АвторТема: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов  (Прочитано 39181 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« : 21 Февраль 2011, 22:26:46 »
Некто GregRM с форума dna-forums проанализировал данные проекта 1000 геномов на предмет наличия там представителей гаплогруппы I.

В ходе анализа обнаружено 37 сиквенсов, которые могут принадлежать представителям гаплогруппы I (в том числе двое I* (!!), 22 - I1*, один I1-L287, трое I1-L258,  один I1-L300, один I1-L22, восемь I2).

Сиквенсы Y-хромосомы кандидатов гаплогруппы I1* (филогенетически параллельной ветви I1-L22) были изучены на предмет дополнительных новых снипов (перед этим кандидатские сиквенсы Y-хромосомы были "выровненны" (aligned)).

Обнаружилось 6 снипов-кандидатов I1* (технические детали в Excel файл в таблице I Candidate Variants), которые получили условное название Z58, Z59, Z60, Z61, Z62, Z63.

Тот же GregRM составил филогенетическую схему, отражающие номенклатуру снипов (синим цветом обозначены номера-идентификаторы геномных сиквенсов в проекте 1000 геномов).





Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #1 : 21 Февраль 2011, 22:30:35 »
Весьма любопытно. Он бластил их или там есть готовый браузер с фичами сравнения?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #2 : 21 Февраль 2011, 22:33:01 »
Цитировать
которые могут принадлежать представителям гаплогруппы I
то есть он не уверен?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #3 : 21 Февраль 2011, 22:41:13 »
Весьма любопытно. Он бластил их или там есть готовый браузер с фичами сравнения?

Если я правильно понял методологию, элайнменты сиквенсов уже выложены на FTP проекта 1000 геномов.  GregRM использовал SAMtools для поиска снипов в конкретных регионах сиквенсов Y хромосомы.

Вот так например он искал варианты в гаплогруппе R1b1b2-U106
Цитировать
helpful links:
http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml
http://samtools.sourceforge.net/mpileup.shtml
http://sourceforge.net/apps/mediawiki/samtools/index.php?title=SAM_FAQ


calling variants:
1. download
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz
and
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.fai
to /tmp directory
2a. rename the ...fasta.fai file to have suffix fasta.gz.fai
2b. [more disk space required] unzip from command line using gzip -vd
human_g1k_v37.fasta.gz and replace the path below with human_g1k_v37.fasta
3a. (what I used for the initial individual variant calling):
samtools view -u
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00096/alignment/HG00096.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
Y | samtools mpileup -ugf /tmp/human_g1k_v37.fasta.gz - | bcftools/bcftools view
-bvcg - > var.raw.bcf
3b. (what I used for multiple sample variant calling):
samtools mpileup -C50 -ugf /tmp/human_g1k_v37.fasta.gz -r Y
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00117/alignment/HG00117.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00140/alignment/HG00140.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00160/alignment/HG00160.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00155/alignment/HG00155.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00157/alignment/HG00157.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00143/alignment/HG00143.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00149/alignment/HG00149.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00251/alignment/HG00251.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00131/alignment/HG00131.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00265/alignment/HG00265.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam
| bcftools/bcftools view -bvcg - > U106_011311.bcf
4. bcftools/bcftools view var.raw.bcf | bcftools/vcfutils.pl varFilter -D100 >
var.flt.vcf

searching individual .vcf files:
P312-: grep 22157311 *
P310-: grep 18907236 *
L47+: grep 22178569 *
M343-: grep 2887824 *
M269-: grep 22739367 *
U106+: grep 8796078 *
L48+: grep 23612197 *
L44+: grep 2892150 *
L45+: grep 15116138 *
L46+: grep 19077409 *
U198+: grep 16839499 *
L148+: grep 17441664 *
L1+: grep 14515250 *
P107+: grep 14819893 *
L164+: grep 15701859 *
L257+: grep 15668028 *


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #4 : 21 Февраль 2011, 22:46:32 »
Цитировать
которые могут принадлежать представителям гаплогруппы I
то есть он не уверен?

Его увереность основана на том, grep-поиск определяющих снип-мутации I1 и I2 в этих сиквенсах дал положительный результат (т.е сиквенсы-кандидаты имеют снипы либо I1 , либо I2). То есть, думаю, что на 99% эти сиквенсы представителей I.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #5 : 21 Февраль 2011, 22:52:53 »
Цитировать
Если я правильно понял методологию
АКадемику эту методологию не осилить.

зы фигасе там файлы размером  :o

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #6 : 21 Февраль 2011, 22:57:46 »
Цитировать
Если я правильно понял методологию
АКадемику эту методологию не осилить.

Тут ничего сложного нет.
Для расширения кругозора отмечу, что  элайнменты неандертальских геномов, был выполнен командой Паабо с помощью того же программного продукта SAMtools, что использовался в проекте 1000 genomes. И эти же неандертальские элайнменты можно скачать с сайта проекта неандертальского генома. Только весят они очень много. ;D

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #7 : 21 Февраль 2011, 23:00:57 »
Меня больше интересуют вот эти сиквенсы NA12748 и NA12003, которые по снипам выходят I* (I-M170).
Откуда они родом?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #8 : 21 Февраль 2011, 23:17:36 »
Генеалогия  двух вышеупомянутых засекречена проектом INTERNATIONAL HAPMAP PROJECT.

Все, что о них можно узнать -  только то, что они оба масоны мормоны из штата Юта.
Поскольку их результаты размещены в панели CEU (UTAH RESIDENTS WITH ANCESTRY FROM NORTHERN AND WESTERN EUROPE),  и в качестве "расы" указано Caucasian,  то это люди с корнями в северовосточной Европе.

Индивид NM12003 был протестирован в возрасте 97 лет и является  дедушкой с стороны отца пробанда* из семьи номер 1420 (NM10838).

Индивид NA12748 является  дедушкой с стороны отца пробанда из семьи номер 1444 (NM12739).


-----------------------------------------------------
*Пробанд (нем. Proband). Лицо, с которого начинается составление родословной при генеалогическом анализе или медико-генетическом исследовании.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #9 : 21 Февраль 2011, 23:20:16 »
Меня больше интересуют вот эти сиквенсы NA12748 и NA12003, которые по снипам выходят I* (I-M170).
Откуда они родом?
тут что-то не так... вроде нигде не встречал I*(xI1,I2)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #10 : 21 Февраль 2011, 23:29:43 »
Вполне возможно.
Дело в том, что снипы I1 в Build37 (которые ищет GreRM) представлены весьма широко, хотя и не полностью.
I2 только два P215+/M438+  и L68+.

У двух вышеозначенных индивидов снипов I1 и I2 не найдено.


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #11 : 21 Февраль 2011, 23:32:14 »
О масонах и мормонах.

мне приснился страшный сон:
ты -- масон и я -- масон.
он -- масон, она - масонка,
мать масонского ребенка.
ну а тот, кто не масон,
поскорее выйди вон!

 ;D

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #12 : 21 Февраль 2011, 23:45:42 »
Меня больше интересуют вот эти сиквенсы NA12748 и NA12003, которые по снипам выходят I* (I-M170).
Откуда они родом?
тут что-то не так... вроде нигде не встречал I*(xI1,I2)

Неисключено, что это будущие I3.

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19613
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #13 : 25 Июль 2011, 22:26:45 »
1000 Genomes project в действии:




Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19613
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Гаплогруппа I1 и проект 1000 геномов
« Ответ #14 : 25 Июль 2011, 22:27:29 »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100