АвторТема: SNP базы данных, сервис Promethease  (Прочитано 32637 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mirra

  • Сообщений: 97
  • Страна: fr
  • Рейтинг +9/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #60 : 10 Январь 2016, 16:19:09 »
Зеленое - это хорошо. Красное - плохо (риски увеличены). Не хочу пугать. Но магнитуда 4 в красном не очень здорово. Надо призадуматься. В моих результатах только магнитуда со значением 3 имеется.
Ага.. ???
Надо обращать внимание на магнитуду (Magnitude)?
На частоту (Frequency)?
References?
Какой порядок величины "обращать/не обращать внимание" ? <...>

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2272
  • Страна: ru
  • Рейтинг +552/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #61 : 10 Январь 2016, 16:34:14 »
Зеленое - это хорошо. Красное - плохо (риски увеличены). Не хочу пугать. Но магнитуда 4 в красном не очень здорово. Надо призадуматься. В моих результатах только магнитуда со значением 3 имеется.
Ага.. ???
Надо обращать внимание на магнитуду (Magnitude)?
На частоту (Frequency)?
References?
Какой порядок величины "обращать/не обращать внимание" ? <...>
Сразу видно, что вы математикой интересуетесь ;D В генетике почти все на теории вероятность строится. Но я как то рискам не придавал особого значения. Не вникал. Не хочу знать от чего я умру. ;D

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 769
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #62 : 10 Январь 2016, 20:35:27 »
mirra, лучше всего для понимания нажмите кнопку Help на отчёте, там всё поэтапно выделят и расскажут. Или просто задержите мышку на слове, например magnitude, и появится подсказка. Magnitude это важность, чем больше число, тем интереснее это для сообщества (что там у них за сообщество - непонятно), короче говоря на эти вещи стоит обращать внимание в первую очередь, но это не значит, что всё плохо или хорошо. Просто интересно.
Frequency - частота генотипа в выбранной вами популяции, относится не к вам конкретно, а к генотипу.
Если написано, что 10х increased risk, значит, что человек с такими генами в 10 раз более подвержен указанным в тексте изменениям по сравнению со средним значением по популяции. Например, если вероятность умереть от падения метеорита в среднем по планете (предположим) составляет 0.0000001%, то 10х означает вероятность гораздо большую, 0.000001%.

Если на реальных примерах, то судя по данным 23andMe риск болезни Альцгеймера в среднем составляет 7.2% (по-видимому на территории США).  В тестовом примере с сайта Promethease (23andMe Sample1) вероятность 2x risk of Alzheimer's disease, то есть у Лили Мендель вероятность в выявления Альцгеймера целых 14%, что не есть хорошо. Данных по средней частоте заболеваний я в Promethease что-то не вижу (хотя они может и есть), такие вещи лучше узнавать в отделах здравоохранения страны, где вы живёте, или откуда ваши родственники, будет надёжнее.

Ещё один нюанс. Всякие опасные болячки привязаны к возрасту. Тот же Альцгеймер редко появляется у молодёжи, поэтому вероятность 7.2% относится ко всему времени жизни. В 30 лет она гораздо меньше. Такие вещи как рак груди, например, рак простаты становятся реальной проблемой годам к 50, именно поэтому даже в Российской Федерации пытаются ввести процедуры раннего предупреждения этих болезней после 40 лет. Так что по определённым болячкам до определённого возраста можно даже не беспокоиться.

Ещё момент. Учёные не всесильны и не все гены, отвечающие за болезни, найдены, поэтому если указанный в отчёте мутации в среднем повышают риск заболевания, то вполне вероятно есть ещё неизвестные мутации, которые этот риск сводят к минимуму. Тот же 23andMe проводит свои исследования на основе опросов людей, сдавших тесты, и даже чего-то там открыли по мелочи.

Кроме генов, сильно влияет так же образ жизни. Мне, например, 23andMe посоветовали кушать орехи, поскольку это в разы снизит немаленькую вероятность ослепнуть в старости (если доживу, конечно), чем я, периодически и занимаюсь. Ну а про всякое там курение, алкоголь, близость промышленных предприятий к среде обитания и т.д. все знают.

Есть достаточно небольшое количество мутаций, которые приводят к заболеванию без всяких условий, в отчёте Promethease они должны быть. Гемофилия, например, среди таких штук. Но если она у вас есть - вы о ней знаете.
Там где вероятности болезней (даже если высокие) не 100% - просто повод задуматься: поесть орешки,бросить курить, может быть в определённом возрасте на обследование сходить, от Альцгеймера - порешать судоку..

Отдельной строкой идёт реакция на лекарства. Как например в примере выше с gs145. Вероятность 26% плохой реакции - повод предупредить врача, чтобы при эпилепсии (да и без повода) лекарство "карбамазепин" применяли с осторожностью. Большинство таких отчётов по лекарствам, как я заметил, связаны с лечением рака. На такие вещи лучше внимания не обращать до момента, пока не понадобится.

Оффлайн mirra

  • Сообщений: 97
  • Страна: fr
  • Рейтинг +9/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #63 : 10 Январь 2016, 20:58:07 »

ankr21,
Как мы умрем никто не может знать.
Есть еще форс мажерные обстоятельства.
Но на предрасположенности можно обрaтить внимание. Тем более в пожилом возрасте, когда ребилитация становится дольше и сложнее.

rLin,
отлично объяснили! Спасибо.  :D :)

"мутации, которые приводят к заболеванию без всяких условий" - как их определить/опознать?

К здоровью я вернусь позже. Мне очень интересно. Пока посмотрела "по вершкам".
Утром начала (прям красота! занимательная игрушка), потом домашние дела.
Сейчас вникаю в "родословную".

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8538
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4875/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #64 : 10 Январь 2016, 22:00:09 »
Кроме генов, сильно влияет так же образ жизни. Мне, например, 23andMe посоветовали кушать орехи, поскольку это в разы снизит немаленькую вероятность ослепнуть в старости (если доживу, конечно), чем я, периодически и занимаюсь. Ну а про всякое там курение, алкоголь, близость промышленных предприятий к среде обитания и т.д. все знают.
Угу, мне кажется, это потенциально самое полезное - определить, какой образ жизни оптимален для твоей наследственности, а что будет пагубно. Жаль, что пока все это очень смутно (за исключением явных "поломок" вроде упоминавшейся гемофилии).
Цитировать
от Альцгеймера - порешать судоку..
Скорее всего, не поможет - там что-то связанное с обменом веществ. Ген APOE играет важную роль в регуляции жирового обмена, причем считается, что "Альцгеймер-вариант" APOE4 подвергался положительному отбору у народов Севера. То есть в некоторых условиях он приносит пользу.

Оффлайн Don

  • Сообщений: 505
  • Страна: aq
  • Рейтинг +51/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #65 : 10 Январь 2016, 22:19:53 »
Когда в последний раз обновлял своё на Promethease, проверил часть обещанного плохого по своему файлу и увидел, что аллели, на основании которых предсказаны разные болезни, не всегда совпадают с аллелями моего файла. Так что доверяй, но проверяй!
Мне тоже предсказан альцгеймер и всяко разно. Вот уже замечаю расстройство кратковременной памяти - загоню шар в лузу и через минуту уже не вспомню как это сделал :'(

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17210
  • Страна: az
  • Рейтинг +5973/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #66 : 11 Январь 2016, 07:39:58 »
Интересная вещь - у многих, у кого в отчёте снижен риск зацепить под старость Альцгеймера, идёт повышенный риск... шизофрении  ???

Видимо, это как-то связано...

Оффлайн mirra

  • Сообщений: 97
  • Страна: fr
  • Рейтинг +9/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #67 : 12 Январь 2016, 22:26:41 »
Раппорт "онлайн" действителен 45 дней.
В разархивленной папке находятся прямые ссылки. Они тоже будут действительны 45 дней?
Единственный текстовой файл в формате .txt, что почти не читабельно.

Кто нибудь сохранял данные с Promethease ? Все или выборочные?

Какая разница между мед отчетами с Promethease и mtwholehealth.com ?

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2272
  • Страна: ru
  • Рейтинг +552/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #68 : 19 Январь 2016, 09:55:21 »
Раппорт "онлайн" действителен 45 дней.
В разархивленной папке находятся прямые ссылки. Они тоже будут действительны 45 дней?
Единственный текстовой файл в формате .txt, что почти не читабельно.

Кто нибудь сохранял данные с Promethease ? Все или выборочные?

Какая разница между мед отчетами с Promethease и mtwholehealth.com ?
Я сохранял. Там кажется zip file. После распаковки получается папка promethease_data и файл report.html, которым отчет открывается. Я в Google Chrom открываю,  Explore не открывает. Отчеты детально не сравнивал. Но вроде все на месте.


Оффлайн Club

  • Сообщений: 114
  • Страна: ru
  • Рейтинг +28/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #69 : 19 Январь 2016, 19:18:20 »
Попробовал скормить Promethease файл сгенерированный DNA.LAND размером 395 Мб "imputed VCF file". После долгой обработки получил отчет. Сравнил размер отчетов: прежний отчет  полученный в сентябре 2015 г по данным Autosomal_o36_Results "весил" 14,4 МБ, по данным DNA.LAND - 38,4 МБ. Не знаю связан ли разный размер отчетов с размером и форматом изначальных данных.

Оффлайн mirra

  • Сообщений: 97
  • Страна: fr
  • Рейтинг +9/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #70 : 23 Январь 2016, 01:35:03 »
Да, у меня тоже самое и еще куча всего.
HTML ссылки будут открываться после 45 дней или нет?

Оффлайн Kosmopolit

  • Сообщений: 190
  • Страна: ru
  • Рейтинг +52/-1
  • Y-ДНК: R-FT170364 (FamilyTreeDNA), R-Y90351 (YFull)
  • мтДНК: W6a (FamilyTreeDNA), W6a2* (YFull)
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #71 : 21 Сентябрь 2016, 12:14:31 »
А откуда взять в FF файл raw data?

Нужно ли дожидаться результата ФулМито для оценки Promethease?

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4086
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1585/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #72 : 21 Сентябрь 2016, 13:10:13 »
А откуда взять в FF файл raw data?

Нужно ли дожидаться результата ФулМито для оценки Promethease?

Мито, вряд ли, нужен. А raw data смотрите внимательно по вкладке FF. Только там несколько вариантов для скачивания.

Оффлайн Kosmopolit

  • Сообщений: 190
  • Страна: ru
  • Рейтинг +52/-1
  • Y-ДНК: R-FT170364 (FamilyTreeDNA), R-Y90351 (YFull)
  • мтДНК: W6a (FamilyTreeDNA), W6a2* (YFull)
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #73 : 21 Сентябрь 2016, 13:41:58 »
А откуда взять в FF файл raw data?

Нужно ли дожидаться результата ФулМито для оценки Promethease?

Мито, вряд ли, нужен. А raw data смотрите внимательно по вкладке FF. Только там несколько вариантов для скачивания.

Спасибо!

А какой лучше скачать?


Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4086
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1585/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #74 : 21 Сентябрь 2016, 13:56:48 »
для gedmatch.com выбирают в.36 третий вариант, а прометиз не знаю, может они всеядные.
« Последнее редактирование: 25 Сентябрь 2016, 17:42:06 от FELIX »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.