Ага , понял. В WTY, в SNP-info видимо опечатка. У всех R1a1a1 в этой позиции стоит С. Т.е. должно быть L657 не G to A, а C to A.
Т.е. оба снипа в одной позиции, но Р177+ С мутирует в Т, а L657+ C мутирует в А.
Таким образом, если ранее тестировали Р177-, то значит в этой позиции определяли С.(если бы определили А , то сообщили бы о новом снипе).Значит у кого было Р177-, а так было у всех R1a1 ранее протестированных в WTY, у того и L657-.