АвторТема: WTY - новые снипы  (Прочитано 65948 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн LappaАвтор темы

  • Сообщений: 77
  • Страна: 00
  • Рейтинг +38/-0
    • R1a1a and Subclades Project
  • Y-ДНК: R1a1a1g2
  • мтДНК: W
WTY - новые снипы
« : 22 Февраль 2011, 12:21:12 »
Iz DNA-Forums.org:

**Family Tree DNA is excited to announce our Walk Through the Y sale!
Based on recent improvements in our testing capabilities, and in order
to spearhead further research in our field, we are pleased to offer
our first discount on Walk Through the Y.

This test will be offered for a very limited time to approved
applicants for $500 (normally $750). Please note, this special pricing
will only be available to customers who elect to have their results
made public.


Eto choroszyj moment dla nietestovanych vietok R1a:
Venedskoj, Kirgiskoj, Sarmatskoj i drugich, najti svojevo SNiPa!!!

Dazhe drugije Gaplogruppy kak N1c1 mogut najti svoje novyje mutacje!

Оффлайн LappaАвтор темы

  • Сообщений: 77
  • Страна: 00
  • Рейтинг +38/-0
    • R1a1a and Subclades Project
  • Y-ДНК: R1a1a1g2
  • мтДНК: W
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #1 : 23 Февраль 2011, 13:20:01 »
http://forum.molgen.org/index.php/topic,125.msg76613.html#msg76613

:) vot, tot samyj vriemia :D

To jeszczio post ot L.Mayki, gdie skazano szto nado dielat' sztoby zakazat' test:
(tozhe interiesnyje linki)

Members of K and K Borderline,

Perhaps you have heard of FTDNA’s Walk Through the Y (WTY) program.  The test examines almost 200,000 locations on the Y chromosome in search of new SNPs (mutations) that might define a new subhaplogroup.  Here is a FAQ on the WTY program, and here is a presentation on the WTY program given last year at a conference.  (This presentation mostly covered the original program that examined only 100,000 locations, so its success rate was only about 50%.)

FTDNA cannot guarantee to find a useful SNP, but the program's success rate has been rather high since the increase in coverage.  We have successfully found SNPs to define P Type and G Type; a few more SNPs have been found but are not yet available for order so their frequency in our population is unknown.

Today, FTDNA announced a sale (limited-time price discount) on the WTY: $500 instead of the usual $750.  Ideally, a cluster of customers with similar haplotypes would pool their resources in order to pay the cost, with the largest contributor being the one actually tested.  Unfortunately, I myself have not shown much fundraising ability, so perhaps the best I can do is to hope that a few members across our project will decide that they can afford this on their own, or organize among themselves.

If you order the WTY:  Although the odds are good, though not certain, that FTDNA will find a SNP, it is quite possible that the SNP might turn out to be “private”--at least until someone with a haplotype close to yours appears.  Or, on the other hand, the SNP might embrace almost all of R1a1, and therefore provide little differentiating value.  A $500 purchase is not for the faint of heart; but if a truly useful SNP is found, you will have contributed significantly to the advance of Central-Eastern European population genetics, and to your knowledge of your own ancient ancestry.

If you're interested, here is the new order form for WTY.  Note that the sale price only applies if you’re willing to have your results be public.  Most WTY customers choose this anyway—a new SNP is of little classification value if no one else can learn of it and test for it.

- Larry Mayka, Volunteer Administrator of the Polish(-Lithuanian-Belarusian-Ukrainian-Latvian) Project

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 790
  • Страна: ru
  • Рейтинг +105/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 -> YP569 -> Y85137
  • мтДНК: H1
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #2 : 24 Февраль 2011, 12:32:15 »
Интересно, сколько эта акция продлится? Наверное не сильно долго  :'(

А то, если бы пару месяцев она продлилась, то можно было бы поучаствовать. Но к тому времени, вероятно, уже будет результат от Эйсмонда (QPS48). Он, правда, далековат от меня. И, если у него будет снип не на всю ветку, а только на часть, то меня может и не захватить...

Вроде бы больше желающих венедов пока не замечено?

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #3 : 24 Февраль 2011, 12:40:44 »
Я очень хочу! Но, блин, копить не удается, все заначки трачу на текущую генеалогическую деятельность.
Буду сегодня спрашивать разрешение у семьи на трату семейных денег. Не факт, что удастся объяснить острую необходимость очередного ДНК-теста. И так поди считают это занятие странным чудачеством.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2114
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #4 : 24 Февраль 2011, 12:52:28 »
Венеды-россияне для этой акции - наиболее подходящая ветка:
 
1. Стабильная
2. Достаточно обширная
3. Процент российских гаплотипов высок, как нигде.
4. При этом - нет пока своего снипа, хоть по идее должен быть непременно.
 
Убедительная просьба к венедам при наличии финансовых возможностей сделать этот тест. Ну или скинуться для кого-то из своих.

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 790
  • Страна: ru
  • Рейтинг +105/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 -> YP569 -> Y85137
  • мтДНК: H1
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #5 : 24 Февраль 2011, 12:54:42 »
Только, если скидываться, то лучше брать не меня или Леслу, а кого-нибудь, кто поближе к модалу. А иначе велик шанс получить частный снип.

Оффлайн Valikhan

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 2328
  • Страна: kz
  • Рейтинг +101/-1
  • Ysearch 63CDM. Mitosearch EEVT3
    • Turkic World
  • Y-ДНК: N1c1d1 - L1034 (L1032, L1033)
  • мтДНК: B5a1a
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #6 : 24 Февраль 2011, 12:59:12 »
Интересно, сколько эта акция продлится? Наверное не сильно долго  :'(

 Сроки специально не оговорены, обозначено как очень ограниченное во времени. Кроме того, кандидат должен пройти конкурсный отбор (видимо, чтобы не делать WTY для близких гаплотипов). Необходимым условием является публичность результатов. Т.е. кандидат должен согласиться с тем, что его результаты будут в открытом доступе.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5276
  • Страна: 00
  • Рейтинг +461/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #7 : 24 Февраль 2011, 13:52:38 »
Только, если скидываться, то лучше брать не меня или Леслу, а кого-нибудь, кто поближе к модалу. А иначе велик шанс получить частный снип.


Не совсем так. Все ветви прошли одинаково длинную историю, все одиниково далеки от корня. Просто некоторые линии в силу случайности на выбранном наборе 67 имеют мало мутаций, а если вдобавок их веточки малы, то возникает полная иллюзия абсолютной немутированности. На самом деле у прикорневых (по СТР) вероятность иметь снипы не меньше чем у периферийных. Мы еще до конца не знаем насколько они "прикорневые", это могут быть просто малонаселенные ветви или одиночные гаплотипы без близких связей. Они могут быть близки к корню по виду 67 локусов а могут быть и далеки, в последнем случае их изолированность может выражаться в перепрыгивании с ветки на ветку, и только многократные запуски хорошего софта, вроде ТНТ, проливают свет на их истинную "прикорневость".

Я много лет наблюдаю как меняется картина мутаций в ГВС vs полный сиквенс мтднк. Распределение такое как я описал выше. Никаких разумных соображений что у У-хромосомы это по-другому быть не может. Есть масса глубоких ветвей которые по ГВС - как предок, а на полной молекуле там такоооой зоопарк мутаций..

Итак: если ветвь на 67 выделяется очень хорошо и со стабильным составом, то вкорее всего так и по снипам будет. Если же она либо прыгает либо находится "у корня" то угадать что в действительности невозможно. Переход от 67 к полному сиквенсу может быть еще разительнее чем от 17 к 67.

Поэтому мне кажется, что при наличии средств нужно брать нескольких наиболее удаленных.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2114
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #8 : 24 Февраль 2011, 14:08:12 »
Согласен с Валерием, что исключительную важность для выбора кандидата является его стабильность на ветке. А она может быть исследована только на субоптимумах. Ну или бутсрэпом - по есть принудительной пересадкой в другие узлы.
 
Но не соглашусь, что к-во мутаций в терминальном ребре не имеет значения. Всё же (имхо) скорости мутаций у разных популяций и даже индивидов могут быть различны, поскольку определяются аллелями генов репараторной и других систем транскрипции. Также некоторыми бытовыми химическими внешними факторами в момент формирования первой клетки организма и даже - позднее.
 
Поэтому высокое число "личнух" мутаций может быть как случайно, так и закономерно, и если оно высоко, то больше вероятность, что обнаруженный снип окажется чисто "приватным".
 
Насчёт "удалённых" также согласень. Если добавить "между собой". Но одинаково стабильных в составе ветки.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5276
  • Страна: 00
  • Рейтинг +461/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #9 : 24 Февраль 2011, 14:15:30 »

Но не соглашусь, что к-во мутаций в терминальном ребре не имеет значения. Всё же (имхо) скорости мутаций у разных популяций и даже индивидов могут быть различны, поскольку определяются аллелями генов репараторной и других систем транскрипции. Также некоторыми бытовыми химическими внешними факторами в момент формирования первой клетки организма и даже - позднее.


так снипы ищут где ни попадя, могут быть и регионы на которых что-то важное для организма завязано, так и мусорные. Мусор ведет себя более предсказуемо. Должен, по крайней мере. Если конечно не предполагать, что вся линия эволюционировала тысячи лет в пробирке без радиации и мутагенов.

Допустим, накий образец ковыряли-ковыряли но снипов так и не нашли. Причины? С одной стороны, поскольку У не исчерпан, то возрастает апостериорная вероятность вытащить что-то наконец. С другой, растет и вероятность что это один из почти совсем немутировавших образцов. Но вот достаточно ли у нас данных по плотности мутаций на У чтобы даже в теории утверждать что такие образцы есть?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5276
  • Страна: 00
  • Рейтинг +461/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #10 : 24 Февраль 2011, 14:19:50 »
Поэтому высокое число "личнух" мутаций может быть как случайно, так и закономерно, и если оно высоко, то больше вероятность, что обнаруженный снип окажется чисто "приватным".


Для мусора таки не уверен что это так. Для линий быстро приспосабливающихся к новым условиям среды - наверное Вы абсолютно правы. Может даже числом можно выразить эту увеличенную вероятность. В мтднк например количество несинонимических (значимых) мутаций в новых линиях зашкаливает, в то время как на линках соединяющих глубокие стволы, их весьма умеренно (разница в 2-3 раза).

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2114
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #11 : 24 Февраль 2011, 14:41:04 »
Вы меня убедили, что слишком мало - это тоже плохо.  :)  Но всё же лучше, чем слишком много.
 
Я думаю, что мы с Вами сойдёмся в мнении, что самое лучшее - число, близкое к среднему. Как, например у Желтова с Лифановым, по четыре у каждого. Один из них точно мог бы стать кандидатом. Но они - в другой ветке.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5276
  • Страна: 00
  • Рейтинг +461/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #12 : 24 Февраль 2011, 14:45:08 »
мы с Вами сойдёмся в мнении, что самое лучшее - число, близкое к среднему

да, я тоже за золотую середину. В смысле, сколько-то удаленных друг от друга людей, но с умеренным количеством отличий от предка ветви.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #13 : 24 Февраль 2011, 20:32:37 »
Я очень хочу! Но, блин, копить не удается, все заначки трачу на текущую генеалогическую деятельность.
Буду сегодня спрашивать разрешение у семьи на трату семейных денег. Не факт, что удастся объяснить острую необходимость очередного ДНК-теста. И так поди считают это занятие странным чудачеством.
Заполнил анкету. Соглашусь, если за 500$.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2114
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: WTY - новые снипы
« Ответ #14 : 24 Февраль 2011, 22:00:39 »
Успеха Вам!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100