АвторТема: Самая нужная статья в RJGG  (Прочитано 8800 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10244
  • Страна: az
  • Рейтинг +1430/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Самая нужная статья в RJGG
« : 06 Май 2011, 09:18:00 »
Думаю, основной целью журнала является публикация статей, наиболее интересных для гапло-поциентов.

Гапло-поциента интересуют всего две вещи:

1) Как посчитать степень родства между мной любимым и моим совпаденцем? (Эта статья уже есть)
2) Как посмотреть степень родства между мной любимым и остальной толпой гапло-поциентов. Иначе говоря, как правильно строить годные ФГД (филогенетические деревья). Такой статьи пока нет. Ибо.

Годной прогой по строительству ФГД является тайная эзотерическая программа MURKA, доступная только отдельным гапло-шаманам из N1c1.

Итак, ставлю бутылку этого коньяка:

Тому, кто сможет толково втереть (с комментами, скриншотами, укзаниями, куда и как тыцать мышкой) как строить ФГД в MURKA.

Результатом будет годный мануал для чайников по строительству ФГД в MURKA с дальнейшим переводом на английский язык.

Профит для гапло-шаманов:
1) коньяк
2) слава в энторнетах
3) отсутствие нубских просьб типа «Дядь, а дядь, построй мне тут дерево в мурке, а?»

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #1 : 06 Май 2011, 10:31:26 »
Farrukh, а по-простому, по нашему, бубен подходящий заказать в Монголии, а затем, освятить его у автора программы?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #2 : 06 Май 2011, 10:32:38 »
Некогда уважаемый Wertner грозился под Мурку графическую оболочку придумать.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #3 : 06 Май 2011, 10:41:49 »
Сакральное знание Мурки передается от отца к сыну. Тут, увы, тоже ничем не помочь. Только если оптимизировать свой генетический код. :)

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10244
  • Страна: az
  • Рейтинг +1430/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #4 : 06 Май 2011, 11:16:00 »
Итак, меняю гаплу на N1c1. Где-то через месяцок прилечу в первопрестольную. Предлагаю следующее: взять ноут, встретиться и на примере показать хау ит воркс.

Годится?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #5 : 06 Май 2011, 11:23:41 »
Могу только со шпаргалками Валерия.
Так что, заманивай его.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #6 : 06 Май 2011, 11:46:10 »
Думаю, основной целью журнала является публикация статей, наиболее интересных для гапло-поциентов.

Гапло-поциента интересуют всего две вещи:

1) Как посчитать степень родства между мной любимым и моим совпаденцем? (Эта статья уже есть)
2) Как посмотреть степень родства между мной любимым и остальной толпой гапло-поциентов. Иначе говоря, как правильно строить годные ФГД (филогенетические деревья). Такой статьи пока нет. Ибо.

Годной прогой по строительству ФГД является тайная эзотерическая программа MURKA, доступная только отдельным гапло-шаманам из N1c1.

Та-а-ак, уважаемый Фаррук! Будем считать, что внимательно просмотреть последние две статьи Адамова и Каржавина Вам просто не хватило времени.
СОЗДАН И АТТЕСТОВАН МЕТОД, ПОЗВОЛЯЮЩИЙ НА ОСНОВЕ ФИЛОГЕНИИ ВЫЧИСЛИТЬ TMRCA БЕЗ ВСЯКИХ ПОПРАВОК НА ОБРАТНЫЕ МУТАЦИИ И ПРОЧИЕ ШТУЧКИ (которые, кстати, слабо помогают) А ТАКЖЕ ОПРЕДЕЛИТЬ ЕГО ИСТИННЫЙ ГАПЛОТИП. Все предыдущие методы можно аккуратно сложить и вынести сами знаете - куда. Интеркладовый метод - тоже (Нордтведту от меня пламенный привет  ;D). Народ пока этого просто не осознал.
Все опубликованные датировки, модальные гаплотипы разных субкладов и гаплогрупп нужно аккуратно сложить и .... не будем грубыми - сильно подкорректировать ;D
Я в свое время А.Клесова предупреждал, что надо категорически остановиться датировать все подряд и делать на этом далеко идущие выводы, поскольку с методологией расчетов много неясного, но здесь наши воззрения оказались диаметрально противоположными. Вот и получается, что громадье датировок, модальных гаплотипов разных субкладов, исторических и прочих выводов в огромном количестве номеров Вестника повисают в воздухе. Такие вот дела!
Лично для меня эти статьи - веха, которая реализует мою ТРЕХЛЕТНЮЮ мечту получить методику датировок, которой верил хотя бы я сам. Думается, Дмитрий в этом мнении меня поддержит. Мы с ним славно поработали, надо сказать. Последний год света белого не видели и как ненормальные (а почему, собственно говоря, как?) думали-думали, моделировали-моделировали, считали-считали. Тексты статей - это только ма-а-аленькая вершинка той работы, которую пришлось проделать.
 
Что еще важно: на первый план теперь по праву выходит филогения. Без качественного дерева не получить правильной TMRCA. Что интересно, от дерева нужна только правильная структура, и совершенно неважно, правильно или нет соотносятся длины ветвей, и каковы они вообще, а это делает оценку более устойчивой к ошибкам филогении. Предковый гаплотип теперь можно восстановить с весьма высокой точностью. Причем, он может весьма сильно отличаться от модального! По этому поводу мы с Дмитрием как раз заканчиваем статью, чтобы навсегда отбить охоту его использовать в качестве гаплотипа родоначальника.

Еще один момент: опора на интенсивности мутаций, полученные по парам "отец-сын", уже сейчас вполне разумна. Точности, приводимые поклонниками усредненных скоростей по панелям и полученные по известным генеалогиям, не соответствуют реальным. Этот вопрос сейчас уже вполне исследован, и я думаю, что мы на эту тему краткую статью напишем (много неучтенных подводных камней в этой "проверенной" методе есть).

К сожалению "Метод выборочных пар STR-гаплотипов", как мы его с Дмитрием обозвали, в технологической реализации непрост. Но если мы все действительно хотим правильных результатов, то надо просить Валерия доработать "Мурку" так, чтобы она выдавала "на гора" номера пар гаплотипов, у которых общим предком является начальный предок всего дерева (пусть, и фантомный)
Остается пока неясным вопрос точности самой филогении, поскольку в нашем методе ей отводится определяющая роль. Но это должен прояснить Валерий. Может бытть, нам надо совместно замутить статистический эксперимент по выяснению точности построения дерева, и как это влияет на точность оценки TMRCA. По крайней мере, я к такому совместному делу готов (уверен, Дмитрий - тоже), и все теперь зависит от Валерия. 
« Последнее редактирование: 06 Май 2011, 12:10:09 от Каржавин »

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #7 : 06 Май 2011, 12:18:44 »
Все предыдущие методы можно аккуратно сложить и вынести сами знаете - куда. Интеркладовый метод - тоже (Нордтведту от меня пламенный привет  ;D ). Народ пока этого просто не осознал.
Все опубликованные датировки, модальные гаплотипы разных субкладов и гаплогрупп нужно аккуратно сложить и ...

Экая беззастенчивая похвальба. (((
 
Не хвалитесь, идучи на рать, Каржавин. Хвалитесь - идучи с рати.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #8 : 06 Май 2011, 12:24:30 »
Oвод, +1  ;D

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10244
  • Страна: az
  • Рейтинг +1430/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #9 : 06 Май 2011, 12:25:45 »
Ну, раз всё настолько меняется, то имеет смысл допилить МУРКУ до товарного вида и уже потом ваять мануал.

Остаётся лишь дождаться мнения <s>доктора Хауса</S> Валерия

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #10 : 06 Май 2011, 12:48:59 »
Экая беззастенчивая похвальба. (((
Не хвалитесь, идучи на рать, Каржавин. Хвалитесь - идучи с рати.
Кстати, Ваш метод я в свое время моделировал, поскольку меня интересует истина, а не автор (в смысле, что пусть автор интересной идеи кто-то другой, а не я). Результат, прямо скажем, не очень, а жаль.
Беда многих авторов в том, что им лень серьезно проверить и аттестовать собственные методы на натуре, моделированием и прочими способами, а все ограничивается написанием более-менее правдоподобных математических соотношений, которые многого не учитывают.
Да, вам не понравился мой тон. Но реплика то была не в Ваш адрес (возможно, тольько частично, что касается Вашего метода, но я его специально моделировал и исследовал, проделав Вашу работу). Кстати, Ваш тон относится персонально ко мне, то есть Вы меня поучаете, а лучше бы не поучать хорошим манерам, а на определенное время не высказываться и сбором фактов, результатов расчетов ДОКАЗАТЬ свою правоту и большую пригодность указанных мною методов. Но мой тон в данном случае частично оправдан, поскольку закончен очень большой этап работы, и эмоции выплескиваются.
А Вам я предлагаю поискать ошибки, некорректности, ДОКАЗАТЬ, что методы Нордведта, уважаемого Овода, классический ASD метод, линейный метод, логарифмический метод ЛУЧШЕ. Вот тогда и посмотрим, оправдан Ваш тон по отношению к моей персоне, или нет. Вперед сударь, засучите рукава и ДОКАЗЫВАЙТЕ! Если указанные мною методы окажутся лучше, я это С УДОВОЛЬСТВИЕМ ПРИЗНАЮ И БУДУ САМ ИМИ ПОЛЬЗОВАТЬСЯ, поскольку моей "сверхзадачей" является не создание каких-то методов датировок, а получение этих датировок от других (историков, генеалогов и пр.), которым я лично ВЕРЮ, и буду использовать для своих новохронологических забав. Я и так на три года уже застрял с проблемой датировок.
К сожалению, на три дня уезжаю на дачу, так что у Вас будет время для сбора доказательств ошибочности написанного в статьях. Думается, что с присущим Вам блестящим остроумием Вы за это время сформулируете все нужные аргументы.

Уважаемый Ia2a, если уважаемый Овод ДОКАЖЕТ, а не просто декларирует, что все ранее используемые методы лучше, от меня ему будет стоько плюсов, сколько я имею право поставить. Зуб даю, поставлю, отвечаю
« Последнее редактирование: 06 Май 2011, 13:10:02 от Каржавин »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #11 : 06 Май 2011, 13:07:14 »
Гордыня суть один из смертных грехов.
 ;D

По-моему, уважаемый Игорь уже ни один раз показал и доказал недостатки Вашего метода.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #12 : 06 Май 2011, 13:10:59 »
Очень конкретный вопрос.

Я видел практические результаты применения критикуемых Вами методов. Моделирование моделированием, но когда будут практические результаты в применение к реальным многомаркерным гаплотипам? Без реальной привязки к жизни все Ваше моделирование рискует превратиться в талмудизм.

 

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #13 : 06 Май 2011, 13:31:14 »
Очень конкретный вопрос.

Я видел практические результаты применения критикуемых Вами методов. Моделирование моделированием, но когда будут практические результаты в применение к реальным многомаркерным гаплотипам? Без реальной привязки к жизни все Ваше моделирование рискует превратиться в талмудизм.
Да при чем тут гордыня Не в это дело. Действительно, проблема в том, как на реальных генеалогиях ДОКАЗАТЬ правильность метода? Если бы мы точно знали историю десятка каких-либо генеалогии эдак на 100-200 поколений (меньший период - большие ошибки, поскольку мутаций мало накопилось), то мы получили бы окончательный вердикт. Но такого мы не найдем НИКОГДА, если только не будет машины времени.
Но вот СРАВНИТЬ математические методы оценок с помощью моделирования - очень даже можно! Я бы сказал, что именно с этого и нужно начинать. Именно так и было сделано. Это нормальная методология. Конечно, можно возразить, что какой-то метод на модели хуже, а в реальности будет лучше, но это вряд ли, поскольку моделирование не от балды осуществляется. Честно говоря, я и сам всегда очень настороженно относился к получаемым результатам.
По поводу многомаркерных гаплотипов - именно такие гаплотипы (до 100 маркеров) и были предметом исследования.
Три года работы с разными указанными выше методами датировок давно уже вызывали у меня определенные вопросы и неудовлетворенность. Все эти методы внимательно были изучены, и стало понятно, в чем у них проблемы. Последним был метод Нортведта. Его я моделировал, изучал всесторонне, на разных деревьях и пр. и стало понятно, где зарыты проблемы и какие ошибки получаются. Хотел было даже написать небольшой законченный текст на тему точности интеркладового метода. Но потом подумал, а на фига? Лучше время потратить на разработку более точного метода. Работа тяжелая, мы с Дмитрием вдвоем действительно долго работали, спорили между собой, изучали, моделировали. Не забывайте, что Дмитрий - сам автор ряда методов, и уж он то лучше других в них разбирается, и у него самого определенная неудовлетворенность этими методами тоже имела место! Здесь обоюдное сомнение в незавершенности темы датировок  и сподвигло на эту работу.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Самая нужная статья в RJGG
« Ответ #14 : 06 Май 2011, 15:26:40 »
важно: на первый план теперь по праву выходит филогения. Без качественного дерева не получить правильной TMRCA. Что интересно, от дерева нужна только правильная структура
Вряд ли стоило мне вмешиваться в дискуссию авторитетов. Но сомневаюсь в реальности качественного дерева. Как его проверить? Пробовал проверить прогонкой выборки (порядка 300 шт. 67-маркерных, и с в общем-то ожидаемым результатом) в разных программах. Но сравнивая Филип (3 варианта), Нетворк, ТНТ (обе с различными укоренениями) - добиться явных совпадений структуры не смог. Возможно, какая-то структура верна. Но чем её подтвердить? Полагаю, что в Мурке будет очередное не совпадаюшее ни с чем дерево. Нужен какой-то критерий качества дерева.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100