АвторТема: База полных сиквенсов (мито)  (Прочитано 13170 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #60 : 18 Май 2018, 23:12:26 »
например, какой толк от базы генбанка, если допустим надо вывалить туда 1000 образцов сиквенсов ГВС+ на каждый по 100 снипов сделанных на такманах? искать снипы в комментариях - это не интересно. База должна иметь формат записей, адекватный задаче. Если это старый данные по мт - то и форматы пдрф, и снипы, а не только сиквенсы. Я таки вываливал вместе со снипами и пдрфами, ну вот от балды сейчас поискал, первый попавшийся пример из старой нашей статьи

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX896115.1

Цитировать
     source          1..377
                     /organism="Homo sapiens"
                     /organelle="mitochondrion"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /isolate="UND-601"
                     /isolation_source="Ukrainian individual"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /haplogroup="H1 (3010 Bsh1236I-,7025 AluI-)"
                     /country="Russia"

Работать с этим можно только закачав и переформатировав, более того, придется преобразовать пдрфы вроде 3010 Bsh1236I-,7025 AluI- в сниповые консенсусы, иначе как искать там? Генбанк не знает что лосс алю-1 фермента в поз. rcrs7025 - это предположительно 7028C. Реально средствами самого генбанка можно смотреть и худо-бедно анализировать только полные сиквенсы, а по хорошему счету и их надо закачивать себе и крутить уже как пожелаешь.

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 328
  • Страна: ua
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z280
  • мтДНК: H
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #61 : 19 Май 2018, 07:27:52 »
Если по полным сиквенсам мт Генбанк более-менее представителен, о по частичным - нет, ни разу. И программные его возможности - откровенно неудобны.

На безрыбье и рак рыба. Реально практически нет альтернативы.

mitosearch.org закрывают до 24 мая.  :(

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 328
  • Страна: ua
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z280
  • мтДНК: H
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #62 : 19 Май 2018, 08:14:17 »
EMPOP - небольшой судебный проект по созданию референсных данных человеческой мтднк высокого качества. Задает в настоящее время стандарты типирования и поиска ошибок. EMPOP занимается ТОЛЬКО людьми. Как и Генбанк, принимает сабмишны от исследователей. Проект не государственный.

Принимают данные только от иследователей, от частных лиц не принимают ?

Сайты empop.org и empop.online кстати не функционируют.

Единственное, что нашел, вот это, это оффициальный сайт ?

https://gerichtsmedizin.at/empop_database.html

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #63 : 19 Май 2018, 14:12:56 »
почему эмпоп в оффлайне, даже не знаю

По поводу сабмишнов от частных лиц - в случае, если вы заказывали где-то сырые сиквенсы и сами анализировали, то представив по запросу согласия от тестированных, можете конечно публиковать в генбанке что угодно. Вы в этом случае - субъект, а не объект. А в случае FT исследователем выступает их лаборатория, а не тестированные.

То есть ответ - ДА, вы можете публиковать, но в условиях коммерческого тестирования, когда "все включено", пока не понимаю, как это сделать. Наверное, если у вас цель публиковать сиквенсы от своего имени, надо выбрать другого подрядчика, не FT.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #64 : 19 Май 2018, 14:26:56 »
Принимают данные только от иследователей, от частных лиц не принимают ?

частное лицо - тоже может быть исследователем, и в этом случае называется independent researcher. И биологи тоже бывают индепендент рисечерами. На права публиковать это не влияет никак. Важно кто проводит исследование (вы, а не какая-то фирма) и законно ли получен материал. Все.

Само лабораторное исследование может быть аутсорсным. При публикации результатов это уже ваша проблема указывать лабораторию или нет, вопрос, решаемый с подрядчиком. Обычно принято указывать, в том числе как соавторов второго порядка, и в генбанке тоже. Разумеется, у персонала Генбанка могут быть вопросы к индепендент рисечеру тк заявленное ими

Цитировать
It is our assumption that you have received any necessary informed consent authorizations that your organizations require prior to submitting your sequences

по умолчанию применяется к организациям, а не частным лицам, но повторяю, принципиальной проблемы тут нет, если все законно


Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #65 : 19 Май 2018, 14:43:23 »
для хранения независимых образцов (если они в большом количестве, конечно, иначе это не выгодно) в России есть несколько биобанков.

Крупнейший и самый автоматизированный - в Питере

http://researchpark.spbu.ru/contacts-biobank-rus


а вот созданный нами

http://биобанк.рф

Это хранилища, независимые от исследовательских лабораторий. Можно хранить, аликвотировать и извлекать для новых исследований

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов (мито)
« Ответ #66 : 19 Май 2018, 15:00:24 »
примечательная особенность биобанков - возможность приобрести там образцы для исследования (если конечно лицо поместившее эти образцы изначально согласилось с такой возможностью). В биобанке по ссылке выше, стараниями Елены Владимировны и Олега, это возможно. Да, можно купить аликвоты из выборок, собранных в самых медвежих уголках Евразии. Условием будет соавторство лаборатории-контрибьютора в вашей публикации.

(наверное это уже оффтоп в данной ветке)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100