АвторТема: GeneTree (SMGF) данные получены. Что делать дальше?  (Прочитано 16887 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Напишу небольшой мануал в связи с последним обновлением у Соренсона.

Итак Вы бесплатно получили данные у Соренсона, или разблокировали их за деньги на ГенТри.
Какие шаги следует предпринять в первую очередь?

1. Получить значения маркеров.

На ГенТри все маркеры Вам выдадут в явном виде. Достаточно пройти по ссылкам DNA -> Y-DNA (Mito-DNA) -> Markers, дабы получить все 43 маркера Соренсоновской линейки (или же отличия от Кембриджской последовательности по мито).

С Соренсоном придётся повозиться.
Надо будет зарегистрироваться и войти в Игрек поиск, или мито поиск.

По мито делаете просто:
1) Очищаете все поля и ведёте поиск по фамилии.
2) Сразу получаете те маркеры, что не совпадают с кембриджем.
3) Выписываете на листочек отличающиеся маркеры и их значения (значения сразу перечёркиваете, как неправильные).
4) Возвращаетесь в форму поиска и набиваете все маркеры. Значение каждого из них одновременно (дабы не расходовать понапрасну лимит поисков) изменяете.
5) И так до полной победы. Если условно полагать все значения как -, A, C, G, T, то весь поиск занимает не более пяти итераций, включая начальную.

По игреку, учитывая обилие значений - хуже.
1) Поиск введёте по фамилии.
2) Генерируете случайные значения.
3) Всё то же самое что и мито: выписка, инкрементирование и пр.
4) Не забываем сохранять поиск (не очень часто - не знаю как увязаны сохранения с лимитом). И после каждой итерации жмём CTL + PrtScr. Если понадобится, то потом всегда можно будет сделать картинку последней попытки.
5) Для ускорения процесса, можно сразу маркеры набить в ИгрекСёч и посмотреть гаплы приближенцев.
6) Если пункт пятый привнесёт какую-то ясность, то утилиткой http://freepages.genealogy.rootsweb.ancestry.com/~geneticgenealogy/SMGF/search4.htm сгенерируете данные уже по конкретной гапле и будете скакать вокруг них.
6) Гласность! Очень помогает. Я опубликовал данные промежуточного этапа (ссылка на пример) и добрые люди сразу мне подсказали 7 значений маркеров.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
2. Ищем родичей по базе Соренсона.

На ГенТри это делается простым нажатием на Find others that match your DNA в секции DNA TOOLS.
Задаёте критерий (полное совпадение, 85%, 70%) и получаете список.
Причём имеете возможность рассмотреть как генеалогию, так и ВБОП (TMRCA) - Время до Ближайшего Общего Предка.

У Соренсона вводите значения маркеров (я рекомендую сразу выбрать конвенцию от ФТДНА), задаёте критерии.
Результаты не забываете сохранить, чтобы в последующем их опять не приходилось набивать.
Также как и ГенТри, Соренсон даёт и генеалогии и ВБОПы по всем совпаденцам-приближенцам.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
3. Поиск на www.ysearch.org (www.mitosearch.org)

Вам будет необходимо занести свои данные в эти базы поиска. Т.е. создать учётные записи.
Для этого кликаете на Create a New User и заносите все значения маркеров. Именно для лучшей совместимости, я рекомендовал изначально использовать формат от ФТДНА.
После того, как ввод будет окончен, Вам присвоят числобуквенный индекс, типа тех, что указаны в моей подписи.
Наличие учётно записи позволяет вести поиск в Search for Genetic Matches.


Что Вы сможете получить?
Имена совпаденцев-приближенцев иногда с указанием их родовых ареалов, родословий и гаплогрупп.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
4. Получаем свою гаплогруппу.

При обилии родичей на ИгрекСёч, и при совпадении у них гаплогрупп, можно особо не заморачиваться, и именно с этой гаплогруппой соотнести анализируемый сэмпл.

Можно также использовать какой-нибудь из предикторов.

Скажем, предиктор Вадима Урасина http://predictor.ydna.ru (ссылка на описание и обсуждение).

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
5. Присоединяемся к обсуждению своей гаплогруппы.

Итак, у нас есть значение субклада. Находим на форуме соответствующий раздел и заявляемся там со своим здрасьте.
Уважая время коллег, лучше не просто вываливать значения маркеров, а вдобавок предоставлять свою учётную запись на ИгрекСёч.

Велики шансы, что Ваши данные повесят на каких-нибудь ветвях гаплогруппных филогенетических деревьев.
Но не факт. Дело в том, что у Соренсона 43 маркера, 8 из которых не совпадают со стандартными линейками ФТДНА.
Т.е. Вы имеете только 35 маркеров из 67, по которым ведётся большинство построений.
Не беда. Окончание следует...

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
6. Строим филогенетическое дерево сами.

Дело это довольно простое и неплохо описано вот тут (ссылка).
Я не видел никого, кому не дались хотя бы начальные построения.
Некоторые, как Клёсов, скажем, на этом начальном этапе и остановились. Создали "академию" и начали мусорить пророчествами и нетленными вещаниями.
Так что, за дело, господа!

Амен

:)

Оффлайн Capone

  • Сообщений: 26
  • Рейтинг +0/-0
Михаил здравствуйте !! У меня проблема с тем как увидеть мои значения у Соренсона - захожу в свой акаунт , ввожу в поле "Search By Surname:" свою фамилию , внизу страницы жму Search и ничего не выходит ... Может я не там ищу..? Пошагово как искать ..?
                       

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Михаил здравствуйте !! У меня проблема с тем как увидеть мои значения у Соренсона - захожу в свой акаунт , ввожу в поле "Search By Surname:" свою фамилию , внизу страницы жму Search и ничего не выходит ... Может я не там ищу..? Пошагово как искать ..?
                       
Руслан,
Надо убедиться в том, что фамилия присутствует в списках (мужском и женском).

Оффлайн Capone

  • Сообщений: 26
  • Рейтинг +0/-0
В Общих списках нет... Но два человека из 30 присутствуют , где же остальные..? Они ведь шли все вместе...

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Взял, к примеру, из списка фамилию Аджиев.
Чтобы не ошибиться с написанием, просто скопировал её.
Поставил вот такие настройки (для значений маркеров нажал кнопку Example Values):



И получил вот это:



23 маркера сразу угадал. Осталось 20 вычислить.

*** Кстати, этот Аджиев, похоже, не Карачай-Малкар.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
В Общих списках нет... Но два человека из 30 присутствуют , где же остальные..? Они ведь шли все вместе...

Я подозреваю, что никого пока ещё нет.

Могу обнадёжить тем, что рано или поздно (иногда через 4 года!!!) появляются все.

Я всегда проходил быстро. Максимум 8-10 месяцев.

1) Всё писал латиницей.
2) При неизвестных предках, выдумывал вымышленных до 4 колена и уходящих в 19 век.
3) Родословия прилагал на дисках в формате ГЕДКОМ.

Хотя может просто повезло с обработкой сэмплов (моего, отца, жены, дочери, знакомого сестры, троюродного брата).
« Последнее редактирование: 10 Март 2011, 00:24:33 от Mich Glitch »

Оффлайн Capone

  • Сообщений: 26
  • Рейтинг +0/-0
Там их двое - один из Карачаево- Черкессии.. Пишется просто по другому ADZHIEV.... Кстати приведенный вами Аджиев из Киргизии может быть тоже карачаевцем - там осталось много наших после выселки ....

Ну хорошо если остальные фамилии в списке не присутствуют и выяснится что кто то из общего спика попал в базу данных , а кто то нет Можно будет через GeneTree получить наши данные заплатив..?

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Там их двое - один из Карачаево- Черкессии.. Пишется просто по другому ADZHIEV....

Вот на нём потренируйтесь. Будут вопросы - задавайте в ветке.
Не забывайте сохранять результаты и делать скриншоты всех последних операций.

Кстати приведенный вами Аджиев из Киргизии может быть тоже карачаевцем - там осталось много наших после выселки ....

Согласен. Особо учитывая не очень глубокое родословие.

Можно будет через GeneTree получить наши данные заплатив..?

Конечно можно. Но стоить это будет для выборки в тридцать сэмплов 1470 долларов. Я бы подождал.

Оффлайн Capone

  • Сообщений: 26
  • Рейтинг +0/-0
пока колдовал с результатами по вашему рецепту Сравнил Аджиева функцией "Approximate"
вот что получилось :

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34639
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Не тратьте поиски (они скоро кончатся).
Ведите пофамильный поиск.
То есть, должна высвечиваться только одна фамилия.
Ваша задача выдернуть значения маркеров.
А потом будете сравнениями заниматься.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100