Способы учёта дупликаций и делиций палиндромных участков в филогении и в расчётах

[mouglley]

Уважаемый Nimissin, нашли ли вы какой-нибудь способ учета делиций и дупликаций в расчётах гаплогрупп N1c1 (они у нас есть) и N1b (они у них случаются)?

Уважаемый mouglley, конечно нашел. Все просто. Надо учитывать только независимые локусы. Для N1c1 из 67 маркеров возраст надо считать по 63-м независимым. Я еще советую выбрасывать из расчета CDYa,b. Остается 62 независимых маркера. Еще раз уточню - это только применительно к гаплотипам N1c1.

Если было всё так просто!

Если Вы посмотрите цветную табличку наверху, то увидите, что времы от времени у кого-то из N1c1 внезапно появляется вторая часть палиндрома.

А очень цветная она из-за того, что появляются эти дупликации в абсолютно разных кластерах.

То есть, где-то в N1c произошла мутация 13/19=>13/0.
А потом, и неоднократно, выскакивают то 13/0=>13/14, то 13/0=>13/12, а то и, вообще, 13/0=>13/13, которую без специального теста не отличишь от 13/13.

Далее, в DYS464 кроме стандартных значений, типа 13/13/14/14, которые на самом деле означают 13/14, можно видеть значения, типа 13/14/14/14 или 13/14/14/16.
Что могут значить они? Двойные дупликации? А вероятность таковых какова?

Далее, как Вам известно, в гаплогруппе N1b встречаются делиции, как, к примеру, у уважаемого Дара Исиды.
У него в табличке FTDNA указано 13/14/16, что на самом деле оэначает 13/14/16 (если я не ошибаюсь в порядке).

У других же N1b встречаются значения, типа 13/13/14/14.
Что это означает, делицию, аналогичную N1c1 или на самом деле здесь 4 участка.

Как все эти нюансы можно учесть в расчётах.

[Nimissin]

Если было всё так просто!

Если Вы посмотрите цветную табличку наверху, то увидите, что времы от времени у кого-то из N1c1 внезапно появляется вторая часть палиндрома.

А очень цветная она из-за того, что появляются эти дупликации в абсолютно разных кластерах.

То есть, где-то в N1c произошла мутация 13/19=>13/0.
А потом, и неоднократно, выскакивают то 13/0=>13/14, то 13/0=>13/12, а то и, вообще, 13/0=>13/13, которую без специального теста не отличишь от 13/13.

Далее, в DYS464 кроме стандартных значений, типа 13/13/14/14, которые на самом деле означают 13/14, можно видеть значения, типа 13/14/14/14 или 13/14/14/16.
Что могут значить они? Двойные дупликации? А вероятность таковых какова?

Далее, как Вам известно, в гаплогруппе N1b встречаются делиции, как, к примеру, у уважаемого Дара Исиды.
У него в табличке FTDNA указано 13/14/16, что на самом деле оэначает 13/14/16 (если я не ошибаюсь в порядке).

У других же N1b встречаются значения, типа 13/13/14/14.
Что это означает, делицию, аналогичную N1c1 или на самом деле здесь 4 участка.

Как все эти нюансы можно учесть в расчётах.

Согласен, уважаемый mouglley, не все так просто. К каждой генеалогии надо подходить индивидуально. Внутри отдельной генеалогии эффекты, о которых Вы говорите, как правило, одни и те же. На то она и генеалогия, объединяющая родственников. Основной принцип - учитывать независимые локусы, исключать повторные записи. Если же говорить о созданном Вами гигантском дереве всей гаплогруппы N1, то, боюсь, я не смогу ничего посоветовать. Тут уж Вам все карты в руки.

[Nimissin]

Можно огласить весь список этих маркеров?

Уважаемый Аббат Бузони, можно только в среднем. В некоторых гаплотипах N1c1 есть разные особенности, о которых говорит уважаемый mouglley. Но это отклонения от общего правила для N1c1. Как правило, повторные записи, - это 459b, 464b, 464d, CDYb.