АвторТема: Проект Magnus Ducatus Lituaniae  (Прочитано 123920 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« : 17 Апрель 2011, 00:30:56 »
Это предварительный анонс проекта Magnus Ducatus Lituaniae.
Блог проекта - Magnus Ducatus Lituaniae Project

Рациональная цель проекта - этно-популяционно-стратификационный анализ генотипы (входные данные в формате 23andme) лиц, с документированной родословной из регионов входивших в состав ВКЛ после Люблинской унии. По мере расширения проекта, планируется подключение потомков жителей Волыни, Киевщины, Мазовии, Брянщины и Черниговщины.




Первая фаза проекта (примерно 50 участников):
1) подключение референсов белорусской, литовской и польских популяций
2) создание мастер-файла в Рlink
3) обработка данных в Plink -вычисление IBS матрицы, расчеты данных гомозиготности (группировка по совпадающим сегментам, кластеризация), структуризация, выявление "глубоких" IBD (HIR)-сегментов и их кластеризации, выявление гаплоблоков и пр.
4) создание MDS-графика с отображением участников проекта.
4) анализ IBD-сегментов в AIS-convert.
5) фазирование гентотипов в Beagle
6) вывод данных в Structure и анализ структуры (admixture) участников проекта

По мере решения проблем с Germline, планируется расширенный анализ гаплотипных IBD-сегментов, а также по мере получения доступа к Linux-машине -admixture-анализ генотипов в программе Admixture.

На выходе участники проекта получат всевозможные данные, в том числе и следущие графики
 




 
« Последнее редактирование: 09 Июнь 2012, 17:11:44 от Шад »

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5056
  • Страна: 00
  • Рейтинг +643/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #1 : 17 Апрель 2011, 00:42:42 »
Очень жаль, что происхождение моей мамы из этого региона не документированная реальность((

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #2 : 17 Апрель 2011, 00:56:27 »
Вот так будет выглядеть отчет о пересекающихся сегементах гомозиготности

POOL   FID   IID   PHE   CHR   SNP1   SNP2   BP1   BP2   KB   NSNP   NSIM   GRP
S1   FAM001   ID002   -9   5   rs7713458   rs10941803   43672990   46384240   2711.25   233   1   1
S1   FAM001   ID001   -9   5   rs7713458   rs12517615   43672990   45402545   1729.56   159   1   1*
S1   FAM002   ID001   -9   5   rs10512852   rs17344896   44429326   45649982   1220.66   119   0   2*
S1   CON   3   0:03   5   rs10512852   rs12517615   44429326   45402545   973.219   101   NA   NA
S1   UNION   3   0:03   5   rs7713458   rs10941803   43672990   46384240   2711.25   233   NA   NA
                                    
S2   FAM001   ID001   -9   15   rs8026748   rs11072382   69757818   70783089   1025.27   139   1   1
S2   FAM001   ID002   -9   15   rs2279787   rs12372979   69714177   70802813   1088.64   155   1   1*
S2   CON   2   0:02   15   rs8026748   rs11072382   69757818   70783089   1025.27   139   NA   NA
S2   UNION   2   0:02   15   rs2279787   rs12372979   69714177   70802813   1088.64   155   NA   NA
                                    
S3   FAM001   ID001   -9   9   rs10987852   rs1075650   129859395   130978734   1119.34   121   1   1
S3   FAM001   ID002   -9   9   rs1571142   rs11564101   129700631   130839082   1138.45   125   1   1*
S3   CON   2   0:02   9   rs10987852   rs11564101   129859395   130839082   979.687   101   NA   NA
S3   UNION   2   0:02   9   rs1571142   rs1075650   129700631   130978734   1278.1   145   NA   NA
                                    
S4   FAM001   ID001   -9   8   rs7836486   rs16938743   47062007   49846738   2784.73   203   1   1
S4   FAM002   ID001   -9   8   rs7836486   rs4521758   47062007   48904123   1842.12   111   1   1*
S4   CON   2   0:02   8   rs7836486   rs4521758   47062007   48904123   1842.12   111   NA   NA
S4   UNION   2   0:02   8   rs7836486   rs16938743   47062007   49846738   2784.73   203   NA   NA
                                    
S7   FAM002   ID001   -9   3   rs13433898   rs17430092   83105077   84922139   1817.06   188   1   1
S7   FAM001   ID002   -9   3   rs2132599   rs11719954   82911048   84002320   1091.27   111   1   1*
S7   CON   2   0:02   3   rs13433898   rs11719954   83105077   84002320   897.243   84   NA   NA
S7   UNION   2   0:02   3   rs2132599   rs17430092   82911048   84922139   2011.09   215   NA   NA
                                    
S8   FAM001   ID002   -9   3   rs2526388   rs9840336   50149890   51892650   1742.76   117   0   1*
S8   FAM002   ID001   -9   3   rs2072053   rs9817653   50172096   52123273   1951.18   131   0   2*
S8   CON   2   0:02   3   rs2072053   rs9840336   50172096   51892650   1720.55   114   NA   NA
S8   UNION   2   0:02   3   rs2526388   rs9817653   50149890   52123273   1973.38   134   NA   NA

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #3 : 17 Апрель 2011, 01:00:20 »
Отчет о IBD-сегментах, после удаления сцепленных снипов и снипов в низкой степенью генотипирования

    FID1    IID1     FID2    IID2  PHE  CHR        BP1        BP2        SNP1        SNP2   NSNP         KB
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   12654159   14129451   rs2265709   rs1005301    122    1475.29
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   34867458   36866408   rs6425904    rs743015    133    1998.95
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   43171574   44266382   rs3768029   rs7523468    123    1094.81
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   44783332   46429551  rs11211012  rs11584024    142    1646.22
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   67033654   68193675  rs12408354   rs2419044    197    1160.02
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   68279982   69692921  rs12076293   rs1926268    204    1412.94
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   71013820   72288875   rs7547597   rs1026997    202    1275.06
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   80088813   82134490  rs11162840   rs1948395    305    2045.68
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   88169152   89548821   rs4655859  rs10801723    129    1379.67
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   94354117   95927332   rs3789443   rs2700338    274    1573.21
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1   99733258  100816738  rs10493914  rs10875316    125    1083.48
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  102194302  103534051  rs10493966  rs17127731    135    1339.75
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  105827987  107460385   rs7415139   rs1335051    156     1632.4
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  113150093  114346954  rs11804649   rs6656609    123    1196.86
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  117296343  118656353   rs4128518   rs2490197    177    1360.01
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  171480558  173289029   rs2795288  rs10489329    120    1808.47
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  173393468  174620749   rs1057285   rs1503124    126    1227.28
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  185439838  187001959   rs2025513  rs10754227    149    1562.12
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  206706517  207829498   rs7520798  rs11587591    172    1122.98
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1   37097270   38430471   rs3738081   rs1564119    138     1333.2
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1   42197181   43318791    rs653944    rs492763    114    1121.61
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1   61217156   63177277  rs12047847  rs10889392    288    1960.12
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1   71852486   74101956  rs10493486   rs1340440    164    2249.47
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1   74799846   75840867  rs17095579   rs6662665    155    1041.02
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1   84020018   87809161   rs6576943  rs12410191    580    3789.14
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1   91884155   93166306   rs2478178   rs7515257    148    1282.15
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  106141008  108157301   rs1163518  rs10494078    228    2016.29
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  114675894  115870562    rs627205    rs552279    138    1194.67
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  145025789  146209659   rs4950361   rs1814653    148    1183.87
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  161230524  162599273   rs2841998   rs2077405    217    1368.75
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  178492287  179626503     rs99174    rs634225    154    1134.22
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  180249584  181356634   rs4418557   rs3768622    130    1107.05
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  189885788  192196600   rs7551667    rs642668    203    2310.81
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    1  192748927  193798046   rs2494129   rs1890645    144    1049.12
  FAM001   ID001   FAM003   ID001   -1    1  182249110  183602155   rs1952251   rs7512337    152    1353.05
  FAM002   ID001   FAM003   ID001   -1    1   79109195   80359581   rs2996691   rs4384179    151    1250.39
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   13567369   16263326    rs494516    rs687584    372    2695.96
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   21123314   23080927    rs589566   rs4665534    195    1957.61
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   31299299   33004436  rs13386968    rs897509    173    1705.14
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   46107466   47405781   rs6748835   rs6712843    330    1298.32
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   47898276   48899488   rs2651766  rs11690419    113    1001.21
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   53232993   54400129   rs1364676    rs985773    185    1167.14
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   56457489   57796491  rs13432055  rs10496076    180       1339
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   62292185   63486947   rs4671416  rs12470121    100    1194.76
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   82090863   84273243   rs7355329  rs10496308    182    2182.38
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   85383492   86594374  rs13001442   rs1015117    170    1210.88
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  102304821  103366006   rs1420089   rs7565678    163    1061.18
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  103714645  105198625   rs6543232  rs11683715    172    1483.98
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  113833982  115038151   rs6739740  rs10514812    121    1204.17
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  115404426  117433098   rs4849358   rs2118392    227    2028.67
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  121684884  123022591   rs4073806  rs10211068    117    1337.71
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  125141023  126678911   rs6721614   rs1484448    152    1537.89
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  136937213  138477637     rs47150   rs1455167    194    1540.42
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  149650765  150656949  rs11900448    rs330630    120    1006.18
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  171375243  172577431   rs6755814   rs6718013    147    1202.19
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  178205612  179872719   rs2365619   rs7558234    226    1667.11
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  199250963  200644644   rs1455335   rs3115418    124    1393.68
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  222854475  224304863   rs4674642  rs10498153    179    1450.39
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2    8647744    9747170   rs3912049   rs4311040    129    1099.43
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2   23731432   25963647   rs3795932   rs3856394    176    2232.22
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2   37292497   38589594   rs1137437   rs4670876    247     1297.1
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2   57791248   58954047  rs11125728    rs734926    114     1162.8
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2   60590341   62283712   rs6724431   rs1008725    150    1693.37
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2   63287683   64715559   rs6758966   rs2070063    153    1427.88
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2   75033179   76093768   rs7594760    rs441584    204    1060.59
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2   82961206   84457271  rs10184915   rs4832076    134    1496.07
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  107523945  111453746   rs6744070  rs17041670    228     3929.8
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  112134446  113256443   rs4848138   rs2856838    110       1122
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  117443515  119162500   rs4848429    rs332104    169    1718.98
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  148918245  149978935   rs1446553   rs7556835    106    1060.69
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  151845207  153631051   rs3856557   rs1946677    202    1785.84
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  153872190  154933281   rs1347927   rs1527867    156    1061.09
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  183915935  185476099    rs444319   rs1366840    176    1560.16
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  187394307  188577005  rs11891963   rs2033838    103     1182.7
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  197857012  200067380  rs12619296   rs7608290    149    2210.37
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  213280784  214500142  rs10188254   rs1588455    137    1219.36
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    2  224966817  227079969  rs12992690  rs11674718    295    2113.15
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3    4646835    5800657    rs902983   rs1897958    267    1153.82
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   14501542   16377563   rs1062540    rs690014    304    1876.02
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   30761522   31826730   rs6550012   rs6773772    152    1065.21
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   60456499   61544793   rs2197751   rs1320172    271    1088.29
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   63224648   64258539   rs6445336   rs2263039    219    1033.89
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   69599010   70689611   rs1001498  rs11927332    142     1090.6
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   71912709   73123205  rs10865660   rs6776264    209     1210.5
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   73320419   74613336   rs9850430   rs6799372    253    1292.92
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   76009081   77120883   rs4856006   rs7617945    138     1111.8
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   78314071   79787521  rs17015805   rs9882126    138    1473.45
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   89251573   97523082   rs7642606   rs9843398    212    8271.51
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  104315821  105589393   rs4643721   rs2398966    139    1273.57
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  111969774  113133975   rs4610259    rs754914    107     1164.2
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  117957761  119311368   rs2116574   rs6780942    196    1353.61
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  139616102  141318227   rs1564406   rs4683801    216    1702.12
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  168127619  169664229  rs11928994  rs11926516    152    1536.61
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  178157980  179415628  rs10936922   rs6762634    115    1257.65
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  179856359  180858986  rs10513758   rs9874079    113    1002.63
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   17107009   18552212  rs11549705   rs1828729    119     1445.2
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   28101599   29457330   rs1156909  rs17666612    228    1355.73
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   43067294   45152010    rs557418  rs10490812    202    2084.72
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   46919278   51893268   rs1138518   rs1587922    172    4973.99
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   57643241   60723766   rs6806730   rs4974227    610    3080.53
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   65926792   67869427   rs1430416   rs1459912    263    1942.63
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   98062005   99440970  rs13070471   rs9828347    111    1378.96
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3   99969330  101217279   rs9832986   rs9827744    121    1247.95
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  103678370  105069675   rs7627117   rs1673874    128    1391.31
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  109641264  111168865   rs3996040   rs9824654    170     1527.6
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  127881519  129110017   rs9289282   rs9865083    161     1228.5
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  129672262  131291559   rs2953128   rs7622131    132     1619.3
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  132037742  133355666  rs12493708   rs6772218    144    1317.92
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  137290299  138784201   rs9810089  rs10804653    132     1493.9
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  144980320  146367022   rs4839608   rs7622285    118     1386.7
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  147247925  148840489  rs12635752   rs1318446    202    1592.56
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  153460876  154505470    rs323623   rs9824588    115    1044.59
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  160617634  161726767  rs12485627   rs6441322    124    1109.13
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1    3  178749444  179860573  rs10470510   rs9864924    106    1111.13
  FAM001   ID001   FAM003   ID001   -1    3   16723971   17827925   rs9856652  rs12495352    108    1103.95
  FAM001   ID001   FAM003   ID001   -1    3   43067294   44111428    rs557418   rs7625991    106    1044.13
  FAM002   ID001   FAM003   ID001   -1    3   55617546   56760596  rs17055498   rs6792241    140    1143.05
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   17155479   18684976   rs6843189    rs207311    116     1529.5
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   20722041   22441780   rs1821330    rs439863    250    1719.74
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   32583628   35735842   rs7436505  rs11935245    178    3152.21
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   42533105   43931165   rs1562840   rs7699496    158    1398.06
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   54187138   55500312   rs2572289   rs2067951    181    1313.17
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   76999967   78012039   rs1013588    rs237616    178    1012.07
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   83078508   84771944  rs10008190   rs6818782    181    1693.44
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4   87399136   88925317  rs11725943   rs2732167    172    1526.18
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  105522604  106668349   rs4306954   rs4082504    128    1145.74
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  110076525  111085957   rs1364842   rs4698800    132    1009.43
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  119682133  121566817   rs2200517    rs705103    247    1884.68
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  122837616  124511396  rs28651243    rs300550    174    1673.78
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  127844385  130365626    rs313048   rs1757939    220    2521.24
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  140112137  141255371   rs4600866   rs2139926    182    1143.23
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  150507561  152463768   rs7653957   rs7655373    113    1956.21
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    4  157381701  158876103   rs6844119   rs1004310    167     1494.4


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #4 : 17 Апрель 2011, 01:01:14 »
   FID1    IID1     FID2    IID2  PHE  CHR        BP1        BP2       SNP1       SNP2   NSNP         KB
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    1  222927066  234686152 rs12133496  rs1253615     13    11759.1
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2    2582345   10348167  rs1451198 rs13422172     11    7765.82
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2   79257340   88808762  rs1368960   rs335115     10    9551.42
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    2  206481747  217516448  rs7592297  rs1011502     13    11034.7
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3   71578698   85487473  rs6771130  rs2117152     13    13908.8
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    3  104283065  115432817 rs10937267  rs2062834     12    11149.8
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    5   94601083  109016440   rs385225   rs187462     13    14415.4
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    5    1229601   44434453  rs4975536 rs10941665     46    43204.9
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    5   44434453   77164410 rs10941665 rs10514122     27      32730
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    5   77164410  134537886 rs10514122  rs1122171     51    57373.5
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    5  134537886  144682989  rs1122171   rs157858     10    10145.1
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    5  144682989  179788872   rs157858  rs1828172     41    35105.9
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    6   68004709   87194644  rs9454109  rs1876527     19    19189.9
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    7   11481390   16875070 rs17164640  rs2471907     10    5393.68
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    7  108526859  120706464  rs1513914  rs1541509     11    12179.6
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    7   95323458  158456556  rs2600566  rs2657389     60    63133.1
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    8   18718011   25948059  rs2638663 rs11135910     12    7230.05
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    8   70738684   87175826  rs4738017  rs7846145     17    16437.1
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    8  103113852  116257839  rs1269707  rs1519084     13      13144
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    8     179030   13313779  rs2906330 rs17092948     27    13134.7
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    8   13313779   53172159 rs17092948  rs3849810     44    39858.4
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    8   53172159  145475151  rs3849810  rs7838717     95      92303
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1    9  116202074  124749144 rs10759693 rs10818768     13    8547.07
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1    9  123945860  139093641  rs4147659  rs7037849     18    15147.8
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   10   97386460  134821592  rs4417206  rs4326710     45    37435.1
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   11     239131   78266089 rs11601356 rs11237644     71      78027
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   11   78266089   99075724 rs11237644   rs631773     23    20809.6
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   11   99075724  127525578   rs631773  rs1477577     35    28449.9
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   11  128791122  134323841 rs11607460 rs11224099     10    5532.72
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1   12   93605693  102466844  rs7138248  rs4540923     11    8861.15
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   12    3523568   41734204  rs4766137  rs1656535     45    38210.6
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   12   41734204  131536633  rs1656535  rs2091731     87    89802.4
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1   13   82160171   94926858  rs2329247  rs7984974     15    12766.7
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   13   18108426   68460886  rs4293225  rs9541678     52    50352.5
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   13   68460886  112050604  rs9541678  rs9577340     53    43589.7
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1   14   34193684   47376530  rs7145220  rs1956328     14    13182.8
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   14   19782162   80540892 rs11851004 rs17545310     71    60758.7
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   14   80540892  103624674 rs17545310  rs1744280     27    23083.8
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1   15   89814906   96731004  rs8043364  rs3923686     11     6916.1
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   16     332462   23260349   rs370681   rs239349     27    22927.9
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   16   27066373   55282311 rs12444461  rs4784714     12    28215.9
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   16   55282311   67255962  rs4784714  rs1111721     12    11973.7
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   16   67255962   77566282  rs1111721  rs8060634     12    10310.3
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   16   77566282   88596560  rs8060634  rs9936896     22    11030.3
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   17      51088    6981602  rs4890183   rs314245     10    6930.51
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   17    6981602   13716102   rs314245   rs746590     12     6734.5
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   17   13716102   64903636   rs746590   rs100043     43    51187.5
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   17   69040691   78181864 rs11656549  rs2306755     12    9141.17
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   18     323739    8820080 rs11081025   rs627543     13    8496.34
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   18   18474290   73145738  rs4990483 rs11660621     63    54671.4
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   19     291700   48527610   rs882572 rs12461712     37    48235.9
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   20      16749   54725886  rs6086616  rs2426643     61    54709.1
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   20   54725886   61874860  rs2426643  rs6062521     11    7148.97
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   21   20199522   46761215  rs1475873  rs6518299     39    26561.7
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   22   20393337   29676752  rs5749696  rs1003480     14    9283.42
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   22   29676752   43035946  rs1003480  rs9614231     16    13359.2
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1   22   43035946   49330921  rs9614231  rs5770775     12    6294.98

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #5 : 17 Апрель 2011, 01:02:58 »
Данные о совпадающих сегментах
    FID1    IID2     FID1    IID2  PHE     NSEG       KB    KBAVG
  FAM001   ID001   FAM002   ID001   -1        4  4511.33  1127.83
  FAM001   ID001   FAM003   ID001   -1       11  25500.9  2318.26
  FAM002   ID001   FAM003   ID001   -1       12  15648.7  1304.06
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1       24  59780.3  2490.85
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1      245   389124  1588.26
  FAM001   ID002   FAM003   ID001   -1      223   371831   1667.4

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #6 : 17 Апрель 2011, 01:08:24 »
Кластеризация

SOL-0    FAM001_ID002 FAM001_ID001 FAM002_ID001

FAM001 ID002   0 0 0 0
FAM001 ID001   1 0 0 0
FAM002 ID001   2 1 1 0
FAM003 ID001   3 2 0 0

FAM001 ID002   0 0 0
FAM002 ID001   1 1 0
FAM001 ID001   2 0 0

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #7 : 17 Апрель 2011, 01:09:28 »
Пересекающиеся IBD-сегменты

POOL     FID1    IID1     FID2    IID2      PHE  CHR       SNP1       SNP2            BP1            BP2       KB     NSNP NSIM    GRP
 POOL      FID     IID      PHE  CHR       SNP1       SNP2            BP1            BP2       KB     NSNP NSIM    GRP
   S1   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   22  rs1003480  rs9614231       29676752       43035946  13359.2       16    0     1*
   S1   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   22  rs9614231  rs5770775       43035946       49330921  6294.98       12    0     2*
   S1      CON       2       NA      NA      0:0   22  rs9614231  rs9614231       43035946       43035946        0        1    NA     NA
   S1    UNION       2       NA      NA      0:0   22  rs1003480  rs5770775       29676752       49330921  19654.2       27    NA     NA

   S2   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   22  rs5749696  rs1003480       20393337       29676752  9283.42       14    0     1*
   S2   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   22  rs1003480  rs9614231       29676752       43035946  13359.2       16    0     2*
   S2      CON       2       NA      NA      0:0   22  rs1003480  rs1003480       29676752       29676752        0        1    NA     NA
   S2    UNION       2       NA      NA      0:0   22  rs5749696  rs9614231       20393337       43035946  22642.6       29    NA     NA

   S3   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   20  rs6086616  rs2426643          16749       54725886  54709.1       61    0     1*
   S3   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   20  rs2426643  rs6062521       54725886       61874860  7148.97       11    0     2*
   S3      CON       2       NA      NA      0:0   20  rs2426643  rs2426643       54725886       54725886        0        1    NA     NA
   S3    UNION       2       NA      NA      0:0   20  rs6086616  rs6062521          16749       61874860  61858.1       71    NA     NA

   S4   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   17   rs314245   rs746590        6981602       13716102   6734.5       12    0     1*
   S4   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   17   rs746590   rs100043       13716102       64903636  51187.5       43    0     2*
   S4      CON       2       NA      NA      0:0   17   rs746590   rs746590       13716102       13716102        0        1    NA     NA
   S4    UNION       2       NA      NA      0:0   17   rs314245   rs100043        6981602       64903636    57922       54    NA     NA

   S5   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   17  rs4890183   rs314245          51088        6981602  6930.51       10    0     1*
   S5   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   17   rs314245   rs746590        6981602       13716102   6734.5       12    0     2*
   S5      CON       2       NA      NA      0:0   17   rs314245   rs314245        6981602        6981602        0        1    NA     NA
   S5    UNION       2       NA      NA      0:0   17  rs4890183   rs746590          51088       13716102    13665       21    NA     NA

   S6   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   16  rs1111721  rs8060634       67255962       77566282  10310.3       12    0     1*
   S6   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   16  rs8060634  rs9936896       77566282       88596560  11030.3       22    0     2*
   S6      CON       2       NA      NA      0:0   16  rs8060634  rs8060634       77566282       77566282        0        1    NA     NA
   S6    UNION       2       NA      NA      0:0   16  rs1111721  rs9936896       67255962       88596560  21340.6       33    NA     NA

   S7   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   16  rs4784714  rs1111721       55282311       67255962  11973.7       12    0     1*
   S7   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   16  rs1111721  rs8060634       67255962       77566282  10310.3       12    0     2*
   S7      CON       2       NA      NA      0:0   16  rs1111721  rs1111721       67255962       67255962        0        1    NA     NA
   S7    UNION       2       NA      NA      0:0   16  rs4784714  rs8060634       55282311       77566282    22284       23    NA     NA

   S8   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   16 rs12444461  rs4784714       27066373       55282311  28215.9       12    0     1*
   S8   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   16  rs4784714  rs1111721       55282311       67255962  11973.7       12    0     2*
   S8      CON       2       NA      NA      0:0   16  rs4784714  rs4784714       55282311       55282311        0        1    NA     NA
   S8    UNION       2       NA      NA      0:0   16 rs12444461  rs1111721       27066373       67255962  40189.6       23    NA     NA

   S9   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   14 rs11851004 rs17545310       19782162       80540892  60758.7       71    0     1*
   S9   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   14 rs17545310  rs1744280       80540892      103624674  23083.8       27    0     2*
   S9      CON       2       NA      NA      0:0   14 rs17545310 rs17545310       80540892       80540892        0        1    NA     NA
   S9    UNION       2       NA      NA      0:0   14 rs11851004  rs1744280       19782162      103624674  83842.5       97    NA     NA

  S10   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   14 rs11851004 rs17545310       19782162       80540892  60758.7       71    0     1*
  S10   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA   14  rs7145220  rs1956328       34193684       47376530  13182.8       14    0     2*
  S10      CON       2       NA      NA      0:0   14  rs7145220  rs1956328       34193684       47376530  13182.8       14    NA     NA
  S10    UNION       2       NA      NA      0:0   14 rs11851004 rs17545310       19782162       80540892  60758.7       71    NA     NA

  S11   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   13  rs9541678  rs9577340       68460886      112050604  43589.7       53    0     1*
  S11   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA   13  rs2329247  rs7984974       82160171       94926858  12766.7       15    0     2*
  S11      CON       2       NA      NA      0:0   13  rs2329247  rs7984974       82160171       94926858  12766.7       15    NA     NA
  S11    UNION       2       NA      NA      0:0   13  rs9541678  rs9577340       68460886      112050604  43589.7       53    NA     NA

  S12   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   13  rs4293225  rs9541678       18108426       68460886  50352.5       52    0     1*
  S12   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   13  rs9541678  rs9577340       68460886      112050604  43589.7       53    0     2*
  S12      CON       2       NA      NA      0:0   13  rs9541678  rs9541678       68460886       68460886        0        1    NA     NA
  S12    UNION       2       NA      NA      0:0   13  rs4293225  rs9577340       18108426      112050604  93942.2      104    NA     NA

  S13   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   12  rs1656535  rs2091731       41734204      131536633  89802.4       87    0     1*
  S13   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA   12  rs7138248  rs4540923       93605693      102466844  8861.15       11    0     2*
  S13      CON       2       NA      NA      0:0   12  rs7138248  rs4540923       93605693      102466844  8861.15       11    NA     NA
  S13    UNION       2       NA      NA      0:0   12  rs1656535  rs2091731       41734204      131536633  89802.4       87    NA     NA

  S14   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   12  rs4766137  rs1656535        3523568       41734204  38210.6       45    0     1*
  S14   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   12  rs1656535  rs2091731       41734204      131536633  89802.4       87    0     2*
  S14      CON       2       NA      NA      0:0   12  rs1656535  rs1656535       41734204       41734204        0        1    NA     NA
  S14    UNION       2       NA      NA      0:0   12  rs4766137  rs2091731        3523568      131536633   128013      131    NA     NA

  S15   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   11 rs11237644   rs631773       78266089       99075724  20809.6       23    0     1*
  S15   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   11   rs631773  rs1477577       99075724      127525578  28449.9       35    0     2*
  S15      CON       2       NA      NA      0:0   11   rs631773   rs631773       99075724       99075724        0        1    NA     NA
  S15    UNION       2       NA      NA      0:0   11 rs11237644  rs1477577       78266089      127525578  49259.5       57    NA     NA

  S16   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   11 rs11601356 rs11237644         239131       78266089    78027       71    0     1*
  S16   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA   11 rs11237644   rs631773       78266089       99075724  20809.6       23    0     2*
  S16      CON       2       NA      NA      0:0   11 rs11237644 rs11237644       78266089       78266089        0        1    NA     NA
  S16    UNION       2       NA      NA      0:0   11 rs11601356   rs631773         239131       99075724  98836.6       93    NA     NA

  S17   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA    9 rs10759693 rs10818768      116202074      124749144  8547.07       13    0     1*
  S17   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    9  rs4147659  rs7037849      123945860      139093641  15147.8       18    0     2*
  S17      CON       2       NA      NA      0:0    9  rs4147659 rs10818768      123945860      124749144  803.284        2    NA     NA
  S17    UNION       2       NA      NA      0:0    9 rs10759693  rs7037849      116202074      139093641  22891.6       29    NA     NA

  S18   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    8  rs3849810  rs7838717       53172159      145475151    92303       95    0     1*
  S18   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA    8  rs1269707  rs1519084      103113852      116257839    13144       13    0     2*
  S18      CON       2       NA      NA      0:0    8  rs1269707  rs1519084      103113852      116257839    13144       13    NA     NA
  S18    UNION       2       NA      NA      0:0    8  rs3849810  rs7838717       53172159      145475151    92303       95    NA     NA

  S19   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    8  rs3849810  rs7838717       53172159      145475151    92303       95    0     1*
  S19   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA    8  rs4738017  rs7846145       70738684       87175826  16437.1       17    0     2*
  S19      CON       2       NA      NA      0:0    8  rs4738017  rs7846145       70738684       87175826  16437.1       17    NA     NA
  S19    UNION       2       NA      NA      0:0    8  rs3849810  rs7838717       53172159      145475151    92303       95    NA     NA

  S20   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    8 rs17092948  rs3849810       13313779       53172159  39858.4       44    0     1*
  S20   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    8  rs3849810  rs7838717       53172159      145475151    92303       95    0     2*
  S20      CON       2       NA      NA      0:0    8  rs3849810  rs3849810       53172159       53172159        0        1    NA     NA
  S20    UNION       2       NA      NA      0:0    8 rs17092948  rs7838717       13313779      145475151   132161      138    NA     NA

  S21   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    8 rs17092948  rs3849810       13313779       53172159  39858.4       44    0     1*
  S21   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA    8  rs2638663 rs11135910       18718011       25948059  7230.05       12    0     2*
  S21      CON       2       NA      NA      0:0    8  rs2638663 rs11135910       18718011       25948059  7230.05       12    NA     NA
  S21    UNION       2       NA      NA      0:0    8 rs17092948  rs3849810       13313779       53172159  39858.4       44    NA     NA

  S22   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    8  rs2906330 rs17092948         179030       13313779  13134.7       27    0     1*
  S22   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    8 rs17092948  rs3849810       13313779       53172159  39858.4       44    0     2*
  S22      CON       2       NA      NA      0:0    8 rs17092948 rs17092948       13313779       13313779        0        1    NA     NA
  S22    UNION       2       NA      NA      0:0    8  rs2906330  rs3849810         179030       53172159  52993.1       70    NA     NA

  S23   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    7  rs2600566  rs2657389       95323458      158456556  63133.1       60    0     1*
  S23   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA    7  rs1513914  rs1541509      108526859      120706464  12179.6       11    0     2*
  S23      CON       2       NA      NA      0:0    7  rs1513914  rs1541509      108526859      120706464  12179.6       11    NA     NA
  S23    UNION       2       NA      NA      0:0    7  rs2600566  rs2657389       95323458      158456556  63133.1       60    NA     NA

  S24   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5  rs1122171   rs157858      134537886      144682989  10145.1       10    0     1*
  S24   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5   rs157858  rs1828172      144682989      179788872  35105.9       41    0     2*
  S24      CON       2       NA      NA      0:0    5   rs157858   rs157858      144682989      144682989        0        1    NA     NA
  S24    UNION       2       NA      NA      0:0    5  rs1122171  rs1828172      134537886      179788872    45251       50    NA     NA

  S25   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5 rs10514122  rs1122171       77164410      134537886  57373.5       51    0     1*
  S25   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5  rs1122171   rs157858      134537886      144682989  10145.1       10    0     2*
  S25      CON       2       NA      NA      0:0    5  rs1122171  rs1122171      134537886      134537886        0        1    NA     NA
  S25    UNION       2       NA      NA      0:0    5 rs10514122   rs157858       77164410      144682989  67518.6       60    NA     NA

  S26   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5 rs10514122  rs1122171       77164410      134537886  57373.5       51    0     1*
  S26   FAM001   ID002   FAM002   ID001       NA    5   rs385225   rs187462       94601083      109016440  14415.4       13    0     2*
  S26      CON       2       NA      NA      0:0    5   rs385225   rs187462       94601083      109016440  14415.4       13    NA     NA
  S26    UNION       2       NA      NA      0:0    5 rs10514122  rs1122171       77164410      134537886  57373.5       51    NA     NA

  S27   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5 rs10941665 rs10514122       44434453       77164410    32730       27    0     1*
  S27   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5 rs10514122  rs1122171       77164410      134537886  57373.5       51    0     2*
  S27      CON       2       NA      NA      0:0    5 rs10514122 rs10514122       77164410       77164410        0        1    NA     NA
  S27    UNION       2       NA      NA      0:0    5 rs10941665  rs1122171       44434453      134537886  90103.4       77    NA     NA

  S28   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5  rs4975536 rs10941665        1229601       44434453  43204.9       46    0     1*
  S28   FAM001   ID002   FAM001   ID001       NA    5 rs10941665 rs10514122       44434453       77164410    32730       27    0     2*
  S28      CON       2       NA      NA      0:0    5 rs10941665 rs10941665       44434453       44434453        0        1    NA     NA
  S28    UNION       2       NA      NA      0:0    5  rs4975536 rs10514122        1229601       77164410  75934.8       72    NA     NA

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #8 : 17 Апрель 2011, 01:11:25 »
Данные по числу и средней длине участков гомозиготности

     FID     IID  PHE     NSEG       KB    KBAVG
  FAM001   ID002   -9       25  35896.5  1435.86
  FAM002   ID001   -9       27  39950.8  1479.66
  FAM001   ID001   -9       29  41770.3  1440.35

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #9 : 17 Апрель 2011, 01:15:35 »
IBDsegments -общее число   

FID1    IID2     FID1    IID2  PHE     NSEG       KB    KBAVG
  FAM001   ID002   FAM002   ID001   -1       18   203433  11301.8
  FAM001   ID002   FAM001   ID001   -1       39 1.2654e+006  32446.2

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #10 : 17 Апрель 2011, 01:17:22 »
Отфазированные генотипы

rs3094315 A G 1 0 0 0 1 0 0 1 0
rs12562034 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3934834 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs9442372 G A 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs3737728 G A 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs11260588 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs6687776 C T 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs9651273 G A 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs4970405 A G 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs12726255 A G 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs11807848 T C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs9442373 A C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs2298217 C T 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs12145826 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs9442380 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs7553429 A - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs4970362 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs9660710 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs4970420 A G 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs1320565 T C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs11260549 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs9729550 C A 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs11721 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2887286 T - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3813199 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3766186 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs7515488 T C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs715643 C T 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs6675798 T C 0 1 0 0 1 0 0 1 0
rs7524470 G A 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs11804831 T C 0 1 0 0 1 0 0 1 0
rs6685064 T C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs2229831 A - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3737717 A - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs12142199 G A 0 1 0 0 1 0 0 1 0
rs10949 A - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2765033 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2649588 C T 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs819980 C T 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs9439462 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3766178 T C 1 0 0 0 1 0 0 1 0
rs2031709 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3128342 C A 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs880051 G A 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs2296716 C T 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs6603793 C T 1 0 0 0 1 0 0 1 0
rs7520996 T C 1 0 0 0 1 0 0 1 0
rs6603811 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs7531583 A G 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs16825336 G A 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs2180311 T C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs6681938 C T 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs10907192 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs4648592 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs7525092 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2474460 C T 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs12758705 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2803329 A G 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs3820011 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2803291 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs41307846 G A 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs1878745 A G 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs2292861 A G 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs2459994 C T 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs12755035 A G 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs884080 G A 0 1 0 0 0 1 1 0 0
rs908742 G A 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs4648808 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs6603813 T - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3107151 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3128291 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3128296 T G 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs3753242 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs424079 A - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs262669 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2257182 T - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs262654 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs3052 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs262688 T - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2460002 G A 0 1 0 0 1 0 0 1 0
rs6665593 G - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs7512482 T - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs262683 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs2460000 G A 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs263526 T - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs10910034 T C 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs1713712 T C 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs260513 A G 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs260512 A G 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs10797417 A - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs7547453 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs11588312 T C 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs6673129 C - 1 0 0 1 0 0 1 0 0
rs7553178 A G 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs4648819 A G 1 0 0 1 0 0 0 1 0
rs10910047 G A 0 1 0 0 1 0 0 0 1
rs12119470 C T 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs2017143 T C 0 1 0 0 1 0 0 1 0
rs2643885 A C 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs903919 C T 1 0 0 0 1 0 1 0 0
rs884941 T C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs884940 T C 0 1 0 0 0 1 0 1 0
rs12743493 A G 0 1 0 0 0 1 0 0 1
rs10910050 C A 0 1 0 1 0 0 0 0 1

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #11 : 17 Апрель 2011, 01:27:53 »
Фазирование генотипов в гаплотипы (Beagle)

Level   Marker   Parent   Child   Allele   Count   Haplotype identifiers...

0   rs3094315   0   0   A   4   0   1   2   4
0   rs3094315   0   0   G   2   3   5

1   rs12562034   0   0   G   6   0   1   2   3   4   5

2   rs3934834   0   0   C   6   0   1   2   3   4   5

3   rs9442372   0   0   G   5   0   1   3   4   5
3   rs9442372   0   0   A   1   2

4   rs3737728   0   0   G   5   0   1   3   4   5
4   rs3737728   0   0   A   1   2

5   rs11260588   0   0   G   6   0   1   2   3   4   5

6   rs6687776   0   0   C   5   0   1   2   3   5
6   rs6687776   0   0   T   1   4

7   rs9651273   0   0   G   5   0   1   3   4   5
7   rs9651273   0   0   A   1   2

8   rs4970405   0   0   A   5   0   1   2   3   5
8   rs4970405   0   0   G   1   4

9   rs12726255   0   0   A   5   0   1   2   3   5
9   rs12726255   0   0   G   1   4

10   rs11807848   0   0   T   2   0   4
10   rs11807848   0   0   C   4   1   2   3   5

11   rs9442373   0   0   A   2   0   4
11   rs9442373   0   0   C   4   1   2   3   5

12   rs2298217   0   0   C   5   0   1   2   3   5
12   rs2298217   0   0   T   1   4

13   rs12145826   0   0   G   6   0   1   2   3   4   5

14   rs9442380   0   0   C   6   0   1   2   3   4   5

15   rs7553429   0   0   A   6   0   1   2   3   4   5

16   rs4970362   0   0   G   6   0   1   2   3   4   5

17   rs9660710   0   0   C   6   0   1   2   3   4   5

18   rs4970420   0   0   A   2   0   2
18   rs4970420   0   0   G   4   1   3   4   5

19   rs1320565   0   0   T   2   0   4
19   rs1320565   0   0   C   4   1   2   3   5

20   rs11260549   0   0   G   6   0   1   2   3   4   5

21   rs9729550   0   0   C   2   0   4
21   rs9729550   0   0   A   4   1   2   3   5

22   rs11721   0   0   C   6   0   1   2   3   4   5

23   rs2887286   0   0   T   6   0   1   2   3   4   5

24   rs3813199   0   0   G   6   0   1   2   3   4   5

25   rs3766186   0   0   C   6   0   1   2   3   4   5

26   rs7515488   0   0   T   2   0   4
26   rs7515488   0   0   C   4   1   2   3   5

27   rs715643   0   0   C   5   0   1   2   3   5
27   rs715643   0   0   T   1   4

28   rs6675798   0   0   T   3   0   2   4
28   rs6675798   0   0   C   3   1   3   5

29   rs7524470   0   0   G   2   0   4
29   rs7524470   0   0   A   4   1   2   3   5

......

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #12 : 17 Апрель 2011, 01:29:45 »
Отфазированные генотипы

M rs3094315 A A A G G A
M rs12562034 G G G G G G
M rs3934834 C C C C C C
M rs9442372 G G G A G G
M rs3737728 G G G A G G
M rs11260588 G G G G G G
M rs6687776 C C C C T C
M rs9651273 G G G A G G
M rs4970405 A A A A G A
M rs12726255 A A A A A G
M rs11807848 T C C C T C
M rs9442373 C A C C C A
M rs2298217 C C C C C T
M rs12145826 G G G G G G
M rs9442380 C C C C C C
M rs7553429 A A A A A A
M rs4970362 G G G G G G
M rs9660710 C C C C C C
M rs4970420 A G G A G G
M rs1320565 C T C C T C
M rs11260549 G G G G G G
M rs9729550 A C A A C A
M rs11721 C C C C C C
M rs2887286 T T T T T T
M rs3813199 G G G G G G
M rs3766186 C C C C C C
M rs7515488 C T C C C T
M rs715643 C C C C C T
M rs6675798 C T C T C T
.......
......

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #13 : 17 Апрель 2011, 01:40:54 »
Данные по IBD сегментам (Germline)
FAM001 ID002   FAM001 ID001   1   41866612 49243353   rs6656183 rs3121518   1280   5.87   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM001 ID001   1   144270181 155289901   rs17352281 rs7515836   1280   10.63   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM001 ID001   1   182642126 190426897   rs6696161 rs1416490   1152   5.26   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM001 ID001   1   208904314 217644245   rs10746432 rs12123734   1920   10.38   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   10   135284293 135284293   rs11101905 rs11101905   128   179.10   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM001 ID001   10   135284293 135284293   rs11101905 rs11101905   1152   179.10   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM001 ID001   10   135284293 135284293   rs11101905 rs11101905   1408   179.10   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   10   135284293 135284293   rs11101905 rs11101905   128   179.10   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM001 ID001   10   135284293 135284293   rs11101905 rs11101905   384   179.10   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   384   159.54   cM   0   0   0
FAM001 ID002   FAM002 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0
FAM002 ID001   FAM001 ID001   11   134445626 134445626   rs11224228 rs11224228   128   159.54   cM   0   0   0

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Проект Magnus Ducatus Lituaniae
« Ответ #14 : 17 Апрель 2011, 02:20:22 »
Наконец, карта хромосом трех участников с указанием (RHHmapper) регионов редких гомозиготных и гетерозиготныз генотипов.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100