АвторТема: NCBI Build 37  (Прочитано 4696 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1257
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
NCBI Build 37
« : 04 Апрель 2011, 01:32:55 »
Настала пора поговорить о следующем билде, NCBI build 37.
(NCBI - National Center for Biotechnology Information)
Ему соответствует чип Illumina Omni Express, используемый ФТДНА.
18 снипов, принадлежащих в b37 другой хромосоме :

rsid           b36 b37
-------------------------------
rs12043679 1 13
rs10182914 2 11
rs2862633 3 2
rs12496398 3 4
rs11942835 4 3
rs4291004 5 3
rs2569201 5 8
rs4714901 6 3
rs2125843 8 3
rs10106770 8 2
rs10957824 8 4
rs1578263 9 11
rs12418771 11 6
rs12804886 11 8
rs2731620 12 4
rs12900938 15 4
rs11857958 15 5

Эти снипы были неправильно привязаны в предыдущем b36.

Вот, например, rs12043679:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs=12043679


Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: NCBI Build 37
« Ответ #1 : 23 Февраль 2013, 23:43:26 »
Настала пора поговорить о следующем билде, NCBI build 37.
(NCBI - National Center for Biotechnology Information)
Ему соответствует чип Illumina Omni Express, используемый ФТДНА.
18 снипов, принадлежащих в b37 другой хромосоме :

rsid           b36 b37
-------------------------------
rs12043679 1 13
rs10182914 2 11
rs2862633 3 2
rs12496398 3 4
rs11942835 4 3
rs4291004 5 3
rs2569201 5 8
rs4714901 6 3
rs2125843 8 3
rs10106770 8 2
rs10957824 8 4
rs1578263 9 11
rs12418771 11 6
rs12804886 11 8
rs2731620 12 4
rs12900938 15 4
rs11857958 15 5

Эти снипы были неправильно привязаны в предыдущем b36.

Вот, например, rs12043679:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs=12043679

Уважаемый napobo3! Поясните, пожалуйста. Меняются ли в результате перехода FTDNA на очередной build наши raw data? Нужно ли их перезакачать заново в Гедматч и HIRSearch?
Возникли разные мнения на этот счет:

Как они пишут, будут использовать новые уточненные аутосомные скорости мутаций, а это означает изначальные данные (raw data) не изменятся, но могут поменяться размеры совпадаюших участков, а значит список и порядок совпаденцев.

Подскажите, пожалуйста, новичку: точно ли raw data не изменяется? Ведь, если бы это было так, тогда и на http://www.gedmatch.com/ принимались бы новые файлы. А это не так...

Кстати, для Гедматча, наверное, вообще проблемные месяцы начинаются. Если я правильно понимаю, тогда нужно будет вновь посылать новую триангуляцию, т.к. совпаденцы отчасти изменились

конечно меняется, ведь все позиции снипов заменены на другие

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 631
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: NCBI Build 37
« Ответ #2 : 12 Март 2013, 11:03:21 »
Family Finder & Build 37 Update - March 11
Цитировать
We’ve completed the update to NCBI industry-standard Human Genomic Build 37 - the latest version of the autosomal DNA reference data set we use. This Build recast the mutation rates within that data set to allow more precise matching blocks which in turn will provide higher quality matching.
 
What does that mean? You may notice that some of the matches you had previously are no longer listed. In almost every case, those matches are in the distant and speculative range. Some may be legitimately related, but many were likely “noise”—small coincidental matching segments that create the illusion of matching. The more distant the relationship, the less likely a match can be predicted with confidence. We are aware that you may have spent a significant amount of time researching those matches, but Family Finder was specifically designed to find matches within the past 5-6 generations.
 
As the field continues to advance, we're obligated to continually apply the latest scientific advances not only to current and future tests, but to those that have already been performed. Sometimes this will involve changes to your results. Because this particular field is still evolving, it is likely that future adjustments will be made to refine your results.
 
There were a small number of kits whose matches were mistakenly removed entirely. We’re working diligently to identify and correct that bug as quickly as possible and have that data restored. Thank you for your patience.
 
Bennett Greenspan
Max Blankfeld

Оффлайн VVizard741

  • 600 years on the river Northern Dvina
  • Сообщений: 1022
  • Страна: ru
  • Рейтинг +252/-0
  • Vilegodskaya Permtsa - SolVychegodsk
    • Православные приходы и монастыри Севера
  • Y-ДНК: R1a-YP951-FGC39315 6. Vorontsov clan
  • мтДНК: H3*, мж: T1a*; ммж: U5b2a1a2
Re: NCBI Build 37
« Ответ #3 : 16 Март 2013, 06:27:59 »
Цитировать
Update: March 15, 2013 - We've successfully uploaded a group of Family Finder tests this week, bringing us to Batch 502, which we expect to have completed by the end of next week.
The priority at this point is identifying and resolving the glitch that's caused a small number of kits to not show any matches. Not only does that affect the customers who cannot see to whom they are matched, but those matches can't see them either, so correcting that situation is paramount.
And in case you missed the previous message, we’ve completed the update to NCBI industry-standard Human Genomic Build 37 - the latest version of the autosomal DNA reference data set we use. This Build recast the mutation rates within that data set to allow more precise matching blocks which in turn will provide higher quality matching.
What does that mean? You may notice that some of the matches you had previously are no longer listed. In almost every case, those matches are in the distant and speculative range. Some may be legitimately related, but many were likely “noise”—small coincidental matching segments that create the illusion of matching. The more distant the relationship, the less likely a match can be predicted with confidence. We are aware that you may have spent a significant amount of time researching those matches, but Family Finder was specifically designed to find matches within the past 5-6 generations.
We are continuing to analyze the data, so your results may change slightly over the next few weeks. Again, thank you for your patience during this process, and thank you for choosing Family Tree DNA.
Bennett Greenspan
Max Blankfeld
Доверился Гринспан ИТэшникам, совершенно риски не просчитал, который месяц мучаюсь, никак сырые результаты ФФ по новым китам не могу получить. Неужели трудно было все проблемы с переходом на внутренних серверах параллельно решать?

Оффлайн VVizard741

  • 600 years on the river Northern Dvina
  • Сообщений: 1022
  • Страна: ru
  • Рейтинг +252/-0
  • Vilegodskaya Permtsa - SolVychegodsk
    • Православные приходы и монастыри Севера
  • Y-ДНК: R1a-YP951-FGC39315 6. Vorontsov clan
  • мтДНК: H3*, мж: T1a*; ммж: U5b2a1a2
Re: NCBI Build 37
« Ответ #4 : 24 Март 2013, 06:11:53 »
Доверился Гринспан ИТэшникам, совершенно риски не просчитал, который месяц мучаюсь, никак сырые результаты ФФ по новым китам не могу получить. Неужели трудно было все проблемы с переходом на внутренних серверах параллельно решать?
Цитировать
Update: March 22, 2013 - We cannot thank you enough for your patience during the process of fine-tuning the Family Finder program. We apologize for the delays and any inconvenience you've experienced during this process, which certainly has not gone the way we wanted it to go.
After extensive review and testing, we've isolated the glitch that caused some people to not have matching results at all, and others to lose pages of matches. While not all matches will be restored since the new build refines matches, all filter ranges were affected by the glitch and those matches that were lost because of it, should return.
We're re-running the database with this fix. We'll be doing QC on Tuesday and should be pushing the data to the public pages by late Wednesday, March 27th. The raw data should be available by Thursday.
Again, we apologize for the confusion and inconvenience this process has caused. We appreciate your business.
Bennett Greenspan
Max Blankfeld
Забрезжил свет в конце туннеля  ;D

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1257
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: NCBI Build 37
« Ответ #5 : 24 Март 2013, 11:46:21 »

Уважаемый napobo3! Поясните, пожалуйста. Меняются ли в результате перехода FTDNA на очередной build наши raw data? Нужно ли их перезакачать заново в Гедматч и HIRSearch?
Возникли разные мнения на этот счет:

Да, меняются.
В HIR Search не нужно. Он их сам пересчитает.

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 631
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: NCBI Build 37
« Ответ #6 : 27 Март 2013, 01:36:55 »
FTDNA обещает в омериканскую пятницу свежеисправленные raw-данные.

P.S. С календарём у них проблемы похоже тоже)) Вывесили сегодня в Facebook новость датированную 22 числом.

Цитировать
Family Finder & Build 37 Update - March 22

We cannot thank you enough for your patience during the process of fine-tuning the Family Finder program. We apologize for the delays and any inconvenience you've experienced during this process, which certainly has not gone the way we wanted it to go.
 
After extensive review and testing, we've isolated the glitch that caused some people to not have matching results at all, and others to lose pages of matches. While not all matches will be restored since the new build refines matches, all filter ranges were affected by the glitch and those matches that were lost because of it, should return.
 
We're re-running the database with this fix. We'll be doing QC on Tuesday and should be pushing the data to the public pages by late Thursday, March 28th. The raw data should be available by Friday.
 
Again, we apologize for the confusion and inconvenience this process has caused. We appreciate your business.
 
Bennett Greenspan
Max Blankfeld
« Последнее редактирование: 27 Март 2013, 01:44:27 от kaa76 »

Оффлайн VVizard741

  • 600 years on the river Northern Dvina
  • Сообщений: 1022
  • Страна: ru
  • Рейтинг +252/-0
  • Vilegodskaya Permtsa - SolVychegodsk
    • Православные приходы и монастыри Севера
  • Y-ДНК: R1a-YP951-FGC39315 6. Vorontsov clan
  • мтДНК: H3*, мж: T1a*; ммж: U5b2a1a2
Re: NCBI Build 37
« Ответ #7 : 27 Март 2013, 03:51:55 »
FTDNA обещает в омериканскую пятницу свежеисправленные raw-данные.
P.S. С календарём у них проблемы похоже тоже)) Вывесили сегодня в Facebook новость датированную 22 числом.
Цитировать
We'll be doing QC on Tuesday and should be pushing the data to the public pages by late Thursday, March 28th. The raw data should be available by Friday.
Да, взяли старую новость от 22-го, подправили даты на сутки позже, а дату объявления подправить забыли  ;D.
Значит в европейскую субботу у них сервера на выдачу raw файлов трудится будут. Посмотрим структуру raw 37 билда. Сравним со старыми, 36 билда, raw.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.