АвторТема: Утилита для определения своей Mt гаплогруппы  (Прочитано 19665 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Господа, помогите, пожалуйста, понять результаты cladefinder.
Брал тест МХ.

Разархивируйте файл с исходными данными и откройте его.
Я в своих старых результатах, 2017 г, из MH не вижу данных по митоДНК.

Оффлайн Theom

  • Сообщений: 87
  • Страна: ru
  • Рейтинг +31/-0
  • FTDNA - IN124863
  • Y-ДНК: R1a-L366/YP346(прусская ветвь)
  • мтДНК: T2b, МЖ: J2a1a
Я завис на пункте 4. Синтаксиса я незнаю. Я сдаюсь. Пишу вам в ЛС.
Отправил файл, но как я понимаю у MyHeritage до сих пор просто нет данных о мито, так как ту же операцию я провел с файлом невесты от MH и ноль результата от сайта dna.jameslick.com/mthap/

Оффлайн Древ

  • Сообщений: 575
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-2
  • Y-ДНК: I-PH1410
  • мтДНК: H5a1a*
Всё, вопрос можно закрывать!
И dna kit studio и скрипт - не помогли. Можно теперь уверенно сказать, что в аутосомном тесте МХ мито НЕТ. Y-есть, а мито нет.
Благодарю всех участников дискуссии!

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Не, ничего не подскажу. У меня есть утилита, которая конвертит из csv телефонные номера вроде 1111A-15222G... в VCF по любому выбранному референсу в фасте. Она также создает BED валидных областей. Но куда вы потом денете это хозяйство? предикторы не едят информацию такого вида. Есть предикция по полному сиквенсу либо ГВС. В теории может быть предикция и по любому набору участков, хоть по сотне снипов. Но я не видел готового подобного софта.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Можно попробовать нафигачить vcf известных позиций и потом дополнить N в неизвестных (подавляющее большинство). Выгрузить эту хрень в фасту. Мой софт это разумеется умеет. И чо дальше? Попробуйте скормить такую фасту предиктору хотя бы по ГВС. Наверняка выплюнет.

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-Y110693
  • Сообщений: 875
  • Страна: 00
  • Рейтинг +389/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
Да можно просто вгрузить в генотек, увидит - значит увидит, нет так нет. 51 рубль цена вопроса.

Оффлайн otis93

  • Сообщений: 28
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2a (R1-Z92)
  • мтДНК: H7a1a
Подскажите, пожалуйста, чему следует доверять больше - https://dna.jameslick.com/mthap/mthap.cgi или Генотек. Генотек показывает, что у меня H7a1a, dna.jameslick - H2a2a...

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Подскажите, пожалуйста, чему следует доверять больше - https://dna.jameslick.com/mthap/mthap.cgi или Генотек. Генотек показывает, что у меня H7a1a, dna.jameslick - H2a2a...

диагноз H2a2a закономерный и указывает на то, что утилита ожидала файл с полной молекулой, а получила частичную

любой почти пустой набор отличий от референса всегда есть H2a2a

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Если Генотек рапортовал H7a1a, значит оно так и есть

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
любой почти пустой набор отличий от референса всегда есть H2a2a

референса rCRS, который H2a2a
для йорубного это будет L3 чего-то там
будь RSRS, то вообще без гг (это древняя тетечка)

Оффлайн otis93

  • Сообщений: 28
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2a (R1-Z92)
  • мтДНК: H7a1a
Если Генотек рапортовал H7a1a, значит оно так и есть
Благодарю!

Оффлайн Древ

  • Сообщений: 575
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-2
  • Y-ДНК: I-PH1410
  • мтДНК: H5a1a*
Да можно просто вгрузить в генотек, увидит - значит увидит, нет так нет. 51 рубль цена вопроса.
Y генотек увидел, а мито - нет.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.