RJGG Vol.3 No.2 2011

[Valery]

То есть сам назвал Клёсова основателем ДНК-генеалогии

где?

[Mich Glitch]

По поводу статьи.
Название КСМ (константы скоростей мутации), на мой взгляд, неправильное. Избыточное.
Речь то ведь идёт об обычных скоростях мутаций. А не о каком-то коэффициенте-константе.

Предлагаю все КСМ заменить просто СМ.

[Mich Glitch]

Кроме вот этих двух утверждений (первое из которых, к тому же и совершенно ложное):

Вы фактически признаете АК основателем или по крайней мере одним из основателей днк-генеалогии.
...
Независимо от наличия или отсутствия у нас демократии я бы хотел поставить перед уважаемой Администрацией вопрос о необходимости запретить называть на Молгене АК основателем ДНК-генеалогии.

про основателя нигде нет.

[Valery]

- Кто пришёл в генетическую-генеалогию благодаря Анатолию Клёсову?
- Все, или почти все из присутствующих. По крайней мере из старичков.

Буквально - нет. Извините за несколько расширенное толкование Вашей фразы. Однако сказанное все равно ужасает. Михаил, так нельзя. Если Вы лично чувствуете приоритет Клесова над собой, по крайней в данной небольшом вопросе, не следует распространять это на других участников. Не задевайте чужое самолюбие Может у Вас другой жизненный опыт, но мой мне говорит однозначно: чужие собственное достоинство надо ценить выше Истины, Справедливости и тем более выше чем всякие там здраво и без эмоций. Человеческая натура вещь мерзкая, сами знаете 

[пенелопа]

Статья В. Рыжкова сверстана, отправлена техреду.

Текущий номер РЖГГ набран, 102 страницы.

Сверстаю обложки и соберу весь номер целиком в ближайшее время, отправлю главреду для Лулу.

Всем спасибо!

P.S. Номер сверстан и отправлен.

[Mich Glitch]

Номер получен!

Завтра-послезавтра буду выкладывать.

[Каржавин]

Никто и не заметил, что кроме двух рецензентов статью Рыжкова читали три техреда, а они ведь ТОЖЕ КОМПЕТЕНТНЫ. Получается, что ПЯТЬ человек единогласно посчитали нужным публиковать. Так в чем вопрос то?
Лично у меня есть ОБОСНОВАННЫЕ сомнения в пользе деления маркеров на панели быстрых и медленных маркеров (исследование пока в процессе, идут статистические расчеты). Но здесь тонкость в том, как именно происходит деление на панели, и что именно используется в качестве калибровочных данных. В общем, наверное имеет смысл посмотреть, что именно предлагает Рыжков.
Но я в этом деле лицо заинтересованное! Поэтому до публикации результатов Рыжкова смотреть не буду.

[Mich Glitch]

Никто и не заметил, что кроме двух рецензентов статью Рыжкова читали три техреда, а они ведь ТОЖЕ КОМПЕТЕНТНЫ. Получается, что ПЯТЬ человек единогласно посчитали нужным публиковать.

Да, нет.
Я конечно же имею самое общее представление о предмете.
Всё что я выделил, так это новизну подхода.
Насколько оценка верна увидим позже.

[asan-kaygy]

Никто и не заметил, что кроме двух рецензентов статью Рыжкова читали три техреда, а они ведь ТОЖЕ КОМПЕТЕНТНЫ. Получается, что ПЯТЬ человек единогласно посчитали нужным публиковать. Так в чем вопрос то?

Данная статья и эта проблематика не входят в сферу моих компетенций.

[Alexander]

Лично у меня есть ОБОСНОВАННЫЕ сомнения в пользе деления маркеров на панели быстрых и медленных маркеров (исследование пока в процессе, идут статистические расчеты).

Чтобы разрешить сомнения, моделированием вряд ли обойтись. Полагаю, придётся подобрать реальную тестовую выборку, типа удобных во всех отношениях цыган, только с большим возрастом и 67-маркерных, и провести сравнение методов, как это проделано в Вашей последней статье в RJGG.
Собственное сравнение автор включил в текст. Однако независимая проверка более весомо расставит точки над "и".

[Mich Glitch]

Однако независимая проверка более весомо расставит точки над "и".

Точек над "и" дождёмся не скоро.
Каждая новая проверка носит всего лишь промежуточный характер.

[Grigoriev]

Еще раз к вопросу о «Вестнике РА ДНК-генеалогии»
Жаксылык Сабитов

Ответ Ж.Сабитова на отзыв о статье «Вестник Российской академии  ДНК-генеалогии и рынок лимонов: рецензия на статью Аб-дыхалыка Тарихи  «Предки Чингиз-хана Кият-Борджигины как возможные носители  гаплогруппыR1a».

http://ru.rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/104

[asan-kaygy]

Еще раз к вопросу о «Вестнике РА ДНК-генеалогии»
Жаксылык Сабитов

Ответ Ж.Сабитова на отзыв о статье «Вестник Российской академии  ДНК-генеалогии и рынок лимонов: рецензия на статью Аб-дыхалыка Тарихи  «Предки Чингиз-хана Кият-Борджигины как возможные носители  гаплогруппыR1a».

http://ru.rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/104

Спасибо за работу всей редколлегии

[Grigoriev]

Расчёт ВБОП по раздельным панелям Y-STR маркеров, отсортированных по мере возрастания констант скоростей мутаций
Владислав Рыжков

В настоящей работе дан метод оценки времён до ближайших общих предков (ВБОП) по раздельным панелям Y-STR маркеров, отсортированных по мере возрастания констант скоростей мутаций (КСМ). Сначала маркеры используемого формата калибруют по КСМ абсолютным методом по зависимости КСМ 16-ти маркеров формата Applied Biosystems’ 17 Y-Filer™ (кроме DYS635) от истинной интенсивности мутации в этих маркерах. Далее маркеры ранжируют в порядке возрастания КСМ и группируют в 7 отдельных расчетных панелей так, что каждая панель содержит маркеры с крайними значениями КСМ не отличающимися более, чем в 2 раза. Возрасты по отдельным панелям рассчитывают линейным методом с поправкой на «обратные» мутации согласно формуле Адамова или ASD методом. Наконец, по зависимости датировок отдельных панелей от номера панели, судят о реальном возрасте выборки. Для получения усредненного значения возраста выборки отбираются датировки по самым медленным панелям, маркеры которых, согласно оценке возраста и эффективной длительности шага мутаций, не имеют возможности попадания на минимумы второго шага мутаций. Эффективная длительность одного шага мутации любого Y-STR маркера оценивается как 0.674 / КСМ. На примере расчета возрастов ветвей разных гаплогрупп для 176 коммерческих выборок в формате 67 FTDNA показано, что по мере увеличения возраста выборок всё более и более медленные панели испытывают минимумы второго шага мутаций и, в результате, дают явно заниженные датировки. Датировки хорошо представленных выборок по самым медленным панелям имеют высокое схождение между собой, поскольку все маркеры этих панелей находятся в состоянии первого шага мутаций. Предполагается, что схождение между отобранными для усреднения датировками по отдельным панелям может служить показателем однородности выборки и, в конечном итоге, показателем правильности отбора ветви. Показано,что датирование по любым полным форматам гаплотипов начинает занижать датировки с времён, близких к удвоенной эффективной длительности одного шага мутации для самого быстрого маркера используемого формата. Напротив, предлагаемый метод расчета по раздельным панелям ранжированных по КСМ маркеров практически не имеет ограничений по верхнему пределу возрастов. Показано, что коммерческие Y-STR выборки полезны для исследования миграций древних людей. Выстраивание маркеров по КСМ выявляет зависимость скорости их мутации от числа аллелей: в среднем, чем больше число аллелей - тем выше КСМ.
Предположено, что исходно все Y-STR маркеры человека имели около 12 аллелей и их среднее число в разных маркерах есть результат случайного дрейфа от этого значения.

http://ru.rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/105

[Grigoriev]

Большое спасибо всем за проделанную работу, доверие и... за интересные дискуссии на основе материалов!