АвторТема: База полных сиквенсов (мито)  (Прочитано 14225 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #45 : 07 Август 2011, 14:22:20 »
Кто-то нам вредит. Удалили линк на нашу базу который я поместил здесь:

http://en.wikipedia.org/wiki/Human_mitochondrial_DNA_haplogroup

Страница правок для 87.30.240.41

Цитировать
14:53, 24 July 2011 (diff | hist) Human mitochondrial DNA haplogroup ‎ (→External links: remove company link)
18:16, 17 November 2010 (diff | hist) Tural Jalilov ‎
17:37, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Team statistics)
17:26, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Team statistics)
17:21, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Head coaches)
17:17, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Recent results)
17:00, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Forthcoming fixtures)
16:18, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Protestant Churches in the Netherlands)
16:15, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Islam)
16:13, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Protestant Churches in the Netherlands)
16:12, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Roman Catholicism)
15:56, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎
15:51, 2 February 2007 (diff | hist) Roman Catholicism in the Netherlands ‎
15:48, 2 February 2007 (diff | hist) Protestant Church in the Netherlands ‎ (membrshipdata used source : Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid)
15:44, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands


У меня даже есть смутные подозрения кто это мог быть ) Хотя мы и достигли соглашения о разделе влияния  ???


Вопрос участникам осведомленным о правилах Вики: в каких случаях company link считается рекламным (и подлежит удалению) а в каких - нет?

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #46 : 08 Август 2011, 17:49:12 »
Валерий, а в отношение H1b какой возраст более реальный:
   
Age Full (Years) = 10619.0395 +/- 3394.8165
Age Coding (Years) = 11245.9755 +/- 4372.8321
Age Synonymous (Years) = 3290.2820 +/- 1243.2440
?

А то разница между мин и макс - больше чем в 3 раза.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32790
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2612/-42
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #47 : 08 Август 2011, 17:52:51 »
Кто-то нам вредит. Удалили линк на нашу базу который я поместил здесь:

Блин, ну что за люди!  :-\

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2119
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #48 : 31 Январь 2016, 17:57:42 »
Вопрос криминальный.  Почему в митопроектах скрывают CODING REGION DIFFERENCES? Я переписываюсь с кузенами по мито. Многие шлют свои FASTAфайлы. Могу я на форуме обнародовать дерево, построенное на основе этих файлов? Чем это может грозить? Имею ввиду тех кого нет в Генбанке.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2119
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #49 : 14 Июнь 2016, 11:53:48 »
Освежу тему. И еще раз спрошу: есть ли у Yfull или ещё у кого интерес построить дерево по mitoDNA типа YTree? Все существующие деревья не обновляются очень давно.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm
http://mtdna.gentis.ru/

Может имеет смысл начать коллекционировать и интерпретировать FASTA файлы с составлением дерева за символическую плату скажем в 3-5$. Обработка их не очень сложная. С возрастом там проблема. Но можно и без цыфер. Тупо кто к кому ближе по мутациям.
« Последнее редактирование: 14 Июнь 2016, 12:00:42 от ankr21 »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6149
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1036/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #50 : 14 Июнь 2016, 12:51:39 »
Освежу тему. И еще раз спрошу: есть ли у Yfull или ещё у кого интерес построить дерево по mitoDNA типа YTree? Все существующие деревья не обновляются очень давно.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm
http://mtdna.gentis.ru/

Может имеет смысл начать коллекционировать и интерпретировать FASTA файлы с составлением дерева за символическую плату скажем в 3-5$. Обработка их не очень сложная. С возрастом там проблема. Но можно и без цыфер. Тупо кто к кому ближе по мутациям.

Уже вроде бы отвечали - что мито не входит в их приоритеты, так как нельзя объять необъятное.
Базы вроде бы обновляются. Сейчас поищу пример на форуме, из того, что я публиковал.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6149
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1036/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #51 : 14 Июнь 2016, 12:56:13 »
Вот например база от Ian Logan - основанная на данных Genbank
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/j1c_genbank_sequences.htm
Последнее обновлением - 2016 год


Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2119
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #52 : 14 Июнь 2016, 13:55:51 »
Вот например база от Ian Logan - основанная на данных Genbank
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/j1c_genbank_sequences.htm
Последнее обновлением - 2016 год
Да, знаю эту базу. На материалах ГенБанка и открытых ресурсов OpenSNP. Но это не дерево.
В YFull заявлено на страничке: MtDNA (rCRS and RSRS) optionaly. То есть теоретически с мито они работают. 
Я пытался по своей митогруппе U3b что-то состряпать. Можно найти в соответствующей ветке форума. Но не все хотят делится не пойми с кем своими FASTA файлами. В другие группы не углублялся.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5622
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1740/-12
  • мтДНК: H1b
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #53 : 14 Июнь 2016, 14:28:46 »
В YFull заявлено на страничке: MtDNA (rCRS and RSRS) optionaly. То есть теоретически с мито они работают. 
Работали, когда мито в Биг игрек входило.

Цитировать
Уже вроде бы отвечали - что мито не входит в их приоритеты, так как нельзя объять необъятное.
Да, тоже помню  :)
« Последнее редактирование: 14 Июнь 2016, 14:55:05 от пенелопа »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1980
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #54 : 06 Июль 2016, 19:39:41 »
У меня у отца Mt H79 - а в этой базе её вообще нет :(

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2119
  • Страна: ru
  • Рейтинг +446/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #55 : 02 Май 2018, 07:31:43 »
Дерево митоДНК подсыхает. :'(
Нет обновления аж с февраля 2016.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm
Я все не мониторю, но вижу новые веточки и по гаплогруппе U3b и по H.
По H очень интересная веточка вырисовывается с локализацией во Владимирской области.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #56 : 18 Май 2018, 18:03:05 »
Дерево митоДНК подсыхает. :'(
Нет обновления аж с февраля 2016.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm

Для Манниса проект Файлотри - не первой важности
В феврале прошлого года, когда мы виделись в Йене, он говорил что намерен продолжать, но ит депендз, ессно

Я забросил свой еще раньше, и пока не будет финансирования, не намерен продолжать. Есть более срочные дела, по кооторым надо успевать и отчитываться.

Реально хорошо живет и остается на плаву только проект EMPOP, тк его поддерживает европейская ассоциация судебного генотипирования. Практически все в теме мтднк сейчас крутится вокруг него. Но это и раньше было очевидно, впрочем.

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 561
  • Страна: ua
  • Рейтинг +105/-9
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #57 : 18 Май 2018, 21:16:14 »
Реально хорошо живет и остается на плаву только проект EMPOP

Разве лучше чем Genbank ? У Genbank база данных больше.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #58 : 18 Май 2018, 22:53:50 »
Разве лучше чем Genbank ? У Genbank база данных больше.

ну это сущности еще более разного порядка, чем вилка и ложка )) да, как Газпром vs ИП )))

Генбанк - существующая с 80х база, финансируемая, как часть ncbi, правительством США, и предназначенная для хранения и систематизации данных сиквенсов и белков, встроенных программных средств итп. От любых видов животных и растений.

EMPOP - небольшой судебный проект по созданию референсных данных человеческой мтднк высокого качества. Задает в настоящее время стандарты типирования и поиска ошибок. EMPOP занимается ТОЛЬКО людьми. Как и Генбанк, принимает сабмишны от исследователей. Проект не государственный.

Генбанк занимается огромным количеством вещей и никакие частные стандарты типирования мт его вообще не интересуют. А EMPOP аккурат специализируется на рутинных и нерутинных ошибках в вопросах мт.


Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #59 : 18 Май 2018, 22:59:53 »
а что касается размера базы, то здесь сравнение малоперспективно, тк Генбанк это фактически помойка любых данных, кто-то там насеквенировал невесть чего и вывалил. Все проекты, интересующиеся какими-то частными вопросами по той или иной хромосоме или группе генов, имеют свои базы, которые с точки зрения их узкого интереса значительно превосходят Генбанк. Скажем, до 2013, пока я собирал базу мт, то регулярно высасывал все новинки из Генбанка и - еще больше - из статей, данные которых авторы не сабмиттили в генбанк. Если по полным сиквенсам мт Генбанк более-менее представителен, о по частичным - нет, ни разу. И программные его возможности - откровенно неудобны.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100