Проект Magnus Ducatus Lituaniae

[zastrug]

Нет, такое поведение на плоте объясняется только изолированным положением популяции и небольшим числом эффективной популяции.
То есть все эти баски являются многократными родственниками между собой.
Классический генный дрейф.

Так разве 2,6 миллиона человек можно назвать небольшим числом эффективной популяции? И насколько изолированной? Судя по возрасту субкладов  R1b еще относительно недавно предковая мужская популяция басков не была таковой.

[Аббат Бузони]

Финны, русские и мордвичи не разошлись.

[Valery]

Финны, русские и мордвичи не разошлись.

зато скотичи отделились 

[I2a1a]

Финны, русские и мордвичи не разошлись.

Финны разошлись, а русские и мордвичи - нет.
Попроси Поляко добавить в анализ чувашей узбеков  и ногаев, а также южан и увидишь, что мордовцы будут втянуты в русский кластер.

Я уже устал повторять одно и то же самое.
Заниматься этно-популяционным анализом - это не тоже самое, что дергать себя за писю в туалете

[Valery]

Заниматься этно-популяционным анализом - это не тоже самое, что дергать себя за писю в туалете

Доярка! Хватит дергать корову за сиськи!
Настали времена - несоциалистические!

(С) какой-то современный Маяковский

[I2a1a]

Да, нет предела тупизму.

[I2a1a]

Вот кстати аналогичный плот Поляко  на которые я нанес надписи названия популяций.
Весьма аккуратно для северной Европы.
Но нет Кавказа и Юга.

[Аббат Бузони]

Финны, русские и мордвичи не разошлись.

Финны разошлись, а русские и мордвичи - нет.
Попроси Поляко добавить в анализ чувашей узбеков  и ногаев, а также южан и увидишь, что мордовцы будут втянуты в русский кластер.

Я уже устал повторять одно и то же самое.
Заниматься этно-популяционным анализом - это не тоже самое, что дергать себя за писю в туалете

Не уже ли Поляко так плох.

[I2a1a]

А разве я говорил что плох.
Просто у него другой дизайн проекта.

[Аббат Бузони]

А разве я говорил что плох.
Просто у него другой дизайн проекта.

Просто про писю тогда не очень хорошо получилось.

[I2a1a]

А разве я говорил что плох.
Просто у него другой дизайн проекта.

Просто про писю тогда не очень хорошо получилось.

Это было сказано не в адрес поляка или грека 

[Valery]

Блин, неужто Полякова программа не дозволяет преобразовать плот зеркально?

[Аббат Бузони]

А разве я говорил что плох.
Просто у него другой дизайн проекта.

Просто про писю тогда не очень хорошо получилось.

Это было сказано не в адрес поляка или грека 

А в чей?

[I2a1a]

Нет, такое поведение на плоте объясняется только изолированным положением популяции и небольшим числом эффективной популяции.
То есть все эти баски являются многократными родственниками между собой.
Классический генный дрейф.

Так разве 2,6 миллиона человек можно назвать небольшим числом эффективной популяции? И насколько изолированной? Судя по возрасту субкладов  R1b еще относительно недавно предковая мужская популяция басков не была таковой.

Нет, речь идет не о нынешнем числе живущих басков, а о эффективном размере (Ne) популяции, которая  участвовала в репродукции или обмене генами в отдаленном прошлом. Chromopainter позволяет оценить этот размер, исходя из числа наблюдаемых рекомбинаторных гаплотипов и значений LD. Когда я производил оценку этого размера, то для каждой из 22 неполовых хромосом он получился разный, однако среднеарифметическое значение  составило  22 000.

Это близко к значениям Ne рекомендуемым профессионалами (например авторами программы IMPUTE V2)

"Effective size" of the population (commonly denoted as Ne in the population genetics literature) from which your dataset was sampled. This parameter scales the recombination rates that IMPUTE2  uses to guide its model of linkage disequilibrium patterns. When most  imputation runs were conducted with reference panels from HapMap  Phase 2, we suggested values of    11418    for imputation from HapMap CEU,    17469    for YRI, and     14269    for CHB+JPT.   
   
    Modern imputation analyses typically involve reference panels with  greater ancestral diversity, which can make it hard to determine the  "ideal" -Ne value for a particular study. Fortunately, we have found that imputation accuracy is highly robust to different -Ne values; within each of several human populations, we have obtained nearly identical accuracy levels for values between 10000 and 25000. We suggest setting -Ne to 20000 in the majority of modern imputation analyses.

[I2a1a]

Даже 22 000 для совокупности эффективного размера элементарных популяций - это больше чем достаточно, а Вы говорите о двух миллионах

Например численность эффективной популяции адыгов-шапсугов составляет по оценке попгенетиков всего 187 индивидов

Почешхова, Э. А.  Структура миграций и дрейф генов в популяциях адыгов-шапсугов / Э. А. Почешхова // Медицинская генетика : ежемесячный научно-практический журнал. — Том 7,N 1. — Реферирована.  Важной  особенностью генофонда адыгов являются традиционная структура браков и  высокая эндогамия: 96,5% браков заключается в пределах своего этноса.  Одно из племен адыгов - шапсуги подразделено на две географически  изолированные группы. Шапсуги побережья Черного моря (от Туапсе до  Сочи), проживающие в районе наиболее интенсивного заселения пришлыми  народами, заключают 89% браков в пределах своей географической группы,  5% браков - с другими адыгами и лишь 6% браков - с представителями всех  остальных народов России и Закавказья. Шапсуги, переселенные в  Прикубанье (Западная Адыгея) и проживающие среди прочих племен адыгов,  заключают 77% браков в пределах своей географической группы, 21% браков -  с другими адыгами и 1,3% браков - с представителями иных этносов. Для  шапсугских аулов средний индекс эндогамии составил 0,40, гаметный индекс  — 0,7. Для элементарных популяций средний индекс эндогамии составляет  0,65. Малый генетически эффективный размер элементарных популяций  (Ne=187) указывает на существенные эффекты дрейфа генов в микроэволюции  популяций.