АвторТема: RJGG Vol.3 No.1 2011  (Прочитано 27753 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31229
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2334/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
RJGG Vol.3 No.1 2011
« : 13 Февраль 2011, 02:01:02 »
Начали подготовку нового номера, RJGG Vol.3 No.1 2011.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #1 : 14 Апрель 2011, 18:48:40 »
Чтото реальное затишье.
Наверное только к лету собирусь что-нибудь писать.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1672/-11
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #2 : 15 Апрель 2011, 21:03:26 »
Затишье тут же нарушилось :D От Сергея Каржавина редколлегией получена статья, обещаны в ближайшее время, в соавторстве с Дмитрием Адамовым, еще три статьи и четвертая на подходе (!!!). Обещана революция в области методики оценки TMRCA.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #3 : 15 Апрель 2011, 21:24:20 »
Затишье тут же нарушилось :D От Сергея Каржавина редколлегией получена статья, обещаны в ближайшее время, в соавторстве с Дмитрием Адамовым, еще три статьи и четвертая на подходе (!!!). Обещана революция в области методики оценки TMRCA.
Ну-у-у... не революция, а вполне закономерная эволюция. Ну их к лешему, эти революции: оранжевые, желтые, зеленые, красные, особенно голубые  >:(
« Последнее редактирование: 16 Апрель 2011, 15:43:04 от Каржавин »

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #4 : 15 Апрель 2011, 21:28:14 »
Я вот что подумал, господа Форумчане. А не написать ли нам специализированный номер RJGG по математическим методам в ДНК-генеалогии? Уверен, что и по мито, и по аутосомам, и по филогении, и по предиктору (работы Урасина) материалы есть. Ну как, господа?

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #5 : 16 Апрель 2011, 14:06:47 »
А не написать ли нам специализированный номер RJGG по математическим методам в ДНК-генеалогии? Уверен, что и по мито, и по аутосомам, и по филогении, и по предиктору (работы Урасина) материалы есть. Ну как, господа?
Могу лишь морально поддержать идею от лица чайников. Они то уж как были бы заинтересованы в таком номере (как-то я уже предлагал темномер по филогеническим программам). Предложил бы вставить (может, как приложение, в этом бы даже я местами  потянул) перевод на русский язык описания-инструкций по филпрогам. На слуху: Филип, Нетворк, ТНТ, Мурка (это особенно актуально).

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #6 : 16 Апрель 2011, 14:11:24 »
А не написать ли нам специализированный номер RJGG по математическим методам в ДНК-генеалогии? Уверен, что и по мито, и по аутосомам, и по филогении, и по предиктору (работы Урасина) материалы есть. Ну как, господа?
Могу лишь морально поддержать идею от лица чайников. Они то уж как были бы заинтересованы в таком номере (как-то я уже предлагал темномер по филогеническим программам). Предложил бы вставить (может, как приложение, в этом бы даже я местами  потянул) перевод на русский язык описания-инструкций по филпрогам. На слуху: Филип, Нетворк, ТНТ, Мурка (это особенно актуально).
+100

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1672/-11
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #7 : 16 Апрель 2011, 15:23:41 »
Первая статья из анонсированной серии (С. Каржавин. Моменты вероятностного распределения изменения аллелей в STR локусах Y-хромосомы в результате мутаций, меняющих аллель на большое количество повторов) сверстана и отправлена техреду.

P.S. Пожалуй, я буду тут время от времени на этот счет отписываться (в какой стадии подготовки та или иная статья), а то пару раз авторы свои статьи "теряли", не зная их судьбы в определенный момент времени. Так будет правильнее.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #8 : 16 Апрель 2011, 16:07:47 »
Я наверное к началу июня напишу статью с одним соавтором.  8) Думаю будет очень интересно и позновательно.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3216
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #9 : 16 Апрель 2011, 22:15:26 »
Моменты вероятностного распределения изменения аллелей в STR локусах Y-хромосомы в результате мутаций, меняющих аллель на большое количество повторов
Сергей Каржавин

Цитировать
Получены формулы вычисления первого и второго моментов вероятностного распределения аллеля для модели потока мутаций в STR локусах, которые могут изменять одномоментно значение аллеля на любое количество повторов, а не только на ±1 или на ±2.

http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/80

Онлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31229
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2334/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #10 : 16 Апрель 2011, 22:22:32 »
Сергей,
Наталья,
Денис,

+++ !!!

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #11 : 17 Апрель 2011, 11:56:52 »
Получены формулы вычисления первого и второго моментов вероятностного распределения аллеля для модели потока мутаций в STR локусах, которые могут изменять одномоментно значение аллеля на любое количество повторов, а не только на ±1 или на ±2./quote]http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/80

     Статья оставляет двоякое впечатление. С одной стороны впечатляет математический уровень. С другой - создаётся впечатление, что автор пишет в своё удовольствие, не вспоминая о читателе.
     Например, возникает вопрос: собственно модель потока мутаций - что это, зачем, применяется ли уже и есть ли результаты? Сказано, что "вероятностные распределения значения аллеля в локусе для одношаговых и двухшаговых мутаций " - уже исслелованы. Стало быть, модель старая не совсем устраивает? Неплохо, конечно, рассмотреть все случаи (для любого количества повторов). Но есть ли практический смысл? тем более, что ниже написано: "Следует заметить, что в настоящее время статистики для выявления трешаговых и более многошаговых мутаций мало (кроме, быть может, RecLOH), поэтому на практике пока следует пользоваться только одношаговыми мутациями".
     В качестве выводов приведены гистограммы распределений аллеля, но опять же для 1-2 шаговых моделей. А по новой части сказано: "В случае значимых величин вероятностей изменения аллеля на большее чем ±2 количество повторов (например, recLOH) вид распределений аллеля может принимать и более сложную форму, чем гистограмма, представленная на рисунке 4".
     По идее же хотелось бы в заключение иметь пару слов о том, насколько лучше предлагаемый автором полный учёт мутаций от ранее применявшегося, есть ли выигрыш и в чём?
   Возможно, что последующие статьи серии прояснят этот момент. Хотелось бы не только математики, но пусть небольшого, но упора на практический смысл подсчётов и формул.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #12 : 17 Апрель 2011, 14:54:05 »
Получены формулы вычисления первого и второго моментов вероятностного распределения аллеля для модели потока мутаций в STR локусах, которые могут изменять одномоментно значение аллеля на любое количество повторов, а не только на ±1 или на ±2./quote]http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/80

     Статья оставляет двоякое впечатление. С одной стороны впечатляет математический уровень. С другой - создаётся впечатление, что автор пишет в своё удовольствие, не вспоминая о читателе.
     Например, возникает вопрос: собственно модель потока мутаций - что это, зачем, применяется ли уже и есть ли результаты? Сказано, что "вероятностные распределения значения аллеля в локусе для одношаговых и двухшаговых мутаций " - уже исслелованы. Стало быть, модель старая не совсем устраивает? Неплохо, конечно, рассмотреть все случаи (для любого количества повторов). Но есть ли практический смысл? тем более, что ниже написано: "Следует заметить, что в настоящее время статистики для выявления трешаговых и более многошаговых мутаций мало (кроме, быть может, RecLOH), поэтому на практике пока следует пользоваться только одношаговыми мутациями".
     В качестве выводов приведены гистограммы распределений аллеля, но опять же для 1-2 шаговых моделей. А по новой части сказано: "В случае значимых величин вероятностей изменения аллеля на большее чем ±2 количество повторов (например, recLOH) вид распределений аллеля может принимать и более сложную форму, чем гистограмма, представленная на рисунке 4".
     По идее же хотелось бы в заключение иметь пару слов о том, насколько лучше предлагаемый автором полный учёт мутаций от ранее применявшегося, есть ли выигрыш и в чём?
   Возможно, что последующие статьи серии прояснят этот момент. Хотелось бы не только математики, но пусть небольшого, но упора на практический смысл подсчётов и формул.
Эта статья родилась ПОТОМ, но в ней имеются необходимые обоснования для следующих статей, поэтому она должна предшествовать остальным нашим статьям (которые мы с Дмитрием сейчас заканчиваем). Кто занимается расчетами количества мутаций, найдет в этой статье и самостоятельную ценность.
К тому же в этой статье в некотором смысле завершается (чего не было ранее, и кое-какие хвосты висели в воздухе) вероятностное описание процесса изменения аллеля под воздействием мутаций.
Для трехшаговых и более сложных мутаций нарисовать вероятностное распределение уже довольно трудно, да и для практических нужд точно не нужно. Вполне достаточно вычислять 1-й и 2-й моменты распределения.
Также замечу, что математические статьи необязательно должны носить сиюминутный практический интерес. В них позволительно обсосать какую-нибудь мелочь, тонкость ранее рассмотренных вопросов.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #13 : 18 Апрель 2011, 16:47:13 »
Статья оставляет двоякое впечатление. С одной стороны впечатляет математический уровень. С другой - создаётся впечатление, что автор пишет в своё удовольствие, не вспоминая о читателе.
Возможно, что последующие статьи серии прояснят этот момент. Хотелось бы не только математики, но пусть небольшого, но упора на практический смысл подсчётов и формул.
Вообще в истории бывают такие статьи, они тоже скучны: единственной их целью являются твердое установление единственного факта или его опровержение. Но на основе таких статей потом уже и пишутся широкие исторические статьи про жизнь того или иного человека.
Думаю у Сергея статья из первого рода, на основе которой он напишет что-нибудь поинтереснее для читателей.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.3 No.1 2011
« Ответ #14 : 18 Апрель 2011, 20:45:44 »
К тому же в этой статье в некотором смысле завершается (чего не было ранее, и кое-какие хвосты висели в воздухе) вероятностное описание процесса изменения аллеля под воздействием мутаций.
Фраза в целом даёт исчерпывающий ответ, и если бы она присутствовала в статье (как открывающая, либо, как завершающая), моё замечание бы не появилось. Без неё создаётся впечатление "потока сознания".

Имхо, было бы неплохо вытащить из глубин текста туда же (в начало-конец) фразу:" ... рельефнее продемонстрировать изменения формы гистограмм распределения аллеля для разных сочетаний четырех вероятностных параметров 1 p , 2 p , 1 q , 2 q" .

В идеале было бы совсем круто, если бы автор пояснил физический смысл изменения этих форм. Например, "Дисперсия второго распределения равна величине 20,56 , и, как следовало ожидать, в 4 раза превышает дисперсию одношаговой модели". - Если бы было сказано, почему так ожидалось, сразу стала бы понятна физика действа. Ну, или, что следует из сползания матожидания вправо-влево? И т.д.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100