconfessions.blogspot.ru/2011/06/top-10-things-to-do-with-your-ftdna-raw.html
« Последнее редактирование: 02 Май 2015, 23:57:28 от Gregor »

Оффлайн Тарас

  • Сообщений: 118
  • Страна: ru
  • Рейтинг +77/-0
  • Y-ДНК: R1a-L1029>YP417>YP418>YP728>YP5079
  • мтДНК: N1b1a5
Re: Interpretome: online genome analysis
« Ответ #59 : 03 Май 2015, 00:03:51 »
Насколько понял, Interpretome принимает данные только в формате 23&me. Подскажите, пожалуйста, где добыть конвертер для перевода в него файла FTDNA. Конвертер, упоминавшийся на форуме ( http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/convert/ ), вроде бы не работает... Спасибо.

Вот, что нашел Гугль на эту тему                                                   

Спасибо. Уже сам нашел конвертер здесь: http://www.y-str.org/2013/06/autosomal-dna-converter.html
Правда, с непривычки не очень удобен, т.к. работает только из командной строки...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.