АвторТема: База полных сиквенсов (мито)  (Прочитано 13320 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #30 : 16 Март 2011, 22:01:15 »
А самому посмотреть что написано на страничках? По полным больше чем в этой базе у меня нет ничего. По частичным - такие гаплогруппы не выделить. Саш, это предназначено в первую очередь для тех кто имеет FGS и хочет увидеть кто к нему ближе.

На каких страничках?
Вот например - http://mtdna.gentis.ru/tx/hg/H/tx_H16b_320067.htm

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #31 : 16 Март 2011, 22:09:38 »
Валер, эти работы у тебя есть?

1) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14760490
2) Pope 2011    A. M. Pope, S. M. Carr, K. N. Smith, and H. D. Marshall    Mitogenomic and microsatellite variation in descendants of the founder population of Newfoundland: high genetic diversity in an historically isolated population    Genome 54(2): 110–119, 2011.


Кобл есть, а вторая не уверен, пока не вижу. Только данные из нее.
« Последнее редактирование: 16 Март 2011, 22:21:25 от Valery »

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #32 : 16 Март 2011, 22:11:34 »
когда скачаешь я удалю сразу, там ничего интересного нет. По-любому, во времена Кобла гг с номером старше H11 еще не знали, так что своей ты там не найдешь. Тогда это все называлось H*.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #33 : 16 Март 2011, 22:19:02 »
когда скачаешь я удалю сразу, там ничего интересного нет. По-любому, во времена Кобла гг с номером старше H11 еще не знали, так что своей ты там не найдешь. Тогда это все называлось H*.

Хоть узнать у кого наковыряли, а то география Тироль, Кавказ, Ньюфаундленд и эрзя меня малость озадачивает.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #34 : 16 Март 2011, 22:21:01 »
Хоть узнать у кого наковыряли, а то география Тироль, Кавказ, Ньюфаундленд и эрзя меня малость озадачивает.

Кобл у васпов брал анализы :)

По-любому, ьез полного сиквенса ничего тебе никто не скажет.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #35 : 16 Март 2011, 22:23:31 »
Хоть узнать у кого наковыряли, а то география Тироль, Кавказ, Ньюфаундленд и эрзя меня малость озадачивает.

Кобл у васпов брал анализы :)

По-любому, ьез полного сиквенса ничего тебе никто не скажет.

Если сделаю, то скажут?

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #36 : 16 Март 2011, 22:28:13 »
Если сделаю, то скажут?

голову на отсечение не дам :)

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #37 : 16 Март 2011, 22:41:35 »
Если сделаю, то скажут?

голову на отсечение не дам :)

Вот и я о том же :)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #38 : 16 Март 2011, 22:56:17 »
Если сделаю, то скажут?

голову на отсечение не дам :)

Вот и я о том же :)
редкий ты митоТИП  ;D

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9567
  • Страна: id
  • Рейтинг +475/-26
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #39 : 16 Март 2011, 22:59:48 »
а то география Тироль, Кавказ, Ньюфаундленд и эрзя меня малость озадачивает.

Ньюфаундленд почти наверняка не от индейцев. Это всё, что можно сказать.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #40 : 16 Март 2011, 23:12:26 »
а то география Тироль, Кавказ, Ньюфаундленд и эрзя меня малость озадачивает.

Ньюфаундленд почти наверняка не от индейцев. Это всё, что можно сказать.

Валера уже говорил: Кобл у васпов брал анализы :)

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #41 : 28 Март 2011, 20:58:07 »
Валерий,

игнорируя недавно прозвучавший совет "бросить эту МТДНК"  ;D, я пытался разобраться в дереве L2а1, структура которого у Ван Овен - Кайзер мне показалась странной.
По Вашей базе
               -> G143A - 305041 -> T16189C - 305060 -> C16192T ... -> 305078 -> A143G! - 305080
304940<
               -> T16189C - 305058

т.е. предполагаются 2 независимые мутации T16189C в сестринских ветвях. Если на первой позже происходит обратная мутация A143G, а 16189 демонстрирует стабильность среди всех "дочек", то чем хуже

                                                                               -> C16192T ... -> 305078 -> A143G! - 305080
304940    -> G143A - 305041 -> T16189C - 305060 <
                                                                               -> A143G! - 305058

Кроме того, 16192 нестабильна по всей ветви, мутации практически в каждой подветви, т.е. возможно ее следует игнорировать для филогении L2а1?
Или Вы пользуетесь отсутствующими в Генбанке, но упомянутыми в Behar 2008b секвенсами из Howell 2004, подтверждающими эту филогению?

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #42 : 30 Март 2011, 11:12:12 »
Замечание совершенно справедливое. Дело в том что Кайзер-Овен, не имея задачи представить все (или по крайней мере, как я, все непротиворечивые) сиквенсы, в своей схеме могли игнорировать какие-то мутации в отдельных ветвях, и это есть правильно. Я поставил целью записать хотя бы одну версию переходов во всех позициях, которые анализируются, и поэтому порой приходится мириться с прыжками туда и обратно. Конечно, это недостоверно - такие поддеревья можно упростить, отрезав маркер и с ним ненужные переходы. Единственное, чем могу оправдаться - у меня есть в базе табличка, где такие случаи фиксируются и при подсчете возраста учитывается только первая мутация и последующие обратные игнорируются.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #43 : 30 Март 2011, 15:33:49 »
А слона то я и не заметил  ;D - показалось, что ваши деревья практически совпадают. Но не в этом дело, как раз версия Кайзер-Овен с тремя ветвями от корня IMHO менее устойчива, поскольку разделяет на основе мутаций, которые потом повторяются или оборачиваются внутри ветвей. Я лишь предположил, что 143 лучше вынести под корень для всех известных L2a1, а 16192 вообще игнорировать. Тогда разделение будет на 6 ветвей от ствола: a, c, d, e, h, 16189TC (b+f+i+j+k+l). Первые 5 держатся на кодирующих мутациях, а последняя - на неожиданно устойчивой здесь 16189.
Т.е. я пытался сказать, что реальные подветви с листями неверно привиты к стволу, не разделяются, а переплетаются.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #44 : 07 Август 2011, 14:04:39 »
Спасибо Роману - залита сборка №4 от 5 августа. Все кто сбросил FGS's в Генбанк за последнее время могут себя найти по аксешну


http://mtdna.gentis.ru/ind/accind.htm

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100