Не согласен в одном.
Укоренить лучше, я думаю, с помощью предковых гаплотипов J-J!-J1c, которые умеет определять уважаемый Wertner.
Рассчитанный им гаплотип может не попасть на одну-другую мутацию в корень выборки.
Но укоренит дерево - это точно. Проверено по N1 и R1a.
mouglley скорее прав - укоренять следует на в недавнем-ПРОШЛЫЕ гаплотипы. Дело в том, что при использовании "постороннего" не следует далеко уходить от модального выборки. Иначе в ТНТ при недостаточно репрезентативных выборках получается т.н. ёлочка гаплотипов (см. филограммы в постах выше), которые корень оттягивает из дерева (проверено на искусственно-сгенерированных выборках).
Прим.: Выборки, сотоящие из сотен и тысяч гаплотипов достаточно устойчивы к выбору "постороннего" и допускают значительные его удаления.
Но и близко подходить не рекомендуется, иначе корень можно принять за члена выборки. Укоренение на "постороннего" из вообще соседней эволюционной линии заведомо удаляет выборку от этого корня. А вот J-J!-J1c создают тред аллелей в направлении выборки J1c3d? И на этом тренде, по-видимому, можно подобрать подходящий корень, так чтобы он был в 6-12 ед. от базового самой выборки.
Использовать для этого как-то, наверное, таблицу от Вертнера
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1906.msg59274.html#msg59274J1c3d весьма интересна тем, что она может быть использована для калибровки частот мутаций, как генеалогия от Аднана (что, правда, несколько спорно, но в "Вестнике" эти арабы фигурировали).