Коррекция дерева J2a

[Людмила]

Прошел тест Z387*. Снипы, ранее приписываемые к Z387+L70+, разнеслись на 2 группы. Часть из них стала эквивалентна Z387*.
 В GENO 2.0 протестировано 35 представителей ветви J2a-L24-L25. Можно сказать, что  мы имеем огромный прогресс благодаря GENO 2.0, структура  ветви очень изменилась и, можно сказать, стала более-менее ясна.

[Людмила]

Не прошло и суток, на нашем Древе выросла еще 1 ветвь - со снипом F3369, под F3133. Здесь расположился так называемый Najd -кластер, про который было известно только L24+, L25+ и WTY новых снипов не принесло.

[Людмила]

За прошедший месяц тестирование в GENO2.0 добавило несколько гаплотипов:
1. К Najd-кластеру (Saudi Arabia), по расчетам И.Рожанского возраста 800+-150 лет, со снипом F3369 добавился итальянский гаплотип N12021
2. Геннадий Кирдин (152852) определен как F3133.  Вместе с индийским гаплотипом N104442 они находятся в основании ветви, которая затем разделится на F3369, F761 и L192.2
3. В L243 добавился гаплотип из еврейской линии (204403), новые снипы для этой линии, хорошо различающейся по STR, не найдены
4. Собрат моего мужа L243+ L590+ (177722) уточнил место CTS8690 на схеме - оно ниже L590.
5. Прибывают гаплотипы ветви L70.

[JaG]

А данные N114108 Z387+ не попали в рассмотрение?

[Людмила]

А данные N114108 Z387+ не попали в рассмотрение?

Нет. Его нет в проекте L24-25. Откуда он?

[JaG]

Greek DNA Project

[Людмила]

JaG
Спасибо большое, учтем и его.

[Людмила]

 N114108 Z387+ подтвердил распределение снипов между Z387 и нисходящей ветвью L70, ранее определившееся благодаря тестированию N106993.
Среди L70 нашлась новая ветвь со снипом PF2557.
И еще одно более мелкое ветвление - среди L70  CTS6061  PF5456  новая ветвь - CTS7767.

[Людмила]

За прошедщее время кроме пополнения ветвей -
1. У Z387 появился появился новый субклад PF112 (N114556 родом из Англии или Франции – переселенцы в Новый Свет)
2. У L70 найден первый гаплотип Z435- (N14008 Германия)
3. У CTS3601&CTS6061 найден первый гаплотип без нисходящих снипов (N49931 Германия)
4. Снип F3515 начал скакать по ветвям (L243, F659, PF112),  приходится исключить его из Древа

Это Древо участников GENO2.0 J2-L24-25, а в общем виде наше Древо на сегодня можно представить так:

[wertner]

Людмила, разместил Ваше дерево на нашем сайте http://yfull.com/tree/J2a1h/
Если я где-то ошибся, то пишите. Или надо добавить какие комментарии про определенные субклады.

Еще добавил дерево Криса J2a-M410 (xL24, M67), с его разрешения http://yfull.com/tree/J2a
Его дерево J2a1b-M67 размещу чуть позже.

[Людмила]

За прошедшее время:
    cубклад с большим количеством снипов  из ветви PF5366 PF5368 разделился на 2 линии с общими для обеих  линий снипами PF5350 PF5402
   в субкладе F761 определена новая линия M54.2
   есть некоторые сомнения в наличие самого F761 снипа, поскольку тестированные ранее в FT были все -. Ал Абурто заказал дополнительную проверку в FT.
В общем виде Древо выглядит так:

   

[Людмила]

Все-таки F761 оказался фальш-снипом. Убираем его со своего Древа.

[JaG]

Относительно F761:

1. Результаты Гено 2.0 по этому снипу последовательны и непротиворечивы: F761+ в J2 наблюдается только среди F3133.

2. Однако положительного результата обычным SNP тестом получить не удалось.

Можно предположить две причины: либо праймеры для секвенирования F761 не работают, либо проба на чипе для Гено 2.0 тестирует не F761, для которого предназначалась, а какую-то другую позицию на Y хромосоме. К сожалению, говорить в FTDNA уже не с кем. Думаю, что положительные результаты F761 из Гено 2.0 можно для черновика филогении пока не отбрасывать, а отрицательные результаты секвенирований - игнорировать.

[Людмила]

Относительно F761:
1. Действительно,

результаты Гено 2.0 по этому снипу последовательны и непротиворечивы: F761+ в J2 наблюдается только среди F3133

и даже по STRам эти люди близки друг другу.
2.

Однако положительного результата обычным SNP тестом получить не удалось.

Да, беда в том, что FTDNA не подтверждает этот снип. Получилась парадоксальная ситуация, когда ирландцы одной фамилии (Curtin) оба найденные как J-L25+ и F3133+, но один по версии  Geno 2.0 был F761+, другой по версии  FTDNA- F761-. Al Aburto для проверки за свой счет заказал  снип одному из  F761+ с нашего Древа, получили в FTDNA- F761-.
3.

К сожалению, говорить в FTDNA уже не с кем.

Успели обсудить этот вопрос с Т.Краном. Он считает, праймеры работают нормально. Остается предполагать, как и Вы сделали -

проба на чипе для Гено 2.0 тестирует не F761, для которого предназначалась, а какую-то другую позицию на Y хромосоме.

Приведу ответ Томаса, убрав имя адресата.

[Людмила]

Получила сообщение, что вчера пришли результаты из FT -  kit 295595 (Curtin clan) F761-. Он же F761+ в GENO2.0.
Обсуждают, что чип, по которому проводят тестирование в GENO2.0 достаточно точен. Для того,  чтобы снип был признан положительным, результат должен повториться трижды.
Так что с  F761 ситуация пока не очень понятна.