Коррекция дерева J2a

[mikhail a.]

Крис Роттенштайнер вчера опубликовал на фэйсбуке новость о том, что под PF5174 теперь определено два субклада: PF5177 (похоже преимущественно западный) и Z7327 (похоже преимущественно восточный).

[Людмила]

Древо J2-L24-L25 на сегодня

[сармат]

Chris Rottensteıner.
NEWS J2a PF4610>Z6049
I worked trough the evidence for this old J2a clade for ISOGG certification and found new structure:
http://tree.j2-m172.info/?Hg=J2a1b

Из фэйзбука.
Irakli Akhvlediani Chris Rottensteıner how about the estimate age for Z6049 subclade in general?


Chris Rottensteıner Similar to L26 I think so according to this http://eng.molgen.org/viewtopic.php?p=22860#p22860 maybe approx. 19,000 years

[Людмила]

Древо J2-L24-L25 на сегодня.
Добавлен результат BigYдля kit 358656 - L24(L25-) PF2254+
117 уникальных снипов, что дает возраст 14 625 (если считать 125 лет за снип) или 11 700 (100 лет за снип) - по расчетам David Dugas.

[Людмила]

Добавлен результат BigY для ветви  L192.2+ L271+

[Людмила]

Попыталась расчитать время образования-расхождения ветвей L243, L589, L590 и CTS8690 по методу, описанному в статье Д.Адамова и др. (The Russian Journal of Genetic Genealogy т.7, №1, 2015). Если не вычислять индивидуальный combBED фрагмент (что сделать в ручную сложно), а воспользоваться расчетами, исходя из 118 лет на 1 снип по результатам BigY или 160 лет на 1 снип из  BigY, находящийся в combBED фрагменте по Poznik, то получается следующее.
Kit 177722 (L589) имеет 37  персональных снипов. 37х118=4366 лет.
8 его снипов не лежат в области combBED -
 7473060
13717184
16183410
18419902
19489561
20661846
22246405
22273462
Значит, 160 x  (37-8) = 4640 лет

Kit 321295 (CTS8690) имеет 43 персональных снипов.  118 x 43 =5074
7 его снипов не лежат в области combBED -
3719793
16075815
18023543
19166738
22528742
23205768
9519402
Значит, 160 x  (43-7) = 5760 лет

L589 и CTS8690 имеют 16 общих снипов, 3 из которых не лежат в области combBED:
13720372
22520997
24003346
Расчеты получаются такие
160 x  13 = 2080 лет или  118 x 16 = 1888 лет.

Есть еще 5 снипов, которые возможно являются общими для L590 и CTS8690, а возможно находятся выше  L589. Из них один не попадает в область combBED: 22228785.
Следовательно, возраст  L589 возможно больше на (160 x4), т.е. составляет 2560 лет или на (118 x5) , составляет 2124 лет.
Получается,  L590 отделилась позже, чем  CTS8690 от ветви L589. Возраст ветви L589 получается 5074 + 2124 = 7198 или 5760 + 2560 = 8320.
До снипа, определяющего ветвь L243, есть еще 4, итого 5. Один из них - 2746638 не лежит в области combBED - 2746638. Эти снипы дают 160 x 4 = 640 или 118 x 5 = 590.
Итого получается возраст L243 -
7198 + 640 = 7838 или
8320 +590 = 8910
http://yfull.com/tree/J2/  дает возраст для всей PF4888 - formed 9700 ybp, TMRCA 8700 ybp
Если мои расчеты более-менее верны (не учитывался размер индивидуального combBED), то ветвь отделилась практически сразу после образования PF4888.

[Людмила]

Получила помощь от автора - Д. Адамова, он расчитал размер comBed для кита 177722. Равен 8064439. Подставляю в формулу k=118 x (10,31 : 8,06) = 151 год на 1 снип. Тогда мой расчет изменится, результат станет ближе к расчету 118 лет на 1 снип (не считая, в какой он области), можно сказать, идентичен.
151 x 29 =4379
Так может, не ломать голову, считать 118 лет на снип?

[Людмила]

Еще раз поразилась способностям Игоря Львовича Рожанского, который в 2012 г. помогал мне понять ветвь L243 на Родстве:
"Следовательно, с достаточно хорошей вероятностью можно считать, что ближайший общий предок индийцев и европейцев из субклада L243 жил 6300±1250 лет назад."

[Людмила]

Программа Paint уже не справляется с нашим растущим Древом. Теперь посмотреть "рабочее" Древо группы L24 можно здесь. Файл в формате pdf, что дает возможность легко найти интересующий снип.
https://drive.google.com/drive/folders/0B3oXGP-0-gssfm9mRUZzWERwcTY3dS1mN2NoMHRBQnBHMHRtRXduNUlxX3psUmNObVlBV00

[Людмила]

По прошлой ссылке можно посмотреть последний вариант нашего Древа от 2015-05-22, куда добавлен кит 152852 (Россия), разделивший 18 снипов, считавшихся до этого персональными для индийца NA21130. Еще 4 снипа объединяют их двоих с иранским гаплотипом GS000018422, опубликованным в статье "A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture" (2015) по данным Эстонского биоцентра. Все они F3133.

[Людмила]

К группе из последнего сообщения добавился кит В13120 (Нидерланды), разделивший 2 общих спипа с NA21130 и 152852.
К ветви L363 (Saudi Arabia) добавлены несколько BigY (и планируется сделать еще 50-60 BigY).
В ветви Z2177 (L70) появился №86051, разделивший большую часть снипов с №151026, что предполагает родство в пределах  370 лет (Ал Абурто).
Последнее Древо можно увидеть по ссылке из предыдущих сообщений.
 

[Людмила]

https://drive.google.com/drive/folders/0B3oXGP-0-gssfm9mRUZzWERwcTY3dS1mN2NoMHRBQnBHMHRtRXduNUlxX3psUmNObVlBV00P
Здесь размещено Древо J2a-L24 на сегодня, файл J2-L24 (2015-10-13). Не знаю, видимо ли оно для всех?
Цветом фуксии отмечены снипы, которые будет использовать ФТ для "J2-M57 & L24 SNP Pack".

[MaG]

https://drive.google.com/drive/folders/0B3oXGP-0-gssfm9mRUZzWERwcTY3dS1mN2NoMHRBQnBHMHRtRXduNUlxX3psUmNObVlBV00P
Здесь размещено Древо J2a-L24 на сегодня, файл J2-L24 (2015-10-13). Не знаю, видимо ли оно для всех?
Цветом фуксии отмечены снипы, которые будет использовать ФТ для "J2-M57 & L24 SNP Pack".

"Эта папка больше недоступна"

[Людмила]

А я со своего компьютера ее вижу. Попробовала сейчас выложить в "облако" -
https://cloud.mail.ru/public/9BCg/R5y5AMGUy

[Людмила]

https://cloud.mail.ru/public/3bvT/Mjwpx9UNo
И ссылка на сегодняшнее Древо J2-L24 (2015-10-14) с результатами кита №177986.