АвторТема: Гаплогруппа U3  (Прочитано 8699 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #45 : 04 Январь 2016, 17:48:14 »
первое что я бы посоветовал - полностью исключить вставки и удаления на 309-315 и 52х из данных для дерева, и расставить их при желании потом, после формирования топологии методом, который Вы используете.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #46 : 04 Январь 2016, 17:53:08 »
первое что я бы посоветовал - полностью исключить вставки и удаления на 309-315 и 52х из данных для дерева, и расставить их при желании потом, после формирования топологии методом, который Вы используете.
так я так и старался. 309-315 учитывал только в последнюю очередь. Но получается 315.1с очень стабильная вставка.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #47 : 04 Январь 2016, 17:54:46 »
Также есть проблема с 6734R. Данная позиция нуждается в разрешении - что там, A или G. Как правило, подобный результат выдается софтом секвенатора при гетероплазмии, но бывает и проблемой самого хардвара. Нужно посмотреть какой вариант мутантен по отношению к rCRS, и искать его в базах данных где есть сиквенсы исследуемой ветки. В Вашем случае как я понял это единственный пример где такая штука засветилась в пределах U3. Значит, увы, нужно ждать совпаденцев с данной мутацией, и только если их не будет (но найдется совпаденцы с которыми остальное одинаково) то можно подозревать приватную мутацию фамильной линии, причем понять на какой стадии находится данный вариант - приобретения мутации или ее потери - сказать нельзя.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #48 : 04 Январь 2016, 17:57:05 »
первое что я бы посоветовал - полностью исключить вставки и удаления на 309-315 и 52х из данных для дерева, и расставить их при желании потом, после формирования топологии методом, который Вы используете.
так я так и старался. 309-315 учитывал только в последнюю очередь. Но получается 315.1с очень стабильная вставка.

известны линии где она представлена чаще чем в среднем (а среднее по всему человечеству кажется за 60% уже не помню точно)

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #49 : 04 Январь 2016, 18:05:21 »
Также есть проблема с 6734R. Данная позиция нуждается в разрешении - что там, A или G. Как правило, подобный результат выдается софтом секвенатора при гетероплазмии, но бывает и проблемой самого хардвара. Нужно посмотреть какой вариант мутантен по отношению к rCRS, и искать его в базах данных где есть сиквенсы исследуемой ветки. В Вашем случае как я понял это единственный пример где такая штука засветилась в пределах U3. Значит, увы, нужно ждать совпаденцев с данной мутацией, и только если их не будет (но найдется совпаденцы с которыми остальное одинаково) то можно подозревать приватную мутацию фамильной линии, причем понять на какой стадии находится данный вариант - приобретения мутации или ее потери - сказать нельзя.
6734r это я. Могу выслать FASTA, если интересно. Хотел плюсануть, но система не позволила. Спасибо. Хотя смысла нет высылать, можно в GenBank сверить - KU318667.
« Последнее редактирование: 04 Январь 2016, 18:24:47 от ankr21 »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #50 : 04 Январь 2016, 18:24:21 »
да нет, фаста не потребуется, в ней ведь то же самое R и ничего сверх )))))

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #51 : 06 Январь 2016, 16:13:05 »
Состряпал деревце для U3b за праздники из того что нашел в GenBank. Может что то и пропустил.

« Последнее редактирование: 02 Март 2017, 21:32:10 от ankr21 »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #52 : 14 Январь 2016, 20:58:52 »
Схема работает. :) Пусть мое дерево не идеальное, зато уже 6 новых результатов могу разместить на деревце! Народу это интересно.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #53 : 09 Февраль 2016, 10:27:38 »
Похоже не нашей ветке U3b очень хорошо вырисовывается подветочка U3b1b-8867C. На ней уже 10 участников. Славянская или протославянская, как угодно. Возраст 2000-3000 лет предположительно.

Оффлайн Lana73100

  • Сообщений: 1
  • Страна: fr
  • Рейтинг +0/-0
  • mtDNA U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #54 : 06 Декабрь 2016, 15:52:30 »
Здравствуйте

Я получила свои результаты с FTDNA - mtDNA U3b1b. Пытаясь понять результаты, почитала немного что тут написано и с ужасом поняла , что для меня это китайская грамота. Придется самообразовываться.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #55 : 06 Декабрь 2016, 16:11:26 »
Здравствуйте

Я получила свои результаты с FTDNA - mtDNA U3b1b. Пытаясь понять результаты, почитала немного что тут написано и с ужасом поняла , что для меня это китайская грамота. Придется самообразовываться.
Здравствуйте.  Очень было бы интересно увидеть ваш результат.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #56 : 23 Февраль 2017, 01:01:06 »
Прогнал через утилиту FASTA file для http://www.y-str.org/2014/11/ancient-bulgaria-p1921-dna.html
Образец дДНК из Свиленграда (Болгария) возрастом 2500-2800 лет. Фракиец.

U3b1
Defining Markers for haplogroup U3b1:
HVR2: 73G 150T 263G
CR: 750G 1438G 1811G 2706G 3546A 4188G 4640A 4769G 7028T 8860G 9656C 11467G 11719A 12308G 12372A 13743C 14139G 14766T 15326G 15454C
HVR1: 16343G
Marker path from rCRS to haplogroup U3b1 (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨11467G 12308G 12372A ⇨ U ⇨ 1811G ⇨ U2'3'4'7'8'9 ⇨ 150T 14139G 15454C 16343G ⇨ U3 ⇨ 4188G 4640A 9656C 13743C ⇨ U3b ⇨ 3546A ⇨ U3b1 ⇨ 786A 915T 1493T 1495T 1531T 1532T 1533T 1669A 3056T 3057T 3066T 3586T 3657T 3910T 4320T 5415T 5434T 5435T 5437T 5439T 5440T 5444T 5447T 6206T 7296A 8145T 8155A 8156A 8165A 8184A 8532T 9984A 9986A 10064T 10092T 10196T 10310A 10888T 11804T 11808T 11810T 12181G 12618A 12738C 12867T 13136T 13494T 13547T 13908T 13914T 13967T 13971T 14642T 15402T 15468G 15506A

Много позиций не прочитано, и похоже, много фантомных или ложно обнаруженных мутаций. Но 13743С, которая определяет U3b прочиталась. Прочиталась и мутация 13967T. Она пока обнаружена только у KC250336 (США, Иллинойс) - ветка U3b2. Однако, deletion mutation 15944-, определяющая U3b2 не наблюдается:


Есть еще очень интересная мутация 12738C. Она выявлена пока только у представителей подгруппы U3b1c. Эта группа распространена у западноевропейских цыган. Возможно, при миграции из Индии в Европу племена цыган позаимствовали эту митогруппу у потомков фракийцев примерно в X-XII веках. Но это только предположение. К сожалению, 3546A, определяющую U3b1 не прочиталась.



Зато нет мутации 16168T – значит это не U3b3
   

В общем, пока поместил фракийца на ветку U3b1c.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #57 : 30 Июнь 2017, 12:26:23 »
Пристроил образцы из этой статьи:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,10128.msg384461.html#msg384461
Пока только откопанные дДНК. Надо еще по нашим современникам пройтись.

« Последнее редактирование: 06 Июль 2017, 13:51:09 от ankr21 »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #58 : 06 Июль 2017, 13:39:28 »
Очень неожиданно у образца из Армении MF362797_Arm:Oshakan нашелся полный митосовпаденец с Алтая 183_Alt_Altaian-Kizhi из этой работы https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4195960/

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 261
  • Страна: ru
  • Рейтинг +79/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-V1334
  • мтДНК: U3a3
Re: Гаплогруппа U3
« Ответ #59 : 13 Январь 2019, 14:07:38 »
Здравствуйте.

Получил результат:

Haplogroup: U3a3

HVR1 Mutations: T16093Y, A16129G, A16182c, A16183c, T16187C, T16223C, G16230A, T16278C, C16311T, A16343G, G16390A

HVR2 Mutations: C146T, C150T, C152T, C195T, A197G, A247G, 522.1A, 522.2C, 315.1C

Куда мне можно ещё загрузить этот результат?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100