Пока нет, т.к. у меня нет скрипта конвертирующий FF в PED
Но думаю, что при помощи Леона удасться привести FF формат к формату, который можно будет конвертировать в PED.
С моей стороны могу посоветовать сделать следующее (возможно, Леон сможет помочь и другими вариантами/идеями, включая более эффективными скриптами):
Преобразуйте формат FF в формат 23андме. А raw2ped (преобразователь из 23андме формата в PED) у Вас уже есть.
сконвертировать FF в 23андме можно примерно так (лениво, поступенчато):
$ cat N76300-autosomal-results.csv | sed -e '2,$!d' | sed -e 's/"//' | sed -e 's/","/\t/g' | sed -e 's/"//'
(первый sed в пайпе убирает единственную первую строку header'a, второй - убирает первую двойную кавычку, третий - меняет все кавычки, идущие с запятой между ними на табы, и последний - убирает последнюю кавычку).
Напомню для удобства форматы здесь:
23андме:
------8<------
# rsid chromosome position genotype
rs3094315 1 742429 AG
...
------8<------
FF:
------8<------
RSID,CHROMOSOME,POSITION,RESULT
"rs3094315","1","742429","AG"
...
------8<------
P.S. по идее немного дописать (RAW2PED) для поддержки FF тоже можно...