АвторТема: SNP-мутации гаплогруппы I1  (Прочитано 25279 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
SNP-мутации гаплогруппы I1
« : 28 Май 2009, 23:15:58 »
Новая методика поиска snp-мутаций гаплогруппы I1.

На днях Кен Нордведт предложил в качестве альтернативы "дорогому" проекту FTDNA WTY новый эрогономичный метод поиска SNP мутаций внутри гаплогруппы I1-AS (Anglosaxon). Это стало возможным после того, как один из представителей гаплогруппы I1 получил полный анализ генома.

Суть метода состоит в следущем:

1) Анализ генома представителя I1 и референтного генома Hugo (который включает SNP мутации гаплогрупп R и G) показал наличие 2640 SNP мутаций
2) Посколько MRCA гаплогруппы I1 в 10 раз моложе общего MRCA Hugo/I1 (который жил 40-45 тысяч лет назад ), то по расчетам Нордтветда, примерно каждая 20 SNP мутация произошла  после времени жизни MRCA гаплогруппы I1. Это означает, что теоретически 130 из обнаруженных в геноме представителя гаплогруппы I1 произошли уже "внутри" гаплогруппы I1.

Идея такова:  выбрать случайным образом из 2460 SNP 100 ранее неизвестных SNP. Выбрать из выборки диверсифицированных представителей англосаксонского клада I1-AS 5 донорам и сделать им SNP-анализ. По раскладкам КН, примерно каждый из 20 SNP каждого донара должен быть полиморфичен по отношению к таким же SNP остальных доноров. Некоторые из этих SNP могут быть "частными" индивидуальными SNP, но статистически значимое число таких мутаций должно было произойти непосредственно в эру, близкую к жизни последнего общего предка I1-AS.

Полученные результаты должны послужить надежным средством для разделения субкладов внутри I1-AS.
 
« Последнее редактирование: 14 Июль 2009, 18:19:06 от Аббат Бузони »

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
интересно, а где он об этом говорил?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Цитировать
Это стало возможным после того, как один из представителей гаплогруппы I1 получил полный анализ генома.
Вы имеете в виду полное секвенирование (как у Уотсона) всех хромосом полностью? Это ж стоит 300 тыс долларов :)
Или это 23andMe?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
« Последнее редактирование: 28 Май 2009, 23:31:57 от Centurion »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Да, именно он. Видимо, делал тот самый Уоррен Баффет, о котором ув.Аббат многократно упоминал. :)

Цитировать
Это стало возможным после того, как один из представителей гаплогруппы I1 получил полный анализ генома.
Вы имеете в виду полное секвенирование (как у Уотсона) всех хромосом полностью? Это ж стоит 300 тыс долларов :)
Или это 23andMe?

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
А у них на  rootsWeb форум только древовидный? Очень не удобно. И не пойму как смотреть новые темы. :(
« Последнее редактирование: 28 Май 2009, 23:42:10 от Аббат Бузони »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Насколько мне известно, именно древовидный.

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: SNP-мутации гаплогруппы I1
« Ответ #9 : 14 Июль 2009, 18:21:32 »
Allele frequencies for Y-group I1

The table below shows allele frequencies for each SNP based on all deCODEme users within this Y-group.

Ссылка

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
I1-AS has 2 SNPs, maybe 3
« Ответ #10 : 06 Октябрь 2009, 23:00:42 »
http://dna-forums.org/index.php?showtopic=8825

                 I1-AS has 2 SNPs, maybe 3
Цитировать
On another web pow wow site someone announced that a second I1-AS WTY participant has turned up L186+ and L187+, while the I1 full sequence fellow is ancestral for the two. I bring this up because FTDNA is incredibly slow in bringing new snps to their catalog for the general customer to order when they find them in WTY searches. If you are I1 you should urge Dr Krahn at FTDNA to get these into the catalog.
 
 Next to western M269+ and its various R1b.... subhaplogroups, I1 is probably the most populous haplogroup found among hobbyists. And the I1-AS are particularly hungary for snps to divide their population thicket. The number of people who will want to test for these snps should be staggering. 40 percent or so of I1-AS falls in the generic category, which means no further subclade identification is clear; they will especially want to test for these two or three snps. I fall in that category.
 
 There could be a third new snp. The I1 full sequence shows derived for one snp which the first I1 WTY showed ancestral. That could also be a useful snp, and the status of this second I1 WTY participant at this site should be of interest.
 
 That two WTY are L186+ and L187+ really means is that they are most likely not private-like snps. That's what we were waiting to learn.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Цитировать
А у них на  rootsWeb форум только древовидный? Очень не удобно.
 

У меня год назад был линейный. Через полгода стал древовидным. Я потыкал внизу страницы и в профиле разные опции - снова стал линейным, как до сих пор.
 
Что сработало - затрудняюсь сказать.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Цитировать
А у них на  rootsWeb форум только древовидный? Очень не удобно.
 

У меня год назад был линейный. Через полгода стал древовидным. Я потыкал внизу страницы и в профиле разные опции - снова стал линейным, как до сих пор.
 
Что сработало - затрудняюсь сказать.
Да, и тот форум вообще работает через емейл сообщения. То есть прямо с сайта постить нельзя. Очень неудобно.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитировать
А у них на  rootsWeb форум только древовидный? Очень не удобно.
 

У меня год назад был линейный. Через полгода стал древовидным. Я потыкал внизу страницы и в профиле разные опции - снова стал линейным, как до сих пор.
 
Что сработало - затрудняюсь сказать.
Да, и тот форум вообще работает через емейл сообщения. То есть прямо с сайта постить нельзя. Очень неудобно.

Это не форум, это так называемый Web-gateway к листу почтовой рассылки (maillist)  :)

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: SNP-мутации гаплогруппы I1
« Ответ #14 : 24 Апрель 2011, 12:43:08 »
Снипы найденные FTDNA в проекте WTY:

127873 Derck Netherlands (I-L22*) - L205=I1d2
N29608 Koskinen Finland (I-L258) - L287=I1d3, L296=Approx. hg: I-L258*
21778 Rogers England (I-L75) - L234=Approx. hg: I-M253*
N1932 Europe (I-L75) - L242=Approx. hg: I-M253*
85047 Odom England  (I-M253) - L186=I1 , L187=I1 , (L58 differs from I-L22?)
N32687 Van Laar Netherlands (I-P30) - L211=I1e
« Последнее редактирование: 24 Апрель 2011, 16:18:29 от Аббат Бузони »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100