АвторТема: База полных сиквенсов (мито)  (Прочитано 13576 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #15 : 16 Март 2011, 17:48:36 »
переписанный с плюсов на sql :)

Отличный пример портинга.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #16 : 16 Март 2011, 19:22:14 »
А господа van Oven и Logan упустили единственный сиквенс H5'36 (GQ983078), у которого нет 16304С, и поместили, вслед за авторами Santoro 2010, в Н5.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #17 : 16 Март 2011, 19:28:08 »
А господа van Oven и Logan упустили единственный сиквенс H5'36 (GQ983078), у которого нет 16304С, и поместили, вслед за авторами Santoro 2010, в Н5.

я совершенно не исключаю, что он и есть H5, просто потерял 16304. Это мы узнаем только когда найдутся близкородственные типы с такими же приватными мутациями, и наличие/отсутствие у них 16304 может склонить чашу весов туда или сюда.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #18 : 16 Март 2011, 20:06:27 »
А насколько правомерно тогда объединять Н5 и Н36 в одну парагруппу, если единственный возможный кандидат H5'36, таковым не признается? Т.е. Н36 может оказаться подгруппой Н5, или вообще отдельной, а H5'36 - фикцией?  Кроме общей мутации, каковы критерии для их объединения в H5'36?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1353/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #19 : 16 Март 2011, 20:15:17 »
Валер, дама с мито H23 удивлена, что сие означает?

H21    H    1    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000
H23    H    6    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #20 : 16 Март 2011, 20:20:10 »
А насколько правомерно тогда объединять Н5 и Н36 в одну парагруппу, если единственный возможный кандидат H5'36, таковым не признается? Т.е. Н36 может оказаться подгруппой Н5, или вообще отдельной, а H5'36 - фикцией?  Кроме общей мутации, каковы критерии для их объединения в H5'36?

Критерий - общая мутация на 456, которая в принципе могла вскочить и независимо у двух известных ветвей. Но тупые принципы парсимонии требуют навести порядок, вот и выделяют.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #21 : 16 Март 2011, 20:22:50 »
Валер, дама с мито H23 удивлена, что сие означает?

H21    H    1    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000
H23    H    6    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000

Значит все полные сиквенсы H21 (как и H23) идентичны или различаются только мутациями которые я игнорирую при подсчете возраста. Конечно он не 0 но исходя из имеющихся данных его подсчитать нельзя.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2763
  • Страна: ua
  • Рейтинг +614/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #22 : 16 Март 2011, 20:24:00 »
А можно подробней о разных вариантах Age.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #23 : 16 Март 2011, 20:27:46 »
Full - по всем субституциям (то есть транзициям и трансверсиям но не инсерциям и не делециям)

Coding - по мутациям в генах

Synonymous - по синонимическим мутациям в белковых генах, то есть таким, которые не меняют аминокислоту. Считается лучшим средством, хотя нередко дает менее правдоподобные результаты чем Full.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1353/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #24 : 16 Март 2011, 20:50:08 »
Валер, а можно узнать географию по этим сиквенсам:

H16    H    17    1.8824 +/- 0.5128    6292.8632 +/- 1714.2904    1.4118 +/- 0.4779    7294.7706 +/- 2469.3093    1.0588 +/- 0.4556    8459.8120 +/- 3640.2440
H16a    H16    5    0.6000 +/- 0.4472    2005.8000 +/- 1494.9896    0.6000 +/- 0.4472    3100.2000 +/- 2310.6824    0.4000 +/- 0.4000    3196.0000 +/- 3196.0000
H16b    H16    5    0.8000 +/- 0.4000    2674.4000 +/- 1337.2000    0.2000 +/- 0.2000    1033.4000 +/- 1033.4000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #25 : 16 Март 2011, 21:07:20 »
А самому посмотреть что написано на страничках? По полным больше чем в этой базе у меня нет ничего. По частичным - такие гаплогруппы не выделить. Саш, это предназначено в первую очередь для тех кто имеет FGS и хочет увидеть кто к нему ближе.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1353/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #26 : 16 Март 2011, 21:14:09 »
А самому посмотреть что написано на страничках? По полным больше чем в этой базе у меня нет ничего. По частичным - такие гаплогруппы не выделить. Саш, это предназначено в первую очередь для тех кто имеет FGS и хочет увидеть кто к нему ближе.

На каких страничках?

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #27 : 16 Март 2011, 21:19:14 »
На страничках таксонов. См Indices и ниже

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 31479
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2355/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #28 : 16 Март 2011, 21:30:44 »
Прекрасная база!

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1353/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: База полных сиквенсов
« Ответ #29 : 16 Март 2011, 22:00:26 »
Валер, эти работы у тебя есть?

1) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14760490
2) Pope 2011    A. M. Pope, S. M. Carr, K. N. Smith, and H. D. Marshall    Mitogenomic and microsatellite variation in descendants of the founder population of Newfoundland: high genetic diversity in an historically isolated population    Genome 54(2): 110–119, 2011.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100