Уважаемый Валерий, если когда-нибудь захотите портировать мурку на джаву или на си (насчёт преимущества последнего по сравнению с первым можно подискутировать) - может быть, я мог бы найти время по вечерам и выходным (пока я не знаю объёма задачи). Как программу-максимум на будущее можно наваять и любой сложности ГУИ, графические представления графа, дерева итд.
Фреймвок масштабируемой обработки любого количества файлов в разных комбинациях, ГУИ, аргументы итд можно взять у aisconvert (выпилив оттуда, и обозвав новый форк муркой-2) либо же расширить aisconvert как генетический тулкит, сохранив трейдмарк "Мурка".
Я совершенно не знаком с Муркой, но мне кажется, процессинг можно было бы переписать один к одному из существующего сорса (если бы был код а лучше если вы кто разъяснил на пальцах - что есть что, какие коэффициенты в какие полиномы подставлять).
Подобной работой я много занимался на работе. Например, в тулах, оформленных примерно как aisconvert, с гуёй правда, вместо процессинговой функции - я поставлял разные бизнес логики, полученные до этого в виде сырцов (макросов) SAS. Ресёрчеры ваяли регрессию, находили коэффициенты на SASах, делали математику, а мне передавали найдённые коэффициенты в виде многочисленных таблиц, а я просто портировал те макры (кучи полиномов) в другой язык (джаву или си). Правда, всегда просил на пальцах объяснить/описать или написать псевдо-код: что есть что. На последнее нужно время специалиста домена (если программер сам не влезает в статьи и тонкости вычислений). Получались калькуляторы, делающие предсказания по конкретным вводам (регрессия), тулы для планирования. Что для меня не сильно отличается от того что делают в филогении. Была бы модель хорошо расжёвана, а код наваяем.
Конечно, было бы интерсно въехать в саму науку (в HIRы я благодаря парово3у когда-то въехал, в PEDы - благодаря I2a2a, а вот филогению ещё не трогал, и даже в статьи уважаемых Адамова и Каржавина, к стыду своему, пока глубоко не вчитывался, всё переношу на светлое будущее). Но так как время - сильно ограниченных ресурс - то можно бы было использовать уже готовые наработки, распараллелив задачи (а я - как алгоритмист и кодер - только тупо вбиваю коэффициенты и полиномы в алгоритмы, которые подбираю из соображений машинной памяти вида входных данных итд, и в код).
Это так, идея на будущее - если подобное переписывание Мурки вообще имеет смысл. Или, быть может, другой какой тул захотим понаписать.