АвторТема: Истинные скорости мутирования мтднк  (Прочитано 3756 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
С некоторых пор меня очень забавляет наблюдать у некоторых непреодолимое влечение давать людям советы в областях где ничерта не понимаешь.



kosmonomad:

http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=1236&view=findpost&p=63803

Цитировать
Полное совпадение по FGS очень редкий случай, означает однозначное родство за менее чем 500 лет.

Мне вышлите данные я перепроверю. Там очень легко, просто куда мутации скланивают. Если вдруг разброс между субкладами получается, то это просто новый субклад.



Его поправляет другой специалист:

eugene:

Цитировать
Полное совпадение по FGS это значит общий предок по женской линии в пределах 5 поколений- это примерно 125 лет с вероятностью 50%.
Достаточно часто бывает совпадение среди клиентов FTDNA с которыми я контачил.


В данном случае, конечно, оба были введены в заблуждение FGS-сервисом тестирующей их компании, хорошо понимающей что распространяться про истинные скорости мутирования мтднк нельзя - клиентов не останется :) но забавна ситуация когда люди вместо обращения к научным первоисточникам доверяют по сути дела коммерческой документации, при этом полагая что могут соревноваться в знаниях с учеными и их превосходить.


Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8763
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2109/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re:
« Ответ #1 : 01 Февраль 2011, 18:19:30 »
...
В данном случае, конечно, оба были введены в заблуждение FGS-сервисом тестирующей их компании, хорошо понимающей что распространяться про истинные скорости мутирования мтднк нельзя - клиентов не останется :) но забавна ситуация когда люди вместо обращения к научным первоисточникам доверяют по сути дела коммерческой документации, при этом полагая что могут соревноваться в знаниях с учеными и их превосходить.
Про FGS совпадение - это достаточно распространенное мнение, поэтому все на него ссылаются. Я сам где-то слышал, что полное совпадение по FGS и региону - дает общего предка в пределах 500 лет. И был убежден в этом... до Ваших слов.
Мне, в данном случае, сложно осуждать людей этого мнения придерживающихся.
А какие научные первоисточники Вы порекомендуете?

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re:
« Ответ #2 : 01 Февраль 2011, 18:40:13 »
...
В данном случае, конечно, оба были введены в заблуждение FGS-сервисом тестирующей их компании, хорошо понимающей что распространяться про истинные скорости мутирования мтднк нельзя - клиентов не останется :) но забавна ситуация когда люди вместо обращения к научным первоисточникам доверяют по сути дела коммерческой документации, при этом полагая что могут соревноваться в знаниях с учеными и их превосходить.
Про FGS совпадение - это достаточно распространенное мнение, поэтому все на него ссылаются. Я сам где-то слышал, что полное совпадение по FGS и региону - дает общего предка в пределах 500 лет. И был убежден в этом... до Ваших слов.
Мне, в данном случае, сложно осуждать людей этого мнения придерживающихся.
А какие научные первоисточники Вы порекомендуете?


Простых для чтения и вместе с тем полных источников увы нет. В том и проблема - вакуум заполняется слухами и коммерческими материалами. Есть классическая статья Сейлард 2001 года

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1287530/

где дается очень простая трактовка Ро-статистики с уже имеющейся калибровкой по ГВС1. Следующее что можно порекомендовать - это

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2694979/

с гигантским материалом, в том числе есть сапплемент с возрастами гаплогрупп уже сосчитанными. Конкретные значения возраста могут меняться но порядок достаточно большой.

Практическая рекомендация с моей стороны одна. Надо смотреть на глобальное древо по FGS. Если узел "населенный" большим количеством сиквенсов то шансы что полное совпадение означает родство в недавнем прошлом мизерные. И наоборот, если Ваш тип на древе не встречается, то шансы что совпадение относительно свежее куда выше. Деревья по каждой гаплогруппе можно найти в научной литературе, что конечно стремно. В очень скором времени одно такое дерево будет доступно на сайте Гентиса, там будет > 5000 ГВСов, описания гаплогрупп и очень большие таблицы частот. Также таблица возрастов 1800 мелких гаплогрупп мтднк.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re:
« Ответ #3 : 01 Февраль 2011, 19:43:48 »
Практическая рекомендация с моей стороны одна. Надо смотреть на глобальное древо по FGS. Если узел "населенный" большим количеством сиквенсов то шансы что полное совпадение означает родство в недавнем прошлом мизерные.


Или так. У меня на глобальном древе сейчас 7130 сиквенсов из которых уникальных типов около 6000. Конечно они выбирались для полного секвенирования не случайным образом, брались редкие варианты, поэтому разнообразие там > 0.9999 но на практике если взять реальную выборку то в ней будет несколько % случаев когда совпадение по FGS полное а до предка 5000+ лет.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #4 : 01 Февраль 2011, 23:32:33 »
Меня всегда забавляло то, что интервалы оценки скоростей мутации митохондриона (вернее, его различных регионов), представленные в научных работах, во много раз шире интервалов аналогичных скоростей Y-STR.

Вот например, известная работа исландцев из deCODEme Genetics

Цитировать
The mutation rate in the human mtDNA control region.

The mutation rate of the mitochondrial control region has been widely used to calibrate human population history. However, estimates of the mutation rate in this region have spanned two orders of magnitude. To readdress this rate, we sequenced the mtDNA control region in 272 individuals, who were related by a total of 705 mtDNA transmission events, from 26 large Icelandic pedigrees. Three base substitutions were observed, and the mutation rate across the two hypervariable regions was estimated to be 3/705 =.0043 per generation (95% confidence interval [CI].00088-.013), or.32/site/1 million years (95% CI.065-.97). This study is substantially larger than others published, which have directly assessed mtDNA mutation rates on the basis of pedigrees, and the estimated mutation rate is intermediate among those derived from pedigree-based studies. Our estimated rate remains higher than those based on phylogenetic comparisons. We discuss possible reasons for-and consequences of-this discrepancy. The present study also provides information on rates of insertion/deletion mutations, rates of heteroplasmy, and the reliability of maternal links in the Icelandic genealogy database.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #5 : 01 Февраль 2011, 23:38:41 »
Малярчук в своей книжке приводит главу как раз о скоростях по МТ для ГВС1 ГВС2 и ФГС и тд.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #6 : 01 Февраль 2011, 23:43:31 »
В том то и дело, что это - снипы, а не маркеры стр.
Соотнести с реальными семьями с хорошей генеалогией тут абсолютно невозможно, так как скорость во много раз меньше.

Приходится соотносится с реальными, глобальными событиями - выход из Африки, первые артифакты в Евразии.
Отсюда и бешенный разбег дат.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #7 : 01 Февраль 2011, 23:55:45 »
В том то и дело, что это - снипы, а не маркеры стр.
Соотнести с реальными семьями с хорошей генеалогией тут абсолютно невозможно, так как скорость во много раз меньше.

Это было показано в работе исландцев. Дело в том, что у большинства исландцев (в силу их малочисленности и сильному клановому чувству) генеалогии известны чуть ли не до 9 в.н.э. И поскольку в расчете на душу населения по числу протестированных (мито-, игрек и аутосомное генотиприрование) Исландия впереди планеты всей, то результаты работы очень любопытные.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #8 : 02 Февраль 2011, 00:04:10 »
Меня всегда забавляло то, что интервалы оценки скоростей мутации митохондриона (вернее, его различных регионов), представленные в научных работах, во много раз шире интервалов аналогичных скоростей Y-STR.


Причина в том что в семейные штудии попадают только самые легкие мутации. STR выгодно отличаются так как любой их набор тикает на порядки равномернее. Поэтому никакие семейные оценки митоскоростей пока невозможно использовать для получения истинных эволюционных. Калибровать приходится по каким-то внешним событиям - археологии или шимпанзе. Меня даже больше смущают не величины скоростей а внутренние неравномерности дерева, например дети старше родителей - частое следствие смещенных выборок.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #9 : 02 Февраль 2011, 09:36:41 »
Меня даже больше смущают не величины скоростей а внутренние неравномерности дерева, например дети старше родителей - частое следствие смещенных выборок.

Как вы с этим боретесь?

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #10 : 02 Февраль 2011, 10:05:13 »
Меня даже больше смущают не величины скоростей а внутренние неравномерности дерева, например дети старше родителей - частое следствие смещенных выборок.

Как вы с этим боретесь?


да никак :)

Оффлайн vnik

  • Сообщений: 243
  • Страна: de
  • Рейтинг +23/-0
  • мтДНК: H16
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #11 : 04 Май 2012, 08:01:33 »
У меня есть результат мтДНК, который, я так понимаю, достался мне от моей мамы. Если сделать мито сыну дочери моей родной сестры, то позволит это определить скорость мутирования нашей родовой мтДНК?

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1500
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Истинные скорости мутирования мтднк
« Ответ #12 : 04 Май 2012, 08:51:18 »
У меня есть результат мтДНК, который, я так понимаю, достался мне от моей мамы. Если сделать мито сыну дочери моей родной сестры, то позволит это определить скорость мутирования нашей родовой мтДНК?

Бесполезно. Будут идентичными. Мутации в мито возникают раз в тысячу лет.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100